data_2MS6 # _model_server_result.job_id EvsALyE9bermOV4NsvOqIQ _model_server_result.datetime_utc '2025-03-05 21:35:00' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2ms6 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":101}' # _entry.id 2MS6 # _exptl.entry_id 2MS6 _exptl.method 'SOLUTION NMR' # _entity.details ? _entity.formula_weight 302.236 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE" _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 F N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order hydrog 'DT-DT MISPAIR' hydrog1 A O4 DT 2 A DT 2 1_555 B N3 DT 2 B DT 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog2 A N3 DT 2 A DT 2 1_555 B N1 DA 3 B DA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DA MISPAIR' hydrog3 A N6 DA 3 A DA 3 1_555 B N1 DA 3 B DA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DG MISPAIR' hydrog4 A N7 DA 3 A DA 3 1_555 B N2 DG 4 B DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog5 A N1 DA 3 A DA 3 1_555 D N3 DT 2 D DT 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DA MISPAIR' hydrog6 A N1 DA 3 A DA 3 1_555 D N6 DA 3 D DA 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog7 A N7 DG 4 A DG 4 1_555 B N2 DG 4 B DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog8 A O6 DG 4 A DG 4 1_555 B N1 DG 4 B DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DA MISPAIR' hydrog9 A N2 DG 4 A DG 4 1_555 D N7 DA 3 D DA 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog10 A N1 DG 4 A DG 4 1_555 D O6 DG 4 D DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog11 A N2 DG 4 A DG 4 1_555 D N7 DG 4 D DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog12 A N7 DG 5 A DG 5 1_555 B N2 DG 5 B DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog13 A O6 DG 5 A DG 5 1_555 B N1 DG 5 B DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog14 A N1 DG 5 A DG 5 1_555 D O6 DG 5 D DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog15 A N2 DG 5 A DG 5 1_555 D N7 DG 5 D DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog16 A N7 DG 6 A DG 6 1_555 B N2 DG 6 B DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog17 A O6 DG 6 A DG 6 1_555 B N1 DG 6 B DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog18 A N1 DG 6 A DG 6 1_555 D O6 DG 6 D DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog19 A N2 DG 6 A DG 6 1_555 D N7 DG 6 D DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DT MISPAIR' hydrog20 B O4 DT 2 B DT 9 1_555 C N3 DT 2 C DT 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog21 B N6 DA 3 B DA 10 1_555 C O4 DT 2 C DT 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DA MISPAIR' hydrog22 B N6 DA 3 B DA 10 1_555 C N1 DA 3 C DA 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog23 B N7 DG 4 B DG 11 1_555 C N2 DG 4 C DG 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog24 B O6 DG 4 B DG 11 1_555 C N1 DG 4 C DG 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog25 B N7 DG 5 B DG 12 1_555 C N2 DG 5 C DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog26 B O6 DG 5 B DG 12 1_555 C N1 DG 5 C DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog27 B N7 DG 6 B DG 13 1_555 C N2 DG 6 C DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog28 B O6 DG 6 B DG 13 1_555 C N1 DG 6 C DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DG MISPAIR' hydrog29 C N7 DA 3 C DA 17 1_555 D N2 DG 4 D DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog30 C N7 DG 4 C DG 18 1_555 D N2 DG 4 D DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog31 C O6 DG 4 C DG 18 1_555 D N1 DG 4 D DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog32 C N7 DG 5 C DG 19 1_555 D N2 DG 5 D DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog33 C O6 DG 5 C DG 19 1_555 D N1 DG 5 D DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog34 C N7 DG 6 C DG 20 1_555 D N2 DG 6 D DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog35 C O6 DG 6 C DG 20 1_555 D N1 DG 6 D DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C15 H10 O7' _chem_comp.formula_weight 302.236 _chem_comp.id QUE _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms QUERCETIN # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 QUE doub 115 n y C1 C6 QUE sing 116 n y C1 H1 QUE sing 117 n n C2 C3 QUE sing 118 n y C2 O30 QUE sing 119 n n C3 C4 QUE doub 120 n y C3 C9 QUE sing 121 n y C4 C5 QUE sing 122 n y C4 O12 QUE sing 123 n y C5 C6 QUE doub 124 n y C5 H5 QUE sing 125 n n C6 O29 QUE sing 126 n n C9 C10 QUE sing 127 n y C9 O13 QUE doub 128 n n C10 C11 QUE doub 129 n y C10 O27 QUE sing 130 n n C11 C14 QUE sing 131 n y C11 O12 QUE sing 132 n y C14 C15 QUE doub 133 n y C14 C19 QUE sing 134 n y C15 C16 QUE sing 135 n y C15 H15 QUE sing 136 n n C16 C17 QUE doub 137 n y C16 H16 QUE sing 138 n n C17 C18 QUE sing 139 n y C17 O24 QUE sing 140 n n C18 C19 QUE doub 141 n y C18 O23 QUE sing 142 n n C19 H19 QUE sing 143 n n O23 HO3 QUE sing 144 n n O24 HO4 QUE sing 145 n n O27 HO7 QUE sing 146 n n O29 HO9 QUE sing 147 n n O30 HO0 QUE sing 148 n n # _atom_sites.entry_id 2MS6 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 QUE C 1 101 1 QUE UNK . F 2 QUE D 1 101 1 QUE UNK . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 QUE . . . E 2 -8.503 -5.202 -5.277 1 0 ? C1 QUE 101 C 1 HETATM 2 C C2 QUE . . . E 2 -8.701 -3.904 -5.582 1 0 ? C2 QUE 101 C 1 HETATM 3 C C3 QUE . . . E 2 -9.376 -3.038 -4.676 1 0 ? C3 QUE 101 C 1 HETATM 4 C C4 QUE . . . E 2 -9.685 -3.387 -3.36 1 0 ? C4 QUE 101 C 1 HETATM 5 C C5 QUE . . . E 2 -9.65 -4.737 -3.158 1 0 ? C5 QUE 101 C 1 HETATM 6 C C6 QUE . . . E 2 -9.058 -5.66 -4.107 1 0 ? C6 QUE 101 C 1 HETATM 7 C C9 QUE . . . E 2 -9.74 -1.683 -5.12 1 0 ? C9 QUE 101 C 1 HETATM 8 C C10 QUE . . . E 2 -10.084 -0.715 -4.083 1 0 ? C10 QUE 101 C 1 HETATM 9 C C11 QUE . . . E 2 -10.17 -1.139 -2.744 1 0 ? C11 QUE 101 C 1 HETATM 10 C C14 QUE . . . E 2 -10.372 -0.162 -1.633 1 0 ? C14 QUE 101 C 1 HETATM 11 C C15 QUE . . . E 2 -10.93 -0.674 -0.44 1 0 ? C15 QUE 101 C 1 HETATM 12 C C16 QUE . . . E 2 -11.109 0.16 0.621 1 0 ? C16 QUE 101 C 1 HETATM 13 C C17 QUE . . . E 2 -10.949 1.501 0.535 1 0 ? C17 QUE 101 C 1 HETATM 14 C C18 QUE . . . E 2 -10.503 2.033 -0.629 1 0 ? C18 QUE 101 C 1 HETATM 15 C C19 QUE . . . E 2 -10.196 1.25 -1.73 1 0 ? C19 QUE 101 C 1 HETATM 16 O O12 QUE . . . E 2 -10.096 -2.454 -2.382 1 0 ? O12 QUE 101 C 1 HETATM 17 O O13 QUE . . . E 2 -9.747 -1.29 -6.272 1 0 ? O13 QUE 101 C 1 HETATM 18 O O23 QUE . . . E 2 -10.617 3.417 -0.609 1 0 ? O23 QUE 101 C 1 HETATM 19 O O24 QUE . . . E 2 -11.34 2.378 1.539 1 0 ? O24 QUE 101 C 1 HETATM 20 O O27 QUE . . . E 2 -10.316 0.561 -4.561 1 0 ? O27 QUE 101 C 1 HETATM 21 O O29 QUE . . . E 2 -9.104 -6.982 -3.923 1 0 ? O29 QUE 101 C 1 HETATM 22 O O30 QUE . . . E 2 -8.067 -3.343 -6.674 1 0 ? O30 QUE 101 C 1 HETATM 23 H H1 QUE . . . E 2 -7.869 -5.846 -5.868 1 0 ? H1 QUE 101 C 1 HETATM 24 H H5 QUE . . . E 2 -9.97 -5.131 -2.205 1 0 ? H5 QUE 101 C 1 HETATM 25 H H15 QUE . . . E 2 -11.223 -1.714 -0.408 1 0 ? H15 QUE 101 C 1 HETATM 26 H H16 QUE . . . E 2 -11.51 -0.216 1.551 1 0 ? H16 QUE 101 C 1 HETATM 27 H H19 QUE . . . E 2 -9.83 1.696 -2.643 1 0 ? H19 QUE 101 C 1 HETATM 28 H HO3 QUE . . . E 2 -10.668 3.772 -1.486 1 0 ? HO3 QUE 101 C 1 HETATM 29 H HO4 QUE . . . E 2 -11.201 3.211 1.108 1 0 ? HO4 QUE 101 C 1 HETATM 30 H HO7 QUE . . . E 2 -10.354 0.515 -5.507 1 0 ? HO7 QUE 101 C 1 HETATM 31 H HO9 QUE . . . E 2 -9.604 -7.43 -4.592 1 0 ? HO9 QUE 101 C 1 HETATM 32 H HO0 QUE . . . E 2 -7.952 -3.941 -7.4 1 0 ? HO0 QUE 101 C 1 # _model_server_stats.io_time_ms 19 _model_server_stats.parse_time_ms 5 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 549 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 32 #