data_2O8T # _model_server_result.job_id jrI8sHz5-ClSBdT4QIx6zw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-29 18:45:37' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2o8t # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":314}' # _entry.id 2O8T # _exptl.entry_id 2O8T _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 238.278 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'PENTAETHYLENE GLYCOL' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 2O8T _cell.length_a 120.91 _cell.length_b 120.91 _cell.length_c 42.61 _cell.Z_PDB 9 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2O8T _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 146 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'H 3' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 D N N ? 3 E N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 31 A CYS 42 1_555 A SG CYS 47 A CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 39 A CYS 50 1_555 A SG CYS 110 A CYS 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 135 A CYS 136 1_555 A SG CYS 204 A CYS 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 167 A CYS 168 1_555 A SG CYS 183 A CYS 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 194 A CYS 191 1_555 A SG CYS 222 A CYS 220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? # _chem_comp.formula 'C10 H22 O6' _chem_comp.formula_weight 238.278 _chem_comp.id 1PE _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'PENTAETHYLENE GLYCOL' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms PEG400 # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag OH2 C12 1PE sing 1 n n OH2 HO2 1PE sing 2 n n C12 C22 1PE sing 3 n n C12 H121 1PE sing 4 n n C12 H122 1PE sing 5 n n C22 OH3 1PE sing 6 n n C22 H221 1PE sing 7 n n C22 H222 1PE sing 8 n n OH3 C23 1PE sing 9 n n C13 C23 1PE sing 10 n n C13 OH4 1PE sing 11 n n C13 H131 1PE sing 12 n n C13 H132 1PE sing 13 n n C23 H231 1PE sing 14 n n C23 H232 1PE sing 15 n n OH4 C24 1PE sing 16 n n C14 C24 1PE sing 17 n n C14 OH5 1PE sing 18 n n C14 H141 1PE sing 19 n n C14 H142 1PE sing 20 n n C24 H241 1PE sing 21 n n C24 H242 1PE sing 22 n n OH5 C25 1PE sing 23 n n C15 C25 1PE sing 24 n n C15 OH6 1PE sing 25 n n C15 H151 1PE sing 26 n n C15 H152 1PE sing 27 n n C25 H251 1PE sing 28 n n C25 H252 1PE sing 29 n n OH6 C26 1PE sing 30 n n C16 C26 1PE sing 31 n n C16 OH7 1PE sing 32 n n C16 H161 1PE sing 33 n n C16 H162 1PE sing 34 n n C26 H261 1PE sing 35 n n C26 H262 1PE sing 36 n n OH7 HO7 1PE sing 37 n n # _atom_sites.entry_id 2O8T _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008271 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.004775 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00955 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.023469 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 SO4 A 1 402 402 SO4 SO4 . C 2 SO4 A 1 403 403 SO4 SO4 . D 3 1PE A 1 314 314 1PE 1PE . E 3 1PE A 1 315 315 1PE 1PE . F 4 PEG A 1 5084 5084 PEG PEG . G 5 HOH A 1 5085 2 HOH WAT . G 5 HOH A 2 5086 3 HOH WAT . G 5 HOH A 3 5087 4 HOH WAT . G 5 HOH A 4 5088 5 HOH WAT . G 5 HOH A 5 5089 6 HOH WAT . G 5 HOH A 6 5090 7 HOH WAT . G 5 HOH A 7 5091 8 HOH WAT . G 5 HOH A 8 5092 9 HOH WAT . G 5 HOH A 9 5093 10 HOH WAT . G 5 HOH A 10 5094 11 HOH WAT . G 5 HOH A 11 5095 12 HOH WAT . G 5 HOH A 12 5096 13 HOH WAT . G 5 HOH A 13 5097 14 HOH WAT . G 5 HOH A 14 5098 15 HOH WAT . G 5 HOH A 15 5099 16 HOH WAT . G 5 HOH A 16 5100 17 HOH WAT . G 5 HOH A 17 5101 18 HOH WAT . G 5 HOH A 18 5102 19 HOH WAT . G 5 HOH A 19 5103 20 HOH WAT . G 5 HOH A 20 5104 21 HOH WAT . G 5 HOH A 21 5105 22 HOH WAT . G 5 HOH A 22 5106 24 HOH WAT . G 5 HOH A 23 5107 25 HOH WAT . G 5 HOH A 24 5108 26 HOH WAT . G 5 HOH A 25 5109 27 HOH WAT . G 5 HOH A 26 5110 28 HOH WAT . G 5 HOH A 27 5111 29 HOH WAT . G 5 HOH A 28 5112 30 HOH WAT . G 5 HOH A 29 5113 31 HOH WAT . G 5 HOH A 30 5114 32 HOH WAT . G 5 HOH A 31 5115 33 HOH WAT . G 5 HOH A 32 5116 34 HOH WAT . G 5 HOH A 33 5117 35 HOH WAT . G 5 HOH A 34 5118 36 HOH WAT . G 5 HOH A 35 5119 37 HOH WAT . G 5 HOH A 36 5120 38 HOH WAT . G 5 HOH A 37 5121 39 HOH WAT . G 5 HOH A 38 5122 40 HOH WAT . G 5 HOH A 39 5123 41 HOH WAT . G 5 HOH A 40 5124 42 HOH WAT . G 5 HOH A 41 5125 43 HOH WAT . G 5 HOH A 42 5126 44 HOH WAT . G 5 HOH A 43 5127 45 HOH WAT . G 5 HOH A 44 5128 46 HOH WAT . G 5 HOH A 45 5129 47 HOH WAT . G 5 HOH A 46 5130 48 HOH WAT . G 5 HOH A 47 5131 49 HOH WAT . G 5 HOH A 48 5132 50 HOH WAT . G 5 HOH A 49 5133 51 HOH WAT . G 5 HOH A 50 5134 52 HOH WAT . G 5 HOH A 51 5135 53 HOH WAT . G 5 HOH A 52 5136 54 HOH WAT . G 5 HOH A 53 5137 55 HOH WAT . G 5 HOH A 54 5138 56 HOH WAT . G 5 HOH A 55 5139 57 HOH WAT . G 5 HOH A 56 5140 58 HOH WAT . G 5 HOH A 57 5141 59 HOH WAT . G 5 HOH A 58 5142 60 HOH WAT . G 5 HOH A 59 5143 61 HOH WAT . G 5 HOH A 60 5144 62 HOH WAT . G 5 HOH A 61 5145 63 HOH WAT . G 5 HOH A 62 5146 64 HOH WAT . G 5 HOH A 63 5147 65 HOH WAT . G 5 HOH A 64 5148 66 HOH WAT . G 5 HOH A 65 5149 67 HOH WAT . G 5 HOH A 66 5150 68 HOH WAT . G 5 HOH A 67 5151 69 HOH WAT . G 5 HOH A 68 5152 70 HOH WAT . G 5 HOH A 69 5153 71 HOH WAT . G 5 HOH A 70 5154 72 HOH WAT . G 5 HOH A 71 5155 73 HOH WAT . G 5 HOH A 72 5156 74 HOH WAT . G 5 HOH A 73 5157 75 HOH WAT . G 5 HOH A 74 5158 76 HOH WAT . G 5 HOH A 75 5159 77 HOH WAT . G 5 HOH A 76 5160 78 HOH WAT . G 5 HOH A 77 5161 79 HOH WAT . G 5 HOH A 78 5162 80 HOH WAT . G 5 HOH A 79 5163 81 HOH WAT . G 5 HOH A 80 5164 82 HOH WAT . G 5 HOH A 81 5165 83 HOH WAT . G 5 HOH A 82 5166 84 HOH WAT . G 5 HOH A 83 5167 85 HOH WAT . G 5 HOH A 84 5168 86 HOH WAT . G 5 HOH A 85 5169 87 HOH WAT . G 5 HOH A 86 5170 88 HOH WAT . G 5 HOH A 87 5171 89 HOH WAT . G 5 HOH A 88 5172 90 HOH WAT . G 5 HOH A 89 5173 91 HOH WAT . G 5 HOH A 90 5174 92 HOH WAT . G 5 HOH A 91 5175 93 HOH WAT . G 5 HOH A 92 5176 94 HOH WAT . G 5 HOH A 93 5177 95 HOH WAT . G 5 HOH A 94 5178 96 HOH WAT . G 5 HOH A 95 5179 97 HOH WAT . G 5 HOH A 96 5180 98 HOH WAT . G 5 HOH A 97 5181 99 HOH WAT . G 5 HOH A 98 5182 100 HOH WAT . G 5 HOH A 99 5183 101 HOH WAT . G 5 HOH A 100 5184 102 HOH WAT . G 5 HOH A 101 5185 103 HOH WAT . G 5 HOH A 102 5186 104 HOH WAT . G 5 HOH A 103 5187 105 HOH WAT . G 5 HOH A 104 5188 106 HOH WAT . G 5 HOH A 105 5189 107 HOH WAT . G 5 HOH A 106 5190 108 HOH WAT . G 5 HOH A 107 5191 109 HOH WAT . G 5 HOH A 108 5192 110 HOH WAT . G 5 HOH A 109 5193 111 HOH WAT . G 5 HOH A 110 5194 112 HOH WAT . G 5 HOH A 111 5195 113 HOH WAT . G 5 HOH A 112 5196 114 HOH WAT . G 5 HOH A 113 5197 115 HOH WAT . G 5 HOH A 114 5198 116 HOH WAT . G 5 HOH A 115 5199 117 HOH WAT . G 5 HOH A 116 5200 118 HOH WAT . G 5 HOH A 117 5201 119 HOH WAT . G 5 HOH A 118 5202 120 HOH WAT . G 5 HOH A 119 5203 121 HOH WAT . G 5 HOH A 120 5204 122 HOH WAT . G 5 HOH A 121 5205 123 HOH WAT . G 5 HOH A 122 5206 124 HOH WAT . G 5 HOH A 123 5207 125 HOH WAT . G 5 HOH A 124 5208 126 HOH WAT . G 5 HOH A 125 5209 127 HOH WAT . G 5 HOH A 126 5210 128 HOH WAT . G 5 HOH A 127 5211 129 HOH WAT . G 5 HOH A 128 5212 130 HOH WAT . G 5 HOH A 129 5213 131 HOH WAT . G 5 HOH A 130 5214 132 HOH WAT . G 5 HOH A 131 5215 133 HOH WAT . G 5 HOH A 132 5216 134 HOH WAT . G 5 HOH A 133 5217 135 HOH WAT . G 5 HOH A 134 5218 136 HOH WAT . G 5 HOH A 135 5219 137 HOH WAT . G 5 HOH A 136 5220 138 HOH WAT . G 5 HOH A 137 5221 139 HOH WAT . G 5 HOH A 138 5222 140 HOH WAT . G 5 HOH A 139 5223 141 HOH WAT . G 5 HOH A 140 5224 142 HOH WAT . G 5 HOH A 141 5225 143 HOH WAT . G 5 HOH A 142 5226 144 HOH WAT . G 5 HOH A 143 5227 145 HOH WAT . G 5 HOH A 144 5228 146 HOH WAT . G 5 HOH A 145 5229 147 HOH WAT . G 5 HOH A 146 5230 148 HOH WAT . G 5 HOH A 147 5231 149 HOH WAT . G 5 HOH A 148 5232 150 HOH WAT . G 5 HOH A 149 5233 151 HOH WAT . G 5 HOH A 150 5234 152 HOH WAT . G 5 HOH A 151 5235 153 HOH WAT . G 5 HOH A 152 5236 154 HOH WAT . G 5 HOH A 153 5237 155 HOH WAT . G 5 HOH A 154 5238 156 HOH WAT . G 5 HOH A 155 5239 157 HOH WAT . G 5 HOH A 156 5240 158 HOH WAT . G 5 HOH A 157 5241 159 HOH WAT . G 5 HOH A 158 5242 160 HOH WAT . G 5 HOH A 159 5243 161 HOH WAT . G 5 HOH A 160 5244 162 HOH WAT . G 5 HOH A 161 5245 163 HOH WAT . G 5 HOH A 162 5246 164 HOH WAT . G 5 HOH A 163 5247 165 HOH WAT . G 5 HOH A 164 5248 166 HOH WAT . G 5 HOH A 165 5249 167 HOH WAT . G 5 HOH A 166 5250 168 HOH WAT . G 5 HOH A 167 5251 169 HOH WAT . G 5 HOH A 168 5252 170 HOH WAT . G 5 HOH A 169 5253 171 HOH WAT . G 5 HOH A 170 5254 172 HOH WAT . G 5 HOH A 171 5255 173 HOH WAT . G 5 HOH A 172 5256 174 HOH WAT . G 5 HOH A 173 5257 175 HOH WAT . G 5 HOH A 174 5258 176 HOH WAT . G 5 HOH A 175 5259 177 HOH WAT . G 5 HOH A 176 5260 178 HOH WAT . G 5 HOH A 177 5261 179 HOH WAT . G 5 HOH A 178 5262 180 HOH WAT . G 5 HOH A 179 5263 181 HOH WAT . G 5 HOH A 180 5264 182 HOH WAT . G 5 HOH A 181 5265 183 HOH WAT . G 5 HOH A 182 5266 184 HOH WAT . G 5 HOH A 183 5267 185 HOH WAT . G 5 HOH A 184 5268 186 HOH WAT . G 5 HOH A 185 5269 187 HOH WAT . G 5 HOH A 186 5270 188 HOH WAT . G 5 HOH A 187 5271 189 HOH WAT . G 5 HOH A 188 5272 190 HOH WAT . G 5 HOH A 189 5273 191 HOH WAT . G 5 HOH A 190 5274 192 HOH WAT . G 5 HOH A 191 5275 193 HOH WAT . G 5 HOH A 192 5276 194 HOH WAT . G 5 HOH A 193 5277 195 HOH WAT . G 5 HOH A 194 5278 196 HOH WAT . G 5 HOH A 195 5279 197 HOH WAT . G 5 HOH A 196 5280 198 HOH WAT . G 5 HOH A 197 5281 199 HOH WAT . G 5 HOH A 198 5282 200 HOH WAT . G 5 HOH A 199 5283 201 HOH WAT . G 5 HOH A 200 5284 202 HOH WAT . G 5 HOH A 201 5285 203 HOH WAT . G 5 HOH A 202 5286 204 HOH WAT . G 5 HOH A 203 5287 205 HOH WAT . G 5 HOH A 204 5288 206 HOH WAT . G 5 HOH A 205 5289 207 HOH WAT . G 5 HOH A 206 5290 208 HOH WAT . G 5 HOH A 207 5291 209 HOH WAT . G 5 HOH A 208 5292 210 HOH WAT . G 5 HOH A 209 5293 211 HOH WAT . G 5 HOH A 210 5294 212 HOH WAT . G 5 HOH A 211 5295 213 HOH WAT . G 5 HOH A 212 5296 214 HOH WAT . G 5 HOH A 213 5297 215 HOH WAT . G 5 HOH A 214 5298 216 HOH WAT . G 5 HOH A 215 5299 217 HOH WAT . G 5 HOH A 216 5300 218 HOH WAT . G 5 HOH A 217 5301 219 HOH WAT . G 5 HOH A 218 5302 220 HOH WAT . G 5 HOH A 219 5303 221 HOH WAT . G 5 HOH A 220 5304 222 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 O OH2 1PE . . . D 3 -12.818 13.833 8.684 1 49.07 ? OH2 1PE 314 A 1 HETATM 2 C C12 1PE . . . D 3 -13.53 13.895 9.921 1 49.52 ? C12 1PE 314 A 1 HETATM 3 C C22 1PE . . . D 3 -12.542 14.144 11.059 1 49.12 ? C22 1PE 314 A 1 HETATM 4 O OH3 1PE . . . D 3 -12.588 15.518 11.431 1 49.39 ? OH3 1PE 314 A 1 HETATM 5 C C13 1PE . . . D 3 -11.621 17.144 12.978 1 49.36 ? C13 1PE 314 A 1 HETATM 6 C C23 1PE . . . D 3 -11.648 15.685 12.498 1 48.9 ? C23 1PE 314 A 1 HETATM 7 O OH4 1PE . . . D 3 -12.624 17.92 12.306 1 50.14 ? OH4 1PE 314 A 1 HETATM 8 C C14 1PE . . . D 3 -14.692 18.725 13.326 1 49.96 ? C14 1PE 314 A 1 HETATM 9 C C24 1PE . . . D 3 -13.159 18.6 13.452 1 50.18 ? C24 1PE 314 A 1 HETATM 10 O OH5 1PE . . . D 3 -15.068 18.577 11.953 1 50.33 ? OH5 1PE 314 A 1 HETATM 11 C C15 1PE . . . D 3 -16.883 18.526 10.397 1 49.45 ? C15 1PE 314 A 1 HETATM 12 C C25 1PE . . . D 3 -16.489 18.691 11.864 1 49.51 ? C25 1PE 314 A 1 HETATM 13 O OH6 1PE . . . D 3 -16.353 19.08 9.188 1 50.49 ? OH6 1PE 314 A 1 HETATM 14 C C16 1PE . . . D 3 -14.846 18.68 7.364 1 50.77 ? C16 1PE 314 A 1 HETATM 15 C C26 1PE . . . D 3 -15.444 18.118 8.651 1 50.34 ? C26 1PE 314 A 1 HETATM 16 O OH7 1PE . . . D 3 -15.264 17.901 6.244 1 50.37 ? OH7 1PE 314 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 336 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 16 #