data_2WD0
#
_model_server_result.job_id            Ib8usrGGB0cU9P0I1pUSiA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-21 18:16:05' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          2wd0 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":601}' 
#
_entry.id    2WD0 
#
_exptl.entry_id    2WD0 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              22.99 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'SODIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            2WD0 
_cell.length_a            179.693 
_cell.length_b            179.693 
_cell.length_c            63.982 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 2WD0 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        94 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 42 21 2' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,D,E,F,G,H,N 1 1 
B,I,J,K,L,M,O 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 L N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASN 4 A ASN 4 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
metalc ? metalc2 A O ARG 5 A ARG 5 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? 
metalc ? metalc3 A OE1 GLU 22 A GLU 22 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc4 A OE2 GLU 22 A GLU 22 1_555 F NA NA . A NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? 
metalc ? metalc5 A OD1 ASP 37 A ASP 37 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.562 ? 
metalc ? metalc6 A OD2 ASP 37 A ASP 37 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.822 ? 
metalc ? metalc7 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? 
metalc ? metalc8 A OD2 ASP 41 A ASP 41 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? 
metalc ? metalc9 A OD2 ASP 72 A ASP 72 1_555 F NA NA . A NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.56 ? 
metalc ? metalc10 A OE1 GLU 74 A GLU 74 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? 
metalc ? metalc11 A OE2 GLU 74 A GLU 74 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.732 ? 
metalc ? metalc12 A OE2 GLU 74 A GLU 74 1_555 F NA NA . A NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? 
metalc ? metalc13 A OD2 ASP 87 A ASP 87 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? 
metalc ? metalc14 A O VAL 103 A VAL 103 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc15 A OD1 ASN 104 A ASN 104 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? 
metalc ? metalc16 A OD1 ASP 105 A ASP 105 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? 
metalc ? metalc17 A OD2 ASP 105 A ASP 105 1_555 F NA NA . A NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.133 ? 
metalc ? metalc18 A O ASN 106 A ASN 106 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc19 A OD1 ASP 136 A ASP 136 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? 
metalc ? metalc20 A OD2 ASP 136 A ASP 136 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.61 ? 
metalc ? metalc21 A OD2 ASP 138 A ASP 138 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? 
metalc ? metalc22 A OD1 ASP 138 A ASP 138 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? 
metalc ? metalc23 A O GLY 142 A GLY 142 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? 
metalc ? metalc24 A OD2 ASP 187 A ASP 187 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? 
metalc ? metalc25 D CA CA . A CA 502 1_555 G CL CL . A CL 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? 
metalc ? metalc26 B OD1 ASN 4 C ASN 4 1_555 K CA CA . C CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? 
metalc ? metalc27 B O ARG 5 C ARG 5 1_555 K CA CA . C CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? 
metalc ? metalc28 B OE1 GLU 22 C GLU 22 1_555 I CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc29 B OE2 GLU 22 C GLU 22 1_555 L NA NA . C NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.593 ? 
metalc ? metalc30 B OD1 ASP 37 C ASP 37 1_555 K CA CA . C CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.489 ? 
metalc ? metalc31 B OD2 ASP 37 C ASP 37 1_555 K CA CA . C CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.853 ? 
metalc ? metalc32 B OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 K CA CA . C CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.55 ? 
metalc ? metalc33 B OD2 ASP 41 C ASP 41 1_555 K CA CA . C CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? 
metalc ? metalc34 B OD2 ASP 72 C ASP 72 1_555 L NA NA . C NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? 
metalc ? metalc35 B OE2 GLU 74 C GLU 74 1_555 I CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? 
metalc ? metalc36 B OE1 GLU 74 C GLU 74 1_555 I CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? 
metalc ? metalc37 B OE2 GLU 74 C GLU 74 1_555 L NA NA . C NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? 
metalc ? metalc38 B OD2 ASP 87 C ASP 87 1_555 K CA CA . C CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.58 ? 
metalc ? metalc39 B O VAL 103 C VAL 103 1_555 I CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc40 B OD1 ASN 104 C ASN 104 1_555 J CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc41 B OD1 ASP 105 C ASP 105 1_555 I CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? 
metalc ? metalc42 B OD2 ASP 105 C ASP 105 1_555 L NA NA . C NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? 
metalc ? metalc43 B O ASN 106 C ASN 106 1_555 J CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? 
metalc ? metalc44 B OD2 ASP 136 C ASP 136 1_555 J CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? 
metalc ? metalc45 B OD1 ASP 136 C ASP 136 1_555 J CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.614 ? 
metalc ? metalc46 B OD1 ASP 138 C ASP 138 1_555 I CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? 
metalc ? metalc47 B OD2 ASP 138 C ASP 138 1_555 J CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc48 B O GLY 142 C GLY 142 1_555 J CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc49 B OD2 ASP 187 C ASP 187 1_555 J CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.471 ? 
metalc ? metalc50 I CA CA . C CA 501 1_555 M CL CL . C CL 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.672 ? 
#
_chem_comp.formula           'Na 1' 
_chem_comp.formula_weight    22.99 
_chem_comp.id                NA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'SODIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     2WD0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.005565 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.005565 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.015629 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 CA A 1 501 501 CA CA . 
D 2 CA A 1 502 502 CA CA . 
E 2 CA A 1 504 504 CA CA . 
F 3 NA A 1 601 601 NA NA . 
G 4 CL A 1 701 701 CL CL . 
H 4 CL A 1 702 702 CL CL . 
I 2 CA C 1 501 501 CA CA . 
J 2 CA C 1 503 503 CA CA . 
K 2 CA C 1 504 504 CA CA . 
L 3 NA C 1 601 601 NA NA . 
M 4 CL C 1 701 701 CL CL . 
N 5 HOH A 1 2001 2001 HOH HOH . 
N 5 HOH A 2 2002 2002 HOH HOH . 
N 5 HOH A 3 2003 2003 HOH HOH . 
N 5 HOH A 4 2004 2004 HOH HOH . 
N 5 HOH A 5 2005 2005 HOH HOH . 
N 5 HOH A 6 2006 2006 HOH HOH . 
N 5 HOH A 7 2007 2007 HOH HOH . 
N 5 HOH A 8 2008 2008 HOH HOH . 
N 5 HOH A 9 2009 2009 HOH HOH . 
N 5 HOH A 10 2010 2010 HOH HOH . 
N 5 HOH A 11 2011 2011 HOH HOH . 
N 5 HOH A 12 2012 2012 HOH HOH . 
N 5 HOH A 13 2013 2013 HOH HOH . 
N 5 HOH A 14 2014 2014 HOH HOH . 
N 5 HOH A 15 2015 2015 HOH HOH . 
N 5 HOH A 16 2016 2016 HOH HOH . 
N 5 HOH A 17 2017 2017 HOH HOH . 
N 5 HOH A 18 2018 2018 HOH HOH . 
N 5 HOH A 19 2019 2019 HOH HOH . 
N 5 HOH A 20 2020 2020 HOH HOH . 
N 5 HOH A 21 2021 2021 HOH HOH . 
N 5 HOH A 22 2022 2022 HOH HOH . 
N 5 HOH A 23 2023 2023 HOH HOH . 
N 5 HOH A 24 2024 2024 HOH HOH . 
N 5 HOH A 25 2025 2025 HOH HOH . 
N 5 HOH A 26 2026 2026 HOH HOH . 
O 5 HOH C 1 2001 2001 HOH HOH . 
O 5 HOH C 2 2002 2002 HOH HOH . 
O 5 HOH C 3 2003 2003 HOH HOH . 
O 5 HOH C 4 2004 2004 HOH HOH . 
O 5 HOH C 5 2005 2005 HOH HOH . 
O 5 HOH C 6 2006 2006 HOH HOH . 
O 5 HOH C 7 2007 2007 HOH HOH . 
O 5 HOH C 8 2008 2008 HOH HOH . 
O 5 HOH C 9 2009 2009 HOH HOH . 
O 5 HOH C 10 2010 2010 HOH HOH . 
O 5 HOH C 11 2011 2011 HOH HOH . 
O 5 HOH C 12 2012 2012 HOH HOH . 
O 5 HOH C 13 2013 2013 HOH HOH . 
O 5 HOH C 14 2014 2014 HOH HOH . 
O 5 HOH C 15 2015 2015 HOH HOH . 
O 5 HOH C 16 2016 2016 HOH HOH . 
O 5 HOH C 17 2017 2017 HOH HOH . 
O 5 HOH C 18 2018 2018 HOH HOH . 
O 5 HOH C 19 2019 2019 HOH HOH . 
O 5 HOH C 20 2020 2020 HOH HOH . 
O 5 HOH C 21 2021 2021 HOH HOH . 
O 5 HOH C 22 2022 2022 HOH HOH . 
O 5 HOH C 23 2023 2023 HOH HOH . 
O 5 HOH C 24 2024 2024 HOH HOH . 
O 5 HOH C 25 2025 2025 HOH HOH . 
O 5 HOH C 26 2026 2026 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           NA 
_atom_site.label_atom_id         NA 
_atom_site.label_comp_id         NA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         L 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               15.851 
_atom_site.Cartn_y               33.835 
_atom_site.Cartn_z               -11.286 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        26.29 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          NA 
_atom_site.auth_comp_id          NA 
_atom_site.auth_seq_id           601 
_atom_site.auth_asym_id          C 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              42 
_model_server_stats.parse_time_ms           9 
_model_server_stats.create_model_time_ms    4 
_model_server_stats.query_time_ms           300 
_model_server_stats.encode_time_ms          13 
_model_server_stats.element_count           1 
#