data_2VDC # _model_server_result.job_id ZggLdexc1JXUGU4hhKtVAw _model_server_result.datetime_utc '2024-12-21 11:35:01' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2vdc # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"AB","auth_seq_id":483}' # _entry.id 2VDC # _exptl.entry_id 2VDC _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 351.64 _entity.id 7 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRON/SULFUR CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 12 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 2VDC _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2VDC _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PQS _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 7 KA N N ? 7 LA N N ? 7 NA N N ? 7 OA N N ? 7 QA N N ? 7 RA N N ? 7 TA N N ? 7 UA N N ? 7 WA N N ? 7 XA N N ? 7 ZA N N ? 7 AB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 1102 A CYS 1102 1_555 P FE1 F3S . A F3S 2476 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? metalc ? metalc2 B SG CYS 1102 B CYS 1102 1_555 T FE1 F3S . B F3S 2476 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.905 ? metalc ? metalc3 B SG CYS 1108 B CYS 1108 1_555 T FE4 F3S . B F3S 2476 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.928 ? metalc ? metalc4 B SG CYS 1113 B CYS 1113 1_555 T FE3 F3S . B F3S 2476 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.119 ? metalc ? metalc5 C SG CYS 1102 C CYS 1102 1_555 X FE1 F3S . C F3S 2476 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? metalc ? metalc6 D SG CYS 1102 D CYS 1102 1_555 BA FE1 F3S . D F3S 2476 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.905 ? metalc ? metalc7 D SG CYS 1108 D CYS 1108 1_555 BA FE4 F3S . D F3S 2476 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.928 ? metalc ? metalc8 D SG CYS 1113 D CYS 1113 1_555 BA FE3 F3S . D F3S 2476 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.119 ? metalc ? metalc9 E SG CYS 1102 E CYS 1102 1_555 FA FE1 F3S . E F3S 2476 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? metalc ? metalc10 F SG CYS 1102 F CYS 1102 1_555 JA FE1 F3S . F F3S 2476 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.905 ? metalc ? metalc11 F SG CYS 1108 F CYS 1108 1_555 JA FE4 F3S . F F3S 2476 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.928 ? metalc ? metalc12 F SG CYS 1113 F CYS 1113 1_555 JA FE3 F3S . F F3S 2476 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.119 ? metalc ? metalc13 G SG CYS 22 G CYS 47 1_555 LA FE2 SF4 . G SF4 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc14 G SG CYS 30 G CYS 55 1_555 LA FE3 SF4 . G SF4 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc15 G SG CYS 34 G CYS 59 1_555 KA FE4 SF4 . G SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? metalc ? metalc16 G SG CYS 73 G CYS 98 1_555 KA FE1 SF4 . G SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? metalc ? metalc17 G NE2 GLN 75 G GLN 100 1_555 KA FE3 SF4 . G SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? metalc ? metalc18 G SG CYS 79 G CYS 104 1_555 KA FE3 SF4 . G SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc19 G SG CYS 83 G CYS 108 1_555 LA FE4 SF4 . G SF4 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? metalc ? metalc20 G OE1 GLU 99 G GLU 124 1_555 KA FE2 SF4 . G SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? metalc ? metalc21 H SG CYS 22 H CYS 47 1_555 OA FE2 SF4 . H SF4 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc22 H SG CYS 30 H CYS 55 1_555 OA FE3 SF4 . H SF4 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc23 H SG CYS 34 H CYS 59 1_555 NA FE4 SF4 . H SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? metalc ? metalc24 H SG CYS 73 H CYS 98 1_555 NA FE1 SF4 . H SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? metalc ? metalc25 H NE2 GLN 75 H GLN 100 1_555 NA FE3 SF4 . H SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? metalc ? metalc26 H SG CYS 79 H CYS 104 1_555 NA FE3 SF4 . H SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc27 H SG CYS 83 H CYS 108 1_555 OA FE4 SF4 . H SF4 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? metalc ? metalc28 H OE1 GLU 99 H GLU 124 1_555 NA FE2 SF4 . H SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? metalc ? metalc29 I SG CYS 22 I CYS 47 1_555 RA FE2 SF4 . I SF4 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc30 I SG CYS 30 I CYS 55 1_555 RA FE3 SF4 . I SF4 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc31 I SG CYS 34 I CYS 59 1_555 QA FE4 SF4 . I SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? metalc ? metalc32 I SG CYS 73 I CYS 98 1_555 QA FE1 SF4 . I SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? metalc ? metalc33 I NE2 GLN 75 I GLN 100 1_555 QA FE3 SF4 . I SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? metalc ? metalc34 I SG CYS 79 I CYS 104 1_555 QA FE3 SF4 . I SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc35 I SG CYS 83 I CYS 108 1_555 RA FE4 SF4 . I SF4 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? metalc ? metalc36 I OE1 GLU 99 I GLU 124 1_555 QA FE2 SF4 . I SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? metalc ? metalc37 J SG CYS 22 J CYS 47 1_555 UA FE2 SF4 . J SF4 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc38 J SG CYS 30 J CYS 55 1_555 UA FE3 SF4 . J SF4 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc39 J SG CYS 34 J CYS 59 1_555 TA FE4 SF4 . J SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? metalc ? metalc40 J SG CYS 73 J CYS 98 1_555 TA FE1 SF4 . J SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? metalc ? metalc41 J NE2 GLN 75 J GLN 100 1_555 TA FE3 SF4 . J SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? metalc ? metalc42 J SG CYS 79 J CYS 104 1_555 TA FE3 SF4 . J SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc43 J SG CYS 83 J CYS 108 1_555 UA FE4 SF4 . J SF4 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? metalc ? metalc44 J OE1 GLU 99 J GLU 124 1_555 TA FE2 SF4 . J SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? metalc ? metalc45 K SG CYS 22 K CYS 47 1_555 XA FE2 SF4 . K SF4 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc46 K SG CYS 30 K CYS 55 1_555 XA FE3 SF4 . K SF4 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc47 K SG CYS 34 K CYS 59 1_555 WA FE4 SF4 . K SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? metalc ? metalc48 K SG CYS 73 K CYS 98 1_555 WA FE1 SF4 . K SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? metalc ? metalc49 K NE2 GLN 75 K GLN 100 1_555 WA FE3 SF4 . K SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? metalc ? metalc50 K SG CYS 79 K CYS 104 1_555 WA FE3 SF4 . K SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc51 K SG CYS 83 K CYS 108 1_555 XA FE4 SF4 . K SF4 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? metalc ? metalc52 K OE1 GLU 99 K GLU 124 1_555 WA FE2 SF4 . K SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? metalc ? metalc53 L SG CYS 22 L CYS 47 1_555 AB FE2 SF4 . L SF4 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc54 L SG CYS 30 L CYS 55 1_555 AB FE3 SF4 . L SF4 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc55 L SG CYS 34 L CYS 59 1_555 ZA FE4 SF4 . L SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? metalc ? metalc56 L SG CYS 73 L CYS 98 1_555 ZA FE1 SF4 . L SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? metalc ? metalc57 L NE2 GLN 75 L GLN 100 1_555 ZA FE3 SF4 . L SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? metalc ? metalc58 L SG CYS 79 L CYS 104 1_555 ZA FE3 SF4 . L SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc59 L SG CYS 83 L CYS 108 1_555 AB FE4 SF4 . L SF4 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? metalc ? metalc60 L OE1 GLU 99 L GLU 124 1_555 ZA FE2 SF4 . L SF4 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? # _chem_comp.formula 'Fe4 S4' _chem_comp.formula_weight 351.64 _chem_comp.id SF4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRON/SULFUR CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag FE1 S2 SF4 sing 478 n n FE1 S3 SF4 sing 479 n n FE1 S4 SF4 sing 480 n n FE2 S1 SF4 sing 481 n n FE2 S3 SF4 sing 482 n n FE2 S4 SF4 sing 483 n n FE3 S1 SF4 sing 484 n n FE3 S2 SF4 sing 485 n n FE3 S4 SF4 sing 486 n n FE4 S1 SF4 sing 487 n n FE4 S2 SF4 sing 488 n n FE4 S3 SF4 sing 489 n n # _atom_sites.entry_id 2VDC _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 3 OMT A 1 2473 2473 OMT OMT . N 4 FMN A 1 2474 2474 FMN FMN . O 5 AKG A 1 2475 2475 AKG AKG . P 6 F3S A 1 2476 2476 F3S F3S . Q 3 OMT B 1 2473 2473 OMT OMT . R 4 FMN B 1 2474 2474 FMN FMN . S 5 AKG B 1 2475 2475 AKG AKG . T 6 F3S B 1 2476 2476 F3S F3S . U 3 OMT C 1 2473 2473 OMT OMT . V 4 FMN C 1 2474 2474 FMN FMN . W 5 AKG C 1 2475 2475 AKG AKG . X 6 F3S C 1 2476 2476 F3S F3S . Y 3 OMT D 1 2473 2473 OMT OMT . Z 4 FMN D 1 2474 2474 FMN FMN . AA 5 AKG D 1 2475 2475 AKG AKG . BA 6 F3S D 1 2476 2476 F3S F3S . CA 3 OMT E 1 2473 2473 OMT OMT . DA 4 FMN E 1 2474 2474 FMN FMN . EA 5 AKG E 1 2475 2475 AKG AKG . FA 6 F3S E 1 2476 2476 F3S F3S . GA 3 OMT F 1 2473 2473 OMT OMT . HA 4 FMN F 1 2474 2474 FMN FMN . IA 5 AKG F 1 2475 2475 AKG AKG . JA 6 F3S F 1 2476 2476 F3S F3S . KA 7 SF4 G 1 482 482 SF4 SF4 . LA 7 SF4 G 1 483 483 SF4 SF4 . MA 8 FAD G 1 484 484 FAD FAD . NA 7 SF4 H 1 482 482 SF4 SF4 . OA 7 SF4 H 1 483 483 SF4 SF4 . PA 8 FAD H 1 484 484 FAD FAD . QA 7 SF4 I 1 482 482 SF4 SF4 . RA 7 SF4 I 1 483 483 SF4 SF4 . SA 8 FAD I 1 484 484 FAD FAD . TA 7 SF4 J 1 482 482 SF4 SF4 . UA 7 SF4 J 1 483 483 SF4 SF4 . VA 8 FAD J 1 484 484 FAD FAD . WA 7 SF4 K 1 482 482 SF4 SF4 . XA 7 SF4 K 1 483 483 SF4 SF4 . YA 8 FAD K 1 484 484 FAD FAD . ZA 7 SF4 L 1 482 482 SF4 SF4 . AB 7 SF4 L 1 483 483 SF4 SF4 . BB 8 FAD L 1 484 484 FAD FAD . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . AB 7 57.672 0.532 -55.126 1 999.99 ? FE1 SF4 483 L 1 HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . AB 7 59.328 0.183 -57.206 1 999.99 ? FE2 SF4 483 L 1 HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . AB 7 59.531 -1.367 -54.992 1 999.99 ? FE3 SF4 483 L 1 HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . AB 7 57.407 -1.628 -56.722 1 999.99 ? FE4 SF4 483 L 1 HETATM 5 S S1 SF4 . . . AB 7 60.006 0.83 -55.101 1 999.99 ? S1 SF4 483 L 1 HETATM 6 S S2 SF4 . . . AB 7 57.304 -1.556 -54.376 1 999.99 ? S2 SF4 483 L 1 HETATM 7 S S3 SF4 . . . AB 7 57.094 0.541 -57.366 1 999.99 ? S3 SF4 483 L 1 HETATM 8 S S4 SF4 . . . AB 7 59.616 -2.05 -57.257 1 999.99 ? S4 SF4 483 L 1 # _model_server_stats.io_time_ms 41 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 437 _model_server_stats.query_time_ms 401 _model_server_stats.encode_time_ms 8 _model_server_stats.element_count 8 #