data_3B58 # _model_server_result.job_id ygNaTu5TxO-UrL38CkIKbw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-30 19:20:01' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3b58 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":1}' # _entry.id 3B58 # _exptl.entry_id 3B58 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 161.116 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'COBALT HEXAMMINE(III)' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 3B58 _cell.length_a 93.37 _cell.length_b 93.37 _cell.length_c 132.27 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3B58 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 178 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 61 2 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 E N N ? 5 F N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A O2' A 5 A A 5 1_555 A P G 6 A G 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.575 ? covale ? covale2 B O3' G 12 B G 13 1_555 B P S9L 13 B S9L 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.608 ? covale ? covale3 B O3' S9L 13 B S9L 14 1_555 B P G 14 B G 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.605 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N3 C 2 A C 2 1_555 B N1 G 12 B G 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N4 C 2 A C 2 1_555 B O6 G 12 B G 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O2 C 2 A C 2 1_555 B N2 G 12 B G 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N3 C 3 A C 3 1_555 B N1 G 11 B G 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N4 C 3 A C 3 1_555 B O6 G 11 B G 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A O2 C 3 A C 3 1_555 B N2 G 11 B G 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N3 C 4 A C 4 1_555 B N1 G 10 B G 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N4 C 4 A C 4 1_555 B O6 G 10 B G 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A O2 C 4 A C 4 1_555 B N2 G 10 B G 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog10 A N3 A 5 A A 5 1_555 B N6 A 8 B A 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog11 A N3 A 5 A A 5 1_555 B N6 A 9 B A 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N1 G 6 A G 6 1_555 B N3 C 24 B C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N2 G 6 A G 6 1_555 B O2 C 24 B C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A O6 G 6 A G 6 1_555 B N4 C 24 B C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-G MISPAIR' hydrog15 A O4 U 7 A U 7 1_555 B N2 G 7 B G 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-A MISPAIR' hydrog16 A N4 C 8 A C 8 1_555 B N1 A 6 B A 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N3 C 9 A C 9 1_555 B N1 G 5 B G 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A N4 C 9 A C 9 1_555 B O6 G 5 B G 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A O2 C 9 A C 9 1_555 B N2 G 5 B G 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N1 A 10 A A 10 1_555 B N3 U 4 B U 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N6 A 10 A A 10 1_555 B O4 U 4 B U 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A N3 C 11 A C 11 1_555 B N1 G 3 B G 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N4 C 11 A C 11 1_555 B O6 G 3 B G 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A O2 C 11 A C 11 1_555 B N2 G 3 B G 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N3 C 12 A C 12 1_555 B N1 G 2 B G 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A N4 C 12 A C 12 1_555 B O6 G 2 B G 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A O2 C 12 A C 12 1_555 B N2 G 2 B G 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A N1 G 13 A G 13 1_555 B N3 C 1 B C 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A N2 G 13 A G 13 1_555 B O2 C 1 B C 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A O6 G 13 A G 13 1_555 B N4 C 1 B C 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 B N1 G 14 B G 15 1_555 C N3 C 19 C C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 B N2 G 14 B G 15 1_555 C O2 C 19 C C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 B O6 G 14 B G 15 1_555 C N4 C 19 C C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 B N1 G 15 B G 16 1_555 C N3 C 18 C C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 B N2 G 15 B G 16 1_555 C O2 C 18 C C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 B O6 G 15 B G 16 1_555 C N4 C 18 C C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 B N3 C 16 B C 17 1_555 C N1 G 17 C G 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 B N4 C 16 B C 17 1_555 C O6 G 17 C G 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 B O2 C 16 B C 17 1_555 C N2 G 17 C G 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 B N1 A 17 B A 18 1_555 C N3 U 16 C U 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 B N6 A 17 B A 18 1_555 C O4 U 16 C U 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 B N1 G 18 B G 19 1_555 C N3 C 15 C C 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 B N2 G 18 B G 19 1_555 C O2 C 15 C C 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 B O6 G 18 B G 19 1_555 C N4 C 15 C C 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-C MISPAIR' hydrog45 B N1 A 19 B A 20 1_555 C N4 C 14 C C 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog46 B N2 G 20 B G 21 1_555 C N7 A 13 C A 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog47 B N3 G 20 B G 21 1_555 C N6 A 13 C A 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog48 B N6 A 21 B A 22 1_555 C O2 U 11 C U 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog49 B N7 A 21 B A 22 1_555 C N3 U 11 C U 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog50 B N6 A 22 B A 23 1_555 C N1 A 10 C A 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-G MISPAIR' hydrog51 B N6 A 23 B A 24 1_555 C O6 G 8 C G 38 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog52 B N1 A 25 B A 26 1_555 C N1 G 6 C G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog53 B N6 A 25 B A 26 1_555 C O6 G 6 C G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 B N3 C 26 B C 27 1_555 C N1 G 5 C G 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog55 B N4 C 26 B C 27 1_555 C O6 G 5 C G 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog56 B O2 C 26 B C 27 1_555 C N2 G 5 C G 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog57 B N1 A 27 B A 28 1_555 C N3 U 4 C U 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog58 B N6 A 27 B A 28 1_555 C O4 U 4 C U 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog59 B N3 C 28 B C 29 1_555 C N1 G 3 C G 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog60 B N4 C 28 B C 29 1_555 C O6 G 3 C G 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog61 B O2 C 28 B C 29 1_555 C N2 G 3 C G 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog62 B N1 G 29 B G 30 1_555 C N3 C 2 C C 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog63 B N2 G 29 B G 30 1_555 C O2 C 2 C C 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog64 B O6 G 29 B G 30 1_555 C N4 C 2 C C 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog65 B N1 A 30 B A 31 1_555 C N3 U 1 C U 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog66 B N6 A 30 B A 31 1_555 C O4 U 1 C U 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Co H18 N6 3' _chem_comp.formula_weight 161.116 _chem_comp.id NCO _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'COBALT HEXAMMINE(III)' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag CO N1 NCO sing 118 n n CO N2 NCO sing 119 n n CO N3 NCO sing 120 n n CO N4 NCO sing 121 n n CO N5 NCO sing 122 n n CO N6 NCO sing 123 n n N1 HN11 NCO sing 124 n n N1 HN12 NCO sing 125 n n N1 HN13 NCO sing 126 n n N2 HN21 NCO sing 127 n n N2 HN22 NCO sing 128 n n N2 HN23 NCO sing 129 n n N3 HN31 NCO sing 130 n n N3 HN32 NCO sing 131 n n N3 HN33 NCO sing 132 n n N4 HN41 NCO sing 133 n n N4 HN42 NCO sing 134 n n N4 HN43 NCO sing 135 n n N5 HN51 NCO sing 136 n n N5 HN52 NCO sing 137 n n N5 HN53 NCO sing 138 n n N6 HN61 NCO sing 139 n n N6 HN62 NCO sing 140 n n N6 HN63 NCO sing 141 n n # _atom_sites.entry_id 3B58 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.01071 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.006183 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012367 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00756 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 SO4 A 1 14 1 SO4 SO4 . E 5 NCO B 1 32 2 NCO NCO . F 5 NCO C 1 1 1 NCO NCO . G 6 HOH A 1 15 8 HOH HOH . G 6 HOH A 2 16 9 HOH HOH . G 6 HOH A 3 17 10 HOH HOH . H 6 HOH B 1 33 1 HOH HOH . H 6 HOH B 2 34 4 HOH HOH . H 6 HOH B 3 35 6 HOH HOH . H 6 HOH B 4 36 11 HOH HOH . I 6 HOH C 1 50 2 HOH HOH . I 6 HOH C 2 51 3 HOH HOH . I 6 HOH C 3 52 5 HOH HOH . I 6 HOH C 4 53 7 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 CO CO NCO . . . F 5 19.059 18.775 47.092 1 121.82 ? CO NCO 1 C 1 HETATM 2 N N1 NCO . . . F 5 17.324 19.656 47.669 1 120.04 ? N1 NCO 1 C 1 HETATM 3 N N2 NCO . . . F 5 18.534 19.242 45.203 1 118.88 ? N2 NCO 1 C 1 HETATM 4 N N3 NCO . . . F 5 20.147 20.404 47.39 1 120.38 ? N3 NCO 1 C 1 HETATM 5 N N4 NCO . . . F 5 18.136 17.076 46.782 1 119.35 ? N4 NCO 1 C 1 HETATM 6 N N5 NCO . . . F 5 20.688 17.869 46.488 1 119.93 ? N5 NCO 1 C 1 HETATM 7 N N6 NCO . . . F 5 19.465 18.28 49.015 1 118.82 ? N6 NCO 1 C 1 # _model_server_stats.io_time_ms 24 _model_server_stats.parse_time_ms 29 _model_server_stats.create_model_time_ms 8 _model_server_stats.query_time_ms 708 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 7 #