data_2VQY
#
_model_server_result.job_id            PA4-vXsiiIugB8NopAGMDw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-24 23:30:32' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          2vqy 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":1201}' 
#
_entry.id    2VQY 
#
_exptl.entry_id    2VQY 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              615.628 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            PAROMOMYCIN 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            2VQY 
_cell.length_a            57.331 
_cell.length_b            57.331 
_cell.length_c            147.62 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 2VQY 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        96 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 43 21 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PQS 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    monomeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      1 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      3 
_struct_asym.id                             C 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OE1 GLU 41 A GLU 38 4_555 E CA CA . A CA 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.62 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 41 A GLU 38 4_555 E CA CA . A CA 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? 
metalc ? metalc3 A OE2 GLU 148 A GLU 145 1_555 D CA CA . A CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? 
metalc ? metalc4 A O ASP 182 A ASP 179 6_555 D CA CA . A CA 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? 
metalc ? metalc5 A O ARG 197 A ARG 194 1_555 E CA CA . A CA 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc6 A O SER 200 A SER 197 1_555 E CA CA . A CA 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? 
metalc ? metalc7 A O ALA 202 A ALA 199 1_555 E CA CA . A CA 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? 
metalc ? metalc8 D CA CA . A CA 1202 1_555 F O HOH . A HOH 2140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? 
metalc ? metalc9 D CA CA . A CA 1202 1_555 F O HOH . A HOH 2146 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? 
metalc ? metalc10 D CA CA . A CA 1202 1_555 F O HOH . A HOH 2147 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? 
metalc ? metalc11 D CA CA . A CA 1202 1_555 F O HOH . A HOH 2178 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? 
metalc ? metalc12 D CA CA . A CA 1202 1_555 F O HOH . A HOH 2180 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? 
metalc ? metalc13 E CA CA . A CA 1203 1_555 F O HOH . A HOH 2024 4_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? 
metalc ? metalc14 E CA CA . A CA 1203 1_555 F O HOH . A HOH 2189 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? 
#
_chem_comp.formula           'C23 H45 N5 O14' 
_chem_comp.formula_weight    615.628 
_chem_comp.id                PAR 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              PAROMOMYCIN 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'PAROMOMYCIN I;AMMINOSIDIN;CATENULIN;CRESTOMYCIN;MONOMYCIN A;NEOMYCIN E' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C11 O11 PAR sing 328 n n 
C11 C21 PAR sing 329 n n 
C11 O51 PAR sing 330 n n 
C11 H11 PAR sing 331 n n 
O11 C42 PAR sing 332 n n 
C21 N21 PAR sing 333 n n 
C21 C31 PAR sing 334 n n 
C21 H21 PAR sing 335 n n 
N21 HN21 PAR sing 336 n n 
N21 HN22 PAR sing 337 n n 
C31 O31 PAR sing 338 n n 
C31 C41 PAR sing 339 n n 
C31 H31 PAR sing 340 n n 
O31 HO31 PAR sing 341 n n 
C41 O41 PAR sing 342 n n 
C41 C51 PAR sing 343 n n 
C41 H41 PAR sing 344 n n 
O41 HO41 PAR sing 345 n n 
C51 O51 PAR sing 346 n n 
C51 C61 PAR sing 347 n n 
C51 H51 PAR sing 348 n n 
C61 O61 PAR sing 349 n n 
C61 H611 PAR sing 350 n n 
C61 H612 PAR sing 351 n n 
O61 HO61 PAR sing 352 n n 
C12 N12 PAR sing 353 n n 
C12 C22 PAR sing 354 n n 
C12 C62 PAR sing 355 n n 
C12 H12 PAR sing 356 n n 
N12 H121 PAR sing 357 n n 
N12 H122 PAR sing 358 n n 
C22 C32 PAR sing 359 n n 
C22 H221 PAR sing 360 n n 
C22 H222 PAR sing 361 n n 
C32 N32 PAR sing 362 n n 
C32 C42 PAR sing 363 n n 
C32 H32 PAR sing 364 n n 
N32 H321 PAR sing 365 n n 
N32 H322 PAR sing 366 n n 
C42 C52 PAR sing 367 n n 
C42 H42 PAR sing 368 n n 
C52 O52 PAR sing 369 n n 
C52 C62 PAR sing 370 n n 
C52 H52 PAR sing 371 n n 
O52 C13 PAR sing 372 n n 
C62 O62 PAR sing 373 n n 
C62 H62 PAR sing 374 n n 
O62 HO62 PAR sing 375 n n 
C13 C23 PAR sing 376 n n 
C13 O43 PAR sing 377 n n 
C13 H13 PAR sing 378 n n 
C23 O23 PAR sing 379 n n 
C23 C33 PAR sing 380 n n 
C23 H23 PAR sing 381 n n 
O23 HO23 PAR sing 382 n n 
C33 O33 PAR sing 383 n n 
C33 C43 PAR sing 384 n n 
C33 H33 PAR sing 385 n n 
O33 C14 PAR sing 386 n n 
C43 O43 PAR sing 387 n n 
C43 C53 PAR sing 388 n n 
C43 H43 PAR sing 389 n n 
C53 O53 PAR sing 390 n n 
C53 H531 PAR sing 391 n n 
C53 H532 PAR sing 392 n n 
O53 HO53 PAR sing 393 n n 
C14 C24 PAR sing 394 n n 
C14 O54 PAR sing 395 n n 
C14 H14 PAR sing 396 n n 
C24 N24 PAR sing 397 n n 
C24 C34 PAR sing 398 n n 
C24 H24 PAR sing 399 n n 
N24 H241 PAR sing 400 n n 
N24 H242 PAR sing 401 n n 
C34 O34 PAR sing 402 n n 
C34 C44 PAR sing 403 n n 
C34 H34 PAR sing 404 n n 
O34 HO34 PAR sing 405 n n 
C44 O44 PAR sing 406 n n 
C44 C54 PAR sing 407 n n 
C44 H44 PAR sing 408 n n 
O44 HO44 PAR sing 409 n n 
C54 O54 PAR sing 410 n n 
C54 C64 PAR sing 411 n n 
C54 H54 PAR sing 412 n n 
C64 N64 PAR sing 413 n n 
C64 H641 PAR sing 414 n n 
C64 H642 PAR sing 415 n n 
N64 HN61 PAR sing 416 n n 
N64 HN62 PAR sing 417 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     2VQY 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.017443 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.017443 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006774 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
B 2 ACO A 1 1200 1200 ACO ACO . 
C 3 PAR A 1 1201 1201 PAR PAR . 
D 4 CA A 1 1202 1202 CA CA . 
E 4 CA A 1 1203 1203 CA CA . 
F 5 HOH A 1 2001 2001 HOH HOH . 
F 5 HOH A 2 2002 2002 HOH HOH . 
F 5 HOH A 3 2003 2003 HOH HOH . 
F 5 HOH A 4 2004 2004 HOH HOH . 
F 5 HOH A 5 2005 2005 HOH HOH . 
F 5 HOH A 6 2006 2006 HOH HOH . 
F 5 HOH A 7 2007 2007 HOH HOH . 
F 5 HOH A 8 2008 2008 HOH HOH . 
F 5 HOH A 9 2009 2009 HOH HOH . 
F 5 HOH A 10 2010 2010 HOH HOH . 
F 5 HOH A 11 2011 2011 HOH HOH . 
F 5 HOH A 12 2012 2012 HOH HOH . 
F 5 HOH A 13 2013 2013 HOH HOH . 
F 5 HOH A 14 2014 2014 HOH HOH . 
F 5 HOH A 15 2015 2015 HOH HOH . 
F 5 HOH A 16 2016 2016 HOH HOH . 
F 5 HOH A 17 2017 2017 HOH HOH . 
F 5 HOH A 18 2018 2018 HOH HOH . 
F 5 HOH A 19 2019 2019 HOH HOH . 
F 5 HOH A 20 2020 2020 HOH HOH . 
F 5 HOH A 21 2021 2021 HOH HOH . 
F 5 HOH A 22 2022 2022 HOH HOH . 
F 5 HOH A 23 2023 2023 HOH HOH . 
F 5 HOH A 24 2024 2024 HOH HOH . 
F 5 HOH A 25 2025 2025 HOH HOH . 
F 5 HOH A 26 2026 2026 HOH HOH . 
F 5 HOH A 27 2027 2027 HOH HOH . 
F 5 HOH A 28 2028 2028 HOH HOH . 
F 5 HOH A 29 2029 2029 HOH HOH . 
F 5 HOH A 30 2030 2030 HOH HOH . 
F 5 HOH A 31 2031 2031 HOH HOH . 
F 5 HOH A 32 2032 2032 HOH HOH . 
F 5 HOH A 33 2033 2033 HOH HOH . 
F 5 HOH A 34 2034 2034 HOH HOH . 
F 5 HOH A 35 2035 2035 HOH HOH . 
F 5 HOH A 36 2036 2036 HOH HOH . 
F 5 HOH A 37 2037 2037 HOH HOH . 
F 5 HOH A 38 2038 2038 HOH HOH . 
F 5 HOH A 39 2039 2039 HOH HOH . 
F 5 HOH A 40 2040 2040 HOH HOH . 
F 5 HOH A 41 2041 2041 HOH HOH . 
F 5 HOH A 42 2042 2042 HOH HOH . 
F 5 HOH A 43 2043 2043 HOH HOH . 
F 5 HOH A 44 2044 2044 HOH HOH . 
F 5 HOH A 45 2045 2045 HOH HOH . 
F 5 HOH A 46 2046 2046 HOH HOH . 
F 5 HOH A 47 2047 2047 HOH HOH . 
F 5 HOH A 48 2048 2048 HOH HOH . 
F 5 HOH A 49 2049 2049 HOH HOH . 
F 5 HOH A 50 2050 2050 HOH HOH . 
F 5 HOH A 51 2051 2051 HOH HOH . 
F 5 HOH A 52 2052 2052 HOH HOH . 
F 5 HOH A 53 2053 2053 HOH HOH . 
F 5 HOH A 54 2054 2054 HOH HOH . 
F 5 HOH A 55 2055 2055 HOH HOH . 
F 5 HOH A 56 2056 2056 HOH HOH . 
F 5 HOH A 57 2057 2057 HOH HOH . 
F 5 HOH A 58 2058 2058 HOH HOH . 
F 5 HOH A 59 2059 2059 HOH HOH . 
F 5 HOH A 60 2060 2060 HOH HOH . 
F 5 HOH A 61 2061 2061 HOH HOH . 
F 5 HOH A 62 2062 2062 HOH HOH . 
F 5 HOH A 63 2063 2063 HOH HOH . 
F 5 HOH A 64 2064 2064 HOH HOH . 
F 5 HOH A 65 2065 2065 HOH HOH . 
F 5 HOH A 66 2066 2066 HOH HOH . 
F 5 HOH A 67 2067 2067 HOH HOH . 
F 5 HOH A 68 2068 2068 HOH HOH . 
F 5 HOH A 69 2069 2069 HOH HOH . 
F 5 HOH A 70 2070 2070 HOH HOH . 
F 5 HOH A 71 2071 2071 HOH HOH . 
F 5 HOH A 72 2072 2072 HOH HOH . 
F 5 HOH A 73 2073 2073 HOH HOH . 
F 5 HOH A 74 2074 2074 HOH HOH . 
F 5 HOH A 75 2075 2075 HOH HOH . 
F 5 HOH A 76 2076 2076 HOH HOH . 
F 5 HOH A 77 2077 2077 HOH HOH . 
F 5 HOH A 78 2078 2078 HOH HOH . 
F 5 HOH A 79 2079 2079 HOH HOH . 
F 5 HOH A 80 2080 2080 HOH HOH . 
F 5 HOH A 81 2081 2081 HOH HOH . 
F 5 HOH A 82 2082 2082 HOH HOH . 
F 5 HOH A 83 2083 2083 HOH HOH . 
F 5 HOH A 84 2084 2084 HOH HOH . 
F 5 HOH A 85 2085 2085 HOH HOH . 
F 5 HOH A 86 2086 2086 HOH HOH . 
F 5 HOH A 87 2087 2087 HOH HOH . 
F 5 HOH A 88 2088 2088 HOH HOH . 
F 5 HOH A 89 2089 2089 HOH HOH . 
F 5 HOH A 90 2090 2090 HOH HOH . 
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