data_2P76
#
_model_server_result.job_id            rM-b_nMGkXdo0NrDyn65JA 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-06-27 17:31:02' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          2p76 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"W","auth_seq_id":401}' 
#
_entry.id    2P76 
#
_exptl.entry_id    2P76 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              22.99 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'SODIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            2P76 
_cell.length_a            115.164 
_cell.length_b            115.164 
_cell.length_c            451.335 
_cell.Z_PDB               48 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 2P76 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        152 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 31 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
? monomeric 1 author_defined_assembly 3 
? monomeric 1 author_defined_assembly 4 
? monomeric 1 author_defined_assembly 5 
? monomeric 1 author_defined_assembly 6 
? monomeric 1 author_defined_assembly 7 
? monomeric 1 author_defined_assembly 8 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,I,J,Y 1 1 
B,K,L,Z 2 1 
C,M,N,AA 3 1 
D,O,P,BA 4 1 
E,Q,R,CA 5 1 
F,S,T 6 1 
G,U,V,DA 7 1 
H,W,X,EA 8 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 I N N 
? 2 K N N 
? 2 M N N 
? 2 O N N 
? 2 Q N N 
? 2 S N N 
? 2 U N N 
? 2 W N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OE2 GLU 57 A GLU 87 1_555 I NA NA . A NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.654 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 59 A ASP 89 1_555 I NA NA . A NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.56 ? 
metalc ? metalc3 A OE1 GLU 139 A GLU 169 1_555 I NA NA . A NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? 
metalc ? metalc4 I NA NA . A NA 401 1_555 J O1 GOL . A GOL 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.634 ? 
metalc ? metalc5 I NA NA . A NA 401 1_555 J O2 GOL . A GOL 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.857 ? 
metalc ? metalc6 B OE2 GLU 57 B GLU 87 1_555 K NA NA . B NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.768 ? 
metalc ? metalc7 B OD1 ASP 59 B ASP 89 1_555 K NA NA . B NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.618 ? 
metalc ? metalc8 B OD2 ASP 59 B ASP 89 1_555 K NA NA . B NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.963 ? 
metalc ? metalc9 B OE1 GLU 139 B GLU 169 1_555 K NA NA . B NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.828 ? 
metalc ? metalc10 K NA NA . B NA 401 1_555 L O1 GOL . B GOL 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.941 ? 
metalc ? metalc11 K NA NA . B NA 401 1_555 L O2 GOL . B GOL 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.937 ? 
metalc ? metalc12 C OE2 GLU 57 C GLU 87 1_555 M NA NA . C NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.557 ? 
metalc ? metalc13 C OD1 ASP 59 C ASP 89 1_555 M NA NA . C NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? 
metalc ? metalc14 C OE1 GLU 139 C GLU 169 1_555 M NA NA . C NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? 
metalc ? metalc15 M NA NA . C NA 401 1_555 N O2 GOL . C GOL 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.83 ? 
metalc ? metalc16 M NA NA . C NA 401 1_555 N O1 GOL . C GOL 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.791 ? 
metalc ? metalc17 D OE2 GLU 57 D GLU 87 1_555 O NA NA . D NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? 
metalc ? metalc18 D OD1 ASP 59 D ASP 89 1_555 O NA NA . D NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.58 ? 
metalc ? metalc19 D OE1 GLU 139 D GLU 169 1_555 O NA NA . D NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.827 ? 
metalc ? metalc20 O NA NA . D NA 401 1_555 P O1 GOL . D GOL 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.637 ? 
metalc ? metalc21 O NA NA . D NA 401 1_555 P O2 GOL . D GOL 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.933 ? 
metalc ? metalc22 E OE2 GLU 57 E GLU 87 1_555 Q NA NA . E NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.612 ? 
metalc ? metalc23 E OD1 ASP 59 E ASP 89 1_555 Q NA NA . E NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? 
metalc ? metalc24 E OD2 ASP 59 E ASP 89 1_555 Q NA NA . E NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.976 ? 
metalc ? metalc25 E OE1 GLU 139 E GLU 169 1_555 Q NA NA . E NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.73 ? 
metalc ? metalc26 Q NA NA . E NA 401 1_555 R O2 GOL . E GOL 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.909 ? 
metalc ? metalc27 Q NA NA . E NA 401 1_555 R O1 GOL . E GOL 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.859 ? 
metalc ? metalc28 F OE2 GLU 57 F GLU 87 1_555 S NA NA . F NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.565 ? 
metalc ? metalc29 F OD1 ASP 59 F ASP 89 1_555 S NA NA . F NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? 
metalc ? metalc30 F OE1 GLU 139 F GLU 169 1_555 S NA NA . F NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.615 ? 
metalc ? metalc31 S NA NA . F NA 401 1_555 T O2 GOL . F GOL 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.764 ? 
metalc ? metalc32 S NA NA . F NA 401 1_555 T O1 GOL . F GOL 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.779 ? 
metalc ? metalc33 G OE2 GLU 57 G GLU 87 1_555 U NA NA . G NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.641 ? 
metalc ? metalc34 G OD1 ASP 59 G ASP 89 1_555 U NA NA . G NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.444 ? 
metalc ? metalc35 G OD2 ASP 59 G ASP 89 1_555 U NA NA . G NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.974 ? 
metalc ? metalc36 G OE1 GLU 139 G GLU 169 1_555 U NA NA . G NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.642 ? 
metalc ? metalc37 U NA NA . G NA 401 1_555 V O1 GOL . G GOL 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.697 ? 
metalc ? metalc38 U NA NA . G NA 401 1_555 V O2 GOL . G GOL 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.849 ? 
metalc ? metalc39 H OE2 GLU 57 H GLU 87 1_555 W NA NA . H NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.549 ? 
metalc ? metalc40 H OD1 ASP 59 H ASP 89 1_555 W NA NA . H NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.683 ? 
metalc ? metalc41 H OE1 GLU 139 H GLU 169 1_555 W NA NA . H NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.758 ? 
metalc ? metalc42 W NA NA . H NA 401 1_555 X O2 GOL . H GOL 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.895 ? 
metalc ? metalc43 W NA NA . H NA 401 1_555 X O1 GOL . H GOL 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? 
#
_chem_comp.formula           'Na 1' 
_chem_comp.formula_weight    22.99 
_chem_comp.id                NA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'SODIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     2P76 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008683 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.005013 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.010027 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.002216 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 2 NA A 1 401 601 NA NA . 
J 3 GOL A 1 501 501 GOL GOL . 
K 2 NA B 1 401 602 NA NA . 
L 3 GOL B 1 501 502 GOL GOL . 
M 2 NA C 1 401 603 NA NA . 
N 3 GOL C 1 501 503 GOL GOL . 
O 2 NA D 1 401 604 NA NA . 
P 3 GOL D 1 501 504 GOL GOL . 
Q 2 NA E 1 401 605 NA NA . 
R 3 GOL E 1 501 505 GOL GOL . 
S 2 NA F 1 401 606 NA NA . 
T 3 GOL F 1 501 506 GOL GOL . 
U 2 NA G 1 401 607 NA NA . 
V 3 GOL G 1 501 507 GOL GOL . 
W 2 NA H 1 401 608 NA NA . 
X 3 GOL H 1 501 508 GOL GOL . 
Y 4 HOH A 1 502 11 HOH HOH . 
Y 4 HOH A 2 503 20 HOH HOH . 
Y 4 HOH A 3 504 24 HOH HOH . 
Y 4 HOH A 4 505 34 HOH HOH . 
Y 4 HOH A 5 506 40 HOH HOH . 
Y 4 HOH A 6 507 52 HOH HOH . 
Y 4 HOH A 7 508 54 HOH HOH . 
Y 4 HOH A 8 509 58 HOH HOH . 
Z 4 HOH B 1 4 8 HOH HOH . 
Z 4 HOH B 2 8 12 HOH HOH . 
Z 4 HOH B 3 11 15 HOH HOH . 
Z 4 HOH B 4 19 27 HOH HOH . 
Z 4 HOH B 5 25 36 HOH HOH . 
AA 4 HOH C 1 502 3 HOH HOH . 
AA 4 HOH C 2 503 9 HOH HOH . 
AA 4 HOH C 3 504 10 HOH HOH . 
AA 4 HOH C 4 505 19 HOH HOH . 
AA 4 HOH C 5 506 21 HOH HOH . 
AA 4 HOH C 6 507 22 HOH HOH . 
AA 4 HOH C 7 508 28 HOH HOH . 
AA 4 HOH C 8 509 53 HOH HOH . 
BA 4 HOH D 1 502 6 HOH HOH . 
BA 4 HOH D 2 503 7 HOH HOH . 
BA 4 HOH D 3 504 17 HOH HOH . 
BA 4 HOH D 4 505 18 HOH HOH . 
BA 4 HOH D 5 506 29 HOH HOH . 
BA 4 HOH D 6 507 32 HOH HOH . 
BA 4 HOH D 7 508 39 HOH HOH . 
BA 4 HOH D 8 509 41 HOH HOH . 
BA 4 HOH D 9 510 44 HOH HOH . 
BA 4 HOH D 10 511 59 HOH HOH . 
CA 4 HOH E 1 23 33 HOH HOH . 
DA 4 HOH G 1 10 14 HOH HOH . 
EA 4 HOH H 1 9 13 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           NA 
_atom_site.label_atom_id         NA 
_atom_site.label_comp_id         NA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         W 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               3.476 
_atom_site.Cartn_y               42.699 
_atom_site.Cartn_z               75.551 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        43.84 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          NA 
_atom_site.auth_comp_id          NA 
_atom_site.auth_seq_id           401 
_atom_site.auth_asym_id          H 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              13 
_model_server_stats.parse_time_ms           10 
_model_server_stats.create_model_time_ms    33 
_model_server_stats.query_time_ms           317 
_model_server_stats.encode_time_ms          7 
_model_server_stats.element_count           1 
#