data_2VGI
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_model_server_result.job_id            G333oUkFlbRzZlg2fUE-fQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-28 19:27:22' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          2vgi 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"T","auth_seq_id":1577}' 
#
_entry.id    2VGI 
#
_exptl.entry_id    2VGI 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              54.938 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MANGANESE (II) ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          91.61 
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_cell.entry_id            2VGI 
_cell.length_a            73.705 
_cell.length_b            171.164 
_cell.length_c            85.05 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 2VGI 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 H N N 
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? 5 P N N 
? 5 T N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASN 72 A ASN 118 1_555 G K K . A K 1576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.362 ? 
metalc ? metalc2 A OG SER 74 A SER 120 1_555 G K K . A K 1576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.097 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 110 A ASP 156 1_555 G K K . A K 1576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.753 ? 
metalc ? metalc4 A O THR 111 A THR 157 1_555 G K K . A K 1576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.826 ? 
metalc ? metalc5 A OG SER 240 A SER 286 1_555 G K K . A K 1576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.16 ? 
metalc ? metalc6 A OD2 ASP 293 A ASP 339 1_555 H MN MN . A MN 1577 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.71 ? 
metalc ? metalc7 F O2P PGA . A PGA 1575 1_555 G K K . A K 1576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.242 ? 
metalc ? metalc8 F O1P PGA . A PGA 1575 1_555 H MN MN . A MN 1577 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? 
metalc ? metalc9 F O4P PGA . A PGA 1575 1_555 H MN MN . A MN 1577 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.608 ? 
metalc ? metalc10 F O2 PGA . A PGA 1575 1_555 H MN MN . A MN 1577 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? 
metalc ? metalc11 B OD1 ASN 72 B ASN 118 1_555 K K K . B K 1576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.766 ? 
metalc ? metalc12 B OG SER 74 B SER 120 1_555 K K K . B K 1576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.242 ? 
metalc ? metalc13 B OD1 ASP 110 B ASP 156 1_555 K K K . B K 1576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.754 ? 
metalc ? metalc14 B O THR 111 B THR 157 1_555 K K K . B K 1576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.155 ? 
metalc ? metalc15 B OE2 GLU 269 B GLU 315 1_555 L MN MN . B MN 1577 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.706 ? 
metalc ? metalc16 J O2P PGA . B PGA 1575 1_555 K K K . B K 1576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.197 ? 
metalc ? metalc17 J O1P PGA . B PGA 1575 1_555 L MN MN . B MN 1577 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc18 J O4P PGA . B PGA 1575 1_555 L MN MN . B MN 1577 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? 
metalc ? metalc19 J O1 PGA . B PGA 1575 1_555 L MN MN . B MN 1577 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? 
metalc ? metalc20 C OD1 ASN 72 C ASN 118 1_555 O K K . C K 1576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? 
metalc ? metalc21 C OG SER 74 C SER 120 1_555 O K K . C K 1576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.962 ? 
metalc ? metalc22 C OD1 ASP 110 C ASP 156 1_555 O K K . C K 1576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.879 ? 
metalc ? metalc23 C OD2 ASP 293 C ASP 339 1_555 P MN MN . C MN 1577 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.847 ? 
metalc ? metalc24 N O2P PGA . C PGA 1575 1_555 O K K . C K 1576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.904 ? 
metalc ? metalc25 N O1P PGA . C PGA 1575 1_555 P MN MN . C MN 1577 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.007 ? 
metalc ? metalc26 N O4P PGA . C PGA 1575 1_555 P MN MN . C MN 1577 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc27 N O1 PGA . C PGA 1575 1_555 P MN MN . C MN 1577 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.887 ? 
metalc ? metalc28 D OD1 ASN 72 D ASN 118 1_555 S K K . D K 1576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.04 ? 
metalc ? metalc29 D OG SER 74 D SER 120 1_555 S K K . D K 1576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.79 ? 
metalc ? metalc30 D OD1 ASP 110 D ASP 156 1_555 S K K . D K 1576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? 
metalc ? metalc31 D O THR 111 D THR 157 1_555 S K K . D K 1576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.949 ? 
metalc ? metalc32 D OD2 ASP 293 D ASP 339 1_555 T MN MN . D MN 1577 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.883 ? 
metalc ? metalc33 R O1P PGA . D PGA 1575 1_555 T MN MN . D MN 1577 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? 
metalc ? metalc34 R O2 PGA . D PGA 1575 1_555 T MN MN . D MN 1577 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mn 2' 
_chem_comp.formula_weight    54.938 
_chem_comp.id                MN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MANGANESE (II) ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     2VGI 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.013568 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000381 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.005842 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.011762 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 FBP A 1 1574 1574 FBP FBP . 
F 3 PGA A 1 1575 1575 PGA PGA . 
G 4 K A 1 1576 1576 K K . 
H 5 MN A 1 1577 1577 MN MN . 
I 2 FBP B 1 1574 1574 FBP FBP . 
J 3 PGA B 1 1575 1575 PGA PGA . 
K 4 K B 1 1576 1576 K K . 
L 5 MN B 1 1577 1577 MN MN . 
M 2 FBP C 1 1574 1574 FBP FBP . 
N 3 PGA C 1 1575 1575 PGA PGA . 
O 4 K C 1 1576 1576 K K . 
P 5 MN C 1 1577 1577 MN MN . 
Q 2 FBP D 1 1574 1574 FBP FBP . 
R 3 PGA D 1 1575 1575 PGA PGA . 
S 4 K D 1 1576 1576 K K . 
T 5 MN D 1 1577 1577 MN MN . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MN 
_atom_site.label_atom_id         MN 
_atom_site.label_comp_id         MN 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         T 
_atom_site.label_entity_id       5 
_atom_site.Cartn_x               -6.853 
_atom_site.Cartn_y               -7.746 
_atom_site.Cartn_z               -18.829 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        2 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MN 
_atom_site.auth_comp_id          MN 
_atom_site.auth_seq_id           1577 
_atom_site.auth_asym_id          D 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              12 
_model_server_stats.parse_time_ms           9 
_model_server_stats.create_model_time_ms    34 
_model_server_stats.query_time_ms           323 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           1 
#