data_2PDA
#
_model_server_result.job_id            BR4aENcScoZy0jNzyncKrQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-22 03:30:52' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          2pda 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":1238}' 
#
_entry.id    2PDA 
#
_exptl.entry_id    2PDA 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            2PDA 
_cell.length_a            86 
_cell.length_b            146.3 
_cell.length_c            211.9 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 2PDA 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA,PQS 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 D N N 
? 3 K N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 1194 A CYS 1195 1_555 A SG CYS 1211 A CYS 1212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf2 B SG CYS 1194 B CYS 1195 1_555 B SG CYS 1211 B CYS 1212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
metalc ? metalc1 A SG CYS 688 A CYS 689 1_555 E FE1 SF4 . A SF4 1233 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 691 A CYS 692 1_555 E FE2 SF4 . A SF4 1233 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 694 A CYS 695 1_555 E FE3 SF4 . A SF4 1233 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 698 A CYS 699 1_555 F FE1 SF4 . A SF4 1234 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? 
metalc ? metalc5 A SG CYS 744 A CYS 745 1_555 F FE2 SF4 . A SF4 1234 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc6 A SG CYS 747 A CYS 748 1_555 F FE4 SF4 . A SF4 1234 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc7 A SG CYS 750 A CYS 751 1_555 F FE3 SF4 . A SF4 1234 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc8 A SG CYS 754 A CYS 755 1_555 E FE4 SF4 . A SF4 1233 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc9 A SG CYS 811 A CYS 812 1_555 G FE1 SF4 . A SF4 1235 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc10 A SG CYS 814 A CYS 815 1_555 G FE2 SF4 . A SF4 1235 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? 
metalc ? metalc11 A SG CYS 839 A CYS 840 1_555 G FE3 SF4 . A SF4 1235 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc12 A OD1 ASP 962 A ASP 963 1_555 C MG MG . A MG 1237 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? 
metalc ? metalc13 A OD1 ASP 982 A ASP 983 1_555 D CA CA . A CA 1238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.95 ? 
metalc ? metalc14 A OD1 ASN 984 A ASN 985 1_555 D CA CA . A CA 1238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? 
metalc ? metalc15 A O VAL 992 A VAL 993 1_555 C MG MG . A MG 1237 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? 
metalc ? metalc16 A O ALA 1055 A ALA 1056 1_555 D CA CA . A CA 1238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.808 ? 
metalc ? metalc17 A O PHE 1058 A PHE 1059 1_555 D CA CA . A CA 1238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.795 ? 
metalc ? metalc18 A O GLY 1060 A GLY 1061 1_555 D CA CA . A CA 1238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.682 ? 
metalc ? metalc19 A OG SER 1062 A SER 1063 1_555 D CA CA . A CA 1238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.89 ? 
metalc ? metalc20 A SG CYS 1070 A CYS 1071 1_555 G FE4 SF4 . A SF4 1235 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
metalc ? metalc21 H O1B TPP . A TPP 1236 1_555 C MG MG . A MG 1237 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.763 ? 
metalc ? metalc22 B SG CYS 688 B CYS 689 1_555 L FE1 SF4 . B SF4 1240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc23 B SG CYS 691 B CYS 692 1_555 L FE2 SF4 . B SF4 1240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? 
metalc ? metalc24 B SG CYS 694 B CYS 695 1_555 L FE3 SF4 . B SF4 1240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc25 B SG CYS 698 B CYS 699 1_555 M FE1 SF4 . B SF4 1241 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? 
metalc ? metalc26 B SG CYS 744 B CYS 745 1_555 M FE2 SF4 . B SF4 1241 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc27 B SG CYS 747 B CYS 748 1_555 M FE4 SF4 . B SF4 1241 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc28 B SG CYS 750 B CYS 751 1_555 M FE3 SF4 . B SF4 1241 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc29 B SG CYS 754 B CYS 755 1_555 L FE4 SF4 . B SF4 1240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc30 B SG CYS 811 B CYS 812 1_555 N FE1 SF4 . B SF4 1242 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc31 B SG CYS 814 B CYS 815 1_555 N FE2 SF4 . B SF4 1242 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? 
metalc ? metalc32 B SG CYS 839 B CYS 840 1_555 N FE3 SF4 . B SF4 1242 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc33 B OD1 ASP 962 B ASP 963 1_555 J MG MG . B MG 1244 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? 
metalc ? metalc34 B OD1 ASP 982 B ASP 983 1_555 K CA CA . B CA 1245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.95 ? 
metalc ? metalc35 B OD1 ASN 984 B ASN 985 1_555 K CA CA . B CA 1245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? 
metalc ? metalc36 B O VAL 992 B VAL 993 1_555 J MG MG . B MG 1244 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? 
metalc ? metalc37 B O ALA 1055 B ALA 1056 1_555 K CA CA . B CA 1245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.808 ? 
metalc ? metalc38 B O PHE 1058 B PHE 1059 1_555 K CA CA . B CA 1245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.796 ? 
metalc ? metalc39 B O GLY 1060 B GLY 1061 1_555 K CA CA . B CA 1245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.682 ? 
metalc ? metalc40 B OG SER 1062 B SER 1063 1_555 K CA CA . B CA 1245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.89 ? 
metalc ? metalc41 B SG CYS 1070 B CYS 1071 1_555 N FE4 SF4 . B SF4 1242 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
metalc ? metalc42 O O1B TPP . B TPP 1243 1_555 J MG MG . B MG 1244 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.763 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     2PDA 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.011628 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006835 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004719 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 MG A 1 1237 1237 MG MG . 
D 3 CA A 1 1238 1238 CA CA . 
E 4 SF4 A 1 1233 1233 SF4 FS4 . 
F 4 SF4 A 1 1234 1234 SF4 FS4 . 
G 4 SF4 A 1 1235 1235 SF4 FS4 . 
H 5 TPP A 1 1236 1236 TPP TPP . 
I 6 PYR A 1 1239 1239 PYR PYR . 
J 2 MG B 1 1244 1244 MG MG . 
K 3 CA B 1 1245 1245 CA CA . 
L 4 SF4 B 1 1240 1240 SF4 FS4 . 
M 4 SF4 B 1 1241 1241 SF4 FS4 . 
N 4 SF4 B 1 1242 1242 SF4 FS4 . 
O 5 TPP B 1 1243 1243 TPP TPP . 
P 6 PYR B 1 1246 1246 PYR PYR . 
Q 7 HOH A 1 2001 2001 HOH HOH . 
Q 7 HOH A 2 2002 2002 HOH HOH . 
Q 7 HOH A 3 2003 2003 HOH HOH . 
Q 7 HOH A 4 2004 2004 HOH HOH . 
Q 7 HOH A 5 2005 2005 HOH HOH . 
Q 7 HOH A 6 2106 2106 HOH HOH . 
Q 7 HOH A 7 2107 2107 HOH HOH . 
R 7 HOH B 1 2006 2006 HOH HOH . 
R 7 HOH B 2 2007 2007 HOH HOH . 
R 7 HOH B 3 2101 2101 HOH HOH . 
R 7 HOH B 4 2102 2102 HOH HOH . 
R 7 HOH B 5 2103 2103 HOH HOH . 
R 7 HOH B 6 2104 2104 HOH HOH . 
R 7 HOH B 7 2105 2105 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         D 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               -5.395 
_atom_site.Cartn_y               -59.964 
_atom_site.Cartn_z               8.281 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        2.84 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           1238 
_atom_site.auth_asym_id          A 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              13 
_model_server_stats.parse_time_ms           50 
_model_server_stats.create_model_time_ms    182 
_model_server_stats.query_time_ms           435 
_model_server_stats.encode_time_ms          8 
_model_server_stats.element_count           1 
#