data_2GTA # _model_server_result.job_id oW2B0DKIiMdD9HTFUhx6gQ _model_server_result.datetime_utc '2024-12-21 13:04:38' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2gta # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":301}' # _entry.id 2GTA # _exptl.entry_id 2GTA _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 2GTA _cell.length_a 72.747 _cell.length_b 79.694 _cell.length_c 119.568 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2GTA _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C MSE 1 A MSE 1 1_555 A N SER 2 A SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale2 A C THR 5 A THR 5 1_555 A N MSE 6 A MSE 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale3 A C MSE 6 A MSE 6 1_555 A N LYS 7 A LYS 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale4 A C ALA 29 A ALA 29 1_555 A N MSE 30 A MSE 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale5 A C MSE 30 A MSE 30 1_555 A N MSE 31 A MSE 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale6 A C MSE 31 A MSE 31 1_555 A N ALA 32 A ALA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale7 A C SER 62 A SER 62 1_555 A N MSE 63 A MSE 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale8 A C MSE 63 A MSE 63 1_555 A N GLU 64 A GLU 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale9 A C VAL 92 A VAL 92 1_555 A N MSE 93 A MSE 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale10 A C MSE 93 A MSE 93 1_555 A N HIS 94 A HIS 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale11 B C MSE 1 B MSE 1 1_555 B N SER 2 B SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale12 B C THR 5 B THR 5 1_555 B N MSE 6 B MSE 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale13 B C MSE 6 B MSE 6 1_555 B N LYS 7 B LYS 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale14 B C ALA 29 B ALA 29 1_555 B N MSE 30 B MSE 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale15 B C MSE 30 B MSE 30 1_555 B N MSE 31 B MSE 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale16 B C MSE 31 B MSE 31 1_555 B N ALA 32 B ALA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale17 B C SER 62 B SER 62 1_555 B N MSE 63 B MSE 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale18 B C MSE 63 B MSE 63 1_555 B N GLU 64 B GLU 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale19 B C VAL 92 B VAL 92 1_555 B N MSE 93 B MSE 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale20 B C MSE 93 B MSE 93 1_555 B N HIS 94 B HIS 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale21 C C THR 5 C THR 5 1_555 C N MSE 6 C MSE 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale22 C C MSE 6 C MSE 6 1_555 C N LYS 7 C LYS 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale23 C C ALA 29 C ALA 29 1_555 C N MSE 30 C MSE 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale24 C C MSE 30 C MSE 30 1_555 C N MSE 31 C MSE 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale25 C C MSE 31 C MSE 31 1_555 C N ALA 32 C ALA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale26 C C SER 62 C SER 62 1_555 C N MSE 63 C MSE 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale27 C C MSE 63 C MSE 63 1_555 C N GLU 64 C GLU 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale28 C C VAL 92 C VAL 92 1_555 C N MSE 93 C MSE 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale29 C C MSE 93 C MSE 93 1_555 C N HIS 94 C HIS 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale30 D C THR 5 D THR 5 1_555 D N MSE 6 D MSE 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale31 D C MSE 6 D MSE 6 1_555 D N LYS 7 D LYS 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale32 D C ALA 29 D ALA 29 1_555 D N MSE 30 D MSE 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale33 D C MSE 30 D MSE 30 1_555 D N MSE 31 D MSE 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale34 D C MSE 31 D MSE 31 1_555 D N ALA 32 D ALA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale35 D C SER 62 D SER 62 1_555 D N MSE 63 D MSE 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale36 D C MSE 63 D MSE 63 1_555 D N GLU 64 D GLU 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale37 D C VAL 92 D VAL 92 1_555 D N MSE 93 D MSE 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale38 D C MSE 93 D MSE 93 1_555 D N HIS 94 D HIS 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? metalc ? metalc1 A O GLU 37 A GLU 37 1_555 E NA NA . A NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.919 ? metalc ? metalc2 A OE1 GLU 37 A GLU 37 1_555 E NA NA . A NA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.792 ? metalc ? metalc3 E NA NA . A NA 304 1_555 I O HOH . A HOH 463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.808 ? metalc ? metalc4 B OE1 GLU 37 B GLU 37 1_555 F NA NA . B NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.724 ? metalc ? metalc5 B OE1 GLU 40 B GLU 40 1_555 F NA NA . B NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.793 ? metalc ? metalc6 B OE2 GLU 66 B GLU 66 1_555 F NA NA . B NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.996 ? metalc ? metalc7 C OE1 GLU 37 C GLU 37 1_555 G NA NA . C NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.91 ? metalc ? metalc8 C OE1 GLU 66 C GLU 66 1_555 G NA NA . C NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.985 ? metalc ? metalc9 D OE1 GLU 37 D GLU 37 1_555 H NA NA . D NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.783 ? metalc ? metalc10 D OE1 GLU 40 D GLU 40 1_555 H NA NA . D NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.744 ? metalc ? metalc11 D OD2 ASP 69 D ASP 69 1_555 H NA NA . D NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.968 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 2GTA _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.013746 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012548 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008363 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 NA A 1 304 304 NA NA . F 2 NA B 1 302 302 NA NA . G 2 NA C 1 303 303 NA NA . H 2 NA D 1 301 301 NA NA . I 3 HOH A 1 411 411 HOH WAT . I 3 HOH A 2 412 412 HOH WAT . I 3 HOH A 3 413 413 HOH WAT . I 3 HOH A 4 423 423 HOH WAT . I 3 HOH A 5 426 426 HOH WAT . I 3 HOH A 6 448 448 HOH WAT . I 3 HOH A 7 455 455 HOH WAT . I 3 HOH A 8 462 462 HOH WAT . I 3 HOH A 9 463 463 HOH WAT . J 3 HOH B 1 415 415 HOH WAT . J 3 HOH B 2 445 445 HOH WAT . K 3 HOH C 1 406 406 HOH WAT . K 3 HOH C 2 414 414 HOH WAT . K 3 HOH C 3 422 422 HOH WAT . K 3 HOH C 4 424 424 HOH WAT . K 3 HOH C 5 425 425 HOH WAT . K 3 HOH C 6 427 427 HOH WAT . K 3 HOH C 7 439 439 HOH WAT . K 3 HOH C 8 460 460 HOH WAT . K 3 HOH C 9 472 472 HOH WAT . K 3 HOH C 10 478 478 HOH WAT . L 3 HOH D 1 404 404 HOH WAT . L 3 HOH D 2 407 407 HOH WAT . L 3 HOH D 3 420 420 HOH WAT . L 3 HOH D 4 432 432 HOH WAT . L 3 HOH D 5 457 457 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id H _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 3.785 _atom_site.Cartn_y 43.053 _atom_site.Cartn_z 63.737 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 48.27 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 301 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 7 _model_server_stats.parse_time_ms 26 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 278 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #