data_2E5X # _model_server_result.job_id jU0r7vZuAaRvjlsGkxakgg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-26 23:44:31' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2e5x # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":402}' # _entry.id 2E5X # _exptl.entry_id 2E5X _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 62.068 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 1,2-ETHANEDIOL _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 2E5X _cell.length_a 75.08 _cell.length_b 75.08 _cell.length_c 84.47 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2E5X _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 154 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 32 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 6_555 -x,-x+y,-z+2/3 -0.5 -0.866025 0 -0.866025 0.5 0 0 0 -1 0 0 56.313333 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 F N N ? 4 G N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE2 GLU 36 A GLU 36 1_555 C NA NA . A NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 65 A ASP 65 1_555 D NA NA . A NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? metalc ? metalc3 E O2G ITT . A ITT 201 1_555 B NA NA . A NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc4 E O2G ITT . A ITT 201 1_555 C NA NA . A NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc5 E O2B ITT . A ITT 201 1_555 C NA NA . A NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? metalc ? metalc6 E O1A ITT . A ITT 201 1_555 C NA NA . A NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? metalc ? metalc7 B NA NA . A NA 301 1_555 H O HOH . A HOH 595 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.828 ? metalc ? metalc8 C NA NA . A NA 302 1_555 H O HOH . A HOH 580 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? metalc ? metalc9 D NA NA . A NA 303 1_555 H O HOH . A HOH 413 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc10 D NA NA . A NA 303 1_555 H O HOH . A HOH 579 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? # _chem_comp.formula 'C2 H6 O2' _chem_comp.formula_weight 62.068 _chem_comp.id EDO _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 1,2-ETHANEDIOL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'ETHYLENE GLYCOL' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 EDO sing 70 n n C1 C2 EDO sing 71 n n C1 H11 EDO sing 72 n n C1 H12 EDO sing 73 n n O1 HO1 EDO sing 74 n n C2 O2 EDO sing 75 n n C2 H21 EDO sing 76 n n C2 H22 EDO sing 77 n n O2 HO2 EDO sing 78 n n # _atom_sites.entry_id 2E5X _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.013319 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.00769 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.01538 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011839 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 NA A 1 301 301 NA NA . C 2 NA A 1 302 302 NA NA . D 2 NA A 1 303 303 NA NA . E 3 ITT A 1 201 201 ITT ITT . F 4 EDO A 1 401 401 EDO EGL . G 4 EDO A 1 402 402 EDO EGL . H 5 HOH A 1 403 1 HOH WAT . H 5 HOH A 2 404 2 HOH WAT . H 5 HOH A 3 405 3 HOH WAT . H 5 HOH A 4 406 4 HOH WAT . H 5 HOH A 5 407 5 HOH WAT . H 5 HOH A 6 408 6 HOH WAT . H 5 HOH A 7 409 7 HOH WAT . H 5 HOH A 8 410 8 HOH WAT . H 5 HOH A 9 411 9 HOH WAT . H 5 HOH A 10 412 10 HOH WAT . H 5 HOH A 11 413 11 HOH WAT . H 5 HOH A 12 414 12 HOH WAT . H 5 HOH A 13 415 13 HOH WAT . H 5 HOH A 14 416 14 HOH WAT . H 5 HOH A 15 417 15 HOH WAT . H 5 HOH A 16 418 16 HOH WAT . H 5 HOH A 17 419 17 HOH WAT . H 5 HOH A 18 420 18 HOH WAT . H 5 HOH A 19 421 19 HOH WAT . H 5 HOH A 20 422 20 HOH WAT . H 5 HOH A 21 423 21 HOH WAT . H 5 HOH A 22 424 22 HOH WAT . H 5 HOH A 23 425 23 HOH WAT . H 5 HOH A 24 426 24 HOH WAT . H 5 HOH A 25 427 25 HOH WAT . H 5 HOH A 26 428 26 HOH WAT . H 5 HOH A 27 429 27 HOH WAT . H 5 HOH A 28 430 28 HOH WAT . H 5 HOH A 29 431 29 HOH WAT . H 5 HOH A 30 432 30 HOH WAT . H 5 HOH A 31 433 31 HOH WAT . H 5 HOH A 32 434 32 HOH WAT . H 5 HOH A 33 435 33 HOH WAT . H 5 HOH A 34 436 34 HOH WAT . H 5 HOH A 35 437 35 HOH WAT . H 5 HOH A 36 438 36 HOH WAT . H 5 HOH A 37 439 37 HOH WAT . H 5 HOH A 38 440 38 HOH WAT . H 5 HOH A 39 441 39 HOH WAT . H 5 HOH A 40 442 40 HOH WAT . H 5 HOH A 41 443 41 HOH WAT . H 5 HOH A 42 444 42 HOH WAT . H 5 HOH A 43 445 43 HOH WAT . H 5 HOH A 44 446 44 HOH WAT . H 5 HOH A 45 447 45 HOH WAT . H 5 HOH A 46 448 46 HOH WAT . H 5 HOH A 47 449 47 HOH WAT . H 5 HOH A 48 450 48 HOH WAT . H 5 HOH A 49 451 49 HOH WAT . H 5 HOH A 50 452 50 HOH WAT . H 5 HOH A 51 453 51 HOH WAT . H 5 HOH A 52 454 52 HOH WAT . H 5 HOH A 53 455 53 HOH WAT . H 5 HOH A 54 456 54 HOH WAT . H 5 HOH A 55 457 55 HOH WAT . H 5 HOH A 56 458 56 HOH WAT . H 5 HOH A 57 459 57 HOH WAT . H 5 HOH A 58 460 58 HOH WAT . H 5 HOH A 59 461 59 HOH WAT . H 5 HOH A 60 462 60 HOH WAT . H 5 HOH A 61 463 61 HOH WAT . H 5 HOH A 62 464 62 HOH WAT . H 5 HOH A 63 465 63 HOH WAT . H 5 HOH A 64 466 64 HOH WAT . H 5 HOH A 65 467 65 HOH WAT . H 5 HOH A 66 468 66 HOH WAT . H 5 HOH A 67 469 67 HOH WAT . H 5 HOH A 68 470 68 HOH WAT . H 5 HOH A 69 471 69 HOH WAT . H 5 HOH A 70 472 70 HOH WAT . H 5 HOH A 71 473 71 HOH WAT . H 5 HOH A 72 474 72 HOH WAT . H 5 HOH A 73 475 73 HOH WAT . H 5 HOH A 74 476 74 HOH WAT . H 5 HOH A 75 477 75 HOH WAT . H 5 HOH A 76 478 76 HOH WAT . H 5 HOH A 77 479 77 HOH WAT . H 5 HOH A 78 480 78 HOH WAT . H 5 HOH A 79 481 79 HOH WAT . H 5 HOH A 80 482 80 HOH WAT . H 5 HOH A 81 483 81 HOH WAT . H 5 HOH A 82 484 82 HOH WAT . H 5 HOH A 83 485 83 HOH WAT . H 5 HOH A 84 486 84 HOH WAT . H 5 HOH A 85 487 85 HOH WAT . H 5 HOH A 86 488 86 HOH WAT . H 5 HOH A 87 489 87 HOH WAT . H 5 HOH A 88 490 88 HOH WAT . H 5 HOH A 89 491 89 HOH WAT . H 5 HOH A 90 492 90 HOH WAT . H 5 HOH A 91 493 91 HOH WAT . H 5 HOH A 92 494 92 HOH WAT . H 5 HOH A 93 495 93 HOH WAT . H 5 HOH A 94 496 94 HOH WAT . H 5 HOH A 95 497 95 HOH WAT . H 5 HOH A 96 498 96 HOH WAT . H 5 HOH A 97 499 97 HOH WAT . H 5 HOH A 98 500 98 HOH WAT . H 5 HOH A 99 501 99 HOH WAT . H 5 HOH A 100 502 100 HOH WAT . H 5 HOH A 101 503 101 HOH WAT . H 5 HOH A 102 504 102 HOH WAT . H 5 HOH A 103 505 103 HOH WAT . H 5 HOH A 104 506 104 HOH WAT . H 5 HOH A 105 507 105 HOH WAT . H 5 HOH A 106 508 106 HOH WAT . H 5 HOH A 107 509 107 HOH WAT . H 5 HOH A 108 510 108 HOH WAT . H 5 HOH A 109 511 109 HOH WAT . H 5 HOH A 110 512 110 HOH WAT . H 5 HOH A 111 513 111 HOH WAT . H 5 HOH A 112 514 112 HOH WAT . H 5 HOH A 113 515 113 HOH WAT . H 5 HOH A 114 516 114 HOH WAT . H 5 HOH A 115 517 115 HOH WAT . H 5 HOH A 116 518 116 HOH WAT . H 5 HOH A 117 519 117 HOH WAT . H 5 HOH A 118 520 118 HOH WAT . H 5 HOH A 119 521 119 HOH WAT . H 5 HOH A 120 522 120 HOH WAT . H 5 HOH A 121 523 121 HOH WAT . H 5 HOH A 122 524 122 HOH WAT . H 5 HOH A 123 525 123 HOH WAT . H 5 HOH A 124 526 124 HOH WAT . H 5 HOH A 125 527 125 HOH WAT . H 5 HOH A 126 528 126 HOH WAT . H 5 HOH A 127 529 127 HOH WAT . H 5 HOH A 128 530 128 HOH WAT . H 5 HOH A 129 531 129 HOH WAT . H 5 HOH A 130 532 130 HOH WAT . H 5 HOH A 131 533 131 HOH WAT . H 5 HOH A 132 534 132 HOH WAT . H 5 HOH A 133 535 133 HOH WAT . H 5 HOH A 134 536 134 HOH WAT . H 5 HOH A 135 537 135 HOH WAT . H 5 HOH A 136 538 136 HOH WAT . H 5 HOH A 137 539 137 HOH WAT . H 5 HOH A 138 540 138 HOH WAT . H 5 HOH A 139 541 139 HOH WAT . H 5 HOH A 140 542 140 HOH WAT . H 5 HOH A 141 543 141 HOH WAT . H 5 HOH A 142 544 142 HOH WAT . H 5 HOH A 143 545 143 HOH WAT . H 5 HOH A 144 546 144 HOH WAT . H 5 HOH A 145 547 145 HOH WAT . H 5 HOH A 146 548 146 HOH WAT . H 5 HOH A 147 549 147 HOH WAT . H 5 HOH A 148 550 148 HOH WAT . H 5 HOH A 149 551 149 HOH WAT . H 5 HOH A 150 552 150 HOH WAT . H 5 HOH A 151 553 151 HOH WAT . H 5 HOH A 152 554 152 HOH WAT . H 5 HOH A 153 555 153 HOH WAT . H 5 HOH A 154 556 154 HOH WAT . H 5 HOH A 155 557 155 HOH WAT . H 5 HOH A 156 558 156 HOH WAT . H 5 HOH A 157 559 157 HOH WAT . H 5 HOH A 158 560 158 HOH WAT . H 5 HOH A 159 561 159 HOH WAT . H 5 HOH A 160 562 160 HOH WAT . H 5 HOH A 161 563 161 HOH WAT . H 5 HOH A 162 564 162 HOH WAT . H 5 HOH A 163 565 163 HOH WAT . H 5 HOH A 164 566 164 HOH WAT . H 5 HOH A 165 567 165 HOH WAT . H 5 HOH A 166 568 166 HOH WAT . H 5 HOH A 167 569 167 HOH WAT . H 5 HOH A 168 570 168 HOH WAT . H 5 HOH A 169 571 169 HOH WAT . H 5 HOH A 170 572 170 HOH WAT . H 5 HOH A 171 573 171 HOH WAT . H 5 HOH A 172 574 172 HOH WAT . H 5 HOH A 173 575 173 HOH WAT . H 5 HOH A 174 576 174 HOH WAT . H 5 HOH A 175 577 175 HOH WAT . H 5 HOH A 176 578 176 HOH WAT . H 5 HOH A 177 579 177 HOH WAT . H 5 HOH A 178 580 178 HOH WAT . H 5 HOH A 179 581 179 HOH WAT . H 5 HOH A 180 582 180 HOH WAT . H 5 HOH A 181 583 181 HOH WAT . H 5 HOH A 182 584 182 HOH WAT . H 5 HOH A 183 585 183 HOH WAT . H 5 HOH A 184 586 184 HOH WAT . H 5 HOH A 185 587 185 HOH WAT . H 5 HOH A 186 588 186 HOH WAT . H 5 HOH A 187 589 187 HOH WAT . H 5 HOH A 188 590 188 HOH WAT . H 5 HOH A 189 591 189 HOH WAT . H 5 HOH A 190 592 190 HOH WAT . H 5 HOH A 191 593 191 HOH WAT . H 5 HOH A 192 594 192 HOH WAT . H 5 HOH A 193 595 193 HOH WAT . H 5 HOH A 194 596 194 HOH WAT . H 5 HOH A 195 597 195 HOH WAT . H 5 HOH A 196 598 196 HOH WAT . H 5 HOH A 197 599 197 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 EDO . . . G 4 -14.653 50.705 35.982 1 38.07 ? C1 EDO 402 A 1 HETATM 2 O O1 EDO . . . G 4 -14.649 51.013 37.383 1 35.97 ? O1 EDO 402 A 1 HETATM 3 C C2 EDO . . . G 4 -15.569 49.511 35.701 1 37.1 ? C2 EDO 402 A 1 HETATM 4 O O2 EDO . . . G 4 -15.122 48.349 36.415 1 39.86 ? O2 EDO 402 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 7 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 344 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 4 #