data_2VGG # _model_server_result.job_id DNycRcKlx1WrktOKXSrMZA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-08 11:42:08' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2vgg # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":586}' # _entry.id 2VGG # _exptl.entry_id 2VGG _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 39.098 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'POTASSIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 91.17 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 2VGG _cell.length_a 74.036 _cell.length_b 171.795 _cell.length_c 85.086 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2VGG _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PQS _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 G N N ? 4 K N N ? 4 O N N ? 4 S N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OG SER 74 A SER 120 1_555 G K K . A K 582 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.018 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 110 A ASP 156 1_555 G K K . A K 582 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.658 ? metalc ? metalc3 A O THR 111 A THR 157 1_555 G K K . A K 582 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.737 ? metalc ? metalc4 A OG SER 240 A SER 286 1_555 G K K . A K 582 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.454 ? metalc ? metalc5 A OE2 GLU 269 A GLU 315 1_555 H MN MN . A MN 583 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 293 A ASP 339 1_555 H MN MN . A MN 583 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.647 ? metalc ? metalc7 F P PGA . A PGA 581 1_555 H MN MN . A MN 583 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.308 ? metalc ? metalc8 F O4P PGA . A PGA 581 1_555 H MN MN . A MN 583 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.217 ? metalc ? metalc9 F O3P PGA . A PGA 581 1_555 H MN MN . A MN 583 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.892 ? metalc ? metalc10 F O2P PGA . A PGA 581 1_555 H MN MN . A MN 583 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.994 ? metalc ? metalc11 B OD1 ASN 72 B ASN 118 1_555 K K K . B K 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.131 ? metalc ? metalc12 B OG SER 74 B SER 120 1_555 K K K . B K 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.193 ? metalc ? metalc13 B OD1 ASP 110 B ASP 156 1_555 K K K . B K 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.614 ? metalc ? metalc14 B O THR 111 B THR 157 1_555 K K K . B K 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.981 ? metalc ? metalc15 B OE2 GLU 269 B GLU 315 1_555 L MN MN . B MN 587 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.708 ? metalc ? metalc16 B OD2 ASP 293 B ASP 339 1_555 L MN MN . B MN 587 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.461 ? metalc ? metalc17 J P PGA . B PGA 581 1_555 L MN MN . B MN 587 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.593 ? metalc ? metalc18 J O4P PGA . B PGA 581 1_555 L MN MN . B MN 587 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.263 ? metalc ? metalc19 J O1P PGA . B PGA 581 1_555 L MN MN . B MN 587 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.962 ? metalc ? metalc20 J O2P PGA . B PGA 581 1_555 L MN MN . B MN 587 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc21 C OD1 ASN 72 C ASN 118 1_555 O K K . C K 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.042 ? metalc ? metalc22 C OG SER 74 C SER 120 1_555 O K K . C K 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.983 ? metalc ? metalc23 C OD1 ASP 110 C ASP 156 1_555 O K K . C K 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? metalc ? metalc24 C O THR 111 C THR 157 1_555 O K K . C K 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.907 ? metalc ? metalc25 C OE2 GLU 269 C GLU 315 1_555 P MN MN . C MN 591 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.821 ? metalc ? metalc26 C OD2 ASP 293 C ASP 339 1_555 P MN MN . C MN 591 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.719 ? metalc ? metalc27 N O4P PGA . C PGA 581 1_555 P MN MN . C MN 591 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.372 ? metalc ? metalc28 N P PGA . C PGA 581 1_555 P MN MN . C MN 591 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? metalc ? metalc29 N O1P PGA . C PGA 581 1_555 P MN MN . C MN 591 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.81 ? metalc ? metalc30 N O2P PGA . C PGA 581 1_555 P MN MN . C MN 591 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.943 ? metalc ? metalc31 D OD1 ASN 72 D ASN 118 1_555 S K K . D K 594 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.138 ? metalc ? metalc32 D OG SER 74 D SER 120 1_555 S K K . D K 594 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.894 ? metalc ? metalc33 D OD1 ASP 110 D ASP 156 1_555 S K K . D K 594 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? metalc ? metalc34 D O THR 111 D THR 157 1_555 S K K . D K 594 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.974 ? metalc ? metalc35 D OE2 GLU 269 D GLU 315 1_555 T MN MN . D MN 595 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.85 ? metalc ? metalc36 D OD2 ASP 293 D ASP 339 1_555 T MN MN . D MN 595 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.651 ? metalc ? metalc37 R P PGA . D PGA 581 1_555 T MN MN . D MN 595 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.029 ? metalc ? metalc38 R O4P PGA . D PGA 581 1_555 T MN MN . D MN 595 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.309 ? metalc ? metalc39 R O2P PGA . D PGA 581 1_555 T MN MN . D MN 595 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.348 ? metalc ? metalc40 R O3P PGA . D PGA 581 1_555 T MN MN . D MN 595 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.977 ? # _chem_comp.formula 'K 1' _chem_comp.formula_weight 39.098 _chem_comp.id K _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'POTASSIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 2VGG _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.013507 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000276 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.005821 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011755 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 FBP A 1 580 580 FBP FBP . F 3 PGA A 1 581 581 PGA PGA . G 4 K A 1 582 582 K K . H 5 MN A 1 583 583 MN MN . I 2 FBP B 1 580 580 FBP FBP . J 3 PGA B 1 581 581 PGA PGA . K 4 K B 1 586 586 K K . L 5 MN B 1 587 587 MN MN . M 2 FBP C 1 580 580 FBP FBP . N 3 PGA C 1 581 581 PGA PGA . O 4 K C 1 590 590 K K . P 5 MN C 1 591 591 MN MN . Q 2 FBP D 1 580 580 FBP FBP . R 3 PGA D 1 581 581 PGA PGA . S 4 K D 1 594 594 K K . T 5 MN D 1 595 595 MN MN . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol K _atom_site.label_atom_id K _atom_site.label_comp_id K _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id K _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x -24.711 _atom_site.Cartn_y -30.542 _atom_site.Cartn_z 8.301 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 91.49 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id K _atom_site.auth_comp_id K _atom_site.auth_seq_id 586 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 37 _model_server_stats.query_time_ms 327 _model_server_stats.encode_time_ms 11 _model_server_stats.element_count 1 #