data_2JDY
#
_model_server_result.job_id            Kori1fEpFc3r4TXhaP7WFw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 23:52:45' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          2jdy 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"N","auth_seq_id":1115}' 
#
_entry.id    2JDY 
#
_exptl.entry_id    2JDY 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              194.182 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  man 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'methyl alpha-D-mannopyranoside' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            2JDY 
_cell.length_a            50.383 
_cell.length_b            80.085 
_cell.length_c            52.493 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 2JDY 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PQS 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 H N N 
? 2 K N N 
? 2 N N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O ASN 22 A ASN 21 1_555 F CA CA . A CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 96 A GLU 95 1_555 G CA CA . A CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? 
metalc ? metalc3 A OE1 GLU 96 A GLU 95 1_555 G CA CA . A CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? 
metalc ? metalc4 A OD1 ASP 100 A ASP 99 1_555 G CA CA . A CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? 
metalc ? metalc5 A OD1 ASP 102 A ASP 101 1_555 F CA CA . A CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.077 ? 
metalc ? metalc6 A OD2 ASP 102 A ASP 101 1_555 F CA CA . A CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? 
metalc ? metalc7 A OD1 ASP 102 A ASP 101 1_555 G CA CA . A CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc8 A OD1 ASN 104 A ASN 103 1_555 F CA CA . A CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc9 A OD1 ASP 105 A ASP 104 1_555 F CA CA . A CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? 
metalc ? metalc10 A OD1 ASP 105 A ASP 104 1_555 G CA CA . A CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.687 ? 
metalc ? metalc11 A OD2 ASP 105 A ASP 104 1_555 G CA CA . A CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.53 ? 
metalc ? metalc12 A O GLY 115 A GLY 114 1_555 J CA CA . B CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? 
metalc ? metalc13 E O2 MMA . A MMA 1115 1_555 F CA CA . A CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? 
metalc ? metalc14 E O3 MMA . A MMA 1115 1_555 F CA CA . A CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.53 ? 
metalc ? metalc15 E O4 MMA . A MMA 1115 1_555 G CA CA . A CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.617 ? 
metalc ? metalc16 E O3 MMA . A MMA 1115 1_555 G CA CA . A CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? 
metalc ? metalc17 F CA CA . A CA 1116 1_555 B O GLY 115 B GLY 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? 
metalc ? metalc18 B O ASN 22 B ASN 21 1_555 J CA CA . B CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? 
metalc ? metalc19 B OE1 GLU 96 B GLU 95 1_555 I CA CA . B CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? 
metalc ? metalc20 B OE2 GLU 96 B GLU 95 1_555 I CA CA . B CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? 
metalc ? metalc21 B OD1 ASP 100 B ASP 99 1_555 I CA CA . B CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc22 B OD1 ASP 102 B ASP 101 1_555 I CA CA . B CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc23 B OD1 ASP 102 B ASP 101 1_555 J CA CA . B CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.089 ? 
metalc ? metalc24 B OD2 ASP 102 B ASP 101 1_555 J CA CA . B CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.534 ? 
metalc ? metalc25 B OD1 ASN 104 B ASN 103 1_555 J CA CA . B CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc26 B OD1 ASP 105 B ASP 104 1_555 I CA CA . B CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.708 ? 
metalc ? metalc27 B OD2 ASP 105 B ASP 104 1_555 I CA CA . B CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? 
metalc ? metalc28 B OD1 ASP 105 B ASP 104 1_555 J CA CA . B CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? 
metalc ? metalc29 H O3 MMA . B MMA 1115 1_555 I CA CA . B CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? 
metalc ? metalc30 H O4 MMA . B MMA 1115 1_555 I CA CA . B CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? 
metalc ? metalc31 H O2 MMA . B MMA 1115 1_555 J CA CA . B CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.53 ? 
metalc ? metalc32 H O3 MMA . B MMA 1115 1_555 J CA CA . B CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? 
metalc ? metalc33 C O ASN 22 C ASN 21 1_555 M CA CA . C CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? 
metalc ? metalc34 C OE1 GLU 96 C GLU 95 1_555 L CA CA . C CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? 
metalc ? metalc35 C OE2 GLU 96 C GLU 95 1_555 L CA CA . C CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? 
metalc ? metalc36 C OD1 ASP 100 C ASP 99 1_555 L CA CA . C CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc37 C OD1 ASP 102 C ASP 101 1_555 L CA CA . C CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc38 C OD2 ASP 102 C ASP 101 1_555 M CA CA . C CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? 
metalc ? metalc39 C OD1 ASP 102 C ASP 101 1_555 M CA CA . C CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.082 ? 
metalc ? metalc40 C OD1 ASN 104 C ASN 103 1_555 M CA CA . C CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? 
metalc ? metalc41 C OD2 ASP 105 C ASP 104 1_555 L CA CA . C CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? 
metalc ? metalc42 C OD1 ASP 105 C ASP 104 1_555 L CA CA . C CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.728 ? 
metalc ? metalc43 C OD1 ASP 105 C ASP 104 1_555 M CA CA . C CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? 
metalc ? metalc44 C O GLY 115 C GLY 114 1_555 O CA CA . D CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.467 ? 
metalc ? metalc45 K O3 MMA . C MMA 1115 1_555 L CA CA . C CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? 
metalc ? metalc46 K O4 MMA . C MMA 1115 1_555 L CA CA . C CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.702 ? 
metalc ? metalc47 K O2 MMA . C MMA 1115 1_555 M CA CA . C CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.537 ? 
metalc ? metalc48 K O3 MMA . C MMA 1115 1_555 M CA CA . C CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? 
metalc ? metalc49 M CA CA . C CA 1117 1_555 D O GLY 115 D GLY 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.518 ? 
metalc ? metalc50 D O ASN 22 D ASN 21 1_555 O CA CA . D CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc51 D OE2 GLU 96 D GLU 95 1_555 P CA CA . D CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.444 ? 
metalc ? metalc52 D OE1 GLU 96 D GLU 95 1_555 P CA CA . D CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? 
metalc ? metalc53 D OD1 ASP 100 D ASP 99 1_555 P CA CA . D CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc54 D OD2 ASP 102 D ASP 101 1_555 O CA CA . D CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.487 ? 
metalc ? metalc55 D OD1 ASP 102 D ASP 101 1_555 O CA CA . D CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.074 ? 
metalc ? metalc56 D OD1 ASP 102 D ASP 101 1_555 P CA CA . D CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? 
metalc ? metalc57 D OD1 ASN 104 D ASN 103 1_555 O CA CA . D CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc58 D OD1 ASP 105 D ASP 104 1_555 O CA CA . D CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? 
metalc ? metalc59 D OD1 ASP 105 D ASP 104 1_555 P CA CA . D CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.67 ? 
metalc ? metalc60 D OD2 ASP 105 D ASP 104 1_555 P CA CA . D CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? 
metalc ? metalc61 N O3 MMA . D MMA 1115 1_555 O CA CA . D CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.53 ? 
metalc ? metalc62 N O2 MMA . D MMA 1115 1_555 O CA CA . D CA 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.584 ? 
metalc ? metalc63 N O3 MMA . D MMA 1115 1_555 P CA CA . D CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? 
metalc ? metalc64 N O4 MMA . D MMA 1115 1_555 P CA CA . D CA 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? 
#
_chem_comp.formula           'C7 H14 O6' 
_chem_comp.formula_weight    194.182 
_chem_comp.id                MMA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              'methyl alpha-D-mannopyranoside' 
_chem_comp.type              d-saccharide 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'O1-METHYL-MANNOSE;methyl alpha-D-mannoside;methyl D-mannoside;methyl mannoside' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 MMA sing 203 n n 
C1 O1 MMA sing 204 n n 
C1 O5 MMA sing 205 n n 
C1 H1 MMA sing 206 n n 
C2 C3 MMA sing 207 n n 
C2 O2 MMA sing 208 n n 
C2 H2 MMA sing 209 n n 
C3 C4 MMA sing 210 n n 
C3 O3 MMA sing 211 n n 
C3 H3 MMA sing 212 n n 
C4 C5 MMA sing 213 n n 
C4 O4 MMA sing 214 n n 
C4 H4 MMA sing 215 n n 
C5 C6 MMA sing 216 n n 
C5 O5 MMA sing 217 n n 
C5 H5 MMA sing 218 n n 
C6 O6 MMA sing 219 n n 
C6 H61 MMA sing 220 n n 
C6 H62 MMA sing 221 n n 
C7 O1 MMA sing 222 n n 
C7 H71 MMA sing 223 n n 
C7 H72 MMA sing 224 n n 
C7 H73 MMA sing 225 n n 
O2 HO2 MMA sing 226 n n 
O3 HO3 MMA sing 227 n n 
O4 HO4 MMA sing 228 n n 
O6 HO6 MMA sing 229 n n 
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
MMA DManp[1Me]a 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
MMA 1-methyl-a-D-mannopyranose 'COMMON NAME' GMML 1 
MMA o1-methyl-mannose 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 
#
_atom_sites.entry_id                     2JDY 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.019848 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.007048 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.012487 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.020216 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 MMA A 1 1115 1115 MMA MMA . 
F 3 CA A 1 1116 1116 CA CA . 
G 3 CA A 1 1117 1117 CA CA . 
H 2 MMA B 1 1115 1115 MMA MMA . 
I 3 CA B 1 1116 1116 CA CA . 
J 3 CA B 1 1117 1117 CA CA . 
K 2 MMA C 1 1115 1115 MMA MMA . 
L 3 CA C 1 1116 1116 CA CA . 
M 3 CA C 1 1117 1117 CA CA . 
N 2 MMA D 1 1115 1115 MMA MMA . 
O 3 CA D 1 1116 1116 CA CA . 
P 3 CA D 1 1117 1117 CA CA . 
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