data_2KY8 # _model_server_result.job_id iegUrk90Y5LruDqsKwD0-w _model_server_result.datetime_utc '2024-11-08 11:58:35' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2ky8 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":302}' # _entry.id 2KY8 # _exptl.entry_id 2KY8 _exptl.method 'SOLUTION NMR' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 2KY8 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2KY8 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 D N N ? 4 E N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 B O3' DT 5 B DT 104 1_555 B P 5CM 6 B 5CM 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.61 ? covale ? covale2 B O3' 5CM 6 B 5CM 105 1_555 B P DG 7 B DG 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.611 ? covale ? covale3 B O3' DC 9 B DC 108 1_555 B P TED 10 B TED 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.612 ? covale ? covale4 C O3' DC 4 C DC 114 1_555 C P 5CM 5 C 5CM 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.61 ? covale ? covale5 C O3' 5CM 5 C 5CM 115 1_555 C P DG 6 C DG 116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.611 ? covale ? covale6 C O3' DT 8 C DT 118 1_555 C P TED 9 C TED 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.61 ? metalc ? metalc1 B OY2 TED 10 B TED 109 1_555 D MN MN . B MN 302 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc2 B OY1 TED 10 B TED 109 1_555 D MN MN . B MN 302 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc3 B OY2 TED 10 B TED 109 1_555 D MN MN . B MN 302 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? metalc ? metalc4 B OY2 TED 10 B TED 109 1_555 D MN MN . B MN 302 1_555 ? C ? ? C ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc5 B OY1 TED 10 B TED 109 1_555 D MN MN . B MN 302 1_555 ? C ? ? C ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc6 B OY1 TED 10 B TED 109 1_555 D MN MN . B MN 302 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc7 B OY3 TED 10 B TED 109 1_555 D MN MN . B MN 302 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc8 B NYB TED 10 B TED 109 1_555 D MN MN . B MN 302 1_555 ? C ? ? C ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc9 B NYB TED 10 B TED 109 1_555 D MN MN . B MN 302 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? metalc ? metalc10 B OY4 TED 10 B TED 109 1_555 D MN MN . B MN 302 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc11 B OY4 TED 10 B TED 109 1_555 D MN MN . B MN 302 1_555 ? C ? ? C ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? metalc ? metalc12 B OY4 TED 10 B TED 109 1_555 D MN MN . B MN 302 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc13 B OY3 TED 10 B TED 109 1_555 D MN MN . B MN 302 1_555 ? C ? ? C ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? metalc ? metalc14 B OY3 TED 10 B TED 109 1_555 D MN MN . B MN 302 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc15 B NYA TED 10 B TED 109 1_555 D MN MN . B MN 302 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? metalc ? metalc16 B NYB TED 10 B TED 109 1_555 D MN MN . B MN 302 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc17 B NYA TED 10 B TED 109 1_555 D MN MN . B MN 302 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc18 B NYA TED 10 B TED 109 1_555 D MN MN . B MN 302 1_555 ? C ? ? C ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc19 C OY4 TED 9 C TED 119 1_555 E MN MN . C MN 301 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc20 C OY2 TED 9 C TED 119 1_555 E MN MN . C MN 301 1_555 ? C ? ? C ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc21 C OY1 TED 9 C TED 119 1_555 E MN MN . C MN 301 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc22 C OY1 TED 9 C TED 119 1_555 E MN MN . C MN 301 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc23 C OY1 TED 9 C TED 119 1_555 E MN MN . C MN 301 1_555 ? C ? ? C ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc24 C OY2 TED 9 C TED 119 1_555 E MN MN . C MN 301 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc25 C OY2 TED 9 C TED 119 1_555 E MN MN . C MN 301 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc26 C OY4 TED 9 C TED 119 1_555 E MN MN . C MN 301 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc27 C OY3 TED 9 C TED 119 1_555 E MN MN . C MN 301 1_555 ? C ? ? C ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc28 C OY3 TED 9 C TED 119 1_555 E MN MN . C MN 301 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc29 C OY4 TED 9 C TED 119 1_555 E MN MN . C MN 301 1_555 ? C ? ? C ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc30 C NYB TED 9 C TED 119 1_555 E MN MN . C MN 301 1_555 ? C ? ? C ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? metalc ? metalc31 C OY3 TED 9 C TED 119 1_555 E MN MN . C MN 301 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc32 C NYA TED 9 C TED 119 1_555 E MN MN . C MN 301 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? metalc ? metalc33 C NYB TED 9 C TED 119 1_555 E MN MN . C MN 301 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.402 ? metalc ? metalc34 C NYA TED 9 C TED 119 1_555 E MN MN . C MN 301 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? metalc ? metalc35 C NYA TED 9 C TED 119 1_555 E MN MN . C MN 301 1_555 ? C ? ? C ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc36 C NYB TED 9 C TED 119 1_555 E MN MN . C MN 301 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 B N1 DG 1 B DG 100 1_555 C N3 DC 11 C DC 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 B N2 DG 1 B DG 100 1_555 C O2 DC 11 C DC 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 B O6 DG 1 B DG 100 1_555 C N4 DC 11 C DC 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 B N1 DG 2 B DG 101 1_555 C N3 DC 10 C DC 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 B N2 DG 2 B DG 101 1_555 C O2 DC 10 C DC 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 B O6 DG 2 B DG 101 1_555 C N4 DC 10 C DC 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 B N1 DA 4 B DA 103 1_555 C N3 DT 8 C DT 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 B N6 DA 4 B DA 103 1_555 C O4 DT 8 C DT 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 B N3 DT 5 B DT 104 1_555 C N1 DA 7 C DA 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 B O4 DT 5 B DT 104 1_555 C N6 DA 7 C DA 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 B N3 5CM 6 B 5CM 105 1_555 C N1 DG 6 C DG 116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 B N4 5CM 6 B 5CM 105 1_555 C O6 DG 6 C DG 116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 B O2 5CM 6 B 5CM 105 1_555 C N2 DG 6 C DG 116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 B N1 DG 7 B DG 106 1_555 C N3 5CM 5 C 5CM 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 B N2 DG 7 B DG 106 1_555 C O2 5CM 5 C 5CM 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 B O6 DG 7 B DG 106 1_555 C N4 5CM 5 C 5CM 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 B N1 DG 8 B DG 107 1_555 C N3 DC 4 C DC 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 B N2 DG 8 B DG 107 1_555 C O2 DC 4 C DC 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 B O6 DG 8 B DG 107 1_555 C N4 DC 4 C DC 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 B N3 DC 9 B DC 108 1_555 C N1 DG 3 C DG 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 B N4 DC 9 B DC 108 1_555 C O6 DG 3 C DG 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 B O2 DC 9 B DC 108 1_555 C N2 DG 3 C DG 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 B N3 DC 11 B DC 110 1_555 C N1 DG 1 C DG 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 B N4 DC 11 B DC 110 1_555 C O6 DG 1 C DG 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 B O2 DC 11 B DC 110 1_555 C N2 DG 1 C DG 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 2KY8 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 MN B 1 302 302 MN MN . E 4 MN C 1 301 301 MN MN . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 MN MN MN . A . D 4 -3.799 1.916 54.594 1 0 ? MN MN 302 B 1 HETATM 2 MN MN MN . B . D 4 -5.255 2.12 51.872 1 0 ? MN MN 302 B 1 HETATM 3 MN MN MN . C . D 4 -4.56 1.916 51.502 1 0 ? MN MN 302 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 63 _model_server_stats.parse_time_ms 15 _model_server_stats.create_model_time_ms 81 _model_server_stats.query_time_ms 6486 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 3 #