data_3B5F # _model_server_result.job_id E1A5QAzX9piZdHahMux9EQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-30 20:11:25' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3b5f # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":101}' # _entry.id 3B5F # _exptl.entry_id 3B5F _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 161.116 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'COBALT HEXAMMINE(III)' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 3B5F _cell.length_a 93.49 _cell.length_b 93.49 _cell.length_c 133.82 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3B5F _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 178 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 61 2 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 D N N ? 4 E N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A O2' A 5 A A 5 1_555 A P G 6 A G 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.605 ? covale ? covale2 B O3' G 12 B G 13 1_555 B P S9L 13 B S9L 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.611 ? covale ? covale3 B O3' S9L 13 B S9L 14 1_555 B P G 14 B G 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.604 ? covale ? covale4 C O3' U 7 C U 37 1_555 C P N6G 8 C N6G 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.595 ? covale ? covale5 C O3' N6G 8 C N6G 38 1_555 C P C 9 C C 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.619 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N3 C 2 A C 2 1_555 B N1 G 12 B G 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N4 C 2 A C 2 1_555 B O6 G 12 B G 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O2 C 2 A C 2 1_555 B N2 G 12 B G 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N3 C 3 A C 3 1_555 B N1 G 11 B G 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N4 C 3 A C 3 1_555 B O6 G 11 B G 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A O2 C 3 A C 3 1_555 B N2 G 11 B G 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N3 C 4 A C 4 1_555 B N1 G 10 B G 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N4 C 4 A C 4 1_555 B O6 G 10 B G 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A O2 C 4 A C 4 1_555 B N2 G 10 B G 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog10 A N3 A 5 A A 5 1_555 B N6 A 8 B A 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog11 A N3 A 5 A A 5 1_555 B N6 A 9 B A 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N1 G 6 A G 6 1_555 B N3 C 24 B C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N2 G 6 A G 6 1_555 B O2 C 24 B C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A O6 G 6 A G 6 1_555 B N4 C 24 B C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-G MISPAIR' hydrog15 A O4 U 7 A U 7 1_555 B N2 G 7 B G 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-A MISPAIR' hydrog16 A N4 C 8 A C 8 1_555 B N1 A 6 B A 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N3 C 9 A C 9 1_555 B N1 G 5 B G 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A N4 C 9 A C 9 1_555 B O6 G 5 B G 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A O2 C 9 A C 9 1_555 B N2 G 5 B G 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N1 A 10 A A 10 1_555 B N3 U 4 B U 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N6 A 10 A A 10 1_555 B O4 U 4 B U 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A N3 C 11 A C 11 1_555 B N1 G 3 B G 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N4 C 11 A C 11 1_555 B O6 G 3 B G 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A O2 C 11 A C 11 1_555 B N2 G 3 B G 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N3 C 12 A C 12 1_555 B N1 G 2 B G 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A N4 C 12 A C 12 1_555 B O6 G 2 B G 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A O2 C 12 A C 12 1_555 B N2 G 2 B G 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-C PAIR' hydrog28 A N2 G 13 A G 13 1_555 B O2 C 1 B C 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 B N1 G 14 B G 15 1_555 C N3 C 19 C C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 B N2 G 14 B G 15 1_555 C O2 C 19 C C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 B O6 G 14 B G 15 1_555 C N4 C 19 C C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 B N1 G 15 B G 16 1_555 C N3 C 18 C C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 B N2 G 15 B G 16 1_555 C O2 C 18 C C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 B O6 G 15 B G 16 1_555 C N4 C 18 C C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 B N3 C 16 B C 17 1_555 C N1 G 17 C G 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 B N4 C 16 B C 17 1_555 C O6 G 17 C G 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 B O2 C 16 B C 17 1_555 C N2 G 17 C G 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 B N1 A 17 B A 18 1_555 C N3 U 16 C U 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 B N6 A 17 B A 18 1_555 C O4 U 16 C U 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 B N1 G 18 B G 19 1_555 C N3 C 15 C C 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 B N2 G 18 B G 19 1_555 C O2 C 15 C C 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 B O6 G 18 B G 19 1_555 C N4 C 15 C C 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-C MISPAIR' hydrog43 B N1 A 19 B A 20 1_555 C N4 C 14 C C 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog44 B N2 G 20 B G 21 1_555 C N7 A 13 C A 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog45 B N3 G 20 B G 21 1_555 C N6 A 13 C A 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog46 B N6 A 21 B A 22 1_555 C O2 U 11 C U 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog47 B N7 A 21 B A 22 1_555 C N3 U 11 C U 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog48 B N6 A 22 B A 23 1_555 C N1 A 10 C A 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog49 B N1 A 25 B A 26 1_555 C N1 G 6 C G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog50 B N6 A 25 B A 26 1_555 C O6 G 6 C G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 B N3 C 26 B C 27 1_555 C N1 G 5 C G 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 B N4 C 26 B C 27 1_555 C O6 G 5 C G 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 B O2 C 26 B C 27 1_555 C N2 G 5 C G 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 B N1 A 27 B A 28 1_555 C N3 U 4 C U 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog55 B N6 A 27 B A 28 1_555 C O4 U 4 C U 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog56 B N3 C 28 B C 29 1_555 C N1 G 3 C G 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog57 B N4 C 28 B C 29 1_555 C O6 G 3 C G 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog58 B O2 C 28 B C 29 1_555 C N2 G 3 C G 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog59 B N1 G 29 B G 30 1_555 C N3 C 2 C C 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog60 B N2 G 29 B G 30 1_555 C O2 C 2 C C 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog61 B O6 G 29 B G 30 1_555 C N4 C 2 C C 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog62 B N1 A 30 B A 31 1_555 C N3 U 1 C U 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog63 B N6 A 30 B A 31 1_555 C O4 U 1 C U 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Co H18 N6 3' _chem_comp.formula_weight 161.116 _chem_comp.id NCO _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'COBALT HEXAMMINE(III)' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag CO N1 NCO sing 159 n n CO N2 NCO sing 160 n n CO N3 NCO sing 161 n n CO N4 NCO sing 162 n n CO N5 NCO sing 163 n n CO N6 NCO sing 164 n n N1 HN11 NCO sing 165 n n N1 HN12 NCO sing 166 n n N1 HN13 NCO sing 167 n n N2 HN21 NCO sing 168 n n N2 HN22 NCO sing 169 n n N2 HN23 NCO sing 170 n n N3 HN31 NCO sing 171 n n N3 HN32 NCO sing 172 n n N3 HN33 NCO sing 173 n n N4 HN41 NCO sing 174 n n N4 HN42 NCO sing 175 n n N4 HN43 NCO sing 176 n n N5 HN51 NCO sing 177 n n N5 HN52 NCO sing 178 n n N5 HN53 NCO sing 179 n n N6 HN61 NCO sing 180 n n N6 HN62 NCO sing 181 n n N6 HN63 NCO sing 182 n n # _atom_sites.entry_id 3B5F _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010696 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.006176 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012351 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007473 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 NCO B 1 101 101 NCO NCO . E 4 NCO B 1 102 102 NCO NCO . F 5 HOH A 1 14 2 HOH HOH . G 5 HOH C 1 50 3 HOH HOH . G 5 HOH C 2 51 4 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 CO CO NCO . . . D 4 19.113 18.858 48.725 1 91.22 ? CO NCO 101 B 1 HETATM 2 N N1 NCO . . . D 4 18.669 17.086 49.602 1 90.06 ? N1 NCO 101 B 1 HETATM 3 N N2 NCO . . . D 4 18.265 18.144 47.057 1 89.42 ? N2 NCO 101 B 1 HETATM 4 N N3 NCO . . . D 4 17.508 19.771 49.453 1 89.59 ? N3 NCO 101 B 1 HETATM 5 N N4 NCO . . . D 4 20.765 18.132 47.955 1 90.45 ? N4 NCO 101 B 1 HETATM 6 N N5 NCO . . . D 4 19.568 20.536 47.843 1 90.77 ? N5 NCO 101 B 1 HETATM 7 N N6 NCO . . . D 4 20.023 19.462 50.422 1 90.58 ? N6 NCO 101 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 6 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 9 _model_server_stats.query_time_ms 341 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 7 #