data_2UZ3
#
_model_server_result.job_id            5Jp0XjAs0hGLMe4xyTma-Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-21 12:21:57' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          2uz3 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":3220}' 
#
_entry.id    2UZ3 
#
_exptl.entry_id    2UZ3 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              482.168 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          109.86 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            2UZ3 
_cell.length_a            63.789 
_cell.length_b            110.753 
_cell.length_c            73.034 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 2UZ3 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PQS 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 I N N 
? 3 K N N 
? 3 N N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 173 A CYS 153 1_555 E ZN ZN . A ZN 1218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 176 A CYS 156 1_555 E ZN ZN . A ZN 1218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 211 A CYS 191 1_555 E ZN ZN . A ZN 1218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? 
metalc ? metalc4 A ND1 HIS 214 A HIS 194 1_555 E ZN ZN . A ZN 1218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? 
metalc ? metalc5 B OG1 THR 46 B THR 26 1_555 H MG MG . B MG 2219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.811 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 173 B CYS 153 1_555 G ZN ZN . B ZN 2218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 176 B CYS 156 1_555 G ZN ZN . B ZN 2218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 211 B CYS 191 1_555 G ZN ZN . B ZN 2218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? 
metalc ? metalc9 B ND1 HIS 214 B HIS 194 1_555 G ZN ZN . B ZN 2218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? 
metalc ? metalc10 H MG MG . B MG 2219 1_555 I O1A TTP . B TTP 2220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? 
metalc ? metalc11 H MG MG . B MG 2219 1_555 I O3B TTP . B TTP 2220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.811 ? 
metalc ? metalc12 H MG MG . B MG 2219 1_555 I O1G TTP . B TTP 2220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? 
metalc ? metalc13 C SG CYS 173 C CYS 153 1_555 J ZN ZN . C ZN 3218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? 
metalc ? metalc14 C SG CYS 176 C CYS 156 1_555 J ZN ZN . C ZN 3218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 211 C CYS 191 1_555 J ZN ZN . C ZN 3218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? 
metalc ? metalc16 C ND1 HIS 214 C HIS 194 1_555 J ZN ZN . C ZN 3218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? 
metalc ? metalc17 D OG1 THR 46 D THR 26 1_555 M MG MG . D MG 4219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? 
metalc ? metalc18 D SG CYS 173 D CYS 153 1_555 L ZN ZN . D ZN 4218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc19 D SG CYS 176 D CYS 156 1_555 L ZN ZN . D ZN 4218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? 
metalc ? metalc20 D SG CYS 211 D CYS 191 1_555 L ZN ZN . D ZN 4218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc21 D ND1 HIS 214 D HIS 194 1_555 L ZN ZN . D ZN 4218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc22 M MG MG . D MG 4219 1_555 N O1A TTP . D TTP 4220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.979 ? 
metalc ? metalc23 M MG MG . D MG 4219 1_555 N O1G TTP . D TTP 4220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N2 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    482.168 
_chem_comp.id                TTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A TTP doub 334 n n 
PA O2A TTP sing 335 n n 
PA O3A TTP sing 336 n n 
PA O5' TTP sing 337 n n 
O2A HOA2 TTP sing 338 n n 
O3A PB TTP sing 339 n n 
PB O1B TTP doub 340 n n 
PB O2B TTP sing 341 n n 
PB O3B TTP sing 342 n n 
O2B HOB2 TTP sing 343 n n 
O3B PG TTP sing 344 n n 
PG O1G TTP doub 345 n n 
PG O2G TTP sing 346 n n 
PG O3G TTP sing 347 n n 
O2G HOG2 TTP sing 348 n n 
O3G HOG3 TTP sing 349 n n 
O5' C5' TTP sing 350 n n 
C5' C4' TTP sing 351 n n 
C5' "H5'1" TTP sing 352 n n 
C5' "H5'2" TTP sing 353 n n 
C4' O4' TTP sing 354 n n 
C4' C3' TTP sing 355 n n 
C4' H4' TTP sing 356 n n 
O4' C1' TTP sing 357 n n 
C3' O3' TTP sing 358 n n 
C3' C2' TTP sing 359 n n 
C3' H3' TTP sing 360 n n 
O3' HO3' TTP sing 361 n n 
C2' C1' TTP sing 362 n n 
C2' "H2'1" TTP sing 363 n n 
C2' "H2'2" TTP sing 364 n n 
C1' N1 TTP sing 365 n n 
C1' H1' TTP sing 366 n n 
N1 C2 TTP sing 367 n n 
N1 C6 TTP sing 368 n n 
C2 O2 TTP doub 369 n n 
C2 N3 TTP sing 370 n n 
N3 C4 TTP sing 371 n n 
N3 HN3 TTP sing 372 n n 
C4 O4 TTP doub 373 n n 
C4 C5 TTP sing 374 n n 
C5 C5M TTP sing 375 n n 
C5 C6 TTP doub 376 n n 
C5M HM51 TTP sing 377 n n 
C5M HM52 TTP sing 378 n n 
C5M HM53 TTP sing 379 n n 
C6 H6 TTP sing 380 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     2UZ3 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.015677 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.005663 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009029 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.014558 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 ZN A 1 1218 1218 ZN ZN . 
F 3 TTP A 1 1220 1220 TTP TTP . 
G 2 ZN B 1 2218 2218 ZN ZN . 
H 4 MG B 1 2219 2219 MG MG . 
I 3 TTP B 1 2220 2220 TTP TTP . 
J 2 ZN C 1 3218 3218 ZN ZN . 
K 3 TTP C 1 3220 3220 TTP TTP . 
L 2 ZN D 1 4218 4218 ZN ZN . 
M 4 MG D 1 4219 4219 MG MG . 
N 3 TTP D 1 4220 4220 TTP TTP . 
O 5 HOH A 1 2001 2001 HOH HOH . 
O 5 HOH A 2 2002 2002 HOH HOH . 
O 5 HOH A 3 2003 2003 HOH HOH . 
O 5 HOH A 4 2004 2004 HOH HOH . 
O 5 HOH A 5 2005 2005 HOH HOH . 
O 5 HOH A 6 2006 2006 HOH HOH . 
O 5 HOH A 7 2007 2007 HOH HOH . 
O 5 HOH A 8 2008 2008 HOH HOH . 
O 5 HOH A 9 2009 2009 HOH HOH . 
O 5 HOH A 10 2010 2010 HOH HOH . 
O 5 HOH A 11 2011 2011 HOH HOH . 
O 5 HOH A 12 2012 2012 HOH HOH . 
O 5 HOH A 13 2013 2013 HOH HOH . 
O 5 HOH A 14 2014 2014 HOH HOH . 
O 5 HOH A 15 2015 2015 HOH HOH . 
O 5 HOH A 16 2016 2016 HOH HOH . 
O 5 HOH A 17 2017 2017 HOH HOH . 
O 5 HOH A 18 2018 2018 HOH HOH . 
P 5 HOH B 1 2001 2001 HOH HOH . 
P 5 HOH B 2 2002 2002 HOH HOH . 
P 5 HOH B 3 2003 2003 HOH HOH . 
P 5 HOH B 4 2004 2004 HOH HOH . 
P 5 HOH B 5 2005 2005 HOH HOH . 
P 5 HOH B 6 2006 2006 HOH HOH . 
P 5 HOH B 7 2007 2007 HOH HOH . 
P 5 HOH B 8 2008 2008 HOH HOH . 
P 5 HOH B 9 2009 2009 HOH HOH . 
P 5 HOH B 10 2010 2010 HOH HOH . 
P 5 HOH B 11 2011 2011 HOH HOH . 
P 5 HOH B 12 2012 2012 HOH HOH . 
P 5 HOH B 13 2013 2013 HOH HOH . 
P 5 HOH B 14 2014 2014 HOH HOH . 
P 5 HOH B 15 2015 2015 HOH HOH . 
P 5 HOH B 16 2016 2016 HOH HOH . 
P 5 HOH B 17 2017 2017 HOH HOH . 
P 5 HOH B 18 2018 2018 HOH HOH . 
P 5 HOH B 19 2019 2019 HOH HOH . 
P 5 HOH B 20 2020 2020 HOH HOH . 
P 5 HOH B 21 2021 2021 HOH HOH . 
P 5 HOH B 22 2022 2022 HOH HOH . 
P 5 HOH B 23 2023 2023 HOH HOH . 
P 5 HOH B 24 2024 2024 HOH HOH . 
P 5 HOH B 25 2025 2025 HOH HOH . 
P 5 HOH B 26 2026 2026 HOH HOH . 
P 5 HOH B 27 2027 2027 HOH HOH . 
P 5 HOH B 28 2028 2028 HOH HOH . 
P 5 HOH B 29 2029 2029 HOH HOH . 
P 5 HOH B 30 2030 2030 HOH HOH . 
P 5 HOH B 31 2031 2031 HOH HOH . 
P 5 HOH B 32 2032 2032 HOH HOH . 
P 5 HOH B 33 2033 2033 HOH HOH . 
P 5 HOH B 34 2034 2034 HOH HOH . 
P 5 HOH B 35 2035 2035 HOH HOH . 
P 5 HOH B 36 2036 2036 HOH HOH . 
P 5 HOH B 37 2037 2037 HOH HOH . 
P 5 HOH B 38 2038 2038 HOH HOH . 
P 5 HOH B 39 2039 2039 HOH HOH . 
P 5 HOH B 40 2040 2040 HOH HOH . 
P 5 HOH B 41 2041 2041 HOH HOH . 
P 5 HOH B 42 2042 2042 HOH HOH . 
P 5 HOH B 43 2043 2043 HOH HOH . 
P 5 HOH B 44 2044 2044 HOH HOH . 
P 5 HOH B 45 2045 2045 HOH HOH . 
P 5 HOH B 46 2046 2046 HOH HOH . 
P 5 HOH B 47 2047 2047 HOH HOH . 
P 5 HOH B 48 2048 2048 HOH HOH . 
P 5 HOH B 49 2049 2049 HOH HOH . 
P 5 HOH B 50 2050 2050 HOH HOH . 
P 5 HOH B 51 2051 2051 HOH HOH . 
P 5 HOH B 52 2052 2052 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 1 2001 2001 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 2 2002 2002 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 3 2003 2003 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 4 2004 2004 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 5 2005 2005 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 6 2006 2006 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 7 2007 2007 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 8 2008 2008 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 9 2009 2009 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 10 2010 2010 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 11 2011 2011 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 12 2012 2012 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 13 2013 2013 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 14 2014 2014 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 15 2015 2015 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 16 2016 2016 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 17 2017 2017 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 18 2018 2018 HOH HOH . 
Q 5 HOH C 19 2019 2019 HOH HOH . 
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