data_2PFJ # _model_server_result.job_id CntAWmPuv2ASdhJd2rj71Q _model_server_result.datetime_utc '2024-10-18 15:22:22' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2pfj # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":30}' # _entry.id 2PFJ # _exptl.entry_id 2PFJ _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 2PFJ _cell.length_a 92.977 _cell.length_b 92.977 _cell.length_c 124.265 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2PFJ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 154 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 32 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 E N N ? 4 F N N ? 4 G N N ? 4 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OP1 DC 8 Z DC 8 1_555 E CA CA . Z CA 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.676 ? metalc ? metalc2 A OP1 DC 8 Z DC 8 1_555 H CA CA . B CA 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? metalc ? metalc3 E CA CA . Z CA 30 1_555 D OD1 ASP 55 B ASP 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? metalc ? metalc4 B O3' DG 7 Y DG 7 1_555 F CA CA . Y CA 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.88 ? metalc ? metalc5 B OP1 DT 8 Y DT 8 1_555 F CA CA . Y CA 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? metalc ? metalc6 B OP1 DT 8 Y DT 8 1_555 G CA CA . A CA 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? metalc ? metalc7 F CA CA . Y CA 30 1_555 C OD1 ASP 55 A ASP 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? metalc ? metalc8 C OD2 ASP 55 A ASP 55 1_555 G CA CA . A CA 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc9 C OE2 GLU 65 A GLU 65 1_555 G CA CA . A CA 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc10 C O THR 66 A THR 66 1_555 G CA CA . A CA 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? metalc ? metalc11 D OD2 ASP 55 B ASP 55 1_555 H CA CA . B CA 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? metalc ? metalc12 D OE2 GLU 65 B GLU 65 1_555 H CA CA . B CA 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? metalc ? metalc13 D O THR 66 B THR 66 1_555 H CA CA . B CA 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N3 DT 1 Z DT 1 1_555 B N1 DA 29 Y DA 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A O4 DT 1 Z DT 1 1_555 B N6 DA 29 Y DA 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A N1 DA 2 Z DA 2 1_555 B N3 DT 28 Y DT 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N6 DA 2 Z DA 2 1_555 B O4 DT 28 Y DT 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N1 DG 3 Z DG 3 1_555 B N3 DC 27 Y DC 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A N2 DG 3 Z DG 3 1_555 B O2 DC 27 Y DC 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A O6 DG 3 Z DG 3 1_555 B N4 DC 27 Y DC 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N3 DC 4 Z DC 4 1_555 B N1 DG 26 Y DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N4 DC 4 Z DC 4 1_555 B O6 DG 26 Y DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A O2 DC 4 Z DC 4 1_555 B N2 DG 26 Y DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N1 DA 5 Z DA 5 1_555 B N3 DT 25 Y DT 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N6 DA 5 Z DA 5 1_555 B O4 DT 25 Y DT 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N1 DG 6 Z DG 6 1_555 B N3 DC 24 Y DC 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A N2 DG 6 Z DG 6 1_555 B O2 DC 24 Y DC 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A O6 DG 6 Z DG 6 1_555 B N4 DC 24 Y DC 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A N3 DC 7 Z DC 7 1_555 B N1 DG 23 Y DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N4 DC 7 Z DC 7 1_555 B O6 DG 23 Y DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A O2 DC 7 Z DC 7 1_555 B N2 DG 23 Y DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A N3 DC 8 Z DC 8 1_555 B N1 DG 22 Y DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N4 DC 8 Z DC 8 1_555 B O6 DG 22 Y DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A O2 DC 8 Z DC 8 1_555 B N2 DG 22 Y DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DC MISPAIR' hydrog22 A O4 DT 9 Z DT 9 1_555 A N4 DC 20 Z DC 20 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N3 DT 9 Z DT 9 1_555 A N1 DA 21 Z DA 21 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A O4 DT 9 Z DT 9 1_555 A N6 DA 21 Z DA 21 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N1 DG 10 Z DG 10 1_555 A N3 DC 20 Z DC 20 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A N2 DG 10 Z DG 10 1_555 A O2 DC 20 Z DC 20 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A O6 DG 10 Z DG 10 1_555 A N4 DC 20 Z DC 20 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A N1 DA 11 Z DA 11 1_555 A N3 DT 19 Z DT 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A N6 DA 11 Z DA 11 1_555 A O4 DT 19 Z DT 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A N1 DG 12 Z DG 12 1_555 A N3 DC 18 Z DC 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A N2 DG 12 Z DG 12 1_555 A O2 DC 18 Z DC 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A O6 DG 12 Z DG 12 1_555 A N4 DC 18 Z DC 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A N3 DC 13 Z DC 13 1_555 A N1 DG 17 Z DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A N4 DC 13 Z DC 13 1_555 A O6 DG 17 Z DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A O2 DC 13 Z DC 13 1_555 A N2 DG 17 Z DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A N1 DA 22 Z DA 22 1_555 B N3 DT 8 Y DT 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A N6 DA 22 Z DA 22 1_555 B O4 DT 8 Y DT 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A N3 DC 23 Z DC 23 1_555 B N1 DG 7 Y DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A N4 DC 23 Z DC 23 1_555 B O6 DG 7 Y DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A O2 DC 23 Z DC 23 1_555 B N2 DG 7 Y DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A N3 DT 24 Z DT 24 1_555 B N1 DA 6 Y DA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A O4 DT 24 Z DT 24 1_555 B N6 DA 6 Y DA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 A N3 DC 25 Z DC 25 1_555 B N1 DG 5 Y DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 A N4 DC 25 Z DC 25 1_555 B O6 DG 5 Y DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 A O2 DC 25 Z DC 25 1_555 B N2 DG 5 Y DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 A N1 DA 26 Z DA 26 1_555 B N3 DT 4 Y DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 A N6 DA 26 Z DA 26 1_555 B O4 DT 4 Y DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 A N1 DA 27 Z DA 27 1_555 B N3 DT 3 Y DT 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 A N6 DA 27 Z DA 27 1_555 B O4 DT 3 Y DT 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 A N3 DC 28 Z DC 28 1_555 B N1 DG 2 Y DG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 A N4 DC 28 Z DC 28 1_555 B O6 DG 2 Y DG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 A O2 DC 28 Z DC 28 1_555 B N2 DG 2 Y DG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 A N3 DT 29 Z DT 29 1_555 B N1 DA 1 Y DA 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 A O4 DT 29 Z DT 29 1_555 B N6 DA 1 Y DA 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog55 B N3 DC 9 Y DC 9 1_555 B N1 DG 21 Y DG 21 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog56 B N4 DC 9 Y DC 9 1_555 B O6 DG 21 Y DG 21 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog57 B O2 DC 9 Y DC 9 1_555 B N2 DG 21 Y DG 21 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog58 B N3 DC 10 Y DC 10 1_555 B N1 DG 20 Y DG 20 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog59 B N4 DC 10 Y DC 10 1_555 B O6 DG 20 Y DG 20 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog60 B O2 DC 10 Y DC 10 1_555 B N2 DG 20 Y DG 20 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog61 B N3 DT 11 Y DT 11 1_555 B N1 DA 19 Y DA 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog62 B O4 DT 11 Y DT 11 1_555 B N6 DA 19 Y DA 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog63 B N3 DT 12 Y DT 12 1_555 B N1 DA 18 Y DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog64 B O4 DT 12 Y DT 12 1_555 B N6 DA 18 Y DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog65 B N1 DG 13 Y DG 13 1_555 B N3 DC 17 Y DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog66 B N2 DG 13 Y DG 13 1_555 B O2 DC 17 Y DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog67 B O6 DG 13 Y DG 13 1_555 B N4 DC 17 Y DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 2PFJ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010755 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.00621 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012419 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008047 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 4 CA Z 1 30 4 CA CA . F 4 CA Y 1 30 2 CA CA . G 4 CA A 1 150 1 CA CA . H 4 CA B 1 150 3 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id F _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 23.682 _atom_site.Cartn_y 8.829 _atom_site.Cartn_z -22.495 _atom_site.occupancy 0.75 _atom_site.B_iso_or_equiv 96.36 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 30 _atom_site.auth_asym_id Y _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 303 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #