data_2MYS # _model_server_result.job_id -v0MNONKR040vWUE8BoG9w _model_server_result.datetime_utc '2024-11-27 03:31:18' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2mys # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":5000}' # _entry.id 2MYS # _exptl.entry_id 2MYS _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 96.063 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SULFATE ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 2MYS _cell.length_a 98.4 _cell.length_b 124.2 _cell.length_c 274.9 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2MYS _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 20 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'C 2 2 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 4 _struct_asym.id D _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C ARG 18 A ARG 18 1_555 A N MLY 19 A MLY 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? covale ? covale2 A C MLY 19 A MLY 19 1_555 A N SER 20 A SER 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? covale ? covale3 A C ASN 29 A ASN 29 1_555 A N MLY 30 A MLY 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? covale ? covale4 A C MLY 30 A MLY 30 1_555 A N PRO 31 A PRO 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale5 A C ALA 34 A ALA 34 1_555 A N MLY 35 A MLY 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.31 ? covale ? covale6 A C MLY 35 A MLY 35 1_555 A N SER 36 A SER 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale7 A C VAL 48 A VAL 48 1_555 A N MLY 49 A MLY 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.35 ? covale ? covale8 A C MLY 49 A MLY 49 1_555 A N GLY 50 A GLY 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale9 A C SER 54 A SER 54 1_555 A N MLY 55 A MLY 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale10 A C MLY 55 A MLY 55 1_555 A N GLU 56 A GLU 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? covale ? covale11 A C GLY 58 A GLY 58 1_555 A N MLY 59 A MLY 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? covale ? covale12 A C MLY 59 A MLY 59 1_555 A N VAL 60 A VAL 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.31 ? covale ? covale13 A C VAL 62 A VAL 62 1_555 A N MLY 63 A MLY 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.313 ? covale ? covale14 A C MLY 63 A MLY 63 1_555 A N THR 64 A THR 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.291 ? covale ? covale15 A C PRO 83 A PRO 83 1_555 A N MLY 84 A MLY 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.315 ? covale ? covale16 A C MLY 84 A MLY 84 1_555 A N TYR 85 A TYR 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? covale ? covale17 A C ASP 86 A ASP 86 1_555 A N MLY 87 A MLY 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.353 ? covale ? covale18 A C MLY 87 A MLY 87 1_555 A N ILE 88 A ILE 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale19 A C LEU 106 A LEU 106 1_555 A N MLY 107 A MLY 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale20 A C MLY 107 A MLY 107 1_555 A N GLU 108 A GLU 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale21 A C TYR 129 A TYR 129 1_555 A N MLY 130 A MLY 130 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.305 ? covale ? covale22 A C MLY 130 A MLY 130 1_555 A N TRP 131 A TRP 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale23 A C PRO 137 A PRO 137 1_555 A N MLY 138 A MLY 138 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.308 ? covale ? covale24 A C MLY 138 A MLY 138 1_555 A N VAL 139 A VAL 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? covale ? covale25 A C THR 189 A THR 189 1_555 A N MLY 190 A MLY 190 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale26 A C MLY 190 A MLY 190 1_555 A N ARG 191 A ARG 191 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale27 A C ALA 235 A ALA 235 1_555 A N MLY 236 A MLY 236 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.297 ? covale ? covale28 A C MLY 236 A MLY 236 1_555 A N THR 237 A THR 237 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.29 ? covale ? covale29 A C GLY 247 A GLY 247 1_555 A N MLY 248 A MLY 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale30 A C MLY 248 A MLY 248 1_555 A N PHE 249 A PHE 249 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale31 A C GLU 271 A GLU 271 1_555 A N MLY 272 A MLY 272 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale32 A C MLY 272 A MLY 272 1_555 A N SER 273 A SER 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.283 ? covale ? covale33 A C ASN 294 A ASN 294 1_555 A N MLY 295 A MLY 295 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.273 ? covale ? covale34 A C MLY 295 A MLY 295 1_555 A N MLY 296 A MLY 296 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.295 ? covale ? covale35 A C MLY 296 A MLY 296 1_555 A N PRO 297 A PRO 297 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? covale ? covale36 A C GLU 347 A GLU 347 1_555 A N MLY 348 A MLY 348 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale37 A C MLY 348 A MLY 348 1_555 A N THR 349 A THR 349 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.308 ? covale ? covale38 A C TYR 352 A TYR 352 1_555 A N MLY 353 A MLY 353 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.312 ? covale ? covale39 A C MLY 353 A MLY 353 1_555 A N LEU 354 A LEU 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale40 A C PHE 366 A PHE 366 1_555 A N MLY 367 A MLY 367 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale41 A C MLY 367 A MLY 367 1_555 A N GLN 368 A GLN 368 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.296 ? covale ? covale42 A C GLN 368 A GLN 368 1_555 A N MLY 369 A MLY 369 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.284 ? covale ? covale43 A C MLY 369 A MLY 369 1_555 A N GLN 370 A GLN 370 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale44 A C ASP 384 A ASP 384 1_555 A N MLY 385 A MLY 385 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale45 A C MLY 385 A MLY 385 1_555 A N ALA 386 A ALA 386 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? covale ? covale46 A C THR 414 A THR 414 1_555 A N MLY 415 A MLY 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale47 A C MLY 415 A MLY 415 1_555 A N GLY 416 A GLY 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale48 A C ALA 430 A ALA 430 1_555 A N MLY 431 A MLY 431 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale49 A C MLY 431 A MLY 431 1_555 A N ALA 432 A ALA 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale50 A C GLU 435 A GLU 435 1_555 A N MLY 436 A MLY 436 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.309 ? covale ? covale51 A C MLY 436 A MLY 436 1_555 A N MET 437 A MET 437 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.307 ? covale ? covale52 A C GLU 485 A GLU 485 1_555 A N MLY 486 A MLY 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.288 ? covale ? covale53 A C MLY 486 A MLY 486 1_555 A N LEU 487 A LEU 487 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale54 A C TYR 503 A TYR 503 1_555 A N MLY 504 A MLY 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? covale ? covale55 A C MLY 504 A MLY 504 1_555 A N MLY 505 A MLY 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale56 A C MLY 505 A MLY 505 1_555 A N GLU 506 A GLU 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? covale ? covale57 A C GLU 527 A GLU 527 1_555 A N MLY 528 A MLY 528 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.304 ? covale ? covale58 A C MLY 528 A MLY 528 1_555 A N PRO 529 A PRO 529 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.349 ? covale ? covale59 A C PHE 550 A PHE 550 1_555 A N MLY 551 A MLY 551 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale60 A C MLY 551 A MLY 551 1_555 A N ASN 552 A ASN 552 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.314 ? covale ? covale61 A C ASN 552 A ASN 552 1_555 A N MLY 553 A MLY 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? covale ? covale62 A C MLY 553 A MLY 553 1_555 A N LEU 554 A LEU 554 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.306 ? covale ? covale63 A C GLU 597 A GLU 597 1_555 A N MLY 598 A MLY 598 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale64 A C MLY 598 A MLY 598 1_555 A N ASN 599 A ASN 599 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale65 A C ASN 599 A ASN 599 1_555 A N MLY 600 A MLY 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.295 ? covale ? covale66 A C MLY 600 A MLY 600 1_555 A N ASP 601 A ASP 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.309 ? covale ? covale67 A C GLN 612 A GLN 612 1_555 A N MLY 613 A MLY 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale68 A C MLY 613 A MLY 613 1_555 A N SER 614 A SER 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale69 A C VAL 616 A VAL 616 1_555 A N MLY 617 A MLY 617 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale70 A C MLY 617 A MLY 617 1_555 A N THR 618 A THR 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.302 ? covale ? covale71 A C ASN 658 A ASN 658 1_555 A N MLY 659 A MLY 659 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.289 ? covale ? covale72 A C MLY 659 A MLY 659 1_555 A N LEU 660 A LEU 660 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale73 A C THR 680 A THR 680 1_555 A N MLY 681 A MLY 681 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale74 A C MLY 681 A MLY 681 1_555 A N THR 682 A THR 682 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.312 ? covale ? covale75 A C THR 763 A THR 763 1_555 A N MLY 764 A MLY 764 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale76 A C MLY 764 A MLY 764 1_555 A N VAL 765 A VAL 765 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.313 ? covale ? covale77 A C PHE 767 A PHE 767 1_555 A N MLY 768 A MLY 768 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? covale ? covale78 A C MLY 768 A MLY 768 1_555 A N ALA 769 A ALA 769 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale79 A C ASP 781 A ASP 781 1_555 A N MLY 782 A MLY 782 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.307 ? covale ? covale80 A C MLY 782 A MLY 782 1_555 A N LEU 783 A LEU 783 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.299 ? covale ? covale81 A C VAL 826 A VAL 826 1_555 A N MLY 827 A MLY 827 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? covale ? covale82 A C MLY 827 A MLY 827 1_555 A N HIS 828 A HIS 828 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.354 ? covale ? covale83 A C MET 832 A MET 832 1_555 A N MLY 833 A MLY 833 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale84 A C MLY 833 A MLY 833 1_555 A N LEU 834 A LEU 834 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.304 ? covale ? covale85 A C PHE 836 A PHE 836 1_555 A N MLY 837 A MLY 837 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale86 A C MLY 837 A MLY 837 1_555 A N ILE 838 A ILE 838 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.299 ? covale ? covale87 A C ILE 838 A ILE 838 1_555 A N MLY 839 A MLY 839 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale88 A C MLY 839 A MLY 839 1_555 A N PRO 840 A PRO 840 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.306 ? # _chem_comp.formula 'O4 S -2' _chem_comp.formula_weight 96.063 _chem_comp.id SO4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SULFATE ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag S O1 SO4 doub 317 n n S O2 SO4 doub 318 n n S O3 SO4 sing 319 n n S O4 SO4 sing 320 n n # _atom_sites.entry_id 2MYS _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010163 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008052 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003638 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 SO4 A 1 5000 5000 SO4 SO4 . E 5 MG B 1 4000 4000 MG MG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 S S SO4 . . . D 4 24.459 28.002 113.426 1 48.43 ? S SO4 5000 A 1 HETATM 2 O O1 SO4 . . . D 4 24.27 28.475 112.074 1 65.64 ? O1 SO4 5000 A 1 HETATM 3 O O2 SO4 . . . D 4 24.605 29.142 114.299 1 93.11 ? O2 SO4 5000 A 1 HETATM 4 O O3 SO4 . . . D 4 23.323 27.247 113.871 1 64.93 ? O3 SO4 5000 A 1 HETATM 5 O O4 SO4 . . . D 4 25.632 27.173 113.453 1 32.68 ? O4 SO4 5000 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 7 _model_server_stats.query_time_ms 279 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 5 #