data_2DM5 # _model_server_result.job_id Ok6yUI9RCL1QaskHKcJOqA _model_server_result.datetime_utc '2025-03-25 18:11:04' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2dm5 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":200}' # _entry.id 2DM5 # _exptl.entry_id 2DM5 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 112.411 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CADMIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 2DM5 _cell.length_a 53.522 _cell.length_b 53.522 _cell.length_c 137.192 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2DM5 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 96 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 43 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 B N N ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 76 A CYS 64 1_555 A SG CYS 169 A CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? metalc ? metalc1 A OE1 GLU 25 A GLU 13 1_555 C CD CD . A CD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 25 A GLU 13 1_555 C CD CD . A CD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? metalc ? metalc3 A OE1 GLU 30 A GLU 18 5_645 B CD CD . A CD 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc4 A OE2 GLU 30 A GLU 18 5_645 B CD CD . A CD 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? metalc ? metalc5 A ND1 HIS 116 A HIS 104 1_555 D CD CD . A CD 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASP 122 A ASP 110 8_675 C CD CD . A CD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc7 A OE1 GLU 151 A GLU 139 1_555 B CD CD . A CD 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc8 A OE2 GLU 151 A GLU 139 1_555 B CD CD . A CD 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc9 A NE2 HIS 153 A HIS 141 1_555 E CD CD . A CD 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? metalc ? metalc10 B CD CD . A CD 200 1_555 G O HOH . A HOH 472 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? metalc ? metalc11 B CD CD . A CD 200 1_555 G O HOH . A HOH 474 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc12 B CD CD . A CD 200 1_555 G O HOH . A HOH 476 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc13 C CD CD . A CD 201 1_555 G O HOH . A HOH 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? metalc ? metalc14 C CD CD . A CD 201 1_555 G O HOH . A HOH 463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.057 ? metalc ? metalc15 C CD CD . A CD 201 1_555 G O HOH . A HOH 475 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc16 D CD CD . A CD 202 1_555 G O HOH . A HOH 315 8_665 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? metalc ? metalc17 D CD CD . A CD 202 1_555 G O HOH . A HOH 326 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? metalc ? metalc18 D CD CD . A CD 202 1_555 G O HOH . A HOH 394 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? metalc ? metalc19 E CD CD . A CD 311 1_555 G O HOH . A HOH 315 8_665 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.743 ? metalc ? metalc20 E CD CD . A CD 311 1_555 G O HOH . A HOH 342 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.49 ? metalc ? metalc21 E CD CD . A CD 311 1_555 G O HOH . A HOH 394 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? # _chem_comp.formula 'Cd 2' _chem_comp.formula_weight 112.411 _chem_comp.id CD _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CADMIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 2DM5 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.018684 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.018684 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007289 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 CD A 1 200 200 CD CD . C 2 CD A 1 201 201 CD CD . D 2 CD A 1 202 202 CD CD . E 2 CD A 1 311 311 CD CD . F 3 ODI A 1 312 1 ODI DRG . G 4 HOH A 1 313 203 HOH WAT . G 4 HOH A 2 314 204 HOH WAT . G 4 HOH A 3 315 207 HOH WAT . G 4 HOH A 4 316 208 HOH WAT . G 4 HOH A 5 317 209 HOH WAT . G 4 HOH A 6 318 210 HOH WAT . G 4 HOH A 7 319 211 HOH WAT . G 4 HOH A 8 320 212 HOH WAT . G 4 HOH A 9 321 213 HOH WAT . G 4 HOH A 10 322 214 HOH WAT . G 4 HOH A 11 323 215 HOH WAT . G 4 HOH A 12 324 217 HOH WAT . G 4 HOH A 13 325 218 HOH WAT . G 4 HOH A 14 326 220 HOH WAT . G 4 HOH A 15 327 221 HOH WAT . G 4 HOH A 16 328 222 HOH WAT . G 4 HOH A 17 329 223 HOH WAT . G 4 HOH A 18 330 224 HOH WAT . G 4 HOH A 19 331 225 HOH WAT . G 4 HOH A 20 332 226 HOH WAT . G 4 HOH A 21 333 227 HOH WAT . G 4 HOH A 22 334 228 HOH WAT . G 4 HOH A 23 335 229 HOH WAT . G 4 HOH A 24 336 230 HOH WAT . G 4 HOH A 25 337 232 HOH WAT . G 4 HOH A 26 338 233 HOH WAT . G 4 HOH A 27 339 234 HOH WAT . G 4 HOH A 28 340 235 HOH WAT . G 4 HOH A 29 341 236 HOH WAT . G 4 HOH A 30 342 237 HOH WAT . G 4 HOH A 31 343 238 HOH WAT . G 4 HOH A 32 344 239 HOH WAT . G 4 HOH A 33 345 240 HOH WAT . G 4 HOH A 34 346 241 HOH WAT . G 4 HOH A 35 347 242 HOH WAT . G 4 HOH A 36 348 244 HOH WAT . G 4 HOH A 37 349 245 HOH WAT . G 4 HOH A 38 350 246 HOH WAT . G 4 HOH A 39 351 247 HOH WAT . G 4 HOH A 40 352 248 HOH WAT . G 4 HOH A 41 353 249 HOH WAT . G 4 HOH A 42 354 250 HOH WAT . G 4 HOH A 43 355 251 HOH WAT . G 4 HOH A 44 356 252 HOH WAT . G 4 HOH A 45 357 253 HOH WAT . G 4 HOH A 46 358 254 HOH WAT . G 4 HOH A 47 359 255 HOH WAT . G 4 HOH A 48 360 256 HOH WAT . G 4 HOH A 49 361 257 HOH WAT . G 4 HOH A 50 362 258 HOH WAT . G 4 HOH A 51 363 259 HOH WAT . G 4 HOH A 52 364 260 HOH WAT . G 4 HOH A 53 365 261 HOH WAT . G 4 HOH A 54 366 262 HOH WAT . G 4 HOH A 55 367 263 HOH WAT . G 4 HOH A 56 368 264 HOH WAT . G 4 HOH A 57 369 265 HOH WAT . G 4 HOH A 58 370 266 HOH WAT . G 4 HOH A 59 371 267 HOH WAT . G 4 HOH A 60 372 268 HOH WAT . G 4 HOH A 61 373 269 HOH WAT . G 4 HOH A 62 374 270 HOH WAT . G 4 HOH A 63 375 271 HOH WAT . G 4 HOH A 64 376 272 HOH WAT . G 4 HOH A 65 377 274 HOH WAT . G 4 HOH A 66 378 275 HOH WAT . G 4 HOH A 67 379 276 HOH WAT . G 4 HOH A 68 380 277 HOH WAT . G 4 HOH A 69 381 278 HOH WAT . G 4 HOH A 70 382 279 HOH WAT . G 4 HOH A 71 383 280 HOH WAT . G 4 HOH A 72 384 281 HOH WAT . G 4 HOH A 73 385 282 HOH WAT . G 4 HOH A 74 386 283 HOH WAT . G 4 HOH A 75 387 284 HOH WAT . G 4 HOH A 76 388 285 HOH WAT . G 4 HOH A 77 389 286 HOH WAT . G 4 HOH A 78 390 287 HOH WAT . G 4 HOH A 79 391 288 HOH WAT . G 4 HOH A 80 392 289 HOH WAT . G 4 HOH A 81 393 290 HOH WAT . G 4 HOH A 82 394 291 HOH WAT . G 4 HOH A 83 395 292 HOH WAT . G 4 HOH A 84 396 293 HOH WAT . G 4 HOH A 85 397 294 HOH WAT . G 4 HOH A 86 398 295 HOH WAT . G 4 HOH A 87 399 296 HOH WAT . G 4 HOH A 88 400 297 HOH WAT . G 4 HOH A 89 401 298 HOH WAT . G 4 HOH A 90 402 299 HOH WAT . G 4 HOH A 91 403 300 HOH WAT . G 4 HOH A 92 404 301 HOH WAT . G 4 HOH A 93 405 302 HOH WAT . G 4 HOH A 94 406 303 HOH WAT . G 4 HOH A 95 407 304 HOH WAT . G 4 HOH A 96 408 305 HOH WAT . G 4 HOH A 97 409 306 HOH WAT . G 4 HOH A 98 410 307 HOH WAT . G 4 HOH A 99 411 308 HOH WAT . G 4 HOH A 100 412 309 HOH WAT . G 4 HOH A 101 413 310 HOH WAT . G 4 HOH A 102 414 312 HOH WAT . G 4 HOH A 103 415 313 HOH WAT . G 4 HOH A 104 416 314 HOH WAT . G 4 HOH A 105 417 315 HOH WAT . G 4 HOH A 106 418 317 HOH WAT . G 4 HOH A 107 419 318 HOH WAT . G 4 HOH A 108 420 320 HOH WAT . G 4 HOH A 109 421 321 HOH WAT . G 4 HOH A 110 422 322 HOH WAT . G 4 HOH A 111 423 323 HOH WAT . G 4 HOH A 112 424 324 HOH WAT . G 4 HOH A 113 425 325 HOH WAT . G 4 HOH A 114 426 326 HOH WAT . G 4 HOH A 115 427 327 HOH WAT . G 4 HOH A 116 428 328 HOH WAT . G 4 HOH A 117 429 329 HOH WAT . G 4 HOH A 118 430 331 HOH WAT . G 4 HOH A 119 431 332 HOH WAT . G 4 HOH A 120 432 333 HOH WAT . G 4 HOH A 121 433 334 HOH WAT . G 4 HOH A 122 434 335 HOH WAT . G 4 HOH A 123 435 336 HOH WAT . G 4 HOH A 124 436 337 HOH WAT . G 4 HOH A 125 437 338 HOH WAT . G 4 HOH A 126 438 339 HOH WAT . G 4 HOH A 127 439 340 HOH WAT . G 4 HOH A 128 440 341 HOH WAT . G 4 HOH A 129 441 342 HOH WAT . G 4 HOH A 130 442 343 HOH WAT . G 4 HOH A 131 443 344 HOH WAT . G 4 HOH A 132 444 345 HOH WAT . G 4 HOH A 133 445 346 HOH WAT . G 4 HOH A 134 446 347 HOH WAT . G 4 HOH A 135 447 348 HOH WAT . G 4 HOH A 136 448 349 HOH WAT . G 4 HOH A 137 449 350 HOH WAT . G 4 HOH A 138 450 351 HOH WAT . G 4 HOH A 139 451 352 HOH WAT . G 4 HOH A 140 452 353 HOH WAT . G 4 HOH A 141 453 354 HOH WAT . G 4 HOH A 142 454 355 HOH WAT . G 4 HOH A 143 455 356 HOH WAT . G 4 HOH A 144 456 357 HOH WAT . G 4 HOH A 145 457 358 HOH WAT . G 4 HOH A 146 458 359 HOH WAT . G 4 HOH A 147 459 360 HOH WAT . G 4 HOH A 148 460 361 HOH WAT . G 4 HOH A 149 461 362 HOH WAT . G 4 HOH A 150 462 363 HOH WAT . G 4 HOH A 151 463 364 HOH WAT . G 4 HOH A 152 464 365 HOH WAT . G 4 HOH A 153 465 366 HOH WAT . G 4 HOH A 154 466 367 HOH WAT . G 4 HOH A 155 467 368 HOH WAT . G 4 HOH A 156 468 369 HOH WAT . G 4 HOH A 157 469 370 HOH WAT . G 4 HOH A 158 470 371 HOH WAT . G 4 HOH A 159 471 372 HOH WAT . G 4 HOH A 160 472 381 HOH WAT . G 4 HOH A 161 473 382 HOH WAT . G 4 HOH A 162 474 383 HOH WAT . G 4 HOH A 163 475 384 HOH WAT . G 4 HOH A 164 476 385 HOH WAT . G 4 HOH A 165 477 386 HOH WAT . G 4 HOH A 166 478 387 HOH WAT . G 4 HOH A 167 479 388 HOH WAT . G 4 HOH A 168 480 389 HOH WAT . G 4 HOH A 169 481 390 HOH WAT . G 4 HOH A 170 482 391 HOH WAT . G 4 HOH A 171 483 392 HOH WAT . G 4 HOH A 172 484 393 HOH WAT . G 4 HOH A 173 485 394 HOH WAT . G 4 HOH A 174 486 395 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CD _atom_site.label_atom_id CD _atom_site.label_comp_id CD _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id B _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 33.632 _atom_site.Cartn_y 6.307 _atom_site.Cartn_z 45.445 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 14.86 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CD _atom_site.auth_comp_id CD _atom_site.auth_seq_id 200 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 7 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 11 _model_server_stats.query_time_ms 309 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #