data_2YVX
#
_model_server_result.job_id            1qCciBcO_p6q0RINSXEkiw 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-09-03 21:40:29' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          2yvx 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":454}' 
#
_entry.id    2YVX 
#
_exptl.entry_id    2YVX 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              24.305 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MAGNESIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    18 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            2YVX 
_cell.length_a            118.314 
_cell.length_b            134.897 
_cell.length_c            366.252 
_cell.Z_PDB               32 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 2YVX 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        20 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 2 2 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA,PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA,PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M 1 1 
C,D,N,O,P,Q,R,S,T,U,V 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
? 2 L N N 
? 2 M N N 
? 2 N N N 
? 2 O N N 
? 2 P N N 
? 2 Q N N 
? 2 R N N 
? 2 S N N 
? 2 T N N 
? 2 U N N 
? 2 V N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 114 A ASP 91 1_555 F MG MG . A MG 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.812 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 114 A ASP 91 1_555 F MG MG . A MG 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.974 ? 
metalc ? metalc3 A OE1 GLU 189 A GLU 166 1_555 F MG MG . A MG 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.768 ? 
metalc ? metalc4 A O ALA 246 A ALA 223 1_555 G MG MG . A MG 453 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.853 ? 
metalc ? metalc5 A OD1 ASP 249 A ASP 226 1_555 G MG MG . A MG 453 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? 
metalc ? metalc6 A OD1 ASP 270 A ASP 247 1_555 F MG MG . A MG 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.862 ? 
metalc ? metalc7 A OD2 ASP 270 A ASP 247 1_555 F MG MG . A MG 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.778 ? 
metalc ? metalc8 A OE1 GLU 278 A GLU 255 1_555 H MG MG . A MG 454 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? 
metalc ? metalc9 A OE2 GLU 278 A GLU 255 1_555 H MG MG . A MG 454 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.934 ? 
metalc ? metalc10 A OD1 ASP 282 A ASP 259 1_555 E MG MG . A MG 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? 
metalc ? metalc11 A OD2 ASP 282 A ASP 259 1_555 E MG MG . A MG 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? 
metalc ? metalc12 A OD2 ASP 441 A ASP 418 1_555 E MG MG . A MG 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? 
metalc ? metalc13 B OD2 ASP 114 B ASP 91 1_555 K MG MG . B MG 453 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.193 ? 
metalc ? metalc14 B OD1 ASP 114 B ASP 91 1_555 K MG MG . B MG 453 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.005 ? 
metalc ? metalc15 B OE2 GLU 189 B GLU 166 1_555 K MG MG . B MG 453 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.951 ? 
metalc ? metalc16 B OD1 ASP 237 B ASP 214 1_555 M MG MG . B MG 455 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.813 ? 
metalc ? metalc17 B OE1 GLU 239 B GLU 216 1_555 J MG MG . B MG 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.93 ? 
metalc ? metalc18 B O ALA 246 B ALA 223 1_555 L MG MG . B MG 454 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.769 ? 
metalc ? metalc19 B OD1 ASP 249 B ASP 226 1_555 L MG MG . B MG 454 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.083 ? 
metalc ? metalc20 B OD1 ASP 270 B ASP 247 1_555 K MG MG . B MG 453 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.951 ? 
metalc ? metalc21 B OD1 ASP 282 B ASP 259 1_555 J MG MG . B MG 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.019 ? 
metalc ? metalc22 B OD2 ASP 282 B ASP 259 1_555 J MG MG . B MG 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc23 C OD2 ASP 115 C ASP 92 1_555 P MG MG . C MG 453 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? 
metalc ? metalc24 C OD2 ASP 237 C ASP 214 1_555 R MG MG . C MG 455 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.78 ? 
metalc ? metalc25 C OE2 GLU 239 C GLU 216 1_555 O MG MG . C MG 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.599 ? 
metalc ? metalc26 C O ALA 246 C ALA 223 1_555 Q MG MG . C MG 454 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.11 ? 
metalc ? metalc27 C OD1 ASP 249 C ASP 226 1_555 Q MG MG . C MG 454 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.83 ? 
metalc ? metalc28 C OD2 ASP 273 C ASP 250 1_555 U MG MG . D MG 453 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
metalc ? metalc29 C OE2 GLU 278 C GLU 255 1_555 R MG MG . C MG 455 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.193 ? 
metalc ? metalc30 C OD2 ASP 282 C ASP 259 1_555 O MG MG . C MG 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
metalc ? metalc31 C OD1 ASP 282 C ASP 259 1_555 O MG MG . C MG 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.981 ? 
metalc ? metalc32 Q MG MG . C MG 454 1_555 D O ASP 269 D ASP 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.854 ? 
metalc ? metalc33 Q MG MG . C MG 454 1_555 D OD1 ASP 273 D ASP 250 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.816 ? 
metalc ? metalc34 D OE1 GLU 189 D GLU 166 1_555 T MG MG . D MG 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? 
metalc ? metalc35 D O ALA 246 D ALA 223 1_555 U MG MG . D MG 453 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? 
metalc ? metalc36 D OG1 THR 267 D THR 244 1_555 T MG MG . D MG 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.781 ? 
metalc ? metalc37 D OD2 ASP 282 D ASP 259 1_555 S MG MG . D MG 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.642 ? 
metalc ? metalc38 D OD1 ASP 282 D ASP 259 1_555 S MG MG . D MG 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.086 ? 
metalc ? metalc39 D OD2 ASP 441 D ASP 418 1_555 S MG MG . D MG 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc40 D OD1 ASP 441 D ASP 418 1_555 S MG MG . D MG 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.106 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mg 2' 
_chem_comp.formula_weight    24.305 
_chem_comp.id                MG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MAGNESIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     2YVX 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008452 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007413 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00273 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
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loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 MG A 1 451 3 MG MG2 . 
F 2 MG A 1 452 7 MG MG2 . 
G 2 MG A 1 453 8 MG MG2 . 
H 2 MG A 1 454 15 MG MG2 . 
I 2 MG B 1 451 1 MG MG2 . 
J 2 MG B 1 452 4 MG MG2 . 
K 2 MG B 1 453 9 MG MG2 . 
L 2 MG B 1 454 10 MG MG2 . 
M 2 MG B 1 455 16 MG MG2 . 
N 2 MG C 1 451 2 MG MG2 . 
O 2 MG C 1 452 5 MG MG2 . 
P 2 MG C 1 453 11 MG MG2 . 
Q 2 MG C 1 454 14 MG MG2 . 
R 2 MG C 1 455 17 MG MG2 . 
S 2 MG D 1 451 6 MG MG2 . 
T 2 MG D 1 452 12 MG MG2 . 
U 2 MG D 1 453 13 MG MG2 . 
V 2 MG D 1 454 18 MG MG2 . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MG 
_atom_site.label_atom_id         MG 
_atom_site.label_comp_id         MG 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         H 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               96.139 
_atom_site.Cartn_y               28.63 
_atom_site.Cartn_z               199.146 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        68.62 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MG 
_atom_site.auth_comp_id          MG 
_atom_site.auth_seq_id           454 
_atom_site.auth_asym_id          A 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              52 
_model_server_stats.parse_time_ms           9 
_model_server_stats.create_model_time_ms    13 
_model_server_stats.query_time_ms           350 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           1 
#