data_2O8U # _model_server_result.job_id 9tF3_DufoCxoUyMcq8_DDA _model_server_result.datetime_utc '2024-10-22 03:22:47' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2o8u # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":1194}' # _entry.id 2O8U # _exptl.entry_id 2O8U _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 120.152 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description BENZAMIDINE _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 2O8U _cell.length_a 120.073 _cell.length_b 120.073 _cell.length_c 42.252 _cell.Z_PDB 9 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2O8U _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 146 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'H 3' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 C N N ? 3 D N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 31 A CYS 42 1_555 A SG CYS 47 A CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 39 A CYS 50 1_555 A SG CYS 110 A CYS 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 135 A CYS 136 1_555 A SG CYS 204 A CYS 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 167 A CYS 168 1_555 A SG CYS 183 A CYS 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 194 A CYS 191 1_555 A SG CYS 222 A CYS 220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? # _chem_comp.formula 'C7 H8 N2' _chem_comp.formula_weight 120.152 _chem_comp.id BEN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name BENZAMIDINE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 BEN doub 70 n y C1 C6 BEN sing 71 n y C1 C BEN sing 72 n n C2 C3 BEN sing 73 n y C2 H2 BEN sing 74 n n C3 C4 BEN doub 75 n y C3 H3 BEN sing 76 n n C4 C5 BEN sing 77 n y C4 H4 BEN sing 78 n n C5 C6 BEN doub 79 n y C5 H5 BEN sing 80 n n C6 H6 BEN sing 81 n n C N1 BEN doub 82 e n C N2 BEN sing 83 n n N1 HN1 BEN sing 84 n n N2 HN21 BEN sing 85 n n N2 HN22 BEN sing 86 n n # _atom_sites.entry_id 2O8U _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008328 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.004808 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009617 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.023668 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 SO4 A 1 403 403 SO4 SO4 . C 3 BEN A 1 1193 1193 BEN BEN . D 3 BEN A 1 1194 1194 BEN BEN . E 4 PG4 A 1 5115 5115 PG4 PG4 . F 5 PEG A 1 5084 5084 PEG PEG . G 6 HOH A 1 5116 1 HOH WAT . G 6 HOH A 2 5117 2 HOH WAT . G 6 HOH A 3 5118 3 HOH WAT . G 6 HOH A 4 5119 4 HOH WAT . G 6 HOH A 5 5120 5 HOH WAT . G 6 HOH A 6 5121 6 HOH WAT . G 6 HOH A 7 5122 7 HOH WAT . G 6 HOH A 8 5123 8 HOH WAT . G 6 HOH A 9 5124 9 HOH WAT . G 6 HOH A 10 5125 11 HOH WAT . G 6 HOH A 11 5126 12 HOH WAT . G 6 HOH A 12 5127 14 HOH WAT . G 6 HOH A 13 5128 15 HOH WAT . G 6 HOH A 14 5129 16 HOH WAT . G 6 HOH A 15 5130 17 HOH WAT . G 6 HOH A 16 5131 18 HOH WAT . G 6 HOH A 17 5132 19 HOH WAT . G 6 HOH A 18 5133 20 HOH WAT . G 6 HOH A 19 5134 21 HOH WAT . G 6 HOH A 20 5135 22 HOH WAT . G 6 HOH A 21 5136 23 HOH WAT . G 6 HOH A 22 5137 24 HOH WAT . G 6 HOH A 23 5138 25 HOH WAT . G 6 HOH A 24 5139 26 HOH WAT . G 6 HOH A 25 5140 27 HOH WAT . G 6 HOH A 26 5141 28 HOH WAT . G 6 HOH A 27 5142 29 HOH WAT . G 6 HOH A 28 5143 30 HOH WAT . G 6 HOH A 29 5144 31 HOH WAT . G 6 HOH A 30 5145 32 HOH WAT . G 6 HOH A 31 5146 33 HOH WAT . G 6 HOH A 32 5147 34 HOH WAT . G 6 HOH A 33 5148 35 HOH WAT . G 6 HOH A 34 5149 36 HOH WAT . G 6 HOH A 35 5150 37 HOH WAT . G 6 HOH A 36 5151 38 HOH WAT . G 6 HOH A 37 5152 39 HOH WAT . G 6 HOH A 38 5153 40 HOH WAT . G 6 HOH A 39 5154 41 HOH WAT . G 6 HOH A 40 5155 42 HOH WAT . G 6 HOH A 41 5156 43 HOH WAT . G 6 HOH A 42 5157 44 HOH WAT . G 6 HOH A 43 5158 45 HOH WAT . G 6 HOH A 44 5159 46 HOH WAT . G 6 HOH A 45 5160 47 HOH WAT . G 6 HOH A 46 5161 48 HOH WAT . G 6 HOH A 47 5162 49 HOH WAT . G 6 HOH A 48 5163 50 HOH WAT . G 6 HOH A 49 5164 51 HOH WAT . G 6 HOH A 50 5165 52 HOH WAT . G 6 HOH A 51 5166 53 HOH WAT . G 6 HOH A 52 5167 54 HOH WAT . G 6 HOH A 53 5168 55 HOH WAT . G 6 HOH A 54 5169 56 HOH WAT . G 6 HOH A 55 5170 57 HOH WAT . G 6 HOH A 56 5171 58 HOH WAT . G 6 HOH A 57 5172 59 HOH WAT . G 6 HOH A 58 5173 60 HOH WAT . G 6 HOH A 59 5174 61 HOH WAT . G 6 HOH A 60 5175 62 HOH WAT . G 6 HOH A 61 5176 63 HOH WAT . G 6 HOH A 62 5177 64 HOH WAT . G 6 HOH A 63 5178 65 HOH WAT . G 6 HOH A 64 5179 66 HOH WAT . G 6 HOH A 65 5180 67 HOH WAT . G 6 HOH A 66 5181 68 HOH WAT . G 6 HOH A 67 5182 69 HOH WAT . G 6 HOH A 68 5183 70 HOH WAT . G 6 HOH A 69 5184 71 HOH WAT . G 6 HOH A 70 5185 72 HOH WAT . G 6 HOH A 71 5186 73 HOH WAT . G 6 HOH A 72 5187 74 HOH WAT . G 6 HOH A 73 5188 75 HOH WAT . G 6 HOH A 74 5189 76 HOH WAT . G 6 HOH A 75 5190 77 HOH WAT . G 6 HOH A 76 5191 78 HOH WAT . G 6 HOH A 77 5192 79 HOH WAT . G 6 HOH A 78 5193 80 HOH WAT . G 6 HOH A 79 5194 81 HOH WAT . G 6 HOH A 80 5195 82 HOH WAT . G 6 HOH A 81 5196 83 HOH WAT . G 6 HOH A 82 5197 84 HOH WAT . G 6 HOH A 83 5198 85 HOH WAT . G 6 HOH A 84 5199 86 HOH WAT . G 6 HOH A 85 5200 87 HOH WAT . G 6 HOH A 86 5201 88 HOH WAT . G 6 HOH A 87 5202 89 HOH WAT . G 6 HOH A 88 5203 90 HOH WAT . G 6 HOH A 89 5204 91 HOH WAT . G 6 HOH A 90 5205 92 HOH WAT . G 6 HOH A 91 5206 93 HOH WAT . G 6 HOH A 92 5207 94 HOH WAT . G 6 HOH A 93 5208 95 HOH WAT . G 6 HOH A 94 5209 96 HOH WAT . G 6 HOH A 95 5210 97 HOH WAT . G 6 HOH A 96 5211 98 HOH WAT . G 6 HOH A 97 5212 99 HOH WAT . G 6 HOH A 98 5213 100 HOH WAT . G 6 HOH A 99 5214 101 HOH WAT . G 6 HOH A 100 5215 102 HOH WAT . G 6 HOH A 101 5216 103 HOH WAT . G 6 HOH A 102 5217 104 HOH WAT . G 6 HOH A 103 5218 105 HOH WAT . G 6 HOH A 104 5219 106 HOH WAT . G 6 HOH A 105 5220 107 HOH WAT . G 6 HOH A 106 5221 108 HOH WAT . G 6 HOH A 107 5222 109 HOH WAT . G 6 HOH A 108 5223 110 HOH WAT . G 6 HOH A 109 5224 111 HOH WAT . G 6 HOH A 110 5225 112 HOH WAT . G 6 HOH A 111 5226 113 HOH WAT . G 6 HOH A 112 5227 114 HOH WAT . G 6 HOH A 113 5228 115 HOH WAT . G 6 HOH A 114 5229 116 HOH WAT . G 6 HOH A 115 5230 117 HOH WAT . G 6 HOH A 116 5231 118 HOH WAT . G 6 HOH A 117 5232 119 HOH WAT . G 6 HOH A 118 5233 120 HOH WAT . G 6 HOH A 119 5234 121 HOH WAT . G 6 HOH A 120 5235 122 HOH WAT . G 6 HOH A 121 5236 123 HOH WAT . G 6 HOH A 122 5237 124 HOH WAT . G 6 HOH A 123 5238 125 HOH WAT . G 6 HOH A 124 5239 126 HOH WAT . G 6 HOH A 125 5240 127 HOH WAT . G 6 HOH A 126 5241 128 HOH WAT . G 6 HOH A 127 5242 129 HOH WAT . G 6 HOH A 128 5243 130 HOH WAT . G 6 HOH A 129 5244 131 HOH WAT . G 6 HOH A 130 5245 132 HOH WAT . G 6 HOH A 131 5246 133 HOH WAT . G 6 HOH A 132 5247 134 HOH WAT . G 6 HOH A 133 5248 135 HOH WAT . G 6 HOH A 134 5249 136 HOH WAT . G 6 HOH A 135 5250 137 HOH WAT . G 6 HOH A 136 5251 138 HOH WAT . G 6 HOH A 137 5252 139 HOH WAT . G 6 HOH A 138 5253 140 HOH WAT . G 6 HOH A 139 5254 141 HOH WAT . G 6 HOH A 140 5255 142 HOH WAT . G 6 HOH A 141 5256 143 HOH WAT . G 6 HOH A 142 5257 144 HOH WAT . G 6 HOH A 143 5258 145 HOH WAT . G 6 HOH A 144 5259 146 HOH WAT . G 6 HOH A 145 5260 147 HOH WAT . G 6 HOH A 146 5261 148 HOH WAT . G 6 HOH A 147 5262 149 HOH WAT . G 6 HOH A 148 5263 150 HOH WAT . G 6 HOH A 149 5264 151 HOH WAT . G 6 HOH A 150 5265 152 HOH WAT . G 6 HOH A 151 5266 153 HOH WAT . G 6 HOH A 152 5267 154 HOH WAT . G 6 HOH A 153 5268 155 HOH WAT . G 6 HOH A 154 5269 156 HOH WAT . G 6 HOH A 155 5270 157 HOH WAT . G 6 HOH A 156 5271 158 HOH WAT . G 6 HOH A 157 5272 159 HOH WAT . G 6 HOH A 158 5273 160 HOH WAT . G 6 HOH A 159 5274 161 HOH WAT . G 6 HOH A 160 5275 162 HOH WAT . G 6 HOH A 161 5276 163 HOH WAT . G 6 HOH A 162 5277 164 HOH WAT . G 6 HOH A 163 5278 165 HOH WAT . G 6 HOH A 164 5279 166 HOH WAT . G 6 HOH A 165 5280 167 HOH WAT . G 6 HOH A 166 5281 168 HOH WAT . G 6 HOH A 167 5282 169 HOH WAT . G 6 HOH A 168 5283 170 HOH WAT . G 6 HOH A 169 5284 171 HOH WAT . G 6 HOH A 170 5285 172 HOH WAT . G 6 HOH A 171 5286 173 HOH WAT . G 6 HOH A 172 5287 174 HOH WAT . G 6 HOH A 173 5288 175 HOH WAT . G 6 HOH A 174 5289 176 HOH WAT . G 6 HOH A 175 5290 177 HOH WAT . G 6 HOH A 176 5291 178 HOH WAT . G 6 HOH A 177 5292 179 HOH WAT . G 6 HOH A 178 5293 180 HOH WAT . G 6 HOH A 179 5294 181 HOH WAT . G 6 HOH A 180 5295 182 HOH WAT . G 6 HOH A 181 5296 183 HOH WAT . G 6 HOH A 182 5297 184 HOH WAT . G 6 HOH A 183 5298 185 HOH WAT . G 6 HOH A 184 5299 186 HOH WAT . G 6 HOH A 185 5300 187 HOH WAT . G 6 HOH A 186 5301 188 HOH WAT . G 6 HOH A 187 5302 189 HOH WAT . G 6 HOH A 188 5303 190 HOH WAT . G 6 HOH A 189 5304 191 HOH WAT . G 6 HOH A 190 5305 192 HOH WAT . G 6 HOH A 191 5306 193 HOH WAT . G 6 HOH A 192 5307 194 HOH WAT . G 6 HOH A 193 5308 195 HOH WAT . G 6 HOH A 194 5309 196 HOH WAT . G 6 HOH A 195 5310 197 HOH WAT . G 6 HOH A 196 5311 198 HOH WAT . G 6 HOH A 197 5312 199 HOH WAT . G 6 HOH A 198 5313 200 HOH WAT . G 6 HOH A 199 5314 201 HOH WAT . G 6 HOH A 200 5315 202 HOH WAT . G 6 HOH A 201 5316 203 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 BEN . . . D 3 40.14 32.482 -2.628 1 49.88 ? C1 BEN 1194 A 1 HETATM 2 C C2 BEN . . . D 3 40.834 33.728 -2.649 1 50.07 ? C2 BEN 1194 A 1 HETATM 3 C C3 BEN . . . D 3 40.112 34.937 -2.747 1 50.16 ? C3 BEN 1194 A 1 HETATM 4 C C4 BEN . . . D 3 38.704 34.922 -2.826 1 50.01 ? C4 BEN 1194 A 1 HETATM 5 C C5 BEN . . . D 3 38.007 33.695 -2.806 1 50.05 ? C5 BEN 1194 A 1 HETATM 6 C C6 BEN . . . D 3 38.717 32.479 -2.711 1 50.09 ? C6 BEN 1194 A 1 HETATM 7 C C BEN . . . D 3 40.897 31.189 -2.522 1 49.83 ? C BEN 1194 A 1 HETATM 8 N N1 BEN . . . D 3 42.202 31.189 -2.44 1 49.44 ? N1 BEN 1194 A 1 HETATM 9 N N2 BEN . . . D 3 40.22 29.977 -2.507 1 49.66 ? N2 BEN 1194 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 6 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 228 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 9 #