data_2OCC # _model_server_result.job_id L6gNsueHbjJH3yylzFl-0A _model_server_result.datetime_utc '2024-11-08 12:39:11' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2occ # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"LA","auth_seq_id":519}' # _entry.id 2OCC # _exptl.entry_id 2OCC _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 16 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 2OCC _cell.length_a 189.1 _cell.length_b 210.5 _cell.length_c 178.6 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2OCC _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PQS tridecameric 13 author_and_software_defined_assembly 1 PQS tridecameric 13 author_and_software_defined_assembly 2 PISA 26-meric 26 software_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA 1 1 N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA 2 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA 3 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 16 CA N N ? 16 LA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 H SG CYS 29 H CYS 29 1_555 H SG CYS 64 H CYS 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf2 H SG CYS 39 H CYS 39 1_555 H SG CYS 53 H CYS 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? disulf ? disulf3 U SG CYS 29 U CYS 29 1_555 U SG CYS 64 U CYS 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf4 U SG CYS 39 U CYS 39 1_555 U SG CYS 53 U CYS 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc1 A O GLU 40 A GLU 40 1_555 CA NA NA . A NA 519 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 40 A GLU 40 1_555 CA NA NA . A NA 519 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? metalc ? metalc3 A O GLY 45 A GLY 45 1_555 CA NA NA . A NA 519 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? metalc ? metalc4 A NE2 HIS 61 A HIS 61 1_555 DA FE HEA . A HEA 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.799 ? metalc ? metalc5 A ND1 HIS 240 A HIS 240 1_555 AA CU CU . A CU 517 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? metalc ? metalc6 A NE2 HIS 290 A HIS 290 1_555 AA CU CU . A CU 517 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? metalc ? metalc7 A NE2 HIS 291 A HIS 291 1_555 AA CU CU . A CU 517 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.92 ? metalc ? metalc8 A NE2 HIS 368 A HIS 368 1_555 BA MG MG . A MG 518 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? metalc ? metalc9 A OD2 ASP 369 A ASP 369 1_555 BA MG MG . A MG 518 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? metalc ? metalc10 A NE2 HIS 376 A HIS 376 1_555 EA FE HEA . A HEA 516 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.907 ? metalc ? metalc11 A NE2 HIS 378 A HIS 378 1_555 DA FE HEA . A HEA 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.868 ? metalc ? metalc12 A O SER 441 A SER 441 1_555 CA NA NA . A NA 519 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc13 EA FE HEA . A HEA 516 1_555 FA O1 PER . A PER 520 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? metalc ? metalc14 AA CU CU . A CU 517 1_555 FA O2 PER . A PER 520 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc15 BA MG MG . A MG 518 1_555 B OE1 GLU 198 B GLU 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc16 B ND1 HIS 161 B HIS 161 1_555 GA CU CU . B CU 228 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.932 ? metalc ? metalc17 B SG CYS 196 B CYS 196 1_555 GA CU CU . B CU 228 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? metalc ? metalc18 B SG CYS 196 B CYS 196 1_555 HA CU CU . B CU 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc19 B O GLU 198 B GLU 198 1_555 HA CU CU . B CU 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc20 B SG CYS 200 B CYS 200 1_555 GA CU CU . B CU 228 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc21 B SG CYS 200 B CYS 200 1_555 HA CU CU . B CU 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.205 ? metalc ? metalc22 B ND1 HIS 204 B HIS 204 1_555 HA CU CU . B CU 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.927 ? metalc ? metalc23 B SD MET 207 B MET 207 1_555 GA CU CU . B CU 228 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.657 ? metalc ? metalc24 GA CU CU . B CU 228 1_555 HA CU CU . B CU 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? metalc ? metalc25 F SG CYS 60 F CYS 60 1_555 IA ZN ZN . F ZN 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc26 F SG CYS 62 F CYS 62 1_555 IA ZN ZN . F ZN 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc27 F SG CYS 82 F CYS 82 1_555 IA ZN ZN . F ZN 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? metalc ? metalc28 F SG CYS 85 F CYS 85 1_555 IA ZN ZN . F ZN 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? metalc ? metalc29 N O GLU 40 N GLU 40 1_555 LA NA NA . N NA 519 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? metalc ? metalc30 N OE2 GLU 40 N GLU 40 1_555 LA NA NA . N NA 519 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.464 ? metalc ? metalc31 N O GLY 45 N GLY 45 1_555 LA NA NA . N NA 519 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? metalc ? metalc32 N NE2 HIS 61 N HIS 61 1_555 MA FE HEA . N HEA 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.83 ? metalc ? metalc33 N ND1 HIS 240 N HIS 240 1_555 JA CU CU . N CU 517 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.16 ? metalc ? metalc34 N NE2 HIS 290 N HIS 290 1_555 JA CU CU . N CU 517 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.953 ? metalc ? metalc35 N NE2 HIS 291 N HIS 291 1_555 JA CU CU . N CU 517 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? metalc ? metalc36 N NE2 HIS 368 N HIS 368 1_555 KA MG MG . N MG 518 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc37 N OD2 ASP 369 N ASP 369 1_555 KA MG MG . N MG 518 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? metalc ? metalc38 N NE2 HIS 376 N HIS 376 1_555 NA FE HEA . N HEA 516 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.908 ? metalc ? metalc39 N NE2 HIS 378 N HIS 378 1_555 MA FE HEA . N HEA 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.964 ? metalc ? metalc40 N O SER 441 N SER 441 1_555 LA NA NA . N NA 519 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? metalc ? metalc41 NA FE HEA . N HEA 516 1_555 OA O1 PER . N PER 520 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc42 JA CU CU . N CU 517 1_555 OA O2 PER . N PER 520 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? metalc ? metalc43 JA CU CU . N CU 517 1_555 OA O1 PER . N PER 520 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.665 ? metalc ? metalc44 KA MG MG . N MG 518 1_555 O OE1 GLU 198 O GLU 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? metalc ? metalc45 O ND1 HIS 161 O HIS 161 1_555 PA CU CU . O CU 228 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.967 ? metalc ? metalc46 O SG CYS 196 O CYS 196 1_555 PA CU CU . O CU 228 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc47 O SG CYS 196 O CYS 196 1_555 QA CU CU . O CU 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? metalc ? metalc48 O O GLU 198 O GLU 198 1_555 QA CU CU . O CU 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? metalc ? metalc49 O SG CYS 200 O CYS 200 1_555 PA CU CU . O CU 228 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.208 ? metalc ? metalc50 O SG CYS 200 O CYS 200 1_555 QA CU CU . O CU 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? metalc ? metalc51 O ND1 HIS 204 O HIS 204 1_555 QA CU CU . O CU 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.992 ? metalc ? metalc52 O SD MET 207 O MET 207 1_555 PA CU CU . O CU 228 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.746 ? metalc ? metalc53 PA CU CU . O CU 228 1_555 QA CU CU . O CU 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? metalc ? metalc54 S SG CYS 60 S CYS 60 1_555 RA ZN ZN . S ZN 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? metalc ? metalc55 S SG CYS 62 S CYS 62 1_555 RA ZN ZN . S ZN 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc56 S SG CYS 82 S CYS 82 1_555 RA ZN ZN . S ZN 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.208 ? metalc ? metalc57 S SG CYS 85 S CYS 85 1_555 RA ZN ZN . S ZN 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 2OCC _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.005288 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004751 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005599 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code AA 14 CU A 1 517 517 CU CU . BA 15 MG A 1 518 518 MG MG . CA 16 NA A 1 519 519 NA NA . DA 17 HEA A 1 515 515 HEA HEA . EA 17 HEA A 1 516 516 HEA HEA . FA 18 PER A 1 520 520 PER PER . GA 14 CU B 1 228 228 CU CU . HA 14 CU B 1 229 229 CU CU . IA 19 ZN F 1 99 99 ZN ZN . JA 14 CU N 1 517 517 CU CU . KA 15 MG N 1 518 518 MG MG . LA 16 NA N 1 519 519 NA NA . MA 17 HEA N 1 515 515 HEA HEA . NA 17 HEA N 1 516 516 HEA HEA . OA 18 PER N 1 520 520 PER PER . PA 14 CU O 1 228 228 CU CU . QA 14 CU O 1 229 229 CU CU . RA 19 ZN S 1 99 99 ZN ZN . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id LA _atom_site.label_entity_id 16 _atom_site.Cartn_x 147.984 _atom_site.Cartn_y 319.458 _atom_site.Cartn_z 173.307 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 43.79 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 519 _atom_site.auth_asym_id N _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 18 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 45 _model_server_stats.query_time_ms 274 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #