data_2G5K # _model_server_result.job_id N5vt9S2qgfeXlawLrr6fGQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-08 06:39:31' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2g5k # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":201}' # _entry.id 2G5K # _exptl.entry_id 2G5K _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 161.116 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'COBALT HEXAMMINE(III)' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 2G5K _cell.length_a 33.123 _cell.length_b 33.123 _cell.length_c 116.421 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2G5K _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 144 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 31' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 E N N ? 4 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 D MG MG . A MG 301 1_555 I O HOH . A HOH 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc2 D MG MG . A MG 301 1_555 I O HOH . A HOH 417 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? metalc ? metalc3 D MG MG . A MG 301 1_555 I O HOH . A HOH 419 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? metalc ? metalc4 D MG MG . A MG 301 1_555 I O HOH . A HOH 420 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? metalc ? metalc5 D MG MG . A MG 301 1_555 I O HOH . A HOH 421 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? metalc ? metalc6 D MG MG . A MG 301 1_555 J O HOH . B HOH 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? metalc ? metalc7 I O HOH . A HOH 424 1_555 G MG MG . B MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? metalc ? metalc8 G MG MG . B MG 302 1_555 J O HOH . B HOH 422 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? metalc ? metalc9 G MG MG . B MG 302 1_555 J O HOH . B HOH 423 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? metalc ? metalc10 G MG MG . B MG 302 1_555 J O HOH . B HOH 425 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc11 G MG MG . B MG 302 1_555 J O HOH . B HOH 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? metalc ? metalc12 G MG MG . B MG 302 1_555 J O HOH . B HOH 427 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N1 G 3 A G 3 1_555 B N3 C 23 B C 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N2 G 3 A G 3 1_555 B O2 C 23 B C 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O6 G 3 A G 3 1_555 B N4 C 23 B C 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N3 C 4 A C 4 1_555 B N1 G 22 B G 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N4 C 4 A C 4 1_555 B O6 G 22 B G 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A O2 C 4 A C 4 1_555 B N2 G 22 B G 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N1 G 5 A G 5 1_555 B N3 C 21 B C 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N2 G 5 A G 5 1_555 B O2 C 21 B C 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A O6 G 5 A G 5 1_555 B N4 C 21 B C 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog10 A N3 U 6 A U 6 1_555 B O4 U 20 B U 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog11 A O2 U 6 A U 6 1_555 B N3 U 20 B U 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N3 C 7 A C 7 1_555 B N1 G 19 B G 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N4 C 7 A C 7 1_555 B O6 G 19 B G 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A O2 C 7 A C 7 1_555 B N2 G 19 B G 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-A MISPAIR' hydrog15 A N4 C 9 A C 9 1_555 B N3 A 17 B A 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A N3 U 10 A U 10 1_555 B N1 A 15 B A 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A O4 U 10 A U 10 1_555 B N6 A 15 B A 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A N3 C 11 A C 11 1_555 B N1 G 14 B G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A N4 C 11 A C 11 1_555 B O6 G 14 B G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A O2 C 11 A C 11 1_555 B N2 G 14 B G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N3 C 12 A C 12 1_555 B N1 G 13 B G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A N4 C 12 A C 12 1_555 B O6 G 13 B G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A O2 C 12 A C 12 1_555 B N2 G 13 B G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A N1 G 13 A G 13 1_555 B N3 C 12 B C 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N2 G 13 A G 13 1_555 B O2 C 12 B C 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A O6 G 13 A G 13 1_555 B N4 C 12 B C 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A N1 G 14 A G 14 1_555 B N3 C 11 B C 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A N2 G 14 A G 14 1_555 B O2 C 11 B C 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A O6 G 14 A G 14 1_555 B N4 C 11 B C 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A N1 A 15 A A 15 1_555 B N3 U 10 B U 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A N6 A 15 A A 15 1_555 B O4 U 10 B U 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-C MISPAIR' hydrog32 A N3 A 17 A A 17 1_555 B N4 C 9 B C 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A N1 G 19 A G 19 1_555 B N3 C 7 B C 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A N2 G 19 A G 19 1_555 B O2 C 7 B C 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A O6 G 19 A G 19 1_555 B N4 C 7 B C 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog36 A N3 U 20 A U 20 1_555 B O2 U 6 B U 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog37 A O4 U 20 A U 20 1_555 B N3 U 6 B U 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A N3 C 21 A C 21 1_555 B N1 G 5 B G 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A N4 C 21 A C 21 1_555 B O6 G 5 B G 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A O2 C 21 A C 21 1_555 B N2 G 5 B G 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A N1 G 22 A G 22 1_555 B N3 C 4 B C 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A N2 G 22 A G 22 1_555 B O2 C 4 B C 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 A O6 G 22 A G 22 1_555 B N4 C 4 B C 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 A N3 C 23 A C 23 1_555 B N1 G 3 B G 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 A N4 C 23 A C 23 1_555 B O6 G 3 B G 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 A O2 C 23 A C 23 1_555 B N2 G 3 B G 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Co H18 N6 3' _chem_comp.formula_weight 161.116 _chem_comp.id NCO _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'COBALT HEXAMMINE(III)' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag CO N1 NCO sing 199 n n CO N2 NCO sing 200 n n CO N3 NCO sing 201 n n CO N4 NCO sing 202 n n CO N5 NCO sing 203 n n CO N6 NCO sing 204 n n N1 HN11 NCO sing 205 n n N1 HN12 NCO sing 206 n n N1 HN13 NCO sing 207 n n N2 HN21 NCO sing 208 n n N2 HN22 NCO sing 209 n n N2 HN23 NCO sing 210 n n N3 HN31 NCO sing 211 n n N3 HN32 NCO sing 212 n n N3 HN33 NCO sing 213 n n N4 HN41 NCO sing 214 n n N4 HN42 NCO sing 215 n n N4 HN43 NCO sing 216 n n N5 HN51 NCO sing 217 n n N5 HN52 NCO sing 218 n n N5 HN53 NCO sing 219 n n N6 HN61 NCO sing 220 n n N6 HN62 NCO sing 221 n n N6 HN63 NCO sing 222 n n # _atom_sites.entry_id 2G5K _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.030191 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.01743 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.034861 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00859 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 AM2 A 1 102 102 AM2 AM2 . D 3 MG A 1 301 301 MG MO6 . E 4 NCO A 1 202 202 NCO NCO . F 2 AM2 B 1 101 101 AM2 AM2 . G 3 MG B 1 302 302 MG MO6 . H 4 NCO B 1 201 201 NCO NCO . I 5 HOH A 1 401 401 HOH HOH . I 5 HOH A 2 402 402 HOH HOH . I 5 HOH A 3 405 405 HOH HOH . I 5 HOH A 4 406 406 HOH HOH . I 5 HOH A 5 408 408 HOH HOH . I 5 HOH A 6 409 409 HOH HOH . I 5 HOH A 7 411 411 HOH HOH . I 5 HOH A 8 413 413 HOH HOH . I 5 HOH A 9 415 415 HOH HOH . I 5 HOH A 10 416 301 HOH MO6 . I 5 HOH A 11 417 301 HOH MO6 . I 5 HOH A 12 419 301 HOH MO6 . I 5 HOH A 13 420 301 HOH MO6 . I 5 HOH A 14 421 301 HOH MO6 . I 5 HOH A 15 424 302 HOH MO6 . J 5 HOH B 1 403 403 HOH HOH . J 5 HOH B 2 404 404 HOH HOH . J 5 HOH B 3 407 407 HOH HOH . J 5 HOH B 4 410 410 HOH HOH . J 5 HOH B 5 412 412 HOH HOH . J 5 HOH B 6 414 414 HOH HOH . J 5 HOH B 7 418 301 HOH MO6 . J 5 HOH B 8 422 302 HOH MO6 . J 5 HOH B 9 423 302 HOH MO6 . J 5 HOH B 10 425 302 HOH MO6 . J 5 HOH B 11 426 302 HOH MO6 . J 5 HOH B 12 427 302 HOH MO6 . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 CO CO NCO . . . H 4 -12.476 22.341 72.458 0.5 83.1 ? CO NCO 201 B 1 HETATM 2 N N1 NCO . . . H 4 -12.772 24.237 72.913 0.5 55.89 ? N1 NCO 201 B 1 HETATM 3 N N2 NCO . . . H 4 -10.846 22.665 71.512 0.5 64.14 ? N2 NCO 201 B 1 HETATM 4 N N3 NCO . . . H 4 -13.639 22.606 70.892 0.5 84.02 ? N3 NCO 201 B 1 HETATM 5 N N4 NCO . . . H 4 -11.393 22.085 74.064 0.5 74.55 ? N4 NCO 201 B 1 HETATM 6 N N5 NCO . . . H 4 -12.268 20.451 72.015 0.5 70.66 ? N5 NCO 201 B 1 HETATM 7 N N6 NCO . . . H 4 -14.088 21.919 73.477 0.5 74.11 ? N6 NCO 201 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 6 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 8 _model_server_stats.query_time_ms 262 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 7 #