data_2GVH # _model_server_result.job_id g3aXqrDXxKWwEERTrsFkkg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-14 01:34:48' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2gvh # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":277}' # _entry.id 2GVH # _exptl.entry_id 2GVH _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 2GVH _cell.length_a 121.209 _cell.length_b 121.209 _cell.length_c 81.844 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2GVH _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 78 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 43' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 2 _struct_asym.id D _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C LEU 54 A LEU 42 1_555 A N MSE 55 A MSE 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale2 A C MSE 55 A MSE 43 1_555 A N ASP 56 A ASP 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale3 A C GLU 110 A GLU 98 1_555 A N MSE 111 A MSE 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale4 A C MSE 111 A MSE 99 1_555 A N VAL 112 A VAL 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale5 A C HIS 130 A HIS 118 1_555 A N MSE 131 A MSE 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? covale ? covale6 A C MSE 131 A MSE 119 1_555 A N VAL 132 A VAL 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale7 A C THR 161 A THR 149 1_555 A N MSE 162 A MSE 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale8 A C MSE 162 A MSE 150 1_555 A N VAL 163 A VAL 151 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? covale ? covale9 A C ARG 176 A ARG 164 1_555 A N MSE 177 A MSE 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale10 A C MSE 177 A MSE 165 1_555 A N PHE 178 A PHE 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale11 A C TYR 185 A TYR 173 1_555 A N MSE 186 A MSE 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale12 A C MSE 186 A MSE 174 1_555 A N THR 187 A THR 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? covale ? covale13 A C SER 235 A SER 223 1_555 A N MSE 236 A MSE 224 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale14 A C MSE 236 A MSE 224 1_555 A N SER 237 A SER 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale15 A C THR 261 A THR 249 1_555 A N MSE 262 A MSE 250 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale16 A C MSE 262 A MSE 250 1_555 A N VAL 263 A VAL 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale17 B C LEU 54 B LEU 42 1_555 B N MSE 55 B MSE 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale18 B C MSE 55 B MSE 43 1_555 B N ASP 56 B ASP 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale19 B C GLU 110 B GLU 98 1_555 B N MSE 111 B MSE 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale20 B C MSE 111 B MSE 99 1_555 B N VAL 112 B VAL 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale21 B C HIS 130 B HIS 118 1_555 B N MSE 131 B MSE 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale22 B C MSE 131 B MSE 119 1_555 B N VAL 132 B VAL 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale23 B C THR 161 B THR 149 1_555 B N MSE 162 B MSE 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale24 B C MSE 162 B MSE 150 1_555 B N VAL 163 B VAL 151 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale25 B C ARG 176 B ARG 164 1_555 B N MSE 177 B MSE 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale26 B C MSE 177 B MSE 165 1_555 B N PHE 178 B PHE 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale27 B C TYR 185 B TYR 173 1_555 B N MSE 186 B MSE 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? covale ? covale28 B C MSE 186 B MSE 174 1_555 B N THR 187 B THR 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.31 ? covale ? covale29 B C SER 235 B SER 223 1_555 B N MSE 236 B MSE 224 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale30 B C MSE 236 B MSE 224 1_555 B N SER 237 B SER 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale31 B C THR 261 B THR 249 1_555 B N MSE 262 B MSE 250 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale32 B C MSE 262 B MSE 250 1_555 B N VAL 263 B VAL 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? covale ? covale33 C C LEU 54 C LEU 42 1_555 C N MSE 55 C MSE 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale34 C C MSE 55 C MSE 43 1_555 C N ASP 56 C ASP 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? covale ? covale35 C C GLU 110 C GLU 98 1_555 C N MSE 111 C MSE 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale36 C C MSE 111 C MSE 99 1_555 C N VAL 112 C VAL 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.314 ? covale ? covale37 C C HIS 130 C HIS 118 1_555 C N MSE 131 C MSE 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale38 C C MSE 131 C MSE 119 1_555 C N VAL 132 C VAL 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.315 ? covale ? covale39 C C THR 161 C THR 149 1_555 C N MSE 162 C MSE 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? covale ? covale40 C C MSE 162 C MSE 150 1_555 C N VAL 163 C VAL 151 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.304 ? covale ? covale41 C C ARG 176 C ARG 164 1_555 C N MSE 177 C MSE 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale42 C C MSE 177 C MSE 165 1_555 C N PHE 178 C PHE 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? covale ? covale43 C C TYR 185 C TYR 173 1_555 C N MSE 186 C MSE 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale44 C C MSE 186 C MSE 174 1_555 C N THR 187 C THR 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale45 C C SER 235 C SER 223 1_555 C N MSE 236 C MSE 224 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale46 C C MSE 236 C MSE 224 1_555 C N SER 237 C SER 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale47 C C THR 261 C THR 249 1_555 C N MSE 262 C MSE 250 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale48 C C MSE 262 C MSE 250 1_555 C N VAL 263 C VAL 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? metalc ? metalc1 A OD2 ASP 169 A ASP 157 1_555 D NA NA . B NA 277 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.579 ? metalc ? metalc2 B OD2 ASP 169 B ASP 157 1_555 D NA NA . B NA 277 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? metalc ? metalc3 D NA NA . B NA 277 1_555 C OD2 ASP 169 C ASP 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 2GVH _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.00825 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00825 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.01222 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id D _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id 2 _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id NA _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id B _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num 1 _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num 277 _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num 1 _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id NA _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id NA _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 45.862 _atom_site.Cartn_y 23.124 _atom_site.Cartn_z 4.49 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 81.38 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 277 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 61 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 15 _model_server_stats.query_time_ms 284 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #