data_2P7D
#
_model_server_result.job_id            XBZS-3RNl7BzMhkpW0Wlpg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-07 16:13:34' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          2p7d 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":101}' 
#
_entry.id    2P7D 
#
_exptl.entry_id    2P7D 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              161.116 
_entity.id                          8 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'COBALT HEXAMMINE(III)' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            2P7D 
_cell.length_a            93.9 
_cell.length_b            93.9 
_cell.length_c            134.4 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 2P7D 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        178 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 61 2 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    pentameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      5 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 8 H N N 
? 8 I N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
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_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 B O3' G 12 B G 13 1_555 B P S9L 13 B S9L 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.612 ? 
covale ? covale2 B O3' S9L 13 B S9L 14 1_555 C P G 1 C G 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.606 ? 
metalc ? metalc1 A O3' A 5 A A 5 1_555 G NA NA . A NA 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.874 ? 
metalc ? metalc2 A O2' A 5 A A 5 1_555 G NA NA . A NA 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N3 C 2 A C 2 1_555 B N1 G 12 B G 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N4 C 2 A C 2 1_555 B O6 G 12 B G 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O2 C 2 A C 2 1_555 B N2 G 12 B G 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N3 C 3 A C 3 1_555 B N1 G 11 B G 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N4 C 3 A C 3 1_555 B O6 G 11 B G 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A O2 C 3 A C 3 1_555 B N2 G 11 B G 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N3 C 4 A C 4 1_555 B N1 G 10 B G 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N4 C 4 A C 4 1_555 B O6 G 10 B G 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A O2 C 4 A C 4 1_555 B N2 G 10 B G 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog10 A N3 A 5 A A 5 1_555 B N6 A 8 B A 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog11 A N3 A 5 A A 5 1_555 B N6 A 9 B A 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog12 B N3 C 1 B C 2 1_555 E N1 G 8 P G 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog13 B N4 C 1 B C 2 1_555 E O6 G 8 P G 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog14 B O2 C 1 B C 2 1_555 E N2 G 8 P G 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog15 B N1 G 2 B G 3 1_555 E N3 C 7 P C 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog16 B N2 G 2 B G 3 1_555 E O2 C 7 P C 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog17 B O6 G 2 B G 3 1_555 E N4 C 7 P C 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'G-C PAIR' hydrog18 B N1 G 3 B G 4 1_555 E N3 C 6 P C 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog19 B N3 U 4 B U 5 1_555 E N1 A 5 P A 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog20 B O4 U 4 B U 5 1_555 E N6 A 5 P A 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog21 B N1 G 5 B G 6 1_555 E N3 C 4 P C 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog22 B N2 G 5 B G 6 1_555 E O2 C 4 P C 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog23 B O6 G 5 B G 6 1_555 E N4 C 4 P C 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'A-C MISPAIR' hydrog24 B N1 A 6 B A 7 1_555 E N4 C 3 P C 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'G-U MISPAIR' hydrog25 B N2 G 7 B G 8 1_555 E O4 U 2 P U 7 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog26 C N1 G 1 C G 15 1_555 D N3 C 19 D C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog27 C N2 G 1 C G 15 1_555 D O2 C 19 D C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog28 C O6 G 1 C G 15 1_555 D N4 C 19 D C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog29 C N1 G 2 C G 16 1_555 D N3 C 18 D C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog30 C N2 G 2 C G 16 1_555 D O2 C 18 D C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog31 C O6 G 2 C G 16 1_555 D N4 C 18 D C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog32 C N3 C 3 C C 17 1_555 D N1 G 17 D G 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog33 C N4 C 3 C C 17 1_555 D O6 G 17 D G 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog34 C O2 C 3 C C 17 1_555 D N2 G 17 D G 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog35 C N1 A 4 C A 18 1_555 D N3 U 16 D U 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog36 C N6 A 4 C A 18 1_555 D O4 U 16 D U 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog37 C N1 G 5 C G 19 1_555 D N3 C 15 D C 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog38 C N2 G 5 C G 19 1_555 D O2 C 15 D C 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog39 C O6 G 5 C G 19 1_555 D N4 C 15 D C 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'A-C MISPAIR' hydrog40 C N1 A 6 C A 20 1_555 D N4 C 14 D C 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_11_PAIR hydrog41 C N2 G 7 C G 21 1_555 D N7 A 13 D A 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_11_PAIR hydrog42 C N3 G 7 C G 21 1_555 D N6 A 13 D A 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog43 C N6 A 8 C A 22 1_555 D O2 U 11 D U 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog44 C N7 A 8 C A 22 1_555 D N3 U 11 D U 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_5_PAIR hydrog45 C N6 A 9 C A 23 1_555 D N1 A 10 D A 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_5_PAIR hydrog46 C N7 A 9 C A 23 1_555 D N6 A 10 D A 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog47 C N6 A 10 C A 24 1_555 D N7 A 8 D A 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog48 C N3 C 11 C C 25 1_555 E N1 G 1 P G 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog49 C N4 C 11 C C 25 1_555 E O6 G 1 P G 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog50 C O2 C 11 C C 25 1_555 E N2 G 1 P G 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_8_PAIR hydrog51 C N1 A 12 C A 26 1_555 D N1 G 6 D G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_8_PAIR hydrog52 C N6 A 12 C A 26 1_555 D O6 G 6 D G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog53 C N3 C 13 C C 27 1_555 D N1 G 5 D G 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog54 C N4 C 13 C C 27 1_555 D O6 G 5 D G 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog55 C O2 C 13 C C 27 1_555 D N2 G 5 D G 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog56 C N1 A 14 C A 28 1_555 D N3 U 4 D U 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog57 C N6 A 14 C A 28 1_555 D O4 U 4 D U 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog58 C N3 C 15 C C 29 1_555 D N1 G 3 D G 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog59 C N4 C 15 C C 29 1_555 D O6 G 3 D G 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog60 C O2 C 15 C C 29 1_555 D N2 G 3 D G 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog61 C N1 G 16 C G 30 1_555 D N3 C 2 D C 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog62 C N2 G 16 C G 30 1_555 D O2 C 2 D C 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog63 C O6 G 16 C G 30 1_555 D N4 C 2 D C 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog64 C N1 A 17 C A 31 1_555 D N3 U 1 D U 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog65 C N6 A 17 C A 31 1_555 D O4 U 1 D U 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
#
_chem_comp.formula           'Co H18 N6 3' 
_chem_comp.formula_weight    161.116 
_chem_comp.id                NCO 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'COBALT HEXAMMINE(III)' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
CO N1 NCO sing 118 n n 
CO N2 NCO sing 119 n n 
CO N3 NCO sing 120 n n 
CO N4 NCO sing 121 n n 
CO N5 NCO sing 122 n n 
CO N6 NCO sing 123 n n 
N1 HN11 NCO sing 124 n n 
N1 HN12 NCO sing 125 n n 
N1 HN13 NCO sing 126 n n 
N2 HN21 NCO sing 127 n n 
N2 HN22 NCO sing 128 n n 
N2 HN23 NCO sing 129 n n 
N3 HN31 NCO sing 130 n n 
N3 HN32 NCO sing 131 n n 
N3 HN33 NCO sing 132 n n 
N4 HN41 NCO sing 133 n n 
N4 HN42 NCO sing 134 n n 
N4 HN43 NCO sing 135 n n 
N5 HN51 NCO sing 136 n n 
N5 HN52 NCO sing 137 n n 
N5 HN53 NCO sing 138 n n 
N6 HN61 NCO sing 139 n n 
N6 HN62 NCO sing 140 n n 
N6 HN63 NCO sing 141 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     2P7D 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.01065 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.006149 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.012297 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00744 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
F 6 SO4 A 1 103 103 SO4 SO4 . 
G 7 NA A 1 104 104 NA NA . 
H 8 NCO B 1 102 102 NCO NCO . 
I 8 NCO D 1 101 101 NCO NCO . 
J 9 HOH A 1 105 2 HOH HOH . 
J 9 HOH A 2 106 6 HOH HOH . 
J 9 HOH A 3 107 19 HOH HOH . 
K 9 HOH B 1 103 1 HOH HOH . 
K 9 HOH B 2 104 5 HOH HOH . 
K 9 HOH B 3 105 10 HOH HOH . 
L 9 HOH C 1 32 7 HOH HOH . 
L 9 HOH C 2 33 8 HOH HOH . 
L 9 HOH C 3 34 9 HOH HOH . 
L 9 HOH C 4 35 12 HOH HOH . 
L 9 HOH C 5 36 13 HOH HOH . 
L 9 HOH C 6 37 14 HOH HOH . 
L 9 HOH C 7 38 16 HOH HOH . 
L 9 HOH C 8 39 21 HOH HOH . 
L 9 HOH C 9 40 22 HOH HOH . 
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