data_2W3S # _model_server_result.job_id CzMDVZjMCCyndwOVAjZQyw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-23 23:54:06' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2w3s # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":1464}' # _entry.id 2W3S # _exptl.entry_id 2W3S _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 175.82 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 109.6 _cell.angle_beta 105.89 _cell.angle_gamma 101.18 _cell.entry_id 2W3S _cell.length_a 92.83 _cell.length_b 140.56 _cell.length_c 158.17 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2W3S _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,I,J,K,L,M,N,O,KA,LA 1 1 C,D,P,Q,R,S,T,U,V,MA,NA 2 1 E,F,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,OA,PA 3 1 G,H,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,QA 4 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 P N N ? 3 Q N N ? 3 W N N ? 3 X N N ? 3 DA N N ? 3 EA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 39 A CYS 39 1_555 J FE1 FES . A FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 44 A CYS 44 1_555 J FE1 FES . A FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 47 A CYS 47 1_555 J FE2 FES . A FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 63 A CYS 63 1_555 J FE2 FES . A FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? metalc ? metalc5 A SG CYS 103 A CYS 103 1_555 I FE2 FES . A FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc6 A SG CYS 106 A CYS 106 1_555 I FE1 FES . A FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc7 A SG CYS 134 A CYS 134 1_555 I FE1 FES . A FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc8 A SG CYS 136 A CYS 136 1_555 I FE2 FES . A FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc9 B OE2 GLU 172 B GLU 172 1_555 M CA CA . B CA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.958 ? metalc ? metalc10 B ND1 HIS 173 B HIS 173 1_555 M CA CA . B CA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.838 ? metalc ? metalc11 B OG1 THR 266 B THR 266 1_555 M CA CA . B CA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.729 ? metalc ? metalc12 B O GLY 267 B GLY 267 1_555 M CA CA . B CA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.927 ? metalc ? metalc13 L S2' MTE . B MTE 1778 1_555 O MO1 MOM . B MOM 1781 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc14 L S1' MTE . B MTE 1778 1_555 O MO1 MOM . B MOM 1781 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 39 C CYS 39 1_555 Q FE1 FES . C FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc16 C SG CYS 44 C CYS 44 1_555 Q FE1 FES . C FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc17 C SG CYS 47 C CYS 47 1_555 Q FE2 FES . C FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc18 C SG CYS 63 C CYS 63 1_555 Q FE2 FES . C FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? metalc ? metalc19 C SG CYS 103 C CYS 103 1_555 P FE2 FES . C FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc20 C SG CYS 106 C CYS 106 1_555 P FE1 FES . C FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc21 C SG CYS 134 C CYS 134 1_555 P FE1 FES . C FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc22 C SG CYS 136 C CYS 136 1_555 P FE2 FES . C FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc23 D OE1 GLU 172 D GLU 172 1_555 T CA CA . D CA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.069 ? metalc ? metalc24 D OE2 GLU 172 D GLU 172 1_555 T CA CA . D CA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.024 ? metalc ? metalc25 D ND1 HIS 173 D HIS 173 1_555 T CA CA . D CA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? metalc ? metalc26 D OG1 THR 266 D THR 266 1_555 T CA CA . D CA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.894 ? metalc ? metalc27 D O GLY 267 D GLY 267 1_555 T CA CA . D CA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? metalc ? metalc28 S S2' MTE . D MTE 1778 1_555 V MO1 MOM . D MOM 1781 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc29 S S1' MTE . D MTE 1778 1_555 V MO1 MOM . D MOM 1781 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc30 E SG CYS 39 E CYS 39 1_555 X FE1 FES . E FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc31 E SG CYS 44 E CYS 44 1_555 X FE1 FES . E FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc32 E SG CYS 47 E CYS 47 1_555 X FE2 FES . E FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc33 E SG CYS 63 E CYS 63 1_555 X FE2 FES . E FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.664 ? metalc ? metalc34 E SG CYS 103 E CYS 103 1_555 W FE2 FES . E FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc35 E SG CYS 106 E CYS 106 1_555 W FE1 FES . E FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc36 E SG CYS 134 E CYS 134 1_555 W FE1 FES . E FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc37 E SG CYS 136 E CYS 136 1_555 W FE2 FES . E FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc38 F OE2 GLU 172 F GLU 172 1_555 AA CA CA . F CA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.738 ? metalc ? metalc39 F OG1 THR 266 F THR 266 1_555 AA CA CA . F CA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.873 ? metalc ? metalc40 F O GLY 267 F GLY 267 1_555 AA CA CA . F CA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.558 ? metalc ? metalc41 Z S1' MTE . F MTE 1778 1_555 CA MO1 MOM . F MOM 1781 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc42 Z S2' MTE . F MTE 1778 1_555 CA MO1 MOM . F MOM 1781 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc43 G SG CYS 39 G CYS 39 1_555 EA FE1 FES . G FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc44 G SG CYS 44 G CYS 44 1_555 EA FE1 FES . G FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc45 G SG CYS 47 G CYS 47 1_555 EA FE2 FES . G FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.444 ? metalc ? metalc46 G SG CYS 63 G CYS 63 1_555 EA FE2 FES . G FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.691 ? metalc ? metalc47 G SG CYS 103 G CYS 103 1_555 DA FE2 FES . G FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc48 G SG CYS 106 G CYS 106 1_555 DA FE1 FES . G FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? metalc ? metalc49 G SG CYS 134 G CYS 134 1_555 DA FE1 FES . G FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc50 G SG CYS 136 G CYS 136 1_555 DA FE2 FES . G FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc51 H OE1 GLU 172 H GLU 172 1_555 HA CA CA . H CA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.983 ? metalc ? metalc52 H OE2 GLU 172 H GLU 172 1_555 HA CA CA . H CA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.73 ? metalc ? metalc53 H ND1 HIS 173 H HIS 173 1_555 HA CA CA . H CA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.87 ? metalc ? metalc54 H OG1 THR 266 H THR 266 1_555 HA CA CA . H CA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? metalc ? metalc55 H O GLY 267 H GLY 267 1_555 HA CA CA . H CA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.704 ? metalc ? metalc56 GA S1' MTE . H MTE 1778 1_555 JA MO1 MOM . H MOM 1781 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? metalc ? metalc57 GA S2' MTE . H MTE 1778 1_555 JA MO1 MOM . H MOM 1781 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? # _chem_comp.formula 'Fe2 S2' _chem_comp.formula_weight 175.82 _chem_comp.id FES _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag FE1 S1 FES sing 174 n n FE1 S2 FES sing 175 n n FE2 S1 FES sing 176 n n FE2 S2 FES sing 177 n n # _atom_sites.entry_id 2W3S _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010772 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.002129 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.004327 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007252 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.003277 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007213 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 3 FES A 1 1463 1463 FES FES . J 3 FES A 1 1464 1464 FES FES . K 4 FAD A 1 1465 1465 FAD FAD . L 5 MTE B 1 1778 1778 MTE MTE . M 6 CA B 1 1779 1779 CA CA . N 7 XAN B 1 1780 1780 XAN XAN . O 8 MOM B 1 1781 1781 MOM MOM . P 3 FES C 1 1463 1463 FES FES . Q 3 FES C 1 1464 1464 FES FES . R 4 FAD C 1 1465 1465 FAD FAD . S 5 MTE D 1 1778 1778 MTE MTE . T 6 CA D 1 1779 1779 CA CA . U 7 XAN D 1 1780 1780 XAN XAN . V 8 MOM D 1 1781 1781 MOM MOM . W 3 FES E 1 1463 1463 FES FES . X 3 FES E 1 1464 1464 FES FES . Y 4 FAD E 1 1465 1465 FAD FAD . Z 5 MTE F 1 1778 1778 MTE MTE . AA 6 CA F 1 1779 1779 CA CA . BA 7 XAN F 1 1780 1780 XAN XAN . CA 8 MOM F 1 1781 1781 MOM MOM . DA 3 FES G 1 1463 1463 FES FES . EA 3 FES G 1 1464 1464 FES FES . FA 4 FAD G 1 1465 1465 FAD FAD . GA 5 MTE H 1 1778 1778 MTE MTE . HA 6 CA H 1 1779 1779 CA CA . IA 7 XAN H 1 1780 1780 XAN XAN . JA 8 MOM H 1 1781 1781 MOM MOM . KA 9 HOH A 1 2001 2001 HOH HOH . KA 9 HOH A 2 2002 2002 HOH HOH . KA 9 HOH A 3 2003 2003 HOH HOH . LA 9 HOH B 1 2001 2001 HOH HOH . LA 9 HOH B 2 2002 2002 HOH HOH . LA 9 HOH B 3 2003 2003 HOH HOH . LA 9 HOH B 4 2004 2004 HOH HOH . LA 9 HOH B 5 2005 2005 HOH HOH . LA 9 HOH B 6 2006 2006 HOH HOH . LA 9 HOH B 7 2007 2007 HOH HOH . LA 9 HOH B 8 2008 2008 HOH HOH . LA 9 HOH B 9 2009 2009 HOH HOH . MA 9 HOH C 1 2001 2001 HOH HOH . MA 9 HOH C 2 2002 2002 HOH HOH . MA 9 HOH C 3 2003 2003 HOH HOH . MA 9 HOH C 4 2004 2004 HOH HOH . NA 9 HOH D 1 2001 2001 HOH HOH . NA 9 HOH D 2 2002 2002 HOH HOH . NA 9 HOH D 3 2003 2003 HOH HOH . NA 9 HOH D 4 2004 2004 HOH HOH . NA 9 HOH D 5 2005 2005 HOH HOH . NA 9 HOH D 6 2006 2006 HOH HOH . NA 9 HOH D 7 2007 2007 HOH HOH . OA 9 HOH E 1 2001 2001 HOH HOH . OA 9 HOH E 2 2002 2002 HOH HOH . PA 9 HOH F 1 2001 2001 HOH HOH . PA 9 HOH F 2 2002 2002 HOH HOH . PA 9 HOH F 3 2003 2003 HOH HOH . PA 9 HOH F 4 2004 2004 HOH HOH . PA 9 HOH F 5 2005 2005 HOH HOH . PA 9 HOH F 6 2006 2006 HOH HOH . QA 9 HOH H 1 2001 2001 HOH HOH . QA 9 HOH H 2 2002 2002 HOH HOH . QA 9 HOH H 3 2003 2003 HOH HOH . QA 9 HOH H 4 2004 2004 HOH HOH . QA 9 HOH H 5 2005 2005 HOH HOH . QA 9 HOH H 6 2006 2006 HOH HOH . QA 9 HOH H 7 2007 2007 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 FES . . . J 3 5.975 27.943 2.94 1 35.83 ? FE1 FES 1464 A 1 HETATM 2 FE FE2 FES . . . J 3 4.231 28.461 0.432 1 36.91 ? FE2 FES 1464 A 1 HETATM 3 S S1 FES . . . J 3 4.385 26.865 1.923 1 35.79 ? S1 FES 1464 A 1 HETATM 4 S S2 FES . . . J 3 6.009 29.41 1.316 1 36.3 ? S2 FES 1464 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 22 _model_server_stats.parse_time_ms 15 _model_server_stats.create_model_time_ms 131 _model_server_stats.query_time_ms 379 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 4 #