data_3A7Q # _model_server_result.job_id fBqkrZebLOe9BVnZDzchvQ _model_server_result.datetime_utc '2025-03-06 09:16:28' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3a7q # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":4003}' # _entry.id 3A7Q # _exptl.entry_id 3A7Q _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 107.41 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3A7Q _cell.length_a 56.98 _cell.length_b 93.844 _cell.length_c 73.456 _cell.Z_PDB 2 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3A7Q _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? dimeric 2 author_defined_assembly 1 PISA monomeric 1 software_defined_assembly 2 PISA monomeric 1 software_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N 1 1 A,C,D,E,F,G,H,I,J,K,M 2 1 B,L,N 3 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 G N N ? 5 H N N ? 5 I N N ? 5 J N N ? 5 L N N # _pdbx_entity_branch.entity_id 3 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.details ? _pdbx_entity_branch_link.entity_id 3 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 2 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 NAG _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 . _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O4 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO4 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 . _pdbx_entity_branch_link.value_order sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 3 n C NAG 1 C 1 NAG A 3002 NAG 3 n C NAG 2 C 2 NAG A 3003 NAG # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 38 A CYS 1983 1_555 A SG CYS 85 A CYS 2030 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 188 A CYS 2133 1_555 A SG CYS 198 A CYS 2143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 192 A CYS 2137 1_555 A SG CYS 204 A CYS 2149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 206 A CYS 2151 1_555 A SG CYS 215 A CYS 2160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 250 A CYS 2195 1_555 A SG CYS 290 A CYS 2235 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 403 A CYS 2348 1_555 A SG CYS 442 A CYS 2387 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? disulf ? disulf7 A SG CYS 403 A CYS 2348 1_555 A SG CYS 442 A CYS 2387 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? disulf ? disulf8 A SG CYS 448 A CYS 2393 1_555 A SG CYS 614 A CYS 2559 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? disulf ? disulf9 A SG CYS 470 A CYS 2415 1_555 A SG CYS 477 A CYS 2422 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf10 A SG CYS 537 A CYS 2482 1_555 A SG CYS 547 A CYS 2492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf11 A SG CYS 541 A CYS 2486 1_555 A SG CYS 552 A CYS 2497 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? disulf ? disulf12 A SG CYS 554 A CYS 2499 1_555 A SG CYS 563 A CYS 2508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? disulf ? disulf13 A SG CYS 599 A CYS 2544 1_555 A SG CYS 639 A CYS 2584 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf14 B SG CYS 8 B CYS 47 1_555 B SG CYS 20 B CYS 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? disulf ? disulf15 B SG CYS 15 B CYS 54 1_555 B SG CYS 33 B CYS 72 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf16 B SG CYS 27 B CYS 66 1_555 B SG CYS 42 B CYS 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 200 A ASN 2145 1_555 D C1 NAG . A NAG 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 324 A ASN 2269 1_555 C C1 NAG . C NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? covale ? covale3 A ND2 ASN 372 A ASN 2317 1_555 E C1 NAG . A NAG 3004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? covale ? covale4 A ND2 ASN 624 A ASN 2569 1_555 F C1 NAG . A NAG 3005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale5 C O4 NAG . C NAG 1 1_555 C C1 NAG . C NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? metalc ? metalc1 A O THR 16 A THR 1961 1_555 G CA CA . A CA 4001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 18 A ASP 1963 1_555 G CA CA . A CA 4001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? metalc ? metalc3 A O SER 50 A SER 1995 1_555 G CA CA . A CA 4001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 180 A ASP 2125 1_555 G CA CA . A CA 4001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 180 A ASP 2125 1_555 G CA CA . A CA 4001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.607 ? metalc ? metalc6 A O ASP 228 A ASP 2173 1_555 H CA CA . A CA 4002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.588 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 230 A GLU 2175 1_555 H CA CA . A CA 4002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? metalc ? metalc8 A O ASN 257 A ASN 2202 1_555 H CA CA . A CA 4002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 365 A ASP 2310 1_555 H CA CA . A CA 4002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc10 A OD2 ASP 365 A ASP 2310 1_555 H CA CA . A CA 4002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc11 A O ASP 382 A ASP 2327 1_555 I CA CA . A CA 4003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc12 A O THR 406 A THR 2351 1_555 I CA CA . A CA 4003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc13 A O ASP 408 A ASP 2353 1_555 I CA CA . A CA 4003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc14 A OE2 GLU 454 A GLU 2399 1_555 K ZN ZN . A ZN 4005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? metalc ? metalc15 A ND1 HIS 515 A HIS 2460 1_555 K ZN ZN . A ZN 4005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASP 529 A ASP 2474 1_555 I CA CA . A CA 4003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? metalc ? metalc17 A OD2 ASP 529 A ASP 2474 1_555 I CA CA . A CA 4003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc ? metalc18 A O ASN 577 A ASN 2522 1_555 J CA CA . A CA 4004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc19 A OD1 ASN 579 A ASN 2524 1_555 J CA CA . A CA 4004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.981 ? metalc ? metalc20 A O SER 604 A SER 2549 1_555 J CA CA . A CA 4004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc21 A O LEU 606 A LEU 2551 1_555 J CA CA . A CA 4004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? metalc ? metalc22 A OD1 ASP 712 A ASP 2657 1_555 J CA CA . A CA 4004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc23 A OD2 ASP 712 A ASP 2657 1_555 J CA CA . A CA 4004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc24 H CA CA . A CA 4002 1_555 M O HOH . A HOH 6001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? metalc ? metalc25 I CA CA . A CA 4003 1_555 M O HOH . A HOH 6002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc26 J CA CA . A CA 4004 1_555 M O HOH . A HOH 6003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc27 B O TRP 25 B TRP 64 1_555 L CA CA . B CA 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? metalc ? metalc28 B OD2 ASP 28 B ASP 67 1_555 L CA CA . B CA 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc29 B O ASP 30 B ASP 69 1_555 L CA CA . B CA 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc30 B OD2 ASP 32 B ASP 71 1_555 L CA CA . B CA 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc31 B OD2 ASP 38 B ASP 77 1_555 L CA CA . B CA 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc32 B OE2 GLU 39 B GLU 78 1_555 L CA CA . B CA 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3A7Q _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.01755 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.005503 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.010656 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.014267 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 NAG A 1 3001 3001 NAG NAG . E 4 NAG A 1 3004 3004 NAG NAG . F 4 NAG A 1 3005 3005 NAG NAG . G 5 CA A 1 4001 4001 CA CA . H 5 CA A 1 4002 4002 CA CA . I 5 CA A 1 4003 4003 CA CA . J 5 CA A 1 4004 4004 CA CA . K 6 ZN A 1 4005 4005 ZN ZN . L 5 CA B 1 5001 5001 CA CA . M 7 HOH A 1 6001 6001 HOH HOH . M 7 HOH A 2 6002 6002 HOH HOH . M 7 HOH A 3 6003 6003 HOH HOH . M 7 HOH A 4 6004 6004 HOH HOH . M 7 HOH A 5 6005 6005 HOH HOH . M 7 HOH A 6 6006 6006 HOH HOH . M 7 HOH A 7 6007 6007 HOH HOH . M 7 HOH A 8 6008 6008 HOH HOH . M 7 HOH A 9 6010 6010 HOH HOH . M 7 HOH A 10 6011 6011 HOH HOH . M 7 HOH A 11 6012 6012 HOH HOH . M 7 HOH A 12 6013 6013 HOH HOH . M 7 HOH A 13 6014 6014 HOH HOH . M 7 HOH A 14 6015 6015 HOH HOH . M 7 HOH A 15 6016 6016 HOH HOH . M 7 HOH A 16 6017 6017 HOH HOH . M 7 HOH A 17 6018 6018 HOH HOH . M 7 HOH A 18 6019 6019 HOH HOH . N 7 HOH B 1 7001 7001 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id I _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 15.106 _atom_site.Cartn_y 4.06 _atom_site.Cartn_z 50.628 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 55.36 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 4003 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 0 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 246 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #