data_2EJV # _model_server_result.job_id ZxqvY0zowGYWTh2bnJco_Q _model_server_result.datetime_utc '2024-12-03 23:54:31' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2ejv # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":502}' # _entry.id 2EJV # _exptl.entry_id 2EJV _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 2EJV _cell.length_a 135.758 _cell.length_b 135.758 _cell.length_c 268.593 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2EJV _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 178 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 61 2 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 11_655 -x+y+1,y,-z+1/2 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 135.758 0 134.2965 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 F N N ? 2 G N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 38 A CYS 38 1_555 C ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? metalc ? metalc2 A NE2 HIS 63 A HIS 63 1_555 C ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? metalc ? metalc3 A OE2 GLU 64 A GLU 64 1_555 C ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 93 A CYS 93 1_555 D ZN ZN . A ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? metalc ? metalc5 A SG CYS 96 A CYS 96 1_555 D ZN ZN . A ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc6 A SG CYS 99 A CYS 99 1_555 D ZN ZN . A ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? metalc ? metalc7 A SG CYS 107 A CYS 107 1_555 D ZN ZN . A ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 38 B CYS 38 1_555 F ZN ZN . B ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.581 ? metalc ? metalc9 B NE2 HIS 63 B HIS 63 1_555 F ZN ZN . B ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc10 B OE2 GLU 64 B GLU 64 1_555 F ZN ZN . B ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.64 ? metalc ? metalc11 B SG CYS 93 B CYS 93 1_555 G ZN ZN . B ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? metalc ? metalc12 B SG CYS 96 B CYS 96 1_555 G ZN ZN . B ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.459 ? metalc ? metalc13 B SG CYS 99 B CYS 99 1_555 G ZN ZN . B ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? metalc ? metalc14 B SG CYS 107 B CYS 107 1_555 G ZN ZN . B ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 2EJV _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007366 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.004253 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008506 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003723 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 ZN A 1 501 501 ZN ZN . D 2 ZN A 1 502 502 ZN ZN . E 3 NAD A 1 1350 350 NAD NAD . F 2 ZN B 1 501 501 ZN ZN . G 2 ZN B 1 502 502 ZN ZN . H 3 NAD B 1 2350 350 NAD NAD . I 4 HOH A 1 1351 1 HOH WAT . I 4 HOH A 2 1352 2 HOH WAT . I 4 HOH A 3 1353 6 HOH WAT . I 4 HOH A 4 1354 8 HOH WAT . I 4 HOH A 5 1355 10 HOH WAT . I 4 HOH A 6 1356 14 HOH WAT . I 4 HOH A 7 1357 20 HOH WAT . I 4 HOH A 8 1358 22 HOH WAT . I 4 HOH A 9 1359 25 HOH WAT . I 4 HOH A 10 1360 26 HOH WAT . I 4 HOH A 11 1361 29 HOH WAT . I 4 HOH A 12 1362 33 HOH WAT . I 4 HOH A 13 1363 34 HOH WAT . I 4 HOH A 14 1364 37 HOH WAT . I 4 HOH A 15 1365 38 HOH WAT . I 4 HOH A 16 1366 41 HOH WAT . I 4 HOH A 17 1367 42 HOH WAT . I 4 HOH A 18 1368 44 HOH WAT . I 4 HOH A 19 1369 47 HOH WAT . I 4 HOH A 20 1370 48 HOH WAT . I 4 HOH A 21 1371 50 HOH WAT . I 4 HOH A 22 1372 55 HOH WAT . I 4 HOH A 23 1373 56 HOH WAT . I 4 HOH A 24 1374 57 HOH WAT . I 4 HOH A 25 1375 58 HOH WAT . I 4 HOH A 26 1376 60 HOH WAT . I 4 HOH A 27 1377 61 HOH WAT . I 4 HOH A 28 1378 67 HOH WAT . I 4 HOH A 29 1379 69 HOH WAT . I 4 HOH A 30 1380 70 HOH WAT . I 4 HOH A 31 1381 72 HOH WAT . I 4 HOH A 32 1382 74 HOH WAT . I 4 HOH A 33 1383 76 HOH WAT . I 4 HOH A 34 1384 77 HOH WAT . I 4 HOH A 35 1385 78 HOH WAT . I 4 HOH A 36 1386 79 HOH WAT . I 4 HOH A 37 1387 80 HOH WAT . I 4 HOH A 38 1388 81 HOH WAT . I 4 HOH A 39 1389 82 HOH WAT . I 4 HOH A 40 1390 83 HOH WAT . I 4 HOH A 41 1391 86 HOH WAT . I 4 HOH A 42 1392 87 HOH WAT . I 4 HOH A 43 1393 89 HOH WAT . I 4 HOH A 44 1394 91 HOH WAT . I 4 HOH A 45 1395 93 HOH WAT . I 4 HOH A 46 1396 96 HOH WAT . I 4 HOH A 47 1397 99 HOH WAT . I 4 HOH A 48 1398 102 HOH WAT . I 4 HOH A 49 1399 105 HOH WAT . I 4 HOH A 50 1400 106 HOH WAT . I 4 HOH A 51 1401 108 HOH WAT . I 4 HOH A 52 1402 109 HOH WAT . I 4 HOH A 53 1403 110 HOH WAT . I 4 HOH A 54 1404 112 HOH WAT . I 4 HOH A 55 1405 114 HOH WAT . I 4 HOH A 56 1406 115 HOH WAT . I 4 HOH A 57 1407 116 HOH WAT . I 4 HOH A 58 1408 117 HOH WAT . I 4 HOH A 59 1409 119 HOH WAT . I 4 HOH A 60 1410 120 HOH WAT . I 4 HOH A 61 1411 121 HOH WAT . I 4 HOH A 62 1412 124 HOH WAT . I 4 HOH A 63 1413 125 HOH WAT . I 4 HOH A 64 1414 126 HOH WAT . I 4 HOH A 65 1415 127 HOH WAT . I 4 HOH A 66 1416 131 HOH WAT . I 4 HOH A 67 1417 132 HOH WAT . I 4 HOH A 68 1418 136 HOH WAT . I 4 HOH A 69 1419 137 HOH WAT . I 4 HOH A 70 1420 139 HOH WAT . I 4 HOH A 71 1421 141 HOH WAT . I 4 HOH A 72 1422 143 HOH WAT . I 4 HOH A 73 1423 144 HOH WAT . I 4 HOH A 74 1424 145 HOH WAT . I 4 HOH A 75 1425 148 HOH WAT . I 4 HOH A 76 1426 149 HOH WAT . I 4 HOH A 77 1427 152 HOH WAT . I 4 HOH A 78 1428 155 HOH WAT . I 4 HOH A 79 1429 156 HOH WAT . I 4 HOH A 80 1430 168 HOH WAT . I 4 HOH A 81 1431 169 HOH WAT . I 4 HOH A 82 1432 170 HOH WAT . I 4 HOH A 83 1433 171 HOH WAT . I 4 HOH A 84 1434 175 HOH WAT . I 4 HOH A 85 1435 178 HOH WAT . I 4 HOH A 86 1436 179 HOH WAT . J 4 HOH B 1 2351 3 HOH WAT . J 4 HOH B 2 2352 4 HOH WAT . J 4 HOH B 3 2353 5 HOH WAT . J 4 HOH B 4 2354 7 HOH WAT . J 4 HOH B 5 2355 9 HOH WAT . J 4 HOH B 6 2356 11 HOH WAT . J 4 HOH B 7 2357 12 HOH WAT . J 4 HOH B 8 2358 13 HOH WAT . J 4 HOH B 9 2359 15 HOH WAT . J 4 HOH B 10 2360 16 HOH WAT . J 4 HOH B 11 2361 17 HOH WAT . J 4 HOH B 12 2362 18 HOH WAT . J 4 HOH B 13 2363 19 HOH WAT . J 4 HOH B 14 2364 21 HOH WAT . J 4 HOH B 15 2365 23 HOH WAT . J 4 HOH B 16 2366 24 HOH WAT . J 4 HOH B 17 2367 27 HOH WAT . J 4 HOH B 18 2368 28 HOH WAT . J 4 HOH B 19 2369 30 HOH WAT . J 4 HOH B 20 2370 31 HOH WAT . J 4 HOH B 21 2371 32 HOH WAT . J 4 HOH B 22 2372 35 HOH WAT . J 4 HOH B 23 2373 36 HOH WAT . J 4 HOH B 24 2374 39 HOH WAT . J 4 HOH B 25 2375 40 HOH WAT . J 4 HOH B 26 2376 43 HOH WAT . J 4 HOH B 27 2377 45 HOH WAT . J 4 HOH B 28 2378 46 HOH WAT . J 4 HOH B 29 2379 49 HOH WAT . J 4 HOH B 30 2380 51 HOH WAT . J 4 HOH B 31 2381 52 HOH WAT . J 4 HOH B 32 2382 53 HOH WAT . J 4 HOH B 33 2383 54 HOH WAT . J 4 HOH B 34 2384 59 HOH WAT . J 4 HOH B 35 2385 62 HOH WAT . J 4 HOH B 36 2386 63 HOH WAT . J 4 HOH B 37 2387 64 HOH WAT . J 4 HOH B 38 2388 65 HOH WAT . J 4 HOH B 39 2389 66 HOH WAT . J 4 HOH B 40 2390 68 HOH WAT . J 4 HOH B 41 2391 71 HOH WAT . J 4 HOH B 42 2392 73 HOH WAT . J 4 HOH B 43 2393 75 HOH WAT . J 4 HOH B 44 2394 84 HOH WAT . J 4 HOH B 45 2395 85 HOH WAT . J 4 HOH B 46 2396 88 HOH WAT . J 4 HOH B 47 2397 90 HOH WAT . J 4 HOH B 48 2398 92 HOH WAT . J 4 HOH B 49 2399 94 HOH WAT . J 4 HOH B 50 2400 95 HOH WAT . J 4 HOH B 51 2401 97 HOH WAT . J 4 HOH B 52 2402 98 HOH WAT . J 4 HOH B 53 2403 100 HOH WAT . J 4 HOH B 54 2404 101 HOH WAT . J 4 HOH B 55 2405 103 HOH WAT . J 4 HOH B 56 2406 104 HOH WAT . J 4 HOH B 57 2407 107 HOH WAT . J 4 HOH B 58 2408 111 HOH WAT . J 4 HOH B 59 2409 113 HOH WAT . J 4 HOH B 60 2410 118 HOH WAT . J 4 HOH B 61 2411 122 HOH WAT . J 4 HOH B 62 2412 123 HOH WAT . J 4 HOH B 63 2413 128 HOH WAT . J 4 HOH B 64 2414 129 HOH WAT . J 4 HOH B 65 2415 130 HOH WAT . J 4 HOH B 66 2416 133 HOH WAT . J 4 HOH B 67 2417 134 HOH WAT . J 4 HOH B 68 2418 135 HOH WAT . J 4 HOH B 69 2419 138 HOH WAT . J 4 HOH B 70 2420 140 HOH WAT . J 4 HOH B 71 2421 142 HOH WAT . J 4 HOH B 72 2422 146 HOH WAT . J 4 HOH B 73 2423 147 HOH WAT . J 4 HOH B 74 2424 150 HOH WAT . J 4 HOH B 75 2425 151 HOH WAT . J 4 HOH B 76 2426 153 HOH WAT . J 4 HOH B 77 2427 154 HOH WAT . J 4 HOH B 78 2428 157 HOH WAT . J 4 HOH B 79 2429 158 HOH WAT . J 4 HOH B 80 2430 159 HOH WAT . J 4 HOH B 81 2431 160 HOH WAT . J 4 HOH B 82 2432 161 HOH WAT . J 4 HOH B 83 2433 162 HOH WAT . J 4 HOH B 84 2434 163 HOH WAT . J 4 HOH B 85 2435 164 HOH WAT . J 4 HOH B 86 2436 165 HOH WAT . J 4 HOH B 87 2437 166 HOH WAT . J 4 HOH B 88 2438 167 HOH WAT . J 4 HOH B 89 2439 172 HOH WAT . J 4 HOH B 90 2440 173 HOH WAT . J 4 HOH B 91 2441 174 HOH WAT . J 4 HOH B 92 2442 176 HOH WAT . J 4 HOH B 93 2443 177 HOH WAT . J 4 HOH B 94 2444 180 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 59.571 _atom_site.Cartn_y 25.615 _atom_site.Cartn_z 61.016 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 61.9 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 502 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 7 _model_server_stats.query_time_ms 297 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #