data_2JCS # _model_server_result.job_id WPMf_ZhpGWHwxcgHtbEJlA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-24 10:57:27' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2jcs # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":1210}' # _entry.id 2JCS # _exptl.entry_id 2JCS _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 482.168 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 92.42 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 2JCS _cell.length_a 33.523 _cell.length_b 119.467 _cell.length_c 68.9 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2JCS _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PQS _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 E N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OG1 THR 34 A THR 34 1_555 D MG MG . A MG 1211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 52 A ASP 52 1_555 D MG MG . A MG 1211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc3 A OE2 GLU 104 A GLU 104 1_555 D MG MG . A MG 1211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc4 C O1B TTP . A TTP 1210 1_555 D MG MG . A MG 1211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.821 ? metalc ? metalc5 C O3G TTP . A TTP 1210 1_555 D MG MG . A MG 1211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.969 ? metalc ? metalc6 C O3B TTP . A TTP 1210 1_555 D MG MG . A MG 1211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.136 ? metalc ? metalc7 D MG MG . A MG 1211 1_555 G O HOH . A HOH 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? metalc ? metalc8 B OG1 THR 34 B THR 34 1_555 F MG MG . B MG 1211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? metalc ? metalc9 B OD1 ASP 52 B ASP 52 1_555 F MG MG . B MG 1211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc10 B OE2 GLU 104 B GLU 104 1_555 F MG MG . B MG 1211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc11 E O1B TTP . B TTP 1210 1_555 F MG MG . B MG 1211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.711 ? metalc ? metalc12 E O3G TTP . B TTP 1210 1_555 F MG MG . B MG 1211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? # _chem_comp.formula 'C10 H17 N2 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 482.168 _chem_comp.id TTP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PA O1A TTP doub 334 n n PA O2A TTP sing 335 n n PA O3A TTP sing 336 n n PA O5' TTP sing 337 n n O2A HOA2 TTP sing 338 n n O3A PB TTP sing 339 n n PB O1B TTP doub 340 n n PB O2B TTP sing 341 n n PB O3B TTP sing 342 n n O2B HOB2 TTP sing 343 n n O3B PG TTP sing 344 n n PG O1G TTP doub 345 n n PG O2G TTP sing 346 n n PG O3G TTP sing 347 n n O2G HOG2 TTP sing 348 n n O3G HOG3 TTP sing 349 n n O5' C5' TTP sing 350 n n C5' C4' TTP sing 351 n n C5' "H5'1" TTP sing 352 n n C5' "H5'2" TTP sing 353 n n C4' O4' TTP sing 354 n n C4' C3' TTP sing 355 n n C4' H4' TTP sing 356 n n O4' C1' TTP sing 357 n n C3' O3' TTP sing 358 n n C3' C2' TTP sing 359 n n C3' H3' TTP sing 360 n n O3' HO3' TTP sing 361 n n C2' C1' TTP sing 362 n n C2' "H2'1" TTP sing 363 n n C2' "H2'2" TTP sing 364 n n C1' N1 TTP sing 365 n n C1' H1' TTP sing 366 n n N1 C2 TTP sing 367 n n N1 C6 TTP sing 368 n n C2 O2 TTP doub 369 n n C2 N3 TTP sing 370 n n N3 C4 TTP sing 371 n n N3 HN3 TTP sing 372 n n C4 O4 TTP doub 373 n n C4 C5 TTP sing 374 n n C5 C5M TTP sing 375 n n C5 C6 TTP doub 376 n n C5M HM51 TTP sing 377 n n C5M HM52 TTP sing 378 n n C5M HM53 TTP sing 379 n n C6 H6 TTP sing 380 n n # _atom_sites.entry_id 2JCS _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.02983 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.001261 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008371 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.014527 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 TTP A 1 1210 1210 TTP TTP . D 3 MG A 1 1211 1211 MG MG . E 2 TTP B 1 1210 1210 TTP TTP . F 3 MG B 1 1211 1211 MG MG . G 4 HOH A 1 2001 2001 HOH HOH . G 4 HOH A 2 2002 2002 HOH HOH . G 4 HOH A 3 2003 2003 HOH HOH . G 4 HOH A 4 2004 2004 HOH HOH . G 4 HOH A 5 2005 2005 HOH HOH . G 4 HOH A 6 2006 2006 HOH HOH . G 4 HOH A 7 2007 2007 HOH HOH . G 4 HOH A 8 2008 2008 HOH HOH . G 4 HOH A 9 2009 2009 HOH HOH . G 4 HOH A 10 2010 2010 HOH HOH . G 4 HOH A 11 2011 2011 HOH HOH . G 4 HOH A 12 2012 2012 HOH HOH . G 4 HOH A 13 2013 2013 HOH HOH . G 4 HOH A 14 2014 2014 HOH HOH . G 4 HOH A 15 2015 2015 HOH HOH . G 4 HOH A 16 2016 2016 HOH HOH . G 4 HOH A 17 2017 2017 HOH HOH . G 4 HOH A 18 2018 2018 HOH HOH . G 4 HOH A 19 2019 2019 HOH HOH . G 4 HOH A 20 2020 2020 HOH HOH . G 4 HOH A 21 2021 2021 HOH HOH . G 4 HOH A 22 2022 2022 HOH HOH . G 4 HOH A 23 2023 2023 HOH HOH . G 4 HOH A 24 2024 2024 HOH HOH . G 4 HOH A 25 2025 2025 HOH HOH . G 4 HOH A 26 2026 2026 HOH HOH . G 4 HOH A 27 2027 2027 HOH HOH . G 4 HOH A 28 2028 2028 HOH HOH . G 4 HOH A 29 2029 2029 HOH HOH . G 4 HOH A 30 2030 2030 HOH HOH . G 4 HOH A 31 2031 2031 HOH HOH . G 4 HOH A 32 2032 2032 HOH HOH . G 4 HOH A 33 2033 2033 HOH HOH . G 4 HOH A 34 2034 2034 HOH HOH . G 4 HOH A 35 2035 2035 HOH HOH . G 4 HOH A 36 2036 2036 HOH HOH . G 4 HOH A 37 2037 2037 HOH HOH . G 4 HOH A 38 2038 2038 HOH HOH . G 4 HOH A 39 2039 2039 HOH HOH . G 4 HOH A 40 2040 2040 HOH HOH . G 4 HOH A 41 2041 2041 HOH HOH . G 4 HOH A 42 2042 2042 HOH HOH . G 4 HOH A 43 2043 2043 HOH HOH . G 4 HOH A 44 2044 2044 HOH HOH . G 4 HOH A 45 2045 2045 HOH HOH . G 4 HOH A 46 2046 2046 HOH HOH . G 4 HOH A 47 2047 2047 HOH HOH . G 4 HOH A 48 2048 2048 HOH HOH . G 4 HOH A 49 2049 2049 HOH HOH . G 4 HOH A 50 2050 2050 HOH HOH . G 4 HOH A 51 2051 2051 HOH HOH . G 4 HOH A 52 2052 2052 HOH HOH . G 4 HOH A 53 2053 2053 HOH HOH . G 4 HOH A 54 2054 2054 HOH HOH . G 4 HOH A 55 2055 2055 HOH HOH . G 4 HOH A 56 2056 2056 HOH HOH . G 4 HOH A 57 2057 2057 HOH HOH . G 4 HOH A 58 2058 2058 HOH HOH . G 4 HOH A 59 2059 2059 HOH HOH . G 4 HOH A 60 2060 2060 HOH HOH . G 4 HOH A 61 2061 2061 HOH HOH . G 4 HOH A 62 2062 2062 HOH HOH . G 4 HOH A 63 2063 2063 HOH HOH . G 4 HOH A 64 2064 2064 HOH HOH . G 4 HOH A 65 2065 2065 HOH HOH . G 4 HOH A 66 2066 2066 HOH HOH . G 4 HOH A 67 2067 2067 HOH HOH . G 4 HOH A 68 2068 2068 HOH HOH . G 4 HOH A 69 2069 2069 HOH HOH . G 4 HOH A 70 2070 2070 HOH HOH . H 4 HOH B 1 2001 2001 HOH HOH . H 4 HOH B 2 2002 2002 HOH HOH . H 4 HOH B 3 2003 2003 HOH HOH . H 4 HOH B 4 2004 2004 HOH HOH . H 4 HOH B 5 2005 2005 HOH HOH . H 4 HOH B 6 2006 2006 HOH HOH . H 4 HOH B 7 2007 2007 HOH HOH . H 4 HOH B 8 2008 2008 HOH HOH . H 4 HOH B 9 2009 2009 HOH HOH . H 4 HOH B 10 2010 2010 HOH HOH . H 4 HOH B 11 2011 2011 HOH HOH . H 4 HOH B 12 2012 2012 HOH HOH . H 4 HOH B 13 2013 2013 HOH HOH . H 4 HOH B 14 2014 2014 HOH HOH . H 4 HOH B 15 2015 2015 HOH HOH . H 4 HOH B 16 2016 2016 HOH HOH . H 4 HOH B 17 2017 2017 HOH HOH . H 4 HOH B 18 2018 2018 HOH HOH . H 4 HOH B 19 2019 2019 HOH HOH . H 4 HOH B 20 2020 2020 HOH HOH . H 4 HOH B 21 2021 2021 HOH HOH . H 4 HOH B 22 2022 2022 HOH HOH . H 4 HOH B 23 2023 2023 HOH HOH . H 4 HOH B 24 2024 2024 HOH HOH . H 4 HOH B 25 2025 2025 HOH HOH . H 4 HOH B 26 2026 2026 HOH HOH . H 4 HOH B 27 2027 2027 HOH HOH . H 4 HOH B 28 2028 2028 HOH HOH . H 4 HOH B 29 2029 2029 HOH HOH . H 4 HOH B 30 2030 2030 HOH HOH . H 4 HOH B 31 2031 2031 HOH HOH . H 4 HOH B 32 2032 2032 HOH HOH . H 4 HOH B 33 2033 2033 HOH HOH . H 4 HOH B 34 2034 2034 HOH HOH . H 4 HOH B 35 2035 2035 HOH HOH . H 4 HOH B 36 2036 2036 HOH HOH . H 4 HOH B 37 2037 2037 HOH HOH . H 4 HOH B 38 2038 2038 HOH HOH . H 4 HOH B 39 2039 2039 HOH HOH . H 4 HOH B 40 2040 2040 HOH HOH . H 4 HOH B 41 2041 2041 HOH HOH . H 4 HOH B 42 2042 2042 HOH HOH . H 4 HOH B 43 2043 2043 HOH HOH . H 4 HOH B 44 2044 2044 HOH HOH . H 4 HOH B 45 2045 2045 HOH HOH . H 4 HOH B 46 2046 2046 HOH HOH . H 4 HOH B 47 2047 2047 HOH HOH . H 4 HOH B 48 2048 2048 HOH HOH . H 4 HOH B 49 2049 2049 HOH HOH . H 4 HOH B 50 2050 2050 HOH HOH . H 4 HOH B 51 2051 2051 HOH HOH . H 4 HOH B 52 2052 2052 HOH HOH . H 4 HOH B 53 2053 2053 HOH HOH . H 4 HOH B 54 2054 2054 HOH HOH . H 4 HOH B 55 2055 2055 HOH HOH . H 4 HOH B 56 2056 2056 HOH HOH . H 4 HOH B 57 2057 2057 HOH HOH . H 4 HOH B 58 2058 2058 HOH HOH . H 4 HOH B 59 2059 2059 HOH HOH . H 4 HOH B 60 2060 2060 HOH HOH . H 4 HOH B 61 2061 2061 HOH HOH . H 4 HOH B 62 2062 2062 HOH HOH . H 4 HOH B 63 2063 2063 HOH HOH . H 4 HOH B 64 2064 2064 HOH HOH . H 4 HOH B 65 2065 2065 HOH HOH . H 4 HOH B 66 2066 2066 HOH HOH . H 4 HOH B 67 2067 2067 HOH HOH . H 4 HOH B 68 2068 2068 HOH HOH . H 4 HOH B 69 2069 2069 HOH HOH . H 4 HOH B 70 2070 2070 HOH HOH . H 4 HOH B 71 2071 2071 HOH HOH . H 4 HOH B 72 2072 2072 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PA TTP . . . C 2 11.152 -3.028 14.037 1 23.97 ? PA TTP 1210 A 1 HETATM 2 O O1A TTP . . . C 2 11.524 -1.806 14.838 1 24.62 ? O1A TTP 1210 A 1 HETATM 3 O O2A TTP . . . C 2 12.083 -4.214 13.997 1 23.94 ? O2A TTP 1210 A 1 HETATM 4 O O3A TTP . . . C 2 9.689 -3.49 14.543 1 25.34 ? O3A TTP 1210 A 1 HETATM 5 P PB TTP . . . C 2 8.982 -4.868 14.095 1 25.75 ? PB TTP 1210 A 1 HETATM 6 O O1B TTP . . . C 2 7.582 -4.823 14.651 1 26.3 ? O1B TTP 1210 A 1 HETATM 7 O O2B TTP . . . C 2 9.171 -5.075 12.613 1 25.38 ? O2B TTP 1210 A 1 HETATM 8 O O3B TTP . . . C 2 9.844 -5.981 14.892 1 27.02 ? O3B TTP 1210 A 1 HETATM 9 P PG TTP . . . C 2 9.294 -7.471 15.198 1 28.31 ? PG TTP 1210 A 1 HETATM 10 O O1G TTP . . . C 2 8.844 -7.989 13.853 1 28.33 ? O1G TTP 1210 A 1 HETATM 11 O O2G TTP . . . C 2 10.491 -8.195 15.763 1 28.22 ? O2G TTP 1210 A 1 HETATM 12 O O3G TTP . . . C 2 8.17 -7.267 16.184 1 28 ? O3G TTP 1210 A 1 HETATM 13 O O5' TTP . . . C 2 10.904 -2.568 12.519 1 24.23 ? O5' TTP 1210 A 1 HETATM 14 C C5' TTP . . . C 2 9.793 -1.747 12.156 1 23.66 ? C5' TTP 1210 A 1 HETATM 15 C C4' TTP . . . C 2 10.04 -1.045 10.823 1 22.87 ? C4' TTP 1210 A 1 HETATM 16 O O4' TTP . . . C 2 10.558 0.26 11.069 1 23.53 ? O4' TTP 1210 A 1 HETATM 17 C C3' TTP . . . C 2 11.052 -1.749 9.933 1 22.61 ? C3' TTP 1210 A 1 HETATM 18 O O3' TTP . . . C 2 10.586 -1.667 8.587 1 22.54 ? O3' TTP 1210 A 1 HETATM 19 C C2' TTP . . . C 2 12.337 -0.956 10.047 1 22.89 ? C2' TTP 1210 A 1 HETATM 20 C C1' TTP . . . C 2 11.858 0.421 10.479 1 22.8 ? C1' TTP 1210 A 1 HETATM 21 N N1 TTP . . . C 2 12.748 1.082 11.435 1 22.24 ? N1 TTP 1210 A 1 HETATM 22 C C2 TTP . . . C 2 13.589 2.05 10.982 1 22.17 ? C2 TTP 1210 A 1 HETATM 23 O O2 TTP . . . C 2 13.605 2.332 9.765 1 21.85 ? O2 TTP 1210 A 1 HETATM 24 N N3 TTP . . . C 2 14.414 2.715 11.809 1 21.63 ? N3 TTP 1210 A 1 HETATM 25 C C4 TTP . . . C 2 14.435 2.442 13.118 1 21.5 ? C4 TTP 1210 A 1 HETATM 26 O O4 TTP . . . C 2 15.207 3.061 13.878 1 22.56 ? O4 TTP 1210 A 1 HETATM 27 C C5 TTP . . . C 2 13.529 1.39 13.646 1 21.63 ? C5 TTP 1210 A 1 HETATM 28 C C5M TTP . . . C 2 13.499 1.036 15.112 1 20.96 ? C5M TTP 1210 A 1 HETATM 29 C C6 TTP . . . C 2 12.7 0.745 12.738 1 21.82 ? C6 TTP 1210 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 276 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 29 #