data_2O6H
#
_model_server_result.job_id            -JMwRMqzGo5ns72JwCh96A 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-26 01:28:42' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          2o6h 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":205}' 
#
_entry.id    2O6H 
#
_exptl.entry_id    2O6H 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              306.229 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            5-NITRO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    5 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            2O6H 
_cell.length_a            97.649 
_cell.length_b            97.649 
_cell.length_c            175.4 
_cell.Z_PDB               30 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 2O6H 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        154 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 32 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA,PQS pentameric 5 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA decameric 10 software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U 1 1 
A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U 2 1,2 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 6_555 -x,-x+y,-z+2/3 -0.5 -0.866025 0 -0.866025 0.5 0 0 0 -1 0 0 116.933333 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 H N N 
? 3 J N N 
? 3 M N N 
? 3 O N N 
? 3 P N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O ALA 67 A ALA 67 1_555 F CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.111 ? 
metalc ? metalc2 A OE1 GLU 73 A GLU 73 1_555 F CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.94 ? 
metalc ? metalc3 A OE1 GLU 124 A GLU 124 1_555 G CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.914 ? 
metalc ? metalc4 A OE2 GLU 124 A GLU 124 1_555 G CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.008 ? 
metalc ? metalc5 F CA CA . A CA 301 1_555 E O ALA 67 E ALA 67 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.936 ? 
metalc ? metalc6 F CA CA . A CA 301 1_555 E OE1 GLU 73 E GLU 73 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.075 ? 
metalc ? metalc7 Q O HOH . A HOH 404 6_655 L CA CA . C CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.002 ? 
metalc ? metalc8 B O ALA 67 B ALA 67 1_555 I CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.96 ? 
metalc ? metalc9 B OE1 GLU 73 B GLU 73 1_555 I CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.822 ? 
metalc ? metalc10 I CA CA . B CA 303 1_555 D O ALA 67 D ALA 67 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.008 ? 
metalc ? metalc11 I CA CA . B CA 303 1_555 D OE1 GLU 73 D GLU 73 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.855 ? 
metalc ? metalc12 C O ALA 67 C ALA 67 1_555 K CA CA . C CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc13 C OE1 GLU 73 C GLU 73 1_555 K CA CA . C CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.087 ? 
metalc ? metalc14 C OE1 GLU 73 C GLU 73 6_555 K CA CA . C CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.994 ? 
metalc ? metalc15 C OE1 GLU 124 C GLU 124 1_555 L CA CA . C CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.835 ? 
metalc ? metalc16 C OE2 GLU 124 C GLU 124 1_555 L CA CA . C CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.933 ? 
metalc ? metalc17 D OD1 ASP 24 D ASP 24 1_555 N CA CA . D CA 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.224 ? 
metalc ? metalc18 D OD1 ASP 25 D ASP 25 4_556 N CA CA . D CA 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.067 ? 
metalc ? metalc19 D OD2 ASP 28 D ASP 28 4_556 N CA CA . D CA 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.727 ? 
metalc ? metalc20 N CA CA . D CA 306 1_555 T O HOH . D HOH 484 4_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.968 ? 
#
_chem_comp.formula           'C9 H14 N4 O8' 
_chem_comp.formula_weight    306.229 
_chem_comp.id                INI 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              5-NITRO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N1 C2 INI sing 173 n y 
N1 C6 INI sing 174 n y 
N1 HN1 INI sing 175 n n 
C2 O2 INI doub 176 n n 
C2 N3 INI sing 177 n y 
N3 C4 INI sing 178 n y 
N3 HN3 INI sing 179 n n 
C4 O4 INI doub 180 n n 
C4 C5 INI sing 181 n y 
C5 N5 INI sing 182 n n 
C5 C6 INI doub 183 n y 
N5 O51 INI sing 184 n n 
N5 O52 INI doub 185 n n 
C6 N7 INI sing 186 n n 
N7 C8 INI sing 187 n n 
N7 HN7 INI sing 188 n n 
C8 C9 INI sing 189 n n 
C8 H81 INI sing 190 n n 
C8 H82 INI sing 191 n n 
C9 O9 INI sing 192 n n 
C9 C10 INI sing 193 n n 
C9 H9 INI sing 194 n n 
O9 HO9 INI sing 195 n n 
C10 O10 INI sing 196 n n 
C10 C11 INI sing 197 n n 
C10 H10 INI sing 198 n n 
O10 HO1 INI sing 199 n n 
C11 O11 INI sing 200 n n 
C11 C12 INI sing 201 n n 
C11 H11 INI sing 202 n n 
O11 HO2 INI sing 203 n n 
C12 O12 INI sing 204 n n 
C12 H121 INI sing 205 n n 
C12 H122 INI sing 206 n n 
O12 HO3 INI sing 207 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     2O6H 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.010241 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.005913 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.011825 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005701 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
F 2 CA A 1 301 301 CA CA . 
G 2 CA A 1 302 302 CA CA . 
H 3 INI A 1 201 201 INI INI . 
I 2 CA B 1 303 303 CA CA . 
J 3 INI B 1 202 202 INI INI . 
K 2 CA C 1 304 304 CA CA . 
L 2 CA C 1 305 305 CA CA . 
M 3 INI C 1 203 203 INI INI . 
N 2 CA D 1 306 306 CA CA . 
O 3 INI D 1 204 204 INI INI . 
P 3 INI E 1 205 205 INI INI . 
Q 4 HOH A 1 401 401 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 2 403 403 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 3 404 404 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 4 405 405 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 5 406 406 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 6 407 407 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 7 408 408 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 8 411 411 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 9 412 412 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 10 414 414 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 11 416 416 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 12 420 420 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 13 421 421 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 14 475 475 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 15 476 476 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 16 477 477 HOH HOH . 
Q 4 HOH A 17 479 479 HOH HOH . 
R 4 HOH B 1 415 415 HOH HOH . 
R 4 HOH B 2 417 417 HOH HOH . 
R 4 HOH B 3 418 418 HOH HOH . 
R 4 HOH B 4 419 419 HOH HOH . 
R 4 HOH B 5 422 422 HOH HOH . 
R 4 HOH B 6 423 423 HOH HOH . 
R 4 HOH B 7 424 424 HOH HOH . 
R 4 HOH B 8 425 425 HOH HOH . 
R 4 HOH B 9 426 426 HOH HOH . 
R 4 HOH B 10 427 427 HOH HOH . 
R 4 HOH B 11 428 428 HOH HOH . 
R 4 HOH B 12 429 429 HOH HOH . 
R 4 HOH B 13 430 430 HOH HOH . 
R 4 HOH B 14 431 431 HOH HOH . 
R 4 HOH B 15 433 433 HOH HOH . 
R 4 HOH B 16 434 434 HOH HOH . 
R 4 HOH B 17 435 435 HOH HOH . 
R 4 HOH B 18 480 480 HOH HOH . 
R 4 HOH B 19 481 481 HOH HOH . 
R 4 HOH B 20 482 482 HOH HOH . 
R 4 HOH B 21 483 483 HOH HOH . 
S 4 HOH C 1 432 432 HOH HOH . 
S 4 HOH C 2 436 436 HOH HOH . 
S 4 HOH C 3 437 437 HOH HOH . 
S 4 HOH C 4 438 438 HOH HOH . 
S 4 HOH C 5 439 439 HOH HOH . 
S 4 HOH C 6 440 440 HOH HOH . 
S 4 HOH C 7 441 441 HOH HOH . 
S 4 HOH C 8 442 442 HOH HOH . 
S 4 HOH C 9 443 443 HOH HOH . 
S 4 HOH C 10 444 444 HOH HOH . 
S 4 HOH C 11 445 445 HOH HOH . 
S 4 HOH C 12 446 446 HOH HOH . 
S 4 HOH C 13 478 478 HOH HOH . 
T 4 HOH D 1 447 447 HOH HOH . 
T 4 HOH D 2 448 448 HOH HOH . 
T 4 HOH D 3 449 449 HOH HOH . 
T 4 HOH D 4 450 450 HOH HOH . 
T 4 HOH D 5 451 451 HOH HOH . 
T 4 HOH D 6 452 452 HOH HOH . 
T 4 HOH D 7 454 454 HOH HOH . 
T 4 HOH D 8 455 455 HOH HOH . 
T 4 HOH D 9 456 456 HOH HOH . 
T 4 HOH D 10 457 457 HOH HOH . 
T 4 HOH D 11 458 458 HOH HOH . 
T 4 HOH D 12 460 460 HOH HOH . 
T 4 HOH D 13 469 469 HOH HOH . 
T 4 HOH D 14 474 474 HOH HOH . 
T 4 HOH D 15 484 484 HOH HOH . 
T 4 HOH D 16 486 486 HOH HOH . 
T 4 HOH D 17 487 487 HOH HOH . 
U 4 HOH E 1 402 402 HOH HOH . 
U 4 HOH E 2 409 409 HOH HOH . 
U 4 HOH E 3 410 410 HOH HOH . 
U 4 HOH E 4 413 413 HOH HOH . 
U 4 HOH E 5 453 453 HOH HOH . 
U 4 HOH E 6 459 459 HOH HOH . 
U 4 HOH E 7 461 461 HOH HOH . 
U 4 HOH E 8 462 462 HOH HOH . 
U 4 HOH E 9 463 463 HOH HOH . 
U 4 HOH E 10 464 464 HOH HOH . 
U 4 HOH E 11 465 465 HOH HOH . 
U 4 HOH E 12 466 466 HOH HOH . 
U 4 HOH E 13 467 467 HOH HOH . 
U 4 HOH E 14 468 468 HOH HOH . 
U 4 HOH E 15 470 470 HOH HOH . 
U 4 HOH E 16 471 471 HOH HOH . 
U 4 HOH E 17 472 472 HOH HOH . 
U 4 HOH E 18 473 473 HOH HOH . 
U 4 HOH E 19 485 485 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N1 INI . . . P 3 -0.022 49.717 81 1 36.28 ? N1 INI 205 E 1 
HETATM 2 C C2 INI . . . P 3 -0.227 51.021 80.566 1 36.81 ? C2 INI 205 E 1 
HETATM 3 O O2 INI . . . P 3 -1.367 51.286 80.197 1 37.81 ? O2 INI 205 E 1 
HETATM 4 N N3 INI . . . P 3 0.859 51.873 80.592 1 37.38 ? N3 INI 205 E 1 
HETATM 5 C C4 INI . . . P 3 2.146 51.529 81.021 1 37.33 ? C4 INI 205 E 1 
HETATM 6 O O4 INI . . . P 3 2.987 52.47 80.955 1 37.14 ? O4 INI 205 E 1 
HETATM 7 C C5 INI . . . P 3 2.369 50.052 81.51 1 36.03 ? C5 INI 205 E 1 
HETATM 8 N N5 INI . . . P 3 3.707 49.688 81.958 1 36.87 ? N5 INI 205 E 1 
HETATM 9 O O51 INI . . . P 3 4.6 50.474 81.952 1 37.73 ? O51 INI 205 E 1 
HETATM 10 O O52 INI . . . P 3 3.907 48.564 82.339 1 37.86 ? O52 INI 205 E 1 
HETATM 11 C C6 INI . . . P 3 1.185 49.158 81.473 1 34.83 ? C6 INI 205 E 1 
HETATM 12 N N7 INI . . . P 3 1.105 47.791 81.855 1 33.04 ? N7 INI 205 E 1 
HETATM 13 C C8 INI . . . P 3 1.073 46.84 80.697 1 32.64 ? C8 INI 205 E 1 
HETATM 14 C C9 INI . . . P 3 -0.321 46.141 80.44 1 30.01 ? C9 INI 205 E 1 
HETATM 15 O O9 INI . . . P 3 -1.121 47.227 80.032 1 29.43 ? O9 INI 205 E 1 
HETATM 16 C C10 INI . . . P 3 -1.143 45.47 81.66 1 28.04 ? C10 INI 205 E 1 
HETATM 17 O O10 INI . . . P 3 -1.27 46.368 82.698 1 30.51 ? O10 INI 205 E 1 
HETATM 18 C C11 INI . . . P 3 -0.589 44.074 82.426 1 27.2 ? C11 INI 205 E 1 
HETATM 19 O O11 INI . . . P 3 0.619 43.794 81.647 1 25.46 ? O11 INI 205 E 1 
HETATM 20 C C12 INI . . . P 3 -1.26 42.643 82.356 1 26.76 ? C12 INI 205 E 1 
HETATM 21 O O12 INI . . . P 3 -2.445 42.83 81.637 1 27.28 ? O12 INI 205 E 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              9 
_model_server_stats.parse_time_ms           7 
_model_server_stats.create_model_time_ms    7 
_model_server_stats.query_time_ms           290 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           21 
#