data_2NVY # _model_server_result.job_id JIH7sECsMrq1OXFz-nlKlg _model_server_result.datetime_utc '2025-02-28 08:36:36' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2nvy # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":3008}' # _entry.id 2NVY # _exptl.entry_id 2NVY _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 11 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 2NVY _cell.length_a 118.036 _cell.length_b 218.914 _cell.length_c 369.549 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2NVY _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 23 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'I 2 2 2' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? decameric 10 author_defined_assembly 1 PISA eicosameric 20 software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T 1 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T 2 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_655 -x+1,-y,z -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 118.036 0 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 11 K N N ? 11 L N N ? 11 O N N ? 11 P N N ? 11 Q N N ? 11 R N N ? 11 S N N ? 11 T N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 67 A CYS 67 1_555 L ZN ZN . A ZN 3008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 70 A CYS 70 1_555 L ZN ZN . A ZN 3008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.129 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 77 A CYS 77 1_555 L ZN ZN . A ZN 3008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? metalc ? metalc4 A NE2 HIS 80 A HIS 80 1_555 L ZN ZN . A ZN 3008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.987 ? metalc ? metalc5 A SG CYS 107 A CYS 107 1_555 K ZN ZN . A ZN 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.823 ? metalc ? metalc6 A SG CYS 110 A CYS 110 1_555 K ZN ZN . A ZN 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.973 ? metalc ? metalc7 A SG CYS 148 A CYS 148 1_555 K ZN ZN . A ZN 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? metalc ? metalc8 A SG CYS 167 A CYS 167 1_555 K ZN ZN . A ZN 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 481 A ASP 481 1_555 M MN MN . A MN 3009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.991 ? metalc ? metalc10 A OD2 ASP 481 A ASP 481 1_555 M MN MN . A MN 3009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.549 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 483 A ASP 483 1_555 M MN MN . A MN 3009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc12 A OD2 ASP 485 A ASP 485 1_555 M MN MN . A MN 3009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc13 B SG CYS 1163 B CYS 1163 1_555 O ZN ZN . B ZN 3007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.649 ? metalc ? metalc14 B SG CYS 1166 B CYS 1166 1_555 O ZN ZN . B ZN 3007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? metalc ? metalc15 B SG CYS 1182 B CYS 1182 1_555 O ZN ZN . B ZN 3007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? metalc ? metalc16 B SG CYS 1185 B CYS 1185 1_555 O ZN ZN . B ZN 3007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.861 ? metalc ? metalc17 C SG CYS 86 C CYS 86 1_555 P ZN ZN . C ZN 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? metalc ? metalc18 C SG CYS 88 C CYS 88 1_555 P ZN ZN . C ZN 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.995 ? metalc ? metalc19 C SG CYS 92 C CYS 92 1_555 P ZN ZN . C ZN 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.66 ? metalc ? metalc20 C SG CYS 95 C CYS 95 1_555 P ZN ZN . C ZN 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? metalc ? metalc21 G SG CYS 7 I CYS 7 1_555 Q ZN ZN . I ZN 3003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? metalc ? metalc22 G SG CYS 10 I CYS 10 1_555 Q ZN ZN . I ZN 3003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.885 ? metalc ? metalc23 G SG CYS 29 I CYS 29 1_555 Q ZN ZN . I ZN 3003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc24 G SG CYS 32 I CYS 32 1_555 Q ZN ZN . I ZN 3003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? metalc ? metalc25 G SG CYS 75 I CYS 75 1_555 R ZN ZN . I ZN 3004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? metalc ? metalc26 G SG CYS 103 I CYS 103 1_555 R ZN ZN . I ZN 3004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.677 ? metalc ? metalc27 G SG CYS 106 I CYS 106 1_555 R ZN ZN . I ZN 3004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? metalc ? metalc28 H SG CYS 7 J CYS 7 1_555 S ZN ZN . J ZN 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.996 ? metalc ? metalc29 H SG CYS 10 J CYS 10 1_555 S ZN ZN . J ZN 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc30 H SG CYS 45 J CYS 45 1_555 S ZN ZN . J ZN 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? metalc ? metalc31 H SG CYS 46 J CYS 46 1_555 S ZN ZN . J ZN 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.132 ? metalc ? metalc32 J SG CYS 34 L CYS 34 1_555 T ZN ZN . L ZN 3005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? metalc ? metalc33 J SG CYS 48 L CYS 48 1_555 T ZN ZN . L ZN 3005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.598 ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 2NVY _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008472 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004568 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.002706 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code K 11 ZN A 1 3006 3006 ZN ZN . L 11 ZN A 1 3008 3008 ZN ZN . M 12 MN A 1 3009 3009 MN MN . N 12 MN A 1 3010 3010 MN MN . O 11 ZN B 1 3007 3007 ZN ZN . P 11 ZN C 1 3002 3002 ZN ZN . Q 11 ZN I 1 3003 3003 ZN ZN . R 11 ZN I 1 3004 3004 ZN ZN . S 11 ZN J 1 3001 3001 ZN ZN . T 11 ZN L 1 3005 3005 ZN ZN . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id L _atom_site.label_entity_id 11 _atom_site.Cartn_x 23.395 _atom_site.Cartn_y 48.061 _atom_site.Cartn_z 41.51 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 143.43 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 3008 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 15 _model_server_stats.parse_time_ms 28 _model_server_stats.create_model_time_ms 33 _model_server_stats.query_time_ms 260 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #