data_2Q80
#
_model_server_result.job_id            QcBw1YIXx89sT4XgpI5V1A 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-25 20:55:22' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          2q80 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":400}' 
#
_entry.id    2Q80 
#
_exptl.entry_id    2Q80 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              24.305 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MAGNESIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    12 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            2Q80 
_cell.length_a            141.248 
_cell.length_b            141.248 
_cell.length_c            211.705 
_cell.Z_PDB               48 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 2Q80 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        92 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 41 21 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
? 2 M N N 
? 2 N N N 
? 2 P N N 
? 2 Q N N 
? 2 S N N 
? 2 T N N 
? 2 V N N 
? 2 W N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 B OD2 ASP 65 B ASP 64 1_555 L O2B GRG . B GRG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? 
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 65 A ASP 64 1_555 G MG MG . A MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 65 A ASP 64 1_555 H MG MG . A MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 69 A ASP 68 1_555 G MG MG . A MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? 
metalc ? metalc4 A OD1 ASP 69 A ASP 68 1_555 H MG MG . A MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? 
metalc ? metalc5 G MG MG . A MG 400 1_555 I O1A GRG . A GRG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? 
metalc ? metalc6 H MG MG . A MG 401 1_555 I O2B GRG . A GRG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.887 ? 
metalc ? metalc7 H MG MG . A MG 401 1_555 I O1A GRG . A GRG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc8 B OD1 ASP 65 B ASP 64 1_555 J MG MG . B MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.147 ? 
metalc ? metalc9 B OD2 ASP 65 B ASP 64 1_555 K MG MG . B MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? 
metalc ? metalc10 B OD1 ASP 69 B ASP 68 1_555 J MG MG . B MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? 
metalc ? metalc11 B OD1 ASP 69 B ASP 68 1_555 K MG MG . B MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? 
metalc ? metalc12 J MG MG . B MG 400 1_555 L O1A GRG . B GRG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.129 ? 
metalc ? metalc13 K MG MG . B MG 401 1_555 L O2B GRG . B GRG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? 
metalc ? metalc14 K MG MG . B MG 401 1_555 L O1A GRG . B GRG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? 
metalc ? metalc15 C OD1 ASP 65 C ASP 64 1_555 M MG MG . C MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.141 ? 
metalc ? metalc16 C OD2 ASP 65 C ASP 64 1_555 N MG MG . C MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? 
metalc ? metalc17 C OD1 ASP 69 C ASP 68 1_555 M MG MG . C MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? 
metalc ? metalc18 C OD1 ASP 69 C ASP 68 1_555 N MG MG . C MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? 
metalc ? metalc19 M MG MG . C MG 400 1_555 O O1A GRG . C GRG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? 
metalc ? metalc20 N MG MG . C MG 401 1_555 O O2B GRG . C GRG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
metalc ? metalc21 N MG MG . C MG 401 1_555 O O1A GRG . C GRG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.851 ? 
metalc ? metalc22 D OD1 ASP 65 D ASP 64 1_555 P MG MG . D MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? 
metalc ? metalc23 D OD2 ASP 65 D ASP 64 1_555 Q MG MG . D MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.16 ? 
metalc ? metalc24 D OD1 ASP 69 D ASP 68 1_555 P MG MG . D MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? 
metalc ? metalc25 D OD1 ASP 69 D ASP 68 1_555 Q MG MG . D MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? 
metalc ? metalc26 D OD2 ASP 130 D ASP 129 1_555 P MG MG . D MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.112 ? 
metalc ? metalc27 P MG MG . D MG 400 1_555 R O1A GRG . D GRG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.205 ? 
metalc ? metalc28 Q MG MG . D MG 401 1_555 R O2B GRG . D GRG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.126 ? 
metalc ? metalc29 Q MG MG . D MG 401 1_555 R O1A GRG . D GRG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc30 E OD1 ASP 65 E ASP 64 1_555 S MG MG . E MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? 
metalc ? metalc31 E OD2 ASP 65 E ASP 64 1_555 T MG MG . E MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.145 ? 
metalc ? metalc32 E OD1 ASP 69 E ASP 68 1_555 S MG MG . E MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? 
metalc ? metalc33 E OD1 ASP 69 E ASP 68 1_555 T MG MG . E MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? 
metalc ? metalc34 S MG MG . E MG 400 1_555 U O1A GRG . E GRG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.13 ? 
metalc ? metalc35 T MG MG . E MG 401 1_555 U O2B GRG . E GRG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? 
metalc ? metalc36 T MG MG . E MG 401 1_555 U O1A GRG . E GRG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? 
metalc ? metalc37 F OD1 ASP 65 F ASP 64 1_555 V MG MG . F MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.144 ? 
metalc ? metalc38 F OD2 ASP 65 F ASP 64 1_555 W MG MG . F MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
metalc ? metalc39 F OD1 ASP 65 F ASP 64 1_555 W MG MG . F MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.966 ? 
metalc ? metalc40 F OD1 ASP 69 F ASP 68 1_555 V MG MG . F MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? 
metalc ? metalc41 F OD2 ASP 69 F ASP 68 1_555 V MG MG . F MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.112 ? 
metalc ? metalc42 F OD1 ASP 69 F ASP 68 1_555 W MG MG . F MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? 
metalc ? metalc43 V MG MG . F MG 400 1_555 X O1A GRG . F GRG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? 
metalc ? metalc44 W MG MG . F MG 401 1_555 X O2B GRG . F GRG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? 
metalc ? metalc45 W MG MG . F MG 401 1_555 X O1A GRG . F GRG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mg 2' 
_chem_comp.formula_weight    24.305 
_chem_comp.id                MG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MAGNESIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     2Q80 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.00708 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.00708 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004724 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 2 MG A 1 400 400 MG MG . 
H 2 MG A 1 401 401 MG MG . 
I 3 GRG A 1 500 500 GRG GRG . 
J 2 MG B 1 400 400 MG MG . 
K 2 MG B 1 401 401 MG MG . 
L 3 GRG B 1 500 500 GRG GRG . 
M 2 MG C 1 400 400 MG MG . 
N 2 MG C 1 401 401 MG MG . 
O 3 GRG C 1 500 500 GRG GRG . 
P 2 MG D 1 400 400 MG MG . 
Q 2 MG D 1 401 401 MG MG . 
R 3 GRG D 1 500 500 GRG GRG . 
S 2 MG E 1 400 400 MG MG . 
T 2 MG E 1 401 401 MG MG . 
U 3 GRG E 1 500 500 GRG GRG . 
V 2 MG F 1 400 400 MG MG . 
W 2 MG F 1 401 401 MG MG . 
X 3 GRG F 1 500 500 GRG GRG . 
Y 4 HOH A 1 501 1 HOH HOH . 
Y 4 HOH A 2 502 3 HOH HOH . 
Y 4 HOH A 3 503 4 HOH HOH . 
Z 4 HOH B 1 501 2 HOH HOH . 
Z 4 HOH B 2 502 5 HOH HOH . 
Z 4 HOH B 3 503 6 HOH HOH . 
Z 4 HOH B 4 504 7 HOH HOH . 
Z 4 HOH B 5 505 8 HOH HOH . 
Z 4 HOH B 6 506 9 HOH HOH . 
Z 4 HOH B 7 507 10 HOH HOH . 
Z 4 HOH B 8 508 11 HOH HOH . 
AA 4 HOH C 1 501 12 HOH HOH . 
AA 4 HOH C 2 502 15 HOH HOH . 
AA 4 HOH C 3 503 16 HOH HOH . 
BA 4 HOH D 1 501 13 HOH HOH . 
BA 4 HOH D 2 502 14 HOH HOH . 
BA 4 HOH D 3 503 17 HOH HOH . 
BA 4 HOH D 4 504 18 HOH HOH . 
BA 4 HOH D 5 505 19 HOH HOH . 
BA 4 HOH D 6 506 20 HOH HOH . 
CA 4 HOH E 1 501 22 HOH HOH . 
CA 4 HOH E 2 502 23 HOH HOH . 
DA 4 HOH F 1 501 21 HOH HOH . 
DA 4 HOH F 2 502 24 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MG 
_atom_site.label_atom_id         MG 
_atom_site.label_comp_id         MG 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         G 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               -23.796 
_atom_site.Cartn_y               -59.246 
_atom_site.Cartn_z               -30.632 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        46.12 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MG 
_atom_site.auth_comp_id          MG 
_atom_site.auth_seq_id           400 
_atom_site.auth_asym_id          A 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              12 
_model_server_stats.parse_time_ms           10 
_model_server_stats.create_model_time_ms    18 
_model_server_stats.query_time_ms           291 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           1 
#