data_2W54
#
_model_server_result.job_id            yxG8PrSm1ndcHtGKokRy2A 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 02:23:01' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          2w54 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"FA","auth_seq_id":1780}' 
#
_entry.id    2W54 
#
_exptl.entry_id    2W54 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              193.163 
_entity.id                          7 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            6-HYDROXYMETHYLPTERIN 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         109.63 
_cell.angle_beta          105.83 
_cell.angle_gamma         101.23 
_cell.entry_id            2W54 
_cell.length_a            92.571 
_cell.length_b            140.695 
_cell.length_c            157.859 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 2W54 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 
PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,I,J,K,L,M,N 1 1 
C,D,O,P,Q,R,S,T 2 1 
E,F,U,V,W,X,Y,Z 3 1 
G,H,AA,BA,CA,DA,EA,FA 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 7 N N N 
? 7 T N N 
? 7 Z N N 
? 7 FA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 39 A CYS 39 1_555 J FE1 FES . A FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 44 A CYS 44 1_555 J FE1 FES . A FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 47 A CYS 47 1_555 J FE2 FES . A FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 63 A CYS 63 1_555 J FE2 FES . A FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? 
metalc ? metalc5 A SG CYS 103 A CYS 103 1_555 I FE2 FES . A FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? 
metalc ? metalc6 A SG CYS 106 A CYS 106 1_555 I FE1 FES . A FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc7 A SG CYS 134 A CYS 134 1_555 I FE1 FES . A FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? 
metalc ? metalc8 A SG CYS 136 A CYS 136 1_555 I FE2 FES . A FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc9 B OE2 GLU 172 B GLU 172 1_555 M BA BA . B BA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.441 ? 
metalc ? metalc10 B OE1 GLU 172 B GLU 172 1_555 M BA BA . B BA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.54 ? 
metalc ? metalc11 B ND1 HIS 173 B HIS 173 1_555 M BA BA . B BA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.181 ? 
metalc ? metalc12 B OH TYR 175 B TYR 175 1_555 M BA BA . B BA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.535 ? 
metalc ? metalc13 B OG1 THR 266 B THR 266 1_555 M BA BA . B BA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.112 ? 
metalc ? metalc14 B O GLY 267 B GLY 267 1_555 M BA BA . B BA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.992 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 39 C CYS 39 1_555 P FE1 FES . C FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? 
metalc ? metalc16 C SG CYS 44 C CYS 44 1_555 P FE1 FES . C FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? 
metalc ? metalc17 C SG CYS 47 C CYS 47 1_555 P FE2 FES . C FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc18 C SG CYS 63 C CYS 63 1_555 P FE2 FES . C FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? 
metalc ? metalc19 C SG CYS 103 C CYS 103 1_555 O FE2 FES . C FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? 
metalc ? metalc20 C SG CYS 106 C CYS 106 1_555 O FE1 FES . C FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? 
metalc ? metalc21 C SG CYS 134 C CYS 134 1_555 O FE1 FES . C FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? 
metalc ? metalc22 C SG CYS 136 C CYS 136 1_555 O FE2 FES . C FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? 
metalc ? metalc23 D OE2 GLU 172 D GLU 172 1_555 S BA BA . D BA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.42 ? 
metalc ? metalc24 D OG1 THR 266 D THR 266 1_555 S BA BA . D BA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.961 ? 
metalc ? metalc25 D O GLY 267 D GLY 267 1_555 S BA BA . D BA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.949 ? 
metalc ? metalc26 E SG CYS 44 E CYS 44 1_555 V FE1 FES . E FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? 
metalc ? metalc27 E SG CYS 47 E CYS 47 1_555 V FE2 FES . E FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? 
metalc ? metalc28 E SG CYS 63 E CYS 63 1_555 V FE2 FES . E FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? 
metalc ? metalc29 E SG CYS 103 E CYS 103 1_555 U FE2 FES . E FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? 
metalc ? metalc30 E SG CYS 106 E CYS 106 1_555 U FE1 FES . E FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? 
metalc ? metalc31 E SG CYS 134 E CYS 134 1_555 U FE1 FES . E FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? 
metalc ? metalc32 E SG CYS 136 E CYS 136 1_555 U FE2 FES . E FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.686 ? 
metalc ? metalc33 F OE2 GLU 172 F GLU 172 1_555 Y BA BA . F BA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.329 ? 
metalc ? metalc34 F ND1 HIS 173 F HIS 173 1_555 Y BA BA . F BA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.129 ? 
metalc ? metalc35 F OG1 THR 266 F THR 266 1_555 Y BA BA . F BA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.23 ? 
metalc ? metalc36 F O GLY 267 F GLY 267 1_555 Y BA BA . F BA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.996 ? 
metalc ? metalc37 G SG CYS 44 G CYS 44 1_555 BA FE1 FES . G FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? 
metalc ? metalc38 G SG CYS 47 G CYS 47 1_555 BA FE2 FES . G FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.579 ? 
metalc ? metalc39 G SG CYS 63 G CYS 63 1_555 BA FE2 FES . G FES 1464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.487 ? 
metalc ? metalc40 G SG CYS 103 G CYS 103 1_555 AA FE2 FES . G FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc41 G SG CYS 106 G CYS 106 1_555 AA FE1 FES . G FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? 
metalc ? metalc42 G SG CYS 134 G CYS 134 1_555 AA FE1 FES . G FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.636 ? 
metalc ? metalc43 G SG CYS 136 G CYS 136 1_555 AA FE2 FES . G FES 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc44 H OE2 GLU 172 H GLU 172 1_555 EA BA BA . H BA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.579 ? 
metalc ? metalc45 H OE1 GLU 172 H GLU 172 1_555 EA BA BA . H BA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.478 ? 
metalc ? metalc46 H OG1 THR 266 H THR 266 1_555 EA BA BA . H BA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.216 ? 
metalc ? metalc47 H O GLY 267 H GLY 267 1_555 EA BA BA . H BA 1779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.998 ? 
#
_chem_comp.formula           'C7 H7 N5 O2' 
_chem_comp.formula_weight    193.163 
_chem_comp.id                HHR 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              6-HYDROXYMETHYLPTERIN 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C7 N8 HHR doub 224 n y 
C7 C6 HHR sing 225 n y 
C7 H71 HHR sing 226 n n 
N8 C9 HHR sing 227 n y 
C9 N1 HHR sing 228 n y 
C9 C10 HHR doub 229 n y 
N1 C2 HHR doub 230 n y 
C2 N2 HHR sing 231 n n 
C2 N3 HHR sing 232 n y 
N2 HN21 HHR sing 233 n n 
N2 HN22 HHR sing 234 n n 
C10 C4 HHR sing 235 n y 
C10 N5 HHR sing 236 n y 
C4 N3 HHR sing 237 n y 
C4 O4 HHR doub 238 n n 
N3 HN3 HHR sing 239 n n 
N5 C6 HHR doub 240 n y 
C6 C6A HHR sing 241 n n 
C6A O6A HHR sing 242 n n 
C6A H6A1 HHR sing 243 n n 
C6A H6A2 HHR sing 244 n n 
O6A HO6 HHR sing 245 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     2W54 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.010803 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.002145 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.004333 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007246 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0.003279 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007227 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 3 FES A 1 1463 1463 FES FES . 
J 3 FES A 1 1464 1464 FES FES . 
K 4 FAD A 1 1465 1465 FAD FAD . 
L 5 XAX B 1 1778 1778 XAX XAX . 
M 6 BA B 1 1779 1779 BA BA . 
N 7 HHR B 1 1780 1780 HHR HHR . 
O 3 FES C 1 1463 1463 FES FES . 
P 3 FES C 1 1464 1464 FES FES . 
Q 4 FAD C 1 1465 1465 FAD FAD . 
R 5 XAX D 1 1778 1778 XAX XAX . 
S 6 BA D 1 1779 1779 BA BA . 
T 7 HHR D 1 1780 1780 HHR HHR . 
U 3 FES E 1 1463 1463 FES FES . 
V 3 FES E 1 1464 1464 FES FES . 
W 4 FAD E 1 1465 1465 FAD FAD . 
X 5 XAX F 1 1778 1778 XAX XAX . 
Y 6 BA F 1 1779 1779 BA BA . 
Z 7 HHR F 1 1780 1780 HHR HHR . 
AA 3 FES G 1 1463 1463 FES FES . 
BA 3 FES G 1 1464 1464 FES FES . 
CA 4 FAD G 1 1465 1465 FAD FAD . 
DA 5 XAX H 1 1778 1778 XAX XAX . 
EA 6 BA H 1 1779 1779 BA BA . 
FA 7 HHR H 1 1780 1780 HHR HHR . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C7 HHR . . . FA 7 -20.443 73.482 35.351 1 84.74 ? C7 HHR 1780 H 1 
HETATM 2 N N8 HHR . . . FA 7 -21.283 73.988 36.246 1 84.61 ? N8 HHR 1780 H 1 
HETATM 3 C C9 HHR . . . FA 7 -22.614 73.889 36.075 1 84.7 ? C9 HHR 1780 H 1 
HETATM 4 N N1 HHR . . . FA 7 -23.442 74.414 37 1 84.44 ? N1 HHR 1780 H 1 
HETATM 5 C C2 HHR . . . FA 7 -24.78 74.336 36.864 1 84.46 ? C2 HHR 1780 H 1 
HETATM 6 N N2 HHR . . . FA 7 -25.571 74.865 37.791 1 84.26 ? N2 HHR 1780 H 1 
HETATM 7 C C10 HHR . . . FA 7 -23.121 73.246 34.936 1 84.85 ? C10 HHR 1780 H 1 
HETATM 8 C C4 HHR . . . FA 7 -24.504 73.148 34.765 1 84.7 ? C4 HHR 1780 H 1 
HETATM 9 N N3 HHR . . . FA 7 -25.348 73.701 35.743 1 84.49 ? N3 HHR 1780 H 1 
HETATM 10 O O4 HHR . . . FA 7 -24.983 72.589 33.779 1 84.61 ? O4 HHR 1780 H 1 
HETATM 11 N N5 HHR . . . FA 7 -22.268 72.731 34.025 1 84.94 ? N5 HHR 1780 H 1 
HETATM 12 C C6 HHR . . . FA 7 -20.936 72.839 34.214 1 85.01 ? C6 HHR 1780 H 1 
HETATM 13 C C6A HHR . . . FA 7 -19.956 72.262 33.189 1 84.98 ? C6A HHR 1780 H 1 
HETATM 14 O O6A HHR . . . FA 7 -20.116 72.438 31.982 1 84.91 ? O6A HHR 1780 H 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              32 
_model_server_stats.parse_time_ms           12 
_model_server_stats.create_model_time_ms    42 
_model_server_stats.query_time_ms           270 
_model_server_stats.encode_time_ms          21 
_model_server_stats.element_count           14 
#