data_2J4E
#
_model_server_result.job_id            O0Hv2NM7f1UM4bJiYPLP_A 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-08 19:46:50' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          2j4e 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":1001}' 
#
_entry.id    2J4E 
#
_exptl.entry_id    2J4E 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              508.166 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "INOSINE 5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    7 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         85.12 
_cell.angle_beta          77.72 
_cell.angle_gamma         69.19 
_cell.entry_id            2J4E 
_cell.length_a            67.998 
_cell.length_b            75.292 
_cell.length_c            110.793 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 2J4E 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 
PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 4 
PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 5 
PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 6 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,I,J,K,L,Z,AA 1 1 
F,G,T,U,V,W,EA,FA 2 1 
C,M,N,BA 3 1 
H,X,Y,GA 3 2 
H,X,Y,GA 4 1 
C,M,N,BA 4 3 
D,O,P,Q,CA 5 1 
E,R,S,DA 5 4 
E,R,S,DA 6 1 
D,O,P,Q,CA 6 5 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 1_456 x-1,y,z+1 1 0 0 0 1 0 0 0 1 -44.433512 1.126815 108.252178 
3 'crystal symmetry operation' 1_654 x+1,y,z-1 1 0 0 0 1 0 0 0 1 44.433512 -1.126815 -108.252178 
4 'crystal symmetry operation' 1_655 x+1,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 67.998 0 0 
5 'crystal symmetry operation' 1_455 x-1,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 -67.998 0 0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 I N N 
? 2 K N N 
? 2 M N N 
? 2 R N N 
? 2 T N N 
? 2 V N N 
? 2 X N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OE2 GLU 46 A GLU 44 1_555 J MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.803 ? 
metalc ? metalc2 A OE1 GLU 46 A GLU 44 1_555 J MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.962 ? 
metalc ? metalc3 I O1B ITT . A ITT 1001 1_555 J MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.814 ? 
metalc ? metalc4 I O3G ITT . A ITT 1001 1_555 J MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? 
metalc ? metalc5 I O3B ITT . A ITT 1001 1_555 J MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.105 ? 
metalc ? metalc6 I O2A ITT . A ITT 1001 1_555 J MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.121 ? 
metalc ? metalc7 B OE2 GLU 46 B GLU 44 1_555 L MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? 
metalc ? metalc8 K O1B ITT . B ITT 1001 1_555 L MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? 
metalc ? metalc9 K O2A ITT . B ITT 1001 1_555 L MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? 
metalc ? metalc10 K O3G ITT . B ITT 1001 1_555 L MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
metalc ? metalc11 C OE2 GLU 46 C GLU 44 1_555 N MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? 
metalc ? metalc12 M O3G ITT . C ITT 1001 1_555 N MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc13 M O1B ITT . C ITT 1001 1_555 N MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? 
metalc ? metalc14 D OE2 GLU 46 D GLU 44 1_555 Q MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? 
metalc ? metalc15 O O5 POP . D POP 1000 1_555 Q MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.808 ? 
metalc ? metalc16 O O3 POP . D POP 1000 1_555 Q MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
metalc ? metalc17 E OE2 GLU 46 E GLU 44 1_555 S MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.968 ? 
metalc ? metalc18 R O1B ITT . E ITT 1001 1_555 S MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? 
metalc ? metalc19 R O3G ITT . E ITT 1001 1_555 S MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? 
metalc ? metalc20 R O2A ITT . E ITT 1001 1_555 S MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.841 ? 
metalc ? metalc21 F OE2 GLU 46 F GLU 44 1_555 U MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.607 ? 
metalc ? metalc22 F OE1 GLU 46 F GLU 44 1_555 U MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.825 ? 
metalc ? metalc23 T O2A ITT . F ITT 1001 1_555 U MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? 
metalc ? metalc24 T O1B ITT . F ITT 1001 1_555 U MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? 
metalc ? metalc25 T O3G ITT . F ITT 1001 1_555 U MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? 
metalc ? metalc26 G OE2 GLU 46 G GLU 44 1_555 W MG MG . G MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? 
metalc ? metalc27 V O1B ITT . G ITT 1001 1_555 W MG MG . G MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.924 ? 
metalc ? metalc28 H OE2 GLU 46 H GLU 44 1_555 Y MG MG . H MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.942 ? 
metalc ? metalc29 X O1B ITT . H ITT 1001 1_555 Y MG MG . H MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.641 ? 
metalc ? metalc30 X O3G ITT . H ITT 1001 1_555 Y MG MG . H MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? 
metalc ? metalc31 X O2A ITT . H ITT 1001 1_555 Y MG MG . H MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.668 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H15 N4 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    508.166 
_chem_comp.id                ITT 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "INOSINE 5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'INOSINE TRIPHOSPHATE' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G ITT doub 211 n n 
PG O2G ITT sing 212 n n 
PG O3G ITT sing 213 n n 
PG O3B ITT sing 214 n n 
O2G H2G ITT sing 215 n n 
O3G H3G ITT sing 216 n n 
PB O1B ITT doub 217 n n 
PB O2B ITT sing 218 n n 
PB O3B ITT sing 219 n n 
PB O3A ITT sing 220 n n 
O2B H2B ITT sing 221 n n 
PA O1A ITT doub 222 n n 
PA O2A ITT sing 223 n n 
PA O3A ITT sing 224 n n 
PA O5' ITT sing 225 n n 
O2A H2A ITT sing 226 n n 
O5' C5' ITT sing 227 n n 
C5' C4' ITT sing 228 n n 
C5' "H5'1" ITT sing 229 n n 
C5' "H5'2" ITT sing 230 n n 
C4' O4' ITT sing 231 n n 
C4' C3' ITT sing 232 n n 
C4' H4' ITT sing 233 n n 
O4' C1' ITT sing 234 n n 
C3' O3' ITT sing 235 n n 
C3' C2' ITT sing 236 n n 
C3' H3' ITT sing 237 n n 
O3' H1 ITT sing 238 n n 
C2' O2' ITT sing 239 n n 
C2' C1' ITT sing 240 n n 
C2' H2' ITT sing 241 n n 
O2' H3 ITT sing 242 n n 
C1' N9 ITT sing 243 n n 
C1' H1' ITT sing 244 n n 
N9 C8 ITT sing 245 n y 
N9 C4 ITT sing 246 n y 
C8 N7 ITT doub 247 n y 
C8 H8 ITT sing 248 n n 
N7 C5 ITT sing 249 n y 
C5 C6 ITT sing 250 n y 
C5 C4 ITT doub 251 n y 
C6 O6 ITT sing 252 n n 
C6 N1 ITT doub 253 n y 
O6 HO6 ITT sing 254 n n 
N1 C2 ITT sing 255 n y 
C2 N3 ITT doub 256 n y 
C2 H2 ITT sing 257 n n 
N3 C4 ITT sing 258 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     2J4E 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014706 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    -0.005589 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    -0.003143 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.014209 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    -0.000148 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.009238 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 2 ITT A 1 1001 1001 ITT ITT . 
J 3 MG A 1 1002 1002 MG MG . 
K 2 ITT B 1 1001 1001 ITT ITT . 
L 3 MG B 1 1002 1002 MG MG . 
M 2 ITT C 1 1001 1001 ITT ITT . 
N 3 MG C 1 1002 1002 MG MG . 
O 4 POP D 1 1000 1000 POP POP . 
P 5 IMP D 1 1001 1001 IMP IMP . 
Q 3 MG D 1 1002 1002 MG MG . 
R 2 ITT E 1 1001 1001 ITT ITT . 
S 3 MG E 1 1002 1002 MG MG . 
T 2 ITT F 1 1001 1001 ITT ITT . 
U 3 MG F 1 1002 1002 MG MG . 
V 2 ITT G 1 1001 1001 ITT ITT . 
W 3 MG G 1 1002 1002 MG MG . 
X 2 ITT H 1 1001 1001 ITT ITT . 
Y 3 MG H 1 1002 1002 MG MG . 
Z 6 HOH A 1 2001 2001 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 2 2002 2002 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 3 2003 2003 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 4 2004 2004 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 5 2005 2005 HOH HOH . 
AA 6 HOH B 1 2001 2001 HOH HOH . 
AA 6 HOH B 2 2002 2002 HOH HOH . 
AA 6 HOH B 3 2003 2003 HOH HOH . 
AA 6 HOH B 4 2004 2004 HOH HOH . 
AA 6 HOH B 5 2005 2005 HOH HOH . 
AA 6 HOH B 6 2006 2006 HOH HOH . 
AA 6 HOH B 7 2007 2007 HOH HOH . 
AA 6 HOH B 8 2008 2008 HOH HOH . 
AA 6 HOH B 9 2009 2009 HOH HOH . 
AA 6 HOH B 10 2010 2010 HOH HOH . 
AA 6 HOH B 11 2011 2011 HOH HOH . 
AA 6 HOH B 12 2012 2012 HOH HOH . 
AA 6 HOH B 13 2013 2013 HOH HOH . 
AA 6 HOH B 14 2014 2014 HOH HOH . 
AA 6 HOH B 15 2015 2015 HOH HOH . 
AA 6 HOH B 16 2016 2016 HOH HOH . 
AA 6 HOH B 17 2017 2017 HOH HOH . 
AA 6 HOH B 18 2018 2018 HOH HOH . 
AA 6 HOH B 19 2019 2019 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 1 2001 2001 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 2 2002 2002 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 3 2003 2003 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 4 2004 2004 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 5 2005 2005 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 6 2006 2006 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 7 2007 2007 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 8 2008 2008 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 9 2009 2009 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 10 2010 2010 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 11 2011 2011 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 12 2012 2012 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 13 2013 2013 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 14 2014 2014 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 15 2015 2015 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 16 2016 2016 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 17 2017 2017 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 18 2018 2018 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 19 2019 2019 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 20 2020 2020 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 21 2021 2021 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 22 2022 2022 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 23 2023 2023 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 24 2024 2024 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 25 2025 2025 HOH HOH . 
BA 6 HOH C 26 2026 2026 HOH HOH . 
CA 6 HOH D 1 2001 2001 HOH HOH . 
CA 6 HOH D 2 2002 2002 HOH HOH . 
CA 6 HOH D 3 2003 2003 HOH HOH . 
CA 6 HOH D 4 2004 2004 HOH HOH . 
CA 6 HOH D 5 2005 2005 HOH HOH . 
CA 6 HOH D 6 2006 2006 HOH HOH . 
CA 6 HOH D 7 2007 2007 HOH HOH . 
CA 6 HOH D 8 2008 2008 HOH HOH . 
CA 6 HOH D 9 2009 2009 HOH HOH . 
CA 6 HOH D 10 2010 2010 HOH HOH . 
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