data_3B4V
#
_model_server_result.job_id            77h4cTp4RhwRaYn6VqGL-Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-25 20:35:48' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3b4v 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":240}' 
#
_entry.id    3B4V 
#
_exptl.entry_id    3B4V 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              62.068 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1,2-ETHANEDIOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         98.55 
_cell.angle_beta          90.64 
_cell.angle_gamma         90.11 
_cell.entry_id            3B4V 
_cell.length_a            63.613 
_cell.length_b            71.384 
_cell.length_c            100.203 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3B4V 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,I,J,K,L,O,P,Q,R 1 1 
E,F,G,H,M,N,S,T,U,V 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 I N N 
? 3 L N N 
? 3 N N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 4 A CYS 4 1_555 A SG CYS 12 A CYS 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 11 A CYS 11 1_555 A SG CYS 81 A CYS 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? 
disulf ? disulf3 A SG CYS 40 A CYS 40 1_555 A SG CYS 113 A CYS 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? 
disulf ? disulf4 A SG CYS 44 A CYS 44 1_555 A SG CYS 115 A CYS 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf5 A SG CYS 80 A CYS 80 1_555 B SG CYS 80 B CYS 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? 
disulf ? disulf6 B SG CYS 4 B CYS 4 1_555 B SG CYS 12 B CYS 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf7 B SG CYS 11 B CYS 11 1_555 B SG CYS 81 B CYS 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf8 B SG CYS 40 B CYS 40 1_555 B SG CYS 113 B CYS 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? 
disulf ? disulf9 B SG CYS 44 B CYS 44 1_555 B SG CYS 115 B CYS 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
disulf ? disulf10 C SG CYS 12 C CYS 12 1_555 C SG CYS 35 C CYS 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
disulf ? disulf11 C SG CYS 22 C CYS 22 1_555 C SG CYS 66 C CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf12 C SG CYS 36 C CYS 36 1_555 C SG CYS 69 C CYS 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf13 C SG CYS 73 C CYS 73 1_555 C SG CYS 84 C CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
disulf ? disulf14 C SG CYS 78 C CYS 78 1_555 C SG CYS 93 C CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
disulf ? disulf15 C SG CYS 95 C CYS 95 1_555 C SG CYS 127 C CYS 127 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf16 C SG CYS 99 C CYS 99 1_555 C SG CYS 120 C CYS 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf17 C SG CYS 109 C CYS 109 1_555 C SG CYS 141 C CYS 141 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf18 C SG CYS 145 C CYS 145 1_555 C SG CYS 156 C CYS 156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf19 C SG CYS 150 C CYS 150 1_555 C SG CYS 166 C CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf20 C SG CYS 169 C CYS 169 1_555 C SG CYS 203 C CYS 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? 
disulf ? disulf21 C SG CYS 174 C CYS 174 1_555 C SG CYS 196 C CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? 
disulf ? disulf22 C SG CYS 185 C CYS 185 1_555 C SG CYS 217 C CYS 217 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
disulf ? disulf23 D SG CYS 12 D CYS 12 1_555 D SG CYS 35 D CYS 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
disulf ? disulf24 D SG CYS 22 D CYS 22 1_555 D SG CYS 66 D CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? 
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disulf ? disulf28 D SG CYS 95 D CYS 95 1_555 D SG CYS 127 D CYS 127 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? 
disulf ? disulf29 D SG CYS 99 D CYS 99 1_555 D SG CYS 120 D CYS 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf30 D SG CYS 109 D CYS 109 1_555 D SG CYS 141 D CYS 141 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
disulf ? disulf31 D SG CYS 145 D CYS 145 1_555 D SG CYS 156 D CYS 156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf32 D SG CYS 150 D CYS 150 1_555 D SG CYS 166 D CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
disulf ? disulf33 D SG CYS 169 D CYS 169 1_555 D SG CYS 203 D CYS 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
disulf ? disulf34 D SG CYS 174 D CYS 174 1_555 D SG CYS 196 D CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.09 ? 
disulf ? disulf35 D SG CYS 185 D CYS 185 1_555 D SG CYS 217 D CYS 217 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
disulf ? disulf36 E SG CYS 4 E CYS 4 1_555 E SG CYS 12 E CYS 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf37 E SG CYS 11 E CYS 11 1_555 E SG CYS 81 E CYS 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? 
disulf ? disulf38 E SG CYS 40 E CYS 40 1_555 E SG CYS 113 E CYS 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf39 E SG CYS 44 E CYS 44 1_555 E SG CYS 115 E CYS 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
disulf ? disulf40 E SG CYS 80 E CYS 80 1_555 F SG CYS 80 F CYS 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
disulf ? disulf41 F SG CYS 4 F CYS 4 1_555 F SG CYS 12 F CYS 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
disulf ? disulf42 F SG CYS 11 F CYS 11 1_555 F SG CYS 81 F CYS 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf43 F SG CYS 40 F CYS 40 1_555 F SG CYS 113 F CYS 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? 
disulf ? disulf44 F SG CYS 44 F CYS 44 1_555 F SG CYS 115 F CYS 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf45 G SG CYS 12 G CYS 12 1_555 G SG CYS 35 G CYS 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf46 G SG CYS 22 G CYS 22 1_555 G SG CYS 66 G CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf47 G SG CYS 36 G CYS 36 1_555 G SG CYS 69 G CYS 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
disulf ? disulf48 G SG CYS 73 G CYS 73 1_555 G SG CYS 84 G CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
disulf ? disulf49 G SG CYS 78 G CYS 78 1_555 G SG CYS 93 G CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf50 G SG CYS 95 G CYS 95 1_555 G SG CYS 127 G CYS 127 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf51 G SG CYS 99 G CYS 99 1_555 G SG CYS 120 G CYS 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
disulf ? disulf52 G SG CYS 109 G CYS 109 1_555 G SG CYS 141 G CYS 141 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf53 G SG CYS 145 G CYS 145 1_555 G SG CYS 156 G CYS 156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? 
disulf ? disulf54 G SG CYS 150 G CYS 150 1_555 G SG CYS 166 G CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf55 G SG CYS 169 G CYS 169 1_555 G SG CYS 203 G CYS 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? 
disulf ? disulf56 G SG CYS 174 G CYS 174 1_555 G SG CYS 196 G CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? 
disulf ? disulf57 G SG CYS 185 G CYS 185 1_555 G SG CYS 217 G CYS 217 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf58 H SG CYS 12 H CYS 12 1_555 H SG CYS 35 H CYS 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf59 H SG CYS 22 H CYS 22 1_555 H SG CYS 66 H CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? 
disulf ? disulf60 H SG CYS 36 H CYS 36 1_555 H SG CYS 69 H CYS 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? 
disulf ? disulf61 H SG CYS 73 H CYS 73 1_555 H SG CYS 84 H CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
disulf ? disulf62 H SG CYS 78 H CYS 78 1_555 H SG CYS 93 H CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf63 H SG CYS 95 H CYS 95 1_555 H SG CYS 127 H CYS 127 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
disulf ? disulf64 H SG CYS 99 H CYS 99 1_555 H SG CYS 120 H CYS 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? 
disulf ? disulf65 H SG CYS 109 H CYS 109 1_555 H SG CYS 141 H CYS 141 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
disulf ? disulf66 H SG CYS 145 H CYS 145 1_555 H SG CYS 156 H CYS 156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
disulf ? disulf67 H SG CYS 150 H CYS 150 1_555 H SG CYS 166 H CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? 
disulf ? disulf68 H SG CYS 169 H CYS 169 1_555 H SG CYS 203 H CYS 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf69 H SG CYS 174 H CYS 174 1_555 H SG CYS 196 H CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
disulf ? disulf70 H SG CYS 185 H CYS 185 1_555 H SG CYS 217 H CYS 217 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? 
covale ? covale1 C ND2 ASN 189 C ASN 189 1_555 K C1 NAG . C NAG 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.464 ? 
covale ? covale2 G ND2 ASN 189 G ASN 189 1_555 M C1 NAG . G NAG 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? 
#
_chem_comp.formula           'C2 H6 O2' 
_chem_comp.formula_weight    62.068 
_chem_comp.id                EDO 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1,2-ETHANEDIOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'ETHYLENE GLYCOL' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 EDO sing 83 n n 
C1 C2 EDO sing 84 n n 
C1 H11 EDO sing 85 n n 
C1 H12 EDO sing 86 n n 
O1 HO1 EDO sing 87 n n 
C2 O2 EDO sing 88 n n 
C2 H21 EDO sing 89 n n 
C2 H22 EDO sing 90 n n 
O2 HO2 EDO sing 91 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3B4V 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.01572 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.00003 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000182 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.014009 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0.002107 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.010093 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
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