data_2VGF # _model_server_result.job_id 1CYAvvQc84j9AIe4NTBFBA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-16 08:28:13' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2vgf # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":580}' # _entry.id 2VGF # _exptl.entry_id 2VGF _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 340.116 _entity.id 2 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 93.12 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 2VGF _cell.length_a 76.296 _cell.length_b 172.976 _cell.length_c 85.779 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2VGF _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 I N N ? 2 M N N ? 2 Q N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASN 72 A ASN 118 1_555 G K K . A K 582 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.358 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 110 A ASP 156 1_555 G K K . A K 582 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.006 ? metalc ? metalc3 A O THR 111 A THR 157 1_555 G K K . A K 582 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.874 ? metalc ? metalc4 A OG SER 240 A SER 286 1_555 G K K . A K 582 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.447 ? metalc ? metalc5 A OE2 GLU 269 A GLU 315 1_555 H MN MN . A MN 583 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.876 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 293 A ASP 339 1_555 H MN MN . A MN 583 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.721 ? metalc ? metalc7 F O2P PGA . A PGA 581 1_555 G K K . A K 582 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? metalc ? metalc8 F O4P PGA . A PGA 581 1_555 H MN MN . A MN 583 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.645 ? metalc ? metalc9 F O1P PGA . A PGA 581 1_555 H MN MN . A MN 583 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc10 F O2 PGA . A PGA 581 1_555 H MN MN . A MN 583 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? metalc ? metalc11 B OD1 ASN 72 B ASN 118 1_555 K K K . B K 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.864 ? metalc ? metalc12 B OD1 ASP 110 B ASP 156 1_555 K K K . B K 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? metalc ? metalc13 B O THR 111 B THR 157 1_555 K K K . B K 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.885 ? metalc ? metalc14 B OG SER 240 B SER 286 1_555 K K K . B K 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.444 ? metalc ? metalc15 B NZ LYS 267 B LYS 313 1_555 K K K . B K 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.464 ? metalc ? metalc16 B OE2 GLU 269 B GLU 315 1_555 L MN MN . B MN 587 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.587 ? metalc ? metalc17 B OD2 ASP 293 B ASP 339 1_555 L MN MN . B MN 587 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.508 ? metalc ? metalc18 J O2P PGA . B PGA 581 1_555 K K K . B K 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.697 ? metalc ? metalc19 J O1P PGA . B PGA 581 1_555 L MN MN . B MN 587 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc20 J O1 PGA . B PGA 581 1_555 L MN MN . B MN 587 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc21 J O4P PGA . B PGA 581 1_555 L MN MN . B MN 587 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? metalc ? metalc22 C OD1 ASN 72 C ASN 118 1_555 O K K . C K 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.185 ? metalc ? metalc23 C OD1 ASP 110 C ASP 156 1_555 O K K . C K 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.019 ? metalc ? metalc24 C O THR 111 C THR 157 1_555 O K K . C K 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.842 ? metalc ? metalc25 C OE2 GLU 115 C GLU 161 1_555 O K K . C K 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.334 ? metalc ? metalc26 C OG SER 240 C SER 286 1_555 O K K . C K 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.449 ? metalc ? metalc27 C OE2 GLU 269 C GLU 315 1_555 P MN MN . C MN 591 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.78 ? metalc ? metalc28 C OD2 ASP 293 C ASP 339 1_555 P MN MN . C MN 591 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.679 ? metalc ? metalc29 N O2P PGA . C PGA 581 1_555 O K K . C K 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.729 ? metalc ? metalc30 N O1 PGA . C PGA 581 1_555 P MN MN . C MN 591 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? metalc ? metalc31 N O4P PGA . C PGA 581 1_555 P MN MN . C MN 591 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.857 ? metalc ? metalc32 N O1P PGA . C PGA 581 1_555 P MN MN . C MN 591 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? metalc ? metalc33 D OD1 ASN 72 D ASN 118 1_555 S K K . D K 594 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? metalc ? metalc34 D OD1 ASP 110 D ASP 156 1_555 S K K . D K 594 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.743 ? metalc ? metalc35 D O THR 111 D THR 157 1_555 S K K . D K 594 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.243 ? metalc ? metalc36 D OE2 GLU 269 D GLU 315 1_555 T MN MN . D MN 595 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.487 ? metalc ? metalc37 D OD2 ASP 293 D ASP 339 1_555 T MN MN . D MN 595 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.841 ? metalc ? metalc38 R O2P PGA . D PGA 581 1_555 S K K . D K 594 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.736 ? metalc ? metalc39 R O1P PGA . D PGA 581 1_555 T MN MN . D MN 595 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.821 ? metalc ? metalc40 R O2 PGA . D PGA 581 1_555 T MN MN . D MN 595 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? metalc ? metalc41 R O4P PGA . D PGA 581 1_555 T MN MN . D MN 595 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? # _chem_comp.formula 'C6 H14 O12 P2' _chem_comp.formula_weight 340.116 _chem_comp.id FBP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE;FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE;1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose;1,6-di-O-phosphono-D-fructose;1,6-di-O-phosphono-fructose # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag P1 O1P FBP doub 83 n n P1 O2P FBP sing 84 n n P1 O3P FBP sing 85 n n P1 O1 FBP sing 86 n n O2P HOP2 FBP sing 87 n n O3P HOP3 FBP sing 88 n n O1 C1 FBP sing 89 n n C1 C2 FBP sing 90 n n C1 H11 FBP sing 91 n n C1 H12 FBP sing 92 n n C2 O2 FBP sing 93 n n C2 C3 FBP sing 94 n n C2 O5 FBP sing 95 n n O2 HO2 FBP sing 96 n n C3 O3 FBP sing 97 n n C3 C4 FBP sing 98 n n C3 H3 FBP sing 99 n n O3 HO3 FBP sing 100 n n C4 O4 FBP sing 101 n n C4 C5 FBP sing 102 n n C4 H4 FBP sing 103 n n O4 HO4 FBP sing 104 n n C5 O5 FBP sing 105 n n C5 C6 FBP sing 106 n n C5 H5 FBP sing 107 n n C6 O6 FBP sing 108 n n C6 H61 FBP sing 109 n n C6 H62 FBP sing 110 n n O6 P2 FBP sing 111 n n P2 O4P FBP doub 112 n n P2 O5P FBP sing 113 n n P2 O6P FBP sing 114 n n O5P HOP5 FBP sing 115 n n O6P HOP6 FBP sing 116 n n # _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id FBP _pdbx_chem_comp_identifier.identifier b-D-Fruf1PO36PO3 _pdbx_chem_comp_identifier.type 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' _pdbx_chem_comp_identifier.program PDB-CARE _pdbx_chem_comp_identifier.program_version 1 # _atom_sites.entry_id 2VGF _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.013107 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000714 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.005781 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011675 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 FBP A 1 580 580 FBP FBP . F 3 PGA A 1 581 581 PGA PGA . G 4 K A 1 582 582 K K . H 5 MN A 1 583 583 MN MN . I 2 FBP B 1 580 580 FBP FBP . J 3 PGA B 1 581 581 PGA PGA . K 4 K B 1 586 586 K K . L 5 MN B 1 587 587 MN MN . M 2 FBP C 1 580 580 FBP FBP . N 3 PGA C 1 581 581 PGA PGA . O 4 K C 1 590 590 K K . P 5 MN C 1 591 591 MN MN . Q 2 FBP D 1 580 580 FBP FBP . R 3 PGA D 1 581 581 PGA PGA . S 4 K D 1 594 594 K K . T 5 MN D 1 595 595 MN MN . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P P1 FBP . . . M 2 -6.458 39.962 18.675 1 58.09 ? P1 FBP 580 C 1 HETATM 2 O O1P FBP . . . M 2 -6.675 40.734 17.402 1 59.83 ? O1P FBP 580 C 1 HETATM 3 O O2P FBP . . . M 2 -5.142 40.332 19.26 1 59.21 ? O2P FBP 580 C 1 HETATM 4 O O3P FBP . . . M 2 -7.525 40.245 19.694 1 59.52 ? O3P FBP 580 C 1 HETATM 5 O O1 FBP . . . M 2 -6.603 38.398 18.424 1 61.44 ? O1 FBP 580 C 1 HETATM 6 C C1 FBP . . . M 2 -5.94 37.751 17.383 1 62.8 ? C1 FBP 580 C 1 HETATM 7 C C2 FBP . . . M 2 -6.015 36.278 17.693 1 62.9 ? C2 FBP 580 C 1 HETATM 8 O O2 FBP . . . M 2 -5.194 35.567 16.745 1 63.99 ? O2 FBP 580 C 1 HETATM 9 C C3 FBP . . . M 2 -7.417 35.744 17.618 1 62.91 ? C3 FBP 580 C 1 HETATM 10 O O3 FBP . . . M 2 -7.666 35.253 16.331 1 63.66 ? O3 FBP 580 C 1 HETATM 11 C C4 FBP . . . M 2 -7.391 34.651 18.658 1 62.7 ? C4 FBP 580 C 1 HETATM 12 O O4 FBP . . . M 2 -8.681 34.381 19.152 1 61.79 ? O4 FBP 580 C 1 HETATM 13 C C5 FBP . . . M 2 -6.473 35.239 19.714 1 62.58 ? C5 FBP 580 C 1 HETATM 14 O O5 FBP . . . M 2 -5.575 36.054 19.01 1 63.1 ? O5 FBP 580 C 1 HETATM 15 C C6 FBP . . . M 2 -5.68 34.205 20.494 1 62.34 ? C6 FBP 580 C 1 HETATM 16 O O6 FBP . . . M 2 -6.453 33.819 21.597 1 60.22 ? O6 FBP 580 C 1 HETATM 17 P P2 FBP . . . M 2 -5.844 33.214 22.939 1 56.53 ? P2 FBP 580 C 1 HETATM 18 O O4P FBP . . . M 2 -5.512 34.309 23.901 1 59 ? O4P FBP 580 C 1 HETATM 19 O O5P FBP . . . M 2 -6.875 32.303 23.54 1 58.22 ? O5P FBP 580 C 1 HETATM 20 O O6P FBP . . . M 2 -4.589 32.474 22.627 1 58.3 ? O6P FBP 580 C 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 15 _model_server_stats.create_model_time_ms 30 _model_server_stats.query_time_ms 278 _model_server_stats.encode_time_ms 9 _model_server_stats.element_count 20 #