data_2R8I # _model_server_result.job_id m1UrbHADSwzRb5-YzmmyEg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-16 16:03:30' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2r8i # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":8002}' # _entry.id 2R8I # _exptl.entry_id 2R8I _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 2R8I _cell.length_a 92.2 _cell.length_b 101.9 _cell.length_c 52.7 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2R8I _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 D N N ? 4 E N N ? 4 F N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 B O3' DT 4 T DT 604 1_555 B P P 5 T P 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.606 ? covale ? covale2 B O3' P 5 T P 605 1_555 B P DG 6 T DG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.601 ? metalc ? metalc1 C OD2 ASP 7 A ASP 7 1_555 E CA CA . A CA 8002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.752 ? metalc ? metalc2 C OD1 ASP 7 A ASP 7 1_555 F CA CA . A CA 8003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? metalc ? metalc3 C O PHE 8 A PHE 8 1_555 F CA CA . A CA 8003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc4 C OD1 ASP 105 A ASP 105 1_555 E CA CA . A CA 8002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.939 ? metalc ? metalc5 C OD2 ASP 105 A ASP 105 1_555 F CA CA . A CA 8003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? metalc ? metalc6 C OE1 GLU 106 A GLU 106 1_555 E CA CA . A CA 8002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.901 ? metalc ? metalc7 C O ALA 181 A ALA 181 1_555 D CA CA . A CA 8001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.723 ? metalc ? metalc8 C O ILE 186 A ILE 186 1_555 D CA CA . A CA 8001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.765 ? metalc ? metalc9 G O2A DTP . A DTP 7000 1_555 E CA CA . A CA 8002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.68 ? metalc ? metalc10 G O3G DTP . A DTP 7000 1_555 F CA CA . A CA 8003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? metalc ? metalc11 G O2B DTP . A DTP 7000 1_555 F CA CA . A CA 8003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc12 G O2A DTP . A DTP 7000 1_555 F CA CA . A CA 8003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? metalc ? metalc13 D CA CA . A CA 8001 1_555 J O HOH . A HOH 9104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.941 ? metalc ? metalc14 D CA CA . A CA 8001 1_555 J O HOH . A HOH 9105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.722 ? metalc ? metalc15 D CA CA . A CA 8001 1_555 J O HOH . A HOH 9531 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.718 ? metalc ? metalc16 E CA CA . A CA 8002 1_555 J O HOH . A HOH 9525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.796 ? metalc ? metalc17 E CA CA . A CA 8002 1_555 J O HOH . A HOH 9605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.859 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N1 DG 1 P DG 501 1_555 B N3 DC 18 T DC 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N2 DG 1 P DG 501 1_555 B O2 DC 18 T DC 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O6 DG 1 P DG 501 1_555 B N4 DC 18 T DC 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N1 DG 2 P DG 502 1_555 B N3 DC 17 T DC 617 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N2 DG 2 P DG 502 1_555 B O2 DC 17 T DC 617 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A O6 DG 2 P DG 502 1_555 B N4 DC 17 T DC 617 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N1 DG 3 P DG 503 1_555 B N3 DC 16 T DC 616 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N2 DG 3 P DG 503 1_555 B O2 DC 16 T DC 616 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A O6 DG 3 P DG 503 1_555 B N4 DC 16 T DC 616 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A N1 DG 4 P DG 504 1_555 B N3 DC 15 T DC 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N2 DG 4 P DG 504 1_555 B O2 DC 15 T DC 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A O6 DG 4 P DG 504 1_555 B N4 DC 15 T DC 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N1 DG 5 P DG 505 1_555 B N3 DC 14 T DC 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A N2 DG 5 P DG 505 1_555 B O2 DC 14 T DC 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A O6 DG 5 P DG 505 1_555 B N4 DC 14 T DC 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A N1 DA 6 P DA 506 1_555 B N3 DT 13 T DT 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N6 DA 6 P DA 506 1_555 B O4 DT 13 T DT 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A N1 DA 7 P DA 507 1_555 B N3 DT 12 T DT 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A N6 DA 7 P DA 507 1_555 B O4 DT 12 T DT 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N1 DG 8 P DG 508 1_555 B N3 DC 11 T DC 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N2 DG 8 P DG 508 1_555 B O2 DC 11 T DC 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A O6 DG 8 P DG 508 1_555 B N4 DC 11 T DC 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N1 DG 9 P DG 509 1_555 B N3 DC 10 T DC 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A N2 DG 9 P DG 509 1_555 B O2 DC 10 T DC 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A O6 DG 9 P DG 509 1_555 B N4 DC 10 T DC 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A N1 DA 10 P DA 510 1_555 B N3 DT 9 T DT 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A N6 DA 10 P DA 510 1_555 B O4 DT 9 T DT 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A N3 DT 11 P DT 511 1_555 B N1 DA 8 T DA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A O4 DT 11 P DT 511 1_555 B N6 DA 8 T DA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A N3 DT 12 P DT 512 1_555 B N1 DA 7 T DA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A O4 DT 12 P DT 512 1_555 B N6 DA 7 T DA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A N3 DC 13 P DC 513 1_555 B N1 DG 6 T DG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A N4 DC 13 P DC 513 1_555 B O6 DG 6 T DG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A O2 DC 13 P DC 513 1_555 B N2 DG 6 T DG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 2R8I _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010846 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009814 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.018975 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 CA A 1 8001 8001 CA CA . E 4 CA A 1 8002 8002 CA CA . F 4 CA A 1 8003 8003 CA CA . G 5 DTP A 1 7000 7000 DTP DTP . H 6 HOH P 1 9012 9012 HOH HOH . H 6 HOH P 2 9014 9014 HOH HOH . H 6 HOH P 3 9027 9027 HOH HOH . H 6 HOH P 4 9037 9037 HOH HOH . H 6 HOH P 5 9108 9108 HOH HOH . H 6 HOH P 6 9212 9212 HOH HOH . H 6 HOH P 7 9308 9308 HOH HOH . H 6 HOH P 8 9310 9310 HOH HOH . H 6 HOH P 9 9319 9319 HOH HOH . H 6 HOH P 10 9403 9403 HOH HOH . H 6 HOH P 11 9409 9409 HOH HOH . H 6 HOH P 12 9528 9528 HOH HOH . H 6 HOH P 13 9535 9535 HOH HOH . H 6 HOH P 14 9604 9604 HOH HOH . H 6 HOH P 15 9704 9704 HOH HOH . H 6 HOH P 16 9803 9803 HOH HOH . H 6 HOH P 17 9901 9901 HOH HOH . H 6 HOH P 18 9902 9902 HOH HOH . I 6 HOH T 1 9010 9010 HOH HOH . I 6 HOH T 2 9017 9017 HOH HOH . I 6 HOH T 3 9020 9020 HOH HOH . I 6 HOH T 4 9029 9029 HOH HOH . I 6 HOH T 5 9306 9306 HOH HOH . I 6 HOH T 6 9313 9313 HOH HOH . I 6 HOH T 7 9314 9314 HOH HOH . I 6 HOH T 8 9321 9321 HOH HOH . I 6 HOH T 9 9325 9325 HOH HOH . I 6 HOH T 10 9331 9331 HOH HOH . I 6 HOH T 11 9332 9332 HOH HOH . I 6 HOH T 12 9410 9410 HOH HOH . I 6 HOH T 13 9411 9411 HOH HOH . I 6 HOH T 14 9414 9414 HOH HOH . I 6 HOH T 15 9503 9503 HOH HOH . I 6 HOH T 16 9602 9602 HOH HOH . I 6 HOH T 17 9612 9612 HOH HOH . I 6 HOH T 18 9617 9617 HOH HOH . I 6 HOH T 19 9702 9702 HOH HOH . I 6 HOH T 20 9715 9715 HOH HOH . I 6 HOH T 21 9718 9718 HOH HOH . I 6 HOH T 22 9823 9823 HOH HOH . I 6 HOH T 23 9940 9940 HOH HOH . I 6 HOH T 24 9944 9944 HOH HOH . J 6 HOH A 1 9032 9032 HOH HOH . J 6 HOH A 2 9034 9034 HOH HOH . J 6 HOH A 3 9103 9103 HOH HOH . J 6 HOH A 4 9104 9104 HOH HOH . J 6 HOH A 5 9105 9105 HOH HOH . J 6 HOH A 6 9326 9326 HOH HOH . J 6 HOH A 7 9327 9327 HOH HOH . J 6 HOH A 8 9328 9328 HOH HOH . J 6 HOH A 9 9404 9404 HOH HOH . J 6 HOH A 10 9412 9412 HOH HOH . J 6 HOH A 11 9413 9413 HOH HOH . J 6 HOH A 12 9510 9510 HOH HOH . J 6 HOH A 13 9518 9518 HOH HOH . J 6 HOH A 14 9525 9525 HOH HOH . J 6 HOH A 15 9526 9526 HOH HOH . J 6 HOH A 16 9531 9531 HOH HOH . J 6 HOH A 17 9540 9540 HOH HOH . J 6 HOH A 18 9546 9546 HOH HOH . J 6 HOH A 19 9549 9549 HOH HOH . J 6 HOH A 20 9556 9556 HOH HOH . J 6 HOH A 21 9560 9560 HOH HOH . J 6 HOH A 22 9561 9561 HOH HOH . J 6 HOH A 23 9565 9565 HOH HOH . J 6 HOH A 24 9603 9603 HOH HOH . J 6 HOH A 25 9605 9605 HOH HOH . J 6 HOH A 26 9606 9606 HOH HOH . J 6 HOH A 27 9607 9607 HOH HOH . J 6 HOH A 28 9709 9709 HOH HOH . J 6 HOH A 29 9710 9710 HOH HOH . J 6 HOH A 30 9711 9711 HOH HOH . J 6 HOH A 31 9716 9716 HOH HOH . J 6 HOH A 32 9719 9719 HOH HOH . J 6 HOH A 33 9811 9811 HOH HOH . J 6 HOH A 34 9813 9813 HOH HOH . J 6 HOH A 35 9816 9816 HOH HOH . J 6 HOH A 36 9818 9818 HOH HOH . J 6 HOH A 37 9820 9820 HOH HOH . J 6 HOH A 38 9821 9821 HOH HOH . J 6 HOH A 39 9824 9824 HOH HOH . J 6 HOH A 40 9829 9829 HOH HOH . J 6 HOH A 41 9832 9832 HOH HOH . J 6 HOH A 42 9833 9833 HOH HOH . J 6 HOH A 43 9836 9836 HOH HOH . J 6 HOH A 44 9839 9839 HOH HOH . J 6 HOH A 45 9840 9840 HOH HOH . J 6 HOH A 46 9841 9841 HOH HOH . J 6 HOH A 47 9842 9842 HOH HOH . J 6 HOH A 48 9843 9843 HOH HOH . J 6 HOH A 49 9844 9844 HOH HOH . J 6 HOH A 50 9846 9846 HOH HOH . J 6 HOH A 51 9916 9916 HOH HOH . J 6 HOH A 52 9917 9917 HOH HOH . J 6 HOH A 53 9919 9919 HOH HOH . J 6 HOH A 54 9932 9932 HOH HOH . J 6 HOH A 55 9935 9935 HOH HOH . J 6 HOH A 56 9936 9936 HOH HOH . J 6 HOH A 57 9937 9937 HOH HOH . J 6 HOH A 58 9939 9939 HOH HOH . J 6 HOH A 59 9941 9941 HOH HOH . J 6 HOH A 60 9947 9947 HOH HOH . J 6 HOH A 61 9948 9948 HOH HOH . J 6 HOH A 62 9949 9949 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id E _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 21.653 _atom_site.Cartn_y 37.723 _atom_site.Cartn_z 8.494 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 77.47 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 8002 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 325 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #