data_2FLL
#
_model_server_result.job_id            1Z4RoM6Ih2hNkZG2Eyko4w 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-07-19 03:41:09' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          2fll 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":875}' 
#
_entry.id    2FLL 
#
_exptl.entry_id    2FLL 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              482.168 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            2FLL 
_cell.length_a            98.329 
_cell.length_b            98.329 
_cell.length_c            202.186 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 2FLL 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        179 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 65 2 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1,2 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 10_665 -y+1,-x+1,-z+1/6 0.5 -0.866025 0 -0.866025 -0.5 0 0 0 -1 49.1645 85.155412 33.697667 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      5 
_struct_asym.id                             F 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A O3' DC 6 P DC 872 1_555 A P DOC 7 P DOC 873 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.603 ? 
metalc ? metalc1 C OD2 ASP 34 A ASP 34 1_555 D MG MG . A MG 871 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? 
metalc ? metalc2 C OD1 ASP 34 A ASP 34 1_555 E MG MG . A MG 872 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.7 ? 
metalc ? metalc3 C O LEU 35 A LEU 35 1_555 D MG MG . A MG 871 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.204 ? 
metalc ? metalc4 C OD1 ASP 126 A ASP 126 1_555 D MG MG . A MG 871 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.981 ? 
metalc ? metalc5 C OE2 GLU 127 A GLU 127 1_555 E MG MG . A MG 872 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? 
metalc ? metalc6 D MG MG . A MG 871 1_555 F O1G TTP . A TTP 875 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? 
metalc ? metalc7 D MG MG . A MG 871 1_555 F O2B TTP . A TTP 875 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? 
metalc ? metalc8 D MG MG . A MG 871 1_555 F O1A TTP . A TTP 875 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc9 E MG MG . A MG 872 1_555 F O1A TTP . A TTP 875 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N1 DA 1 P DA 867 1_555 B N3 DT 11 T DT 847 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N6 DA 1 P DA 867 1_555 B O4 DT 11 T DT 847 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A N1 DG 2 P DG 868 1_555 B N3 DC 10 T DC 846 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N2 DG 2 P DG 868 1_555 B O2 DC 10 T DC 846 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A O6 DG 2 P DG 868 1_555 B N4 DC 10 T DC 846 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A N1 DG 3 P DG 869 1_555 B N3 DC 9 T DC 845 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N2 DG 3 P DG 869 1_555 B O2 DC 9 T DC 845 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A O6 DG 3 P DG 869 1_555 B N4 DC 9 T DC 845 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N1 DA 4 P DA 870 1_555 B N3 DT 8 T DT 844 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A N6 DA 4 P DA 870 1_555 B O4 DT 8 T DT 844 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N3 DC 5 P DC 871 1_555 B N1 DG 7 T DG 843 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N4 DC 5 P DC 871 1_555 B O6 DG 7 T DG 843 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A O2 DC 5 P DC 871 1_555 B N2 DG 7 T DG 843 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A N3 DC 6 P DC 872 1_555 B N1 DG 6 T DG 842 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A N4 DC 6 P DC 872 1_555 B O6 DG 6 T DG 842 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A O2 DC 6 P DC 872 1_555 B N2 DG 6 T DG 842 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N3 DOC 7 P DOC 873 1_555 B N1 DG 5 T DG 841 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A N4 DOC 7 P DOC 873 1_555 B O6 DG 5 T DG 841 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A O2 DOC 7 P DOC 873 1_555 B N2 DG 5 T DG 841 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N2 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    482.168 
_chem_comp.id                TTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A TTP doub 489 n n 
PA O2A TTP sing 490 n n 
PA O3A TTP sing 491 n n 
PA O5' TTP sing 492 n n 
O2A HOA2 TTP sing 493 n n 
O3A PB TTP sing 494 n n 
PB O1B TTP doub 495 n n 
PB O2B TTP sing 496 n n 
PB O3B TTP sing 497 n n 
O2B HOB2 TTP sing 498 n n 
O3B PG TTP sing 499 n n 
PG O1G TTP doub 500 n n 
PG O2G TTP sing 501 n n 
PG O3G TTP sing 502 n n 
O2G HOG2 TTP sing 503 n n 
O3G HOG3 TTP sing 504 n n 
O5' C5' TTP sing 505 n n 
C5' C4' TTP sing 506 n n 
C5' "H5'1" TTP sing 507 n n 
C5' "H5'2" TTP sing 508 n n 
C4' O4' TTP sing 509 n n 
C4' C3' TTP sing 510 n n 
C4' H4' TTP sing 511 n n 
O4' C1' TTP sing 512 n n 
C3' O3' TTP sing 513 n n 
C3' C2' TTP sing 514 n n 
C3' H3' TTP sing 515 n n 
O3' HO3' TTP sing 516 n n 
C2' C1' TTP sing 517 n n 
C2' "H2'1" TTP sing 518 n n 
C2' "H2'2" TTP sing 519 n n 
C1' N1 TTP sing 520 n n 
C1' H1' TTP sing 521 n n 
N1 C2 TTP sing 522 n n 
N1 C6 TTP sing 523 n n 
C2 O2 TTP doub 524 n n 
C2 N3 TTP sing 525 n n 
N3 C4 TTP sing 526 n n 
N3 HN3 TTP sing 527 n n 
C4 O4 TTP doub 528 n n 
C4 C5 TTP sing 529 n n 
C5 C5M TTP sing 530 n n 
C5 C6 TTP doub 531 n n 
C5M HM51 TTP sing 532 n n 
C5M HM52 TTP sing 533 n n 
C5M HM53 TTP sing 534 n n 
C6 H6 TTP sing 535 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     2FLL 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.01017 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.005872 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.011743 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004946 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 4 MG A 1 871 871 MG MG . 
E 4 MG A 1 872 872 MG MG . 
F 5 TTP A 1 875 875 TTP TTP . 
G 6 HOH T 1 945 945 HOH HOH . 
G 6 HOH T 2 968 968 HOH HOH . 
G 6 HOH T 3 970 970 HOH HOH . 
G 6 HOH T 4 974 974 HOH HOH . 
G 6 HOH T 5 993 993 HOH HOH . 
H 6 HOH A 1 902 902 HOH HOH . 
H 6 HOH A 2 903 903 HOH HOH . 
H 6 HOH A 3 905 905 HOH HOH . 
H 6 HOH A 4 906 906 HOH HOH . 
H 6 HOH A 5 907 907 HOH HOH . 
H 6 HOH A 6 908 908 HOH HOH . 
H 6 HOH A 7 909 909 HOH HOH . 
H 6 HOH A 8 910 910 HOH HOH . 
H 6 HOH A 9 911 911 HOH HOH . 
H 6 HOH A 10 912 912 HOH HOH . 
H 6 HOH A 11 913 913 HOH HOH . 
H 6 HOH A 12 914 914 HOH HOH . 
H 6 HOH A 13 915 915 HOH HOH . 
H 6 HOH A 14 916 916 HOH HOH . 
H 6 HOH A 15 917 917 HOH HOH . 
H 6 HOH A 16 919 919 HOH HOH . 
H 6 HOH A 17 920 920 HOH HOH . 
H 6 HOH A 18 921 921 HOH HOH . 
H 6 HOH A 19 922 922 HOH HOH . 
H 6 HOH A 20 923 923 HOH HOH . 
H 6 HOH A 21 924 924 HOH HOH . 
H 6 HOH A 22 925 925 HOH HOH . 
H 6 HOH A 23 926 926 HOH HOH . 
H 6 HOH A 24 928 928 HOH HOH . 
H 6 HOH A 25 929 929 HOH HOH . 
H 6 HOH A 26 930 930 HOH HOH . 
H 6 HOH A 27 933 933 HOH HOH . 
H 6 HOH A 28 935 935 HOH HOH . 
H 6 HOH A 29 937 937 HOH HOH . 
H 6 HOH A 30 938 938 HOH HOH . 
H 6 HOH A 31 939 939 HOH HOH . 
H 6 HOH A 32 940 940 HOH HOH . 
H 6 HOH A 33 943 943 HOH HOH . 
H 6 HOH A 34 944 944 HOH HOH . 
H 6 HOH A 35 946 946 HOH HOH . 
H 6 HOH A 36 949 949 HOH HOH . 
H 6 HOH A 37 954 954 HOH HOH . 
H 6 HOH A 38 956 956 HOH HOH . 
H 6 HOH A 39 959 959 HOH HOH . 
H 6 HOH A 40 961 961 HOH HOH . 
H 6 HOH A 41 962 962 HOH HOH . 
H 6 HOH A 42 967 967 HOH HOH . 
H 6 HOH A 43 972 972 HOH HOH . 
H 6 HOH A 44 973 973 HOH HOH . 
H 6 HOH A 45 975 975 HOH HOH . 
H 6 HOH A 46 976 976 HOH HOH . 
H 6 HOH A 47 979 979 HOH HOH . 
H 6 HOH A 48 981 981 HOH HOH . 
H 6 HOH A 49 982 982 HOH HOH . 
H 6 HOH A 50 983 983 HOH HOH . 
H 6 HOH A 51 986 986 HOH HOH . 
H 6 HOH A 52 988 988 HOH HOH . 
H 6 HOH A 53 989 989 HOH HOH . 
H 6 HOH A 54 995 995 HOH HOH . 
H 6 HOH A 55 1001 1001 HOH HOH . 
H 6 HOH A 56 1004 1004 HOH HOH . 
H 6 HOH A 57 1006 1006 HOH HOH . 
H 6 HOH A 58 1007 1007 HOH HOH . 
H 6 HOH A 59 1013 1013 HOH HOH . 
H 6 HOH A 60 1015 1015 HOH HOH . 
H 6 HOH A 61 1016 1016 HOH HOH . 
H 6 HOH A 62 1018 1018 HOH HOH . 
H 6 HOH A 63 1023 1023 HOH HOH . 
H 6 HOH A 64 1024 1024 HOH HOH . 
H 6 HOH A 65 1025 1025 HOH HOH . 
H 6 HOH A 66 1026 1026 HOH HOH . 
H 6 HOH A 67 1027 1027 HOH HOH . 
H 6 HOH A 68 1028 1028 HOH HOH . 
H 6 HOH A 69 1030 1030 HOH HOH . 
H 6 HOH A 70 1032 1032 HOH HOH . 
H 6 HOH A 71 1033 1033 HOH HOH . 
H 6 HOH A 72 1034 1034 HOH HOH . 
H 6 HOH A 73 1037 1037 HOH HOH . 
H 6 HOH A 74 1039 1039 HOH HOH . 
H 6 HOH A 75 1040 1040 HOH HOH . 
H 6 HOH A 76 1045 1045 HOH HOH . 
H 6 HOH A 77 1047 1047 HOH HOH . 
H 6 HOH A 78 1049 1049 HOH HOH . 
H 6 HOH A 79 1051 1051 HOH HOH . 
H 6 HOH A 80 1053 1053 HOH HOH . 
H 6 HOH A 81 1054 1054 HOH HOH . 
H 6 HOH A 82 1055 1055 HOH HOH . 
H 6 HOH A 83 1063 1063 HOH HOH . 
H 6 HOH A 84 1066 1066 HOH HOH . 
H 6 HOH A 85 1068 1068 HOH HOH . 
H 6 HOH A 86 1079 1079 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
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