data_2XJH # _model_server_result.job_id i-ZS6iZm8LhY6H48huYfzQ _model_server_result.datetime_utc '2024-12-23 08:05:48' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2xjh # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":1002}' # _entry.id 2XJH # _exptl.entry_id 2XJH _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 2XJH _cell.length_a 29.475 _cell.length_b 29.475 _cell.length_c 29.48 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2XJH _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 92 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 41 21 2' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,E,H 1 1 B,F,G,I 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 F N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 5 A CYS 4 1_555 A SG CYS 10 A CYS 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf2 B SG CYS 5 B CYS 4 1_555 B SG CYS 10 B CYS 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? covale ? covale1 A C1 COI 1 A COI 0 1_555 A N BB9 2 A BB9 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale2 A O2 COI 1 A COI 0 1_555 A C BB9 2 A BB9 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.41 ? covale ? covale3 A CB BB9 2 A BB9 1 1_555 A N GLY 3 A GLY 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.399 ? covale ? covale4 A C PRO 7 A PRO 6 1_555 A N BB9 8 A BB9 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.309 ? covale ? covale5 A CB BB9 8 A BB9 7 1_555 A N SER 9 A SER 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.346 ? covale ? covale6 B O2 COI 1 B COI 0 1_555 B C BB9 2 B BB9 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.38 ? covale ? covale7 B C1 COI 1 B COI 0 1_555 B N BB9 2 B BB9 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.315 ? covale ? covale8 B CB BB9 2 B BB9 1 1_555 B N GLY 3 B GLY 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.351 ? covale ? covale9 B C PRO 7 B PRO 6 1_555 B N BB9 8 B BB9 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale10 B CB BB9 8 B BB9 7 1_555 B N SER 9 B SER 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.361 ? metalc ? metalc1 A O3 COI 1 A COI 0 1_555 C NA NA . A NA 1002 8_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc2 A O2 COI 1 A COI 0 1_555 C NA NA . A NA 1002 8_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.667 ? metalc ? metalc3 A N BB9 2 A BB9 1 1_555 E CU CU . A CU 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc4 A SG BB9 2 A BB9 1 1_555 E CU CU . A CU 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? metalc ? metalc5 A O BB9 2 A BB9 1 1_555 C NA NA . A NA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? metalc ? metalc6 A N BB9 8 A BB9 7 1_555 E CU CU . A CU 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? metalc ? metalc7 A SG BB9 8 A BB9 7 1_555 E CU CU . A CU 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc8 A O BB9 8 A BB9 7 6_454 F NA NA . B NA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc9 A O BB9 8 A BB9 7 1_555 F NA NA . B NA 1002 6_554 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc10 A O SER 9 A SER 8 1_555 D NA NA . A NA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? metalc ? metalc11 A O MET 11 A MET 10 1_555 D NA NA . A NA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc12 C NA NA . A NA 1002 1_555 B O CYS 10 B CYS 9 5_455 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc13 C NA NA . A NA 1002 1_555 I O HOH . B HOH 2005 5_455 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc14 C NA NA . A NA 1002 1_555 I O HOH . B HOH 2005 3_455 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc15 C NA NA . A NA 1002 1_555 I O HOH . B HOH 2007 5_455 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? metalc ? metalc16 D NA NA . A NA 1003 1_555 H O HOH . A HOH 2003 5_445 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc17 D NA NA . A NA 1003 1_555 B O SER 9 B SER 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc18 D NA NA . A NA 1003 1_555 B OXT MET 11 B MET 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc19 H O HOH . A HOH 2001 7_455 F NA NA . B NA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc20 H O HOH . A HOH 2004 6_454 F NA NA . B NA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc21 B SG BB9 2 B BB9 1 1_555 G CU CU . B CU 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? metalc ? metalc22 B N BB9 2 B BB9 1 1_555 G CU CU . B CU 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.992 ? metalc ? metalc23 B O BB9 2 B BB9 1 1_555 F NA NA . B NA 1002 4_444 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? metalc ? metalc24 B O BB9 2 B BB9 1 3_455 F NA NA . B NA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? metalc ? metalc25 B O TYR 6 B TYR 5 1_555 F NA NA . B NA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? metalc ? metalc26 B SG BB9 8 B BB9 7 1_555 G CU CU . B CU 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc27 B N BB9 8 B BB9 7 1_555 G CU CU . B CU 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? metalc ? metalc28 F NA NA . B NA 1002 1_555 I O HOH . B HOH 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.779 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 2XJH _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.033927 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.033927 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.033921 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 NA A 1 1002 1002 NA NA . D 2 NA A 1 1003 1003 NA NA . E 3 CU A 1 1001 1001 CU CU . F 2 NA B 1 1002 1002 NA NA . G 3 CU B 1 1001 1001 CU CU . H 4 HOH A 1 2001 2001 HOH HOH . H 4 HOH A 2 2002 2002 HOH HOH . H 4 HOH A 3 2003 2003 HOH HOH . H 4 HOH A 4 2004 2004 HOH HOH . H 4 HOH A 5 2005 2005 HOH HOH . I 4 HOH B 1 2001 2001 HOH HOH . I 4 HOH B 2 2002 2002 HOH HOH . I 4 HOH B 3 2003 2003 HOH HOH . I 4 HOH B 4 2004 2004 HOH HOH . I 4 HOH B 5 2005 2005 HOH HOH . I 4 HOH B 6 2006 2006 HOH HOH . I 4 HOH B 7 2007 2007 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id F _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x -17.953 _atom_site.Cartn_y 5.077 _atom_site.Cartn_z -3.063 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 10.27 _atom_site.pdbx_formal_charge 1 _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 1002 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 313 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #