data_2JDP
#
_model_server_result.job_id            vaT9CZ5XhiDsgOju39SJcQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-13 12:16:41' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          2jdp 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":1115}' 
#
_entry.id    2JDP 
#
_exptl.entry_id    2JDP 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              178.183 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  man 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'methyl alpha-L-fucopyranoside' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          94.21 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            2JDP 
_cell.length_a            95.062 
_cell.length_b            45.69 
_cell.length_c            87.952 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 2JDP 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PQS 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 H N N 
? 2 K N N 
? 2 N N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O ASN 22 A ASN 21 1_555 F CA CA . A CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc2 A OE1 GLU 96 A GLU 95 1_555 G CA CA . A CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? 
metalc ? metalc3 A OE2 GLU 96 A GLU 95 1_555 G CA CA . A CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? 
metalc ? metalc4 A OD1 ASP 100 A ASP 99 1_555 G CA CA . A CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? 
metalc ? metalc5 A OD1 ASP 102 A ASP 101 1_555 F CA CA . A CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.132 ? 
metalc ? metalc6 A OD2 ASP 102 A ASP 101 1_555 F CA CA . A CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.537 ? 
metalc ? metalc7 A OD1 ASP 102 A ASP 101 1_555 G CA CA . A CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? 
metalc ? metalc8 A OD1 ASN 104 A ASN 103 1_555 F CA CA . A CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? 
metalc ? metalc9 A OD1 ASP 105 A ASP 104 1_555 F CA CA . A CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? 
metalc ? metalc10 A OD1 ASP 105 A ASP 104 1_555 G CA CA . A CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.591 ? 
metalc ? metalc11 A OD2 ASP 105 A ASP 104 1_555 G CA CA . A CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? 
metalc ? metalc12 E O4 MFU . A MFU 1115 1_555 F CA CA . A CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? 
metalc ? metalc13 E O3 MFU . A MFU 1115 1_555 F CA CA . A CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? 
metalc ? metalc14 E O2 MFU . A MFU 1115 1_555 G CA CA . A CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.646 ? 
metalc ? metalc15 E O3 MFU . A MFU 1115 1_555 G CA CA . A CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc16 F CA CA . A CA 1116 1_555 B O GLY 115 B GLY 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? 
metalc ? metalc17 B O ASN 22 B ASN 21 1_555 I CA CA . B CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? 
metalc ? metalc18 B OE2 GLU 96 B GLU 95 1_555 J CA CA . B CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? 
metalc ? metalc19 B OE1 GLU 96 B GLU 95 1_555 J CA CA . B CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.622 ? 
metalc ? metalc20 B OD1 ASP 100 B ASP 99 1_555 J CA CA . B CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc21 B OD1 ASP 102 B ASP 101 1_555 I CA CA . B CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.111 ? 
metalc ? metalc22 B OD2 ASP 102 B ASP 101 1_555 I CA CA . B CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? 
metalc ? metalc23 B OD1 ASP 102 B ASP 101 1_555 J CA CA . B CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? 
metalc ? metalc24 B OD1 ASN 104 B ASN 103 1_555 I CA CA . B CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? 
metalc ? metalc25 B OD1 ASP 105 B ASP 104 1_555 I CA CA . B CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? 
metalc ? metalc26 B OD1 ASP 105 B ASP 104 1_555 J CA CA . B CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.702 ? 
metalc ? metalc27 B OD2 ASP 105 B ASP 104 1_555 J CA CA . B CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? 
metalc ? metalc28 H O3 MFU . B MFU 1115 1_555 I CA CA . B CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? 
metalc ? metalc29 H O4 MFU . B MFU 1115 1_555 I CA CA . B CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc30 H O3 MFU . B MFU 1115 1_555 J CA CA . B CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc31 H O2 MFU . B MFU 1115 1_555 J CA CA . B CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.55 ? 
metalc ? metalc32 C O ASN 22 C ASN 21 1_555 L CA CA . C CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? 
metalc ? metalc33 C OE2 GLU 96 C GLU 95 1_555 M CA CA . C CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? 
metalc ? metalc34 C OE1 GLU 96 C GLU 95 1_555 M CA CA . C CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.75 ? 
metalc ? metalc35 C OD1 ASP 100 C ASP 99 1_555 M CA CA . C CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? 
metalc ? metalc36 C OD2 ASP 102 C ASP 101 1_555 L CA CA . C CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.539 ? 
metalc ? metalc37 C OD1 ASP 102 C ASP 101 1_555 L CA CA . C CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.3 ? 
metalc ? metalc38 C OD1 ASP 102 C ASP 101 1_555 M CA CA . C CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? 
metalc ? metalc39 C OD1 ASN 104 C ASN 103 1_555 L CA CA . C CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? 
metalc ? metalc40 C OD1 ASP 105 C ASP 104 1_555 L CA CA . C CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? 
metalc ? metalc41 C OD1 ASP 105 C ASP 104 1_555 M CA CA . C CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.714 ? 
metalc ? metalc42 C OD2 ASP 105 C ASP 104 1_555 M CA CA . C CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.524 ? 
metalc ? metalc43 C O GLY 115 C GLY 114 1_555 O CA CA . D CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? 
metalc ? metalc44 K O3 MFU . C MFU 1115 1_555 L CA CA . C CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc45 K O4 MFU . C MFU 1115 1_555 L CA CA . C CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? 
metalc ? metalc46 K O3 MFU . C MFU 1115 1_555 M CA CA . C CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc47 K O2 MFU . C MFU 1115 1_555 M CA CA . C CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.568 ? 
metalc ? metalc48 D O ASN 22 D ASN 21 1_555 O CA CA . D CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? 
metalc ? metalc49 D OE2 GLU 96 D GLU 95 1_555 P CA CA . D CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? 
metalc ? metalc50 D OE1 GLU 96 D GLU 95 1_555 P CA CA . D CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.641 ? 
metalc ? metalc51 D OD1 ASP 100 D ASP 99 1_555 P CA CA . D CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? 
metalc ? metalc52 D OD1 ASP 102 D ASP 101 1_555 O CA CA . D CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.155 ? 
metalc ? metalc53 D OD2 ASP 102 D ASP 101 1_555 O CA CA . D CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? 
metalc ? metalc54 D OD1 ASP 102 D ASP 101 1_555 P CA CA . D CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc55 D OD1 ASN 104 D ASN 103 1_555 O CA CA . D CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc56 D OD1 ASP 105 D ASP 104 1_555 O CA CA . D CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? 
metalc ? metalc57 D OD2 ASP 105 D ASP 104 1_555 P CA CA . D CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? 
metalc ? metalc58 D OD1 ASP 105 D ASP 104 1_555 P CA CA . D CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.627 ? 
metalc ? metalc59 N O3 MFU . D MFU 1115 1_555 O CA CA . D CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.537 ? 
metalc ? metalc60 N O4 MFU . D MFU 1115 1_555 O CA CA . D CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? 
metalc ? metalc61 N O2 MFU . D MFU 1115 1_555 P CA CA . D CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.531 ? 
metalc ? metalc62 N O3 MFU . D MFU 1115 1_555 P CA CA . D CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? 
#
_chem_comp.formula           'C7 H14 O5' 
_chem_comp.formula_weight    178.183 
_chem_comp.id                MFU 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              'methyl alpha-L-fucopyranoside' 
_chem_comp.type              l-saccharide 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'ALPHA-L-METHYL-FUCOSE;methyl 6-deoxy-alpha-L-galactopyranoside;methyl alpha-L-fucoside;methyl L-fucoside;methyl fucoside' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 MFU sing 203 n n 
C1 O1 MFU sing 204 n n 
C1 O5 MFU sing 205 n n 
C1 H1 MFU sing 206 n n 
C2 C3 MFU sing 207 n n 
C2 O2 MFU sing 208 n n 
C2 H2 MFU sing 209 n n 
C3 C4 MFU sing 210 n n 
C3 O3 MFU sing 211 n n 
C3 H3 MFU sing 212 n n 
C4 C5 MFU sing 213 n n 
C4 O4 MFU sing 214 n n 
C4 H4 MFU sing 215 n n 
C5 C6 MFU sing 216 n n 
C5 O5 MFU sing 217 n n 
C5 H5 MFU sing 218 n n 
C6 H61 MFU sing 219 n n 
C6 H62 MFU sing 220 n n 
C6 H63 MFU sing 221 n n 
O1 CM MFU sing 222 n n 
O2 HO2 MFU sing 223 n n 
O3 HO3 MFU sing 224 n n 
O4 HO4 MFU sing 225 n n 
CM HM1 MFU sing 226 n n 
CM HM2 MFU sing 227 n n 
CM HM3 MFU sing 228 n n 
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
MFU LFucp[1Me]a 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
MFU 1-methyl-a-L-fucopyranose 'COMMON NAME' GMML 1 
MFU o1-methyl-a-L-fucose 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 
#
_atom_sites.entry_id                     2JDP 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.010519 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000774 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.021887 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.011401 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 MFU A 1 1115 1115 MFU MFU . 
F 3 CA A 1 1116 1116 CA CA . 
G 3 CA A 1 1117 1117 CA CA . 
H 2 MFU B 1 1115 1115 MFU MFU . 
I 3 CA B 1 1116 1116 CA CA . 
J 3 CA B 1 1117 1117 CA CA . 
K 2 MFU C 1 1115 1115 MFU MFU . 
L 3 CA C 1 1116 1116 CA CA . 
M 3 CA C 1 1117 1117 CA CA . 
N 2 MFU D 1 1115 1115 MFU MFU . 
O 3 CA D 1 1116 1116 CA CA . 
P 3 CA D 1 1117 1117 CA CA . 
Q 4 HOH A 1 2001 2001 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 2 2002 2002 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 3 2003 2003 HOH HOH . 
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HETATM 2 C C2 MFU . . . K 2 1.385 -1.623 -35.747 1 22.1 ? C2 MFU 1115 C 1 
HETATM 3 C C3 MFU . . . K 2 1.161 -3.057 -35.3 1 19.45 ? C3 MFU 1115 C 1 
HETATM 4 C C4 MFU . . . K 2 2.279 -3.562 -34.393 1 20.31 ? C4 MFU 1115 C 1 
HETATM 5 C C5 MFU . . . K 2 3.662 -3.27 -34.986 1 19.12 ? C5 MFU 1115 C 1 
HETATM 6 C C6 MFU . . . K 2 4.8 -3.726 -34.052 1 18.35 ? C6 MFU 1115 C 1 
HETATM 7 O O1 MFU . . . K 2 2.913 -2.269 -37.485 1 24.58 ? O1 MFU 1115 C 1 
HETATM 8 O O2 MFU . . . K 2 0.395 -1.322 -36.73 1 21.3 ? O2 MFU 1115 C 1 
HETATM 9 O O3 MFU . . . K 2 -0.109 -3.123 -34.622 1 18.33 ? O3 MFU 1115 C 1 
HETATM 10 O O4 MFU . . . K 2 2.12 -2.926 -33.114 1 21.25 ? O4 MFU 1115 C 1 
HETATM 11 O O5 MFU . . . K 2 3.739 -1.866 -35.306 1 18.57 ? O5 MFU 1115 C 1 
HETATM 12 C CM MFU . . . K 2 4.053 -1.892 -38.294 1 23.23 ? CM MFU 1115 C 1 
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