data_2GBL
#
_model_server_result.job_id            YsSG8lxwcO7V99GL-lPi1A 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-13 05:16:51' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          2gbl 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"R","auth_seq_id":903}' 
#
_entry.id    2GBL 
#
_exptl.entry_id    2GBL 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              507.181 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    12 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            2GBL 
_cell.length_a            132.873 
_cell.length_b            135.576 
_cell.length_c            204.951 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 2GBL 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 H N N 
? 4 I N N 
? 4 K N N 
? 4 L N N 
? 4 N N N 
? 4 O N N 
? 4 Q N N 
? 4 R N N 
? 4 T N N 
? 4 U N N 
? 4 W N N 
? 4 X N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C ILE 430 A ILE 430 1_555 A N SEP 431 A SEP 431 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? 
covale ? covale2 A C SEP 431 A SEP 431 1_555 A N TPO 432 A TPO 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.504 ? 
covale ? covale3 A C TPO 432 A TPO 432 1_555 A N ILE 433 A ILE 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? 
covale ? covale4 B C ILE 430 B ILE 430 1_555 B N SEP 431 B SEP 431 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? 
covale ? covale5 B C SEP 431 B SEP 431 1_555 B N TPO 432 B TPO 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.468 ? 
covale ? covale6 B C TPO 432 B TPO 432 1_555 B N ILE 433 B ILE 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale7 C C SER 431 C SER 431 1_555 C N TPO 432 C TPO 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? 
covale ? covale8 C C TPO 432 C TPO 432 1_555 C N ILE 433 C ILE 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? 
covale ? covale9 D C SER 431 D SER 431 1_555 D N TPO 432 D TPO 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? 
covale ? covale10 D C TPO 432 D TPO 432 1_555 D N ILE 433 D ILE 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.285 ? 
covale ? covale11 D N TPO 432 D TPO 432 1_555 D N ILE 433 D ILE 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.986 ? 
covale ? covale12 E C ILE 430 E ILE 430 1_555 E N SEP 431 E SEP 431 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? 
covale ? covale13 E C SEP 431 E SEP 431 1_555 E N TPO 432 E TPO 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? 
covale ? covale14 E C TPO 432 E TPO 432 1_555 E N ILE 433 E ILE 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.26 ? 
covale ? covale15 F C ILE 430 F ILE 430 1_555 F N SEP 431 F SEP 431 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.477 ? 
covale ? covale16 F C SEP 431 F SEP 431 1_555 F N TPO 432 F TPO 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.521 ? 
covale ? covale17 F C TPO 432 F TPO 432 1_555 F N ILE 433 F ILE 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
metalc ? metalc1 A OG1 THR 295 A THR 295 1_555 G MG MG . A MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? 
metalc ? metalc2 G MG MG . A MG 801 1_555 H O2G ATP . A ATP 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.778 ? 
metalc ? metalc3 B OE1 GLU 318 B GLU 318 1_555 J MG MG . B MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? 
metalc ? metalc4 B OG1 THR 415 B THR 415 1_555 J MG MG . B MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.069 ? 
metalc ? metalc5 J MG MG . B MG 802 1_555 K O2G ATP . B ATP 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.023 ? 
metalc ? metalc6 C OG1 THR 295 C THR 295 1_555 M MG MG . C MG 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? 
metalc ? metalc7 M MG MG . C MG 803 1_555 N O2G ATP . C ATP 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.959 ? 
metalc ? metalc8 M MG MG . C MG 803 1_555 N O3G ATP . C ATP 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.049 ? 
metalc ? metalc9 M MG MG . C MG 803 1_555 N O3B ATP . C ATP 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.917 ? 
metalc ? metalc10 D OG1 THR 295 D THR 295 1_555 P MG MG . D MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.95 ? 
metalc ? metalc11 P MG MG . D MG 804 1_555 Q O3B ATP . D ATP 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.838 ? 
metalc ? metalc12 P MG MG . D MG 804 1_555 Q O3G ATP . D ATP 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.088 ? 
metalc ? metalc13 P MG MG . D MG 804 1_555 Q O3A ATP . D ATP 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.009 ? 
metalc ? metalc14 P MG MG . D MG 804 1_555 Q O2G ATP . D ATP 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.084 ? 
metalc ? metalc15 E OG1 THR 295 E THR 295 1_555 S MG MG . E MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? 
metalc ? metalc16 S MG MG . E MG 805 1_555 T O3B ATP . E ATP 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.807 ? 
metalc ? metalc17 S MG MG . E MG 805 1_555 T O2G ATP . E ATP 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.998 ? 
metalc ? metalc18 F OG1 THR 295 F THR 295 1_555 V MG MG . F MG 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.526 ? 
metalc ? metalc19 F OE2 GLU 319 F GLU 319 1_555 V MG MG . F MG 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.069 ? 
metalc ? metalc20 V MG MG . F MG 806 1_555 W O2G ATP . F ATP 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.884 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O13 P3' 
_chem_comp.formula_weight    507.181 
_chem_comp.id                ATP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G ATP doub 70 n n 
PG O2G ATP sing 71 n n 
PG O3G ATP sing 72 n n 
PG O3B ATP sing 73 n n 
O2G HOG2 ATP sing 74 n n 
O3G HOG3 ATP sing 75 n n 
PB O1B ATP doub 76 n n 
PB O2B ATP sing 77 n n 
PB O3B ATP sing 78 n n 
PB O3A ATP sing 79 n n 
O2B HOB2 ATP sing 80 n n 
PA O1A ATP doub 81 n n 
PA O2A ATP sing 82 n n 
PA O3A ATP sing 83 n n 
PA O5' ATP sing 84 n n 
O2A HOA2 ATP sing 85 n n 
O5' C5' ATP sing 86 n n 
C5' C4' ATP sing 87 n n 
C5' "H5'1" ATP sing 88 n n 
C5' "H5'2" ATP sing 89 n n 
C4' O4' ATP sing 90 n n 
C4' C3' ATP sing 91 n n 
C4' H4' ATP sing 92 n n 
O4' C1' ATP sing 93 n n 
C3' O3' ATP sing 94 n n 
C3' C2' ATP sing 95 n n 
C3' H3' ATP sing 96 n n 
O3' HO3' ATP sing 97 n n 
C2' O2' ATP sing 98 n n 
C2' C1' ATP sing 99 n n 
C2' H2' ATP sing 100 n n 
O2' HO2' ATP sing 101 n n 
C1' N9 ATP sing 102 n n 
C1' H1' ATP sing 103 n n 
N9 C8 ATP sing 104 n y 
N9 C4 ATP sing 105 n y 
C8 N7 ATP doub 106 n y 
C8 H8 ATP sing 107 n n 
N7 C5 ATP sing 108 n y 
C5 C6 ATP sing 109 n y 
C5 C4 ATP doub 110 n y 
C6 N6 ATP sing 111 n n 
C6 N1 ATP doub 112 n y 
N6 HN61 ATP sing 113 n n 
N6 HN62 ATP sing 114 n n 
N1 C2 ATP sing 115 n y 
C2 N3 ATP doub 116 n y 
C2 H2 ATP sing 117 n n 
N3 C4 ATP sing 118 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     2GBL 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.007526 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007376 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004879 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 3 MG A 1 801 801 MG MG . 
H 4 ATP A 1 901 901 ATP ATP . 
I 4 ATP A 1 903 903 ATP ATP . 
J 3 MG B 1 802 802 MG MG . 
K 4 ATP B 1 901 901 ATP ATP . 
L 4 ATP B 1 903 903 ATP ATP . 
M 3 MG C 1 803 803 MG MG . 
N 4 ATP C 1 901 901 ATP ATP . 
O 4 ATP C 1 903 903 ATP ATP . 
P 3 MG D 1 804 804 MG MG . 
Q 4 ATP D 1 901 901 ATP ATP . 
R 4 ATP D 1 903 903 ATP ATP . 
S 3 MG E 1 805 805 MG MG . 
T 4 ATP E 1 901 901 ATP ATP . 
U 4 ATP E 1 903 903 ATP ATP . 
V 3 MG F 1 806 806 MG MG . 
W 4 ATP F 1 901 901 ATP ATP . 
X 4 ATP F 1 903 903 ATP ATP . 
Y 5 HOH A 1 904 4 HOH WAT . 
Y 5 HOH A 2 905 8 HOH WAT . 
Y 5 HOH A 3 906 11 HOH WAT . 
Y 5 HOH A 4 907 23 HOH WAT . 
Y 5 HOH A 5 908 30 HOH WAT . 
Y 5 HOH A 6 909 45 HOH WAT . 
Y 5 HOH A 7 910 63 HOH WAT . 
Y 5 HOH A 8 911 78 HOH WAT . 
Z 5 HOH B 1 904 17 HOH WAT . 
Z 5 HOH B 2 905 21 HOH WAT . 
Z 5 HOH B 3 906 37 HOH WAT . 
Z 5 HOH B 4 907 38 HOH WAT . 
Z 5 HOH B 5 908 61 HOH WAT . 
AA 5 HOH C 1 904 16 HOH WAT . 
AA 5 HOH C 2 905 18 HOH WAT . 
AA 5 HOH C 3 906 32 HOH WAT . 
AA 5 HOH C 4 907 39 HOH WAT . 
AA 5 HOH C 5 908 43 HOH WAT . 
AA 5 HOH C 6 909 44 HOH WAT . 
AA 5 HOH C 7 910 46 HOH WAT . 
BA 5 HOH D 1 904 5 HOH WAT . 
BA 5 HOH D 2 905 7 HOH WAT . 
BA 5 HOH D 3 906 10 HOH WAT . 
BA 5 HOH D 4 907 12 HOH WAT . 
BA 5 HOH D 5 908 24 HOH WAT . 
BA 5 HOH D 6 909 29 HOH WAT . 
BA 5 HOH D 7 910 48 HOH WAT . 
BA 5 HOH D 8 911 53 HOH WAT . 
BA 5 HOH D 9 912 57 HOH WAT . 
BA 5 HOH D 10 913 60 HOH WAT . 
BA 5 HOH D 11 914 64 HOH WAT . 
BA 5 HOH D 12 915 65 HOH WAT . 
BA 5 HOH D 13 916 72 HOH WAT . 
CA 5 HOH E 1 904 2 HOH WAT . 
CA 5 HOH E 2 905 3 HOH WAT . 
CA 5 HOH E 3 906 9 HOH WAT . 
CA 5 HOH E 4 907 19 HOH WAT . 
CA 5 HOH E 5 908 20 HOH WAT . 
CA 5 HOH E 6 909 36 HOH WAT . 
CA 5 HOH E 7 910 41 HOH WAT . 
CA 5 HOH E 8 911 51 HOH WAT . 
CA 5 HOH E 9 912 69 HOH WAT . 
CA 5 HOH E 10 913 73 HOH WAT . 
DA 5 HOH F 1 904 1 HOH WAT . 
DA 5 HOH F 2 905 6 HOH WAT . 
DA 5 HOH F 3 906 13 HOH WAT . 
DA 5 HOH F 4 907 14 HOH WAT . 
DA 5 HOH F 5 908 15 HOH WAT . 
DA 5 HOH F 6 909 22 HOH WAT . 
DA 5 HOH F 7 910 27 HOH WAT . 
DA 5 HOH F 8 911 31 HOH WAT . 
DA 5 HOH F 9 912 33 HOH WAT . 
DA 5 HOH F 10 913 35 HOH WAT . 
DA 5 HOH F 11 914 49 HOH WAT . 
DA 5 HOH F 12 915 52 HOH WAT . 
DA 5 HOH F 13 916 54 HOH WAT . 
DA 5 HOH F 14 917 56 HOH WAT . 
DA 5 HOH F 15 918 58 HOH WAT . 
DA 5 HOH F 16 919 59 HOH WAT . 
DA 5 HOH F 17 920 62 HOH WAT . 
DA 5 HOH F 18 921 66 HOH WAT . 
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