data_2QAD # _model_server_result.job_id TPUc6K6XCb_BMtv69PQlEA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-26 22:17:01' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2qad # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"AA","auth_seq_id":186}' # _entry.id 2QAD # _exptl.entry_id 2QAD _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 104.061 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MALONIC ACID' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 104.64 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 2QAD _cell.length_a 109.6 _cell.length_b 53.021 _cell.length_c 225.326 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2QAD _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? tetrameric 4 author_defined_assembly 1 ? tetrameric 4 author_defined_assembly 2 PISA octameric 8 software_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA 1 1 E,F,G,H,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA 2 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA 3 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 6 Y N N ? 6 AA N N ? 6 VA N N ? 6 XA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 31 A CYS 119 1_555 A SG CYS 44 A CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 57 A CYS 218 1_555 A SG CYS 86 A CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 67 A CYS 228 1_555 A SG CYS 78 A CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 135 A CYS 296 1_555 A SG CYS 169 A CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 216 A CYS 378 1_555 A SG CYS 275 A CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 223 A CYS 385 1_555 A SG CYS 248 A CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf7 B SG CYS 16 B CYS 16 1_555 B SG CYS 84 B CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf8 B SG CYS 130 B CYS 130 1_555 B SG CYS 159 B CYS 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf9 C SG CYS 23 C CYS 23 1_555 C SG CYS 88 C CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? disulf ? disulf10 C SG CYS 134 C CYS 134 1_555 C SG CYS 194 C CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf11 D SG CYS 22 D CYS 22 1_555 D SG CYS 96 D CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? disulf ? disulf12 D SG CYS 157 D CYS 140 1_555 D SG CYS 213 D CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf13 E SG CYS 31 E CYS 119 1_555 E SG CYS 44 E CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf14 E SG CYS 57 E CYS 218 1_555 E SG CYS 86 E CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? disulf ? disulf15 E SG CYS 67 E CYS 228 1_555 E SG CYS 78 E CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? disulf ? disulf16 E SG CYS 135 E CYS 296 1_555 E SG CYS 169 E CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf17 E SG CYS 216 E CYS 378 1_555 E SG CYS 275 E CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf18 E SG CYS 223 E CYS 385 1_555 E SG CYS 248 E CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf19 F SG CYS 16 F CYS 16 1_555 F SG CYS 84 F CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf20 F SG CYS 130 F CYS 130 1_555 F SG CYS 159 F CYS 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf21 G SG CYS 23 G CYS 23 1_555 G SG CYS 88 G CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? disulf ? disulf22 G SG CYS 134 G CYS 134 1_555 G SG CYS 194 G CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf ? disulf23 H SG CYS 22 H CYS 22 1_555 H SG CYS 96 H CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf24 H SG CYS 157 H CYS 140 1_555 H SG CYS 213 H CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 73 A ASN 234 1_555 I C1 NAG . A NAG 734 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 80 A ASN 241 1_555 J C1 NAG . A NAG 741 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? covale ? covale3 A ND2 ASN 101 A ASN 262 1_555 K C1 NAG . A NAG 762 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale4 A ND2 ASN 115 A ASN 276 1_555 L C1 NAG . A NAG 776 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale5 A ND2 ASN 128 A ASN 289 1_555 M C1 NAG . A NAG 789 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale6 A ND2 ASN 134 A ASN 295 1_555 N C1 NAG . A NAG 795 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale7 A ND2 ASN 140 A ASN 301 1_555 O C1 NAG . A NAG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? covale ? covale8 A ND2 ASN 170 A ASN 332 1_555 P C1 NAG . A NAG 832 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale9 A ND2 ASN 194 A ASN 356 1_555 Q C1 NAG . A NAG 856 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale10 A ND2 ASN 200 A ASN 362 1_555 R C1 NAG . A NAG 862 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? covale ? covale11 A ND2 ASN 224 A ASN 386 1_555 S C1 NAG . A NAG 886 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? covale ? covale12 A ND2 ASN 232 A ASN 394 1_555 T C1 NAG . A NAG 894 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale13 A ND2 ASN 238 A ASN 400 1_555 U C1 NAG . A NAG 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale14 A ND2 ASN 243 A ASN 413 1_555 V C1 NAG . A NAG 913 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale15 A ND2 ASN 278 A ASN 448 1_555 W C1 NAG . A NAG 948 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale16 A ND2 ASN 293 A ASN 463 1_555 X C1 NAG . A NAG 963 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale17 D C ASP 103 D ASP 99 1_555 D N TYS 104 D TYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale18 D C ASP 106 D ASP 100 1_555 D N TYS 107 D TYS 100 1_555 B ? ? C ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale19 D N ALA 108 D ALA 100 1_555 D C TYS 107 D TYS 100 1_555 D ? ? C ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale20 D N ASN 105 D ASN 100 1_555 D C TYS 104 D TYS 100 1_555 A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale21 E ND2 ASN 73 E ASN 234 1_555 EA C1 NAG . E NAG 734 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale22 E ND2 ASN 80 E ASN 241 1_555 FA C1 NAG . E NAG 741 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale23 E ND2 ASN 101 E ASN 262 1_555 GA C1 NAG . E NAG 762 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale24 E ND2 ASN 115 E ASN 276 1_555 HA C1 NAG . E NAG 776 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale25 E ND2 ASN 128 E ASN 289 1_555 IA C1 NAG . E NAG 789 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale26 E ND2 ASN 134 E ASN 295 1_555 JA C1 NAG . E NAG 795 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale27 E ND2 ASN 140 E ASN 301 1_555 KA C1 NAG . E NAG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale28 E ND2 ASN 170 E ASN 332 1_555 LA C1 NAG . E NAG 832 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? covale ? covale29 E ND2 ASN 194 E ASN 356 1_555 MA C1 NAG . E NAG 856 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? covale ? covale30 E ND2 ASN 200 E ASN 362 1_555 NA C1 NAG . E NAG 862 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.45 ? covale ? covale31 E ND2 ASN 224 E ASN 386 1_555 OA C1 NAG . E NAG 886 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? covale ? covale32 E ND2 ASN 232 E ASN 394 1_555 PA C1 NAG . E NAG 894 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale33 E ND2 ASN 243 E ASN 413 1_555 QA C1 NAG . E NAG 913 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale34 E ND2 ASN 278 E ASN 448 1_555 RA C1 NAG . E NAG 948 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? covale ? covale35 E ND2 ASN 293 E ASN 463 1_555 SA C1 NAG . E NAG 963 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale36 H C ASP 103 H ASP 99 1_555 H N TYS 104 H TYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale37 H N ALA 108 H ALA 100 1_555 H C TYS 107 H TYS 100 1_555 D ? ? C ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale38 H C ASP 106 H ASP 100 1_555 H N TYS 107 H TYS 100 1_555 B ? ? C ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale39 H N ASN 105 H ASN 100 1_555 H C TYS 104 H TYS 100 1_555 A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? # _chem_comp.formula 'C3 H4 O4' _chem_comp.formula_weight 104.061 _chem_comp.id MLA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MALONIC ACID' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'DICARBOXYLIC ACID C3;PROPANEDIOLIC ACID;METHANEDICARBOXYLIC ACID' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1A MLA sing 244 n n C1 O1B MLA doub 245 n n C1 C2 MLA sing 246 n n O1A H1A MLA sing 247 n n C2 C3 MLA sing 248 n n C2 HC21 MLA sing 249 n n C2 HC22 MLA sing 250 n n C3 O3A MLA doub 251 n n C3 O3B MLA sing 252 n n O3B H3B MLA sing 253 n n # _atom_sites.entry_id 2QAD _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009124 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.002383 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.01886 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004587 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 5 NAG A 1 734 734 NAG NAG . J 5 NAG A 1 741 741 NAG NAG . K 5 NAG A 1 762 762 NAG NAG . L 5 NAG A 1 776 776 NAG NAG . M 5 NAG A 1 789 789 NAG NAG . N 5 NAG A 1 795 795 NAG NAG . O 5 NAG A 1 801 801 NAG NAG . P 5 NAG A 1 832 832 NAG NAG . Q 5 NAG A 1 856 856 NAG NAG . R 5 NAG A 1 862 862 NAG NAG . S 5 NAG A 1 886 886 NAG NAG . T 5 NAG A 1 894 894 NAG NAG . U 5 NAG A 1 900 900 NAG NAG . V 5 NAG A 1 913 913 NAG NAG . W 5 NAG A 1 948 948 NAG NAG . X 5 NAG A 1 963 963 NAG NAG . Y 6 MLA A 1 3 3 MLA MLA . Z 7 EDO A 1 8 8 EDO EDO . AA 6 MLA B 1 186 186 MLA MLA . BA 7 EDO C 1 215 215 EDO EDO . CA 7 EDO C 1 216 216 EDO EDO . DA 7 EDO D 1 215 215 EDO EDO . EA 5 NAG E 1 734 734 NAG NAG . FA 5 NAG E 1 741 741 NAG NAG . GA 5 NAG E 1 762 762 NAG NAG . HA 5 NAG E 1 776 776 NAG NAG . IA 5 NAG E 1 789 789 NAG NAG . JA 5 NAG E 1 795 795 NAG NAG . KA 5 NAG E 1 801 801 NAG NAG . LA 5 NAG E 1 832 832 NAG NAG . MA 5 NAG E 1 856 856 NAG NAG . NA 5 NAG E 1 862 862 NAG NAG . OA 5 NAG E 1 886 886 NAG NAG . PA 5 NAG E 1 894 894 NAG NAG . QA 5 NAG E 1 913 913 NAG NAG . RA 5 NAG E 1 948 948 NAG NAG . SA 5 NAG E 1 963 963 NAG NAG . TA 7 EDO E 1 7 7 EDO EDO . UA 7 EDO E 1 10 10 EDO EDO . VA 6 MLA F 1 186 186 MLA MLA . WA 7 EDO F 1 187 6 EDO EDO . XA 6 MLA H 1 215 215 MLA MLA . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 MLA . . . AA 6 -7.224 8.311 118.287 1 188.13 ? C1 MLA 186 B 1 HETATM 2 O O1A MLA . . . AA 6 -7.92 7.481 118.781 1 190.52 ? O1A MLA 186 B 1 HETATM 3 O O1B MLA . . . AA 6 -7.467 9.672 118.552 1 190.98 ? O1B MLA 186 B 1 HETATM 4 C C2 MLA . . . AA 6 -5.99 7.921 117.442 1 181.1 ? C2 MLA 186 B 1 HETATM 5 C C3 MLA . . . AA 6 -5.298 6.649 117.975 1 180.52 ? C3 MLA 186 B 1 HETATM 6 O O3A MLA . . . AA 6 -4.119 6.533 117.859 1 184.78 ? O3A MLA 186 B 1 HETATM 7 O O3B MLA . . . AA 6 -6.043 5.609 118.569 1 177.26 ? O3B MLA 186 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 34 _model_server_stats.parse_time_ms 14 _model_server_stats.create_model_time_ms 22 _model_server_stats.query_time_ms 343 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 7 #