data_2J3O
#
_model_server_result.job_id            P9gjL1dNKwd8ds-opG1gSw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 12:35:34' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          2j3o 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":1289}' 
#
_entry.id    2J3O 
#
_exptl.entry_id    2J3O 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          123.57 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            2J3O 
_cell.length_a            200.52 
_cell.length_b            84.51 
_cell.length_c            144.09 
_cell.Z_PDB               24 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 2J3O 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,G,H,I,J,K,L,M,N,O,W,X,Y 1 1 
D,E,F,P,Q,R,S,T,U,V,Z,AA,BA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 G N N 
? 2 J N N 
? 2 O N N 
? 2 Q N N 
? 2 S N N 
? 2 V N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 4 A CYS 73 1_555 A SG CYS 32 A CYS 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 11 A CYS 80 1_555 A SG CYS 39 A CYS 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? 
disulf ? disulf3 A SG CYS 163 A CYS 232 1_555 A SG CYS 176 A CYS 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? 
disulf ? disulf4 B SG CYS 4 B CYS 73 1_555 B SG CYS 32 B CYS 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? 
disulf ? disulf5 B SG CYS 11 B CYS 80 1_555 B SG CYS 39 B CYS 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf6 B SG CYS 163 B CYS 232 1_555 B SG CYS 176 B CYS 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? 
disulf ? disulf7 C SG CYS 4 C CYS 73 1_555 C SG CYS 32 C CYS 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
disulf ? disulf8 C SG CYS 11 C CYS 80 1_555 C SG CYS 39 C CYS 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? 
disulf ? disulf9 C SG CYS 163 C CYS 232 1_555 C SG CYS 176 C CYS 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? 
disulf ? disulf10 D SG CYS 11 D CYS 80 1_555 D SG CYS 39 D CYS 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? 
disulf ? disulf11 D SG CYS 163 D CYS 232 1_555 D SG CYS 176 D CYS 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf12 E SG CYS 4 E CYS 73 1_555 E SG CYS 32 E CYS 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? 
disulf ? disulf13 E SG CYS 11 E CYS 80 1_555 E SG CYS 39 E CYS 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? 
disulf ? disulf14 E SG CYS 163 E CYS 232 1_555 E SG CYS 176 E CYS 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? 
disulf ? disulf15 F SG CYS 4 F CYS 73 1_555 F SG CYS 32 F CYS 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf16 F SG CYS 11 F CYS 80 1_555 F SG CYS 39 F CYS 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf17 F SG CYS 163 F CYS 232 1_555 F SG CYS 176 F CYS 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
covale ? covale1 E ND2 ASN 146 E ASN 215 1_555 T C1 NAG . E NAG 1291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? 
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 155 A ASP 224 1_555 G CA CA . A CA 1289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.24 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 155 A ASP 224 1_555 G CA CA . A CA 1289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 157 A ASP 226 1_555 G CA CA . A CA 1289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.347 ? 
metalc ? metalc4 A O ASN 159 A ASN 228 1_555 G CA CA . A CA 1289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.041 ? 
metalc ? metalc5 A O GLY 161 A GLY 230 1_555 G CA CA . A CA 1289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc6 B OD1 ASP 155 B ASP 224 1_555 J CA CA . B CA 1291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? 
metalc ? metalc7 B OD2 ASP 155 B ASP 224 1_555 J CA CA . B CA 1291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? 
metalc ? metalc8 B OD1 ASP 157 B ASP 226 1_555 J CA CA . B CA 1291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? 
metalc ? metalc9 B O ASN 159 B ASN 228 1_555 J CA CA . B CA 1291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? 
metalc ? metalc10 B O GLY 161 B GLY 230 1_555 J CA CA . B CA 1291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.7 ? 
metalc ? metalc11 C OD1 ASP 155 C ASP 224 1_555 O CA CA . C CA 1291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.819 ? 
metalc ? metalc12 C OD2 ASP 155 C ASP 224 1_555 O CA CA . C CA 1291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? 
metalc ? metalc13 C OD1 ASP 157 C ASP 226 1_555 O CA CA . C CA 1291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc14 C O ASN 159 C ASN 228 1_555 O CA CA . C CA 1291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? 
metalc ? metalc15 C O GLY 161 C GLY 230 1_555 O CA CA . C CA 1291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? 
metalc ? metalc16 D OD1 ASP 155 D ASP 224 1_555 Q CA CA . D CA 1289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.73 ? 
metalc ? metalc17 D OD2 ASP 155 D ASP 224 1_555 Q CA CA . D CA 1289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? 
metalc ? metalc18 D OD1 ASP 157 D ASP 226 1_555 Q CA CA . D CA 1289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.692 ? 
metalc ? metalc19 D O ASN 159 D ASN 228 1_555 Q CA CA . D CA 1289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc20 D O THR 160 D THR 229 1_555 Q CA CA . D CA 1289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.387 ? 
metalc ? metalc21 D O GLY 161 D GLY 230 1_555 Q CA CA . D CA 1289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc22 E OD2 ASP 155 E ASP 224 1_555 S CA CA . E CA 1290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? 
metalc ? metalc23 E OD1 ASP 155 E ASP 224 1_555 S CA CA . E CA 1290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? 
metalc ? metalc24 E OD1 ASP 157 E ASP 226 1_555 S CA CA . E CA 1290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc25 E O ASN 159 E ASN 228 1_555 S CA CA . E CA 1290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? 
metalc ? metalc26 E O GLY 161 E GLY 230 1_555 S CA CA . E CA 1290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? 
metalc ? metalc27 F OD2 ASP 155 F ASP 224 1_555 V CA CA . F CA 1289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? 
metalc ? metalc28 F OD1 ASP 155 F ASP 224 1_555 V CA CA . F CA 1289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.96 ? 
metalc ? metalc29 F OD1 ASP 157 F ASP 226 1_555 V CA CA . F CA 1289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc30 F O ASN 159 F ASN 228 1_555 V CA CA . F CA 1289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.19 ? 
metalc ? metalc31 F O GLY 161 F GLY 230 1_555 V CA CA . F CA 1289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     2J3O 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.004987 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.00331 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.011833 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.008329 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 2 CA A 1 1289 1289 CA CA . 
H 3 ACT B 1 1289 1289 ACT ACT . 
I 4 NAG B 1 1290 1290 NAG NAG . 
J 2 CA B 1 1291 1291 CA CA . 
K 3 ACT B 1 1292 1292 ACT ACT . 
L 4 NAG B 1 1293 1293 NAG NAG . 
M 4 NAG C 1 1289 1289 NAG NAG . 
N 4 NAG C 1 1290 1290 NAG NAG . 
O 2 CA C 1 1291 1291 CA CA . 
P 4 NAG D 1 1288 1288 NAG NAG . 
Q 2 CA D 1 1289 1289 CA CA . 
R 4 NAG E 1 1289 1289 NAG NAG . 
S 2 CA E 1 1290 1290 CA CA . 
T 4 NAG E 1 1291 1291 NAG NAG . 
U 4 NAG E 1 1292 1292 NAG NAG . 
V 2 CA F 1 1289 1289 CA CA . 
W 5 HOH A 1 2001 2001 HOH HOH . 
W 5 HOH A 2 2002 2002 HOH HOH . 
W 5 HOH A 3 2003 2003 HOH HOH . 
W 5 HOH A 4 2004 2004 HOH HOH . 
W 5 HOH A 5 2005 2005 HOH HOH . 
W 5 HOH A 6 2006 2006 HOH HOH . 
W 5 HOH A 7 2007 2007 HOH HOH . 
W 5 HOH A 8 2008 2008 HOH HOH . 
W 5 HOH A 9 2009 2009 HOH HOH . 
W 5 HOH A 10 2010 2010 HOH HOH . 
W 5 HOH A 11 2011 2011 HOH HOH . 
W 5 HOH A 12 2012 2012 HOH HOH . 
W 5 HOH A 13 2013 2013 HOH HOH . 
W 5 HOH A 14 2014 2014 HOH HOH . 
W 5 HOH A 15 2015 2015 HOH HOH . 
W 5 HOH A 16 2016 2016 HOH HOH . 
W 5 HOH A 17 2017 2017 HOH HOH . 
W 5 HOH A 18 2018 2018 HOH HOH . 
W 5 HOH A 19 2019 2019 HOH HOH . 
X 5 HOH B 1 2001 2001 HOH HOH . 
X 5 HOH B 2 2002 2002 HOH HOH . 
X 5 HOH B 3 2003 2003 HOH HOH . 
X 5 HOH B 4 2004 2004 HOH HOH . 
X 5 HOH B 5 2005 2005 HOH HOH . 
X 5 HOH B 6 2006 2006 HOH HOH . 
X 5 HOH B 7 2007 2007 HOH HOH . 
X 5 HOH B 8 2008 2008 HOH HOH . 
X 5 HOH B 9 2009 2009 HOH HOH . 
X 5 HOH B 10 2010 2010 HOH HOH . 
X 5 HOH B 11 2011 2011 HOH HOH . 
X 5 HOH B 12 2012 2012 HOH HOH . 
X 5 HOH B 13 2013 2013 HOH HOH . 
X 5 HOH B 14 2014 2014 HOH HOH . 
X 5 HOH B 15 2015 2015 HOH HOH . 
X 5 HOH B 16 2016 2016 HOH HOH . 
X 5 HOH B 17 2017 2017 HOH HOH . 
X 5 HOH B 18 2018 2018 HOH HOH . 
X 5 HOH B 19 2019 2019 HOH HOH . 
X 5 HOH B 20 2020 2020 HOH HOH . 
X 5 HOH B 21 2021 2021 HOH HOH . 
X 5 HOH B 22 2022 2022 HOH HOH . 
X 5 HOH B 23 2023 2023 HOH HOH . 
X 5 HOH B 24 2024 2024 HOH HOH . 
X 5 HOH B 25 2025 2025 HOH HOH . 
Y 5 HOH C 1 2001 2001 HOH HOH . 
Y 5 HOH C 2 2002 2002 HOH HOH . 
Y 5 HOH C 3 2003 2003 HOH HOH . 
Y 5 HOH C 4 2004 2004 HOH HOH . 
Y 5 HOH C 5 2005 2005 HOH HOH . 
Y 5 HOH C 6 2006 2006 HOH HOH . 
Y 5 HOH C 7 2007 2007 HOH HOH . 
Y 5 HOH C 8 2008 2008 HOH HOH . 
Y 5 HOH C 9 2009 2009 HOH HOH . 
Y 5 HOH C 10 2010 2010 HOH HOH . 
Y 5 HOH C 11 2011 2011 HOH HOH . 
Y 5 HOH C 12 2012 2012 HOH HOH . 
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