data_3BYC # _model_server_result.job_id lI60VJanSgX5xSmBTp3aRQ _model_server_result.datetime_utc '2024-10-13 03:28:53' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3byc # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":901}' # _entry.id 3BYC # loop_ _exptl.entry_id _exptl.method 3BYC 'X-RAY DIFFRACTION' 3BYC 'NEUTRON DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3BYC _cell.length_a 43.441 _cell.length_b 83.291 _cell.length_c 87.509 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3BYC _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 B N N ? 2 C N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE2 GLU 21 A GLU 21 1_555 B CA CA . A CA 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASN 120 A ASN 120 1_555 B CA CA . A CA 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.451 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASN 175 A ASN 175 1_555 B CA CA . A CA 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 229 A ASP 229 1_555 B CA CA . A CA 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 232 A ASP 232 1_555 C CA CA . A CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? metalc ? metalc6 A O LEU 273 A LEU 273 1_555 C CA CA . A CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? metalc ? metalc7 A ND1 HIS 274 A HIS 274 1_555 C CA CA . A CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? metalc ? metalc8 B CA CA . A CA 900 1_555 D O DOD . A DOD 1032 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? metalc ? metalc9 B CA CA . A CA 900 1_555 D O DOD . A DOD 1033 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? metalc ? metalc10 B CA CA . A CA 900 1_555 D O DOD . A DOD 1034 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? metalc ? metalc11 C CA CA . A CA 901 1_555 D O DOD . A DOD 1015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? metalc ? metalc12 C CA CA . A CA 901 1_555 D O DOD . A DOD 1052 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc13 C CA CA . A CA 901 1_555 D O DOD . A DOD 1055 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3BYC _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.02302 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012006 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011427 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 CA A 1 900 900 CA CA . C 2 CA A 1 901 901 CA CA . D 3 DOD A 1 1001 1001 DOD DOD . D 3 DOD A 2 1002 1002 DOD DOD . D 3 DOD A 3 1003 1003 DOD DOD . D 3 DOD A 4 1004 1004 DOD DOD . D 3 DOD A 5 1005 1005 DOD DOD . D 3 DOD A 6 1006 1006 DOD DOD . D 3 DOD A 7 1007 1007 DOD DOD . D 3 DOD A 8 1009 1009 DOD DOD . D 3 DOD A 9 1010 1010 DOD DOD . D 3 DOD A 10 1011 1011 DOD DOD . D 3 DOD A 11 1013 1013 DOD DOD . D 3 DOD A 12 1014 1014 DOD DOD . D 3 DOD A 13 1015 1015 DOD DOD . D 3 DOD A 14 1016 1016 DOD DOD . D 3 DOD A 15 1017 1017 DOD DOD . D 3 DOD A 16 1018 1018 DOD DOD . D 3 DOD A 17 1019 1019 DOD DOD . D 3 DOD A 18 1020 1020 DOD DOD . D 3 DOD A 19 1021 1021 DOD DOD . D 3 DOD A 20 1022 1022 DOD DOD . D 3 DOD A 21 1023 1023 DOD DOD . D 3 DOD A 22 1024 1024 DOD DOD . D 3 DOD A 23 1025 1025 DOD DOD . D 3 DOD A 24 1026 1026 DOD DOD . D 3 DOD A 25 1027 1027 DOD DOD . D 3 DOD A 26 1028 1028 DOD DOD . D 3 DOD A 27 1029 1029 DOD DOD . D 3 DOD A 28 1030 1030 DOD DOD . D 3 DOD A 29 1031 1031 DOD DOD . D 3 DOD A 30 1032 1032 DOD DOD . D 3 DOD A 31 1033 1033 DOD DOD . D 3 DOD A 32 1034 1034 DOD DOD . D 3 DOD A 33 1036 1036 DOD DOD . D 3 DOD A 34 1037 1037 DOD DOD . D 3 DOD A 35 1038 1038 DOD DOD . D 3 DOD A 36 1039 1039 DOD DOD . D 3 DOD A 37 1040 1040 DOD DOD . D 3 DOD A 38 1041 1041 DOD DOD . D 3 DOD A 39 1042 1042 DOD DOD . D 3 DOD A 40 1043 1043 DOD DOD . D 3 DOD A 41 1044 1044 DOD DOD . D 3 DOD A 42 1045 1045 DOD DOD . D 3 DOD A 43 1046 1046 DOD DOD . D 3 DOD A 44 1047 1047 DOD DOD . D 3 DOD A 45 1048 1048 DOD DOD . D 3 DOD A 46 1049 1049 DOD DOD . D 3 DOD A 47 1050 1050 DOD DOD . D 3 DOD A 48 1052 1052 DOD DOD . D 3 DOD A 49 1053 1053 DOD DOD . D 3 DOD A 50 1054 1054 DOD DOD . D 3 DOD A 51 1055 1055 DOD DOD . D 3 DOD A 52 1056 1056 DOD DOD . D 3 DOD A 53 1057 1057 DOD DOD . D 3 DOD A 54 1058 1058 DOD DOD . D 3 DOD A 55 1059 1059 DOD DOD . D 3 DOD A 56 1060 1060 DOD DOD . D 3 DOD A 57 1061 1061 DOD DOD . D 3 DOD A 58 1064 1064 DOD DOD . D 3 DOD A 59 1065 1065 DOD DOD . D 3 DOD A 60 1066 1066 DOD DOD . D 3 DOD A 61 1067 1067 DOD DOD . D 3 DOD A 62 1068 1068 DOD DOD . D 3 DOD A 63 1069 1069 DOD DOD . D 3 DOD A 64 1070 1070 DOD DOD . D 3 DOD A 65 1071 1071 DOD DOD . D 3 DOD A 66 1072 1072 DOD DOD . D 3 DOD A 67 1073 1073 DOD DOD . D 3 DOD A 68 1074 1074 DOD DOD . D 3 DOD A 69 1075 1075 DOD DOD . D 3 DOD A 70 1076 1076 DOD DOD . D 3 DOD A 71 1077 1077 DOD DOD . D 3 DOD A 72 1078 1078 DOD DOD . D 3 DOD A 73 1079 1079 DOD DOD . D 3 DOD A 74 1080 1080 DOD DOD . D 3 DOD A 75 1081 1081 DOD DOD . D 3 DOD A 76 1082 1082 DOD DOD . D 3 DOD A 77 1083 1083 DOD DOD . D 3 DOD A 78 1084 1084 DOD DOD . D 3 DOD A 79 1085 1085 DOD DOD . D 3 DOD A 80 1086 1086 DOD DOD . D 3 DOD A 81 1087 1087 DOD DOD . D 3 DOD A 82 1088 1088 DOD DOD . D 3 DOD A 83 1089 1089 DOD DOD . D 3 DOD A 84 1090 1090 DOD DOD . D 3 DOD A 85 1091 1091 DOD DOD . D 3 DOD A 86 1092 1092 DOD DOD . D 3 DOD A 87 1093 1093 DOD DOD . D 3 DOD A 88 1094 1094 DOD DOD . D 3 DOD A 89 1095 1095 DOD DOD . D 3 DOD A 90 1096 1096 DOD DOD . D 3 DOD A 91 1097 1097 DOD DOD . D 3 DOD A 92 1098 1098 DOD DOD . D 3 DOD A 93 1099 1099 DOD DOD . D 3 DOD A 94 1100 1100 DOD DOD . D 3 DOD A 95 1101 1101 DOD DOD . D 3 DOD A 96 1102 1102 DOD DOD . D 3 DOD A 97 1103 1103 DOD DOD . D 3 DOD A 98 1104 1104 DOD DOD . D 3 DOD A 99 1105 1105 DOD DOD . D 3 DOD A 100 1106 1106 DOD DOD . D 3 DOD A 101 1107 1107 DOD DOD . D 3 DOD A 102 1108 1108 DOD DOD . D 3 DOD A 103 1109 1109 DOD DOD . D 3 DOD A 104 1110 1110 DOD DOD . D 3 DOD A 105 1111 1111 DOD DOD . D 3 DOD A 106 1112 1112 DOD DOD . D 3 DOD A 107 1113 1113 DOD DOD . D 3 DOD A 108 1114 1114 DOD DOD . D 3 DOD A 109 1115 1115 DOD DOD . D 3 DOD A 110 1116 1116 DOD DOD . D 3 DOD A 111 1117 1117 DOD DOD . D 3 DOD A 112 1118 1118 DOD DOD . D 3 DOD A 113 1119 1119 DOD DOD . D 3 DOD A 114 1120 1120 DOD DOD . D 3 DOD A 115 1121 1121 DOD DOD . D 3 DOD A 116 1122 1122 DOD DOD . D 3 DOD A 117 1123 1123 DOD DOD . D 3 DOD A 118 1124 1124 DOD DOD . D 3 DOD A 119 1125 1125 DOD DOD . D 3 DOD A 120 1126 1126 DOD DOD . D 3 DOD A 121 1127 1127 DOD DOD . D 3 DOD A 122 1128 1128 DOD DOD . D 3 DOD A 123 1129 1129 DOD DOD . D 3 DOD A 124 1130 1130 DOD DOD . D 3 DOD A 125 1131 1131 DOD DOD . D 3 DOD A 126 1132 1132 DOD DOD . D 3 DOD A 127 1133 1133 DOD DOD . D 3 DOD A 128 1135 1135 DOD DOD . D 3 DOD A 129 1136 1136 DOD DOD . D 3 DOD A 130 1137 1137 DOD DOD . D 3 DOD A 131 1138 1138 DOD DOD . D 3 DOD A 132 1139 1139 DOD DOD . D 3 DOD A 133 1140 1140 DOD DOD . D 3 DOD A 134 1141 1141 DOD DOD . D 3 DOD A 135 1142 1142 DOD DOD . D 3 DOD A 136 1143 1143 DOD DOD . D 3 DOD A 137 1144 1144 DOD DOD . D 3 DOD A 138 1145 1145 DOD DOD . D 3 DOD A 139 1146 1146 DOD DOD . D 3 DOD A 140 1147 1147 DOD DOD . D 3 DOD A 141 1148 1148 DOD DOD . D 3 DOD A 142 1150 1150 DOD DOD . D 3 DOD A 143 1151 1151 DOD DOD . D 3 DOD A 144 1152 1152 DOD DOD . D 3 DOD A 145 1153 1153 DOD DOD . D 3 DOD A 146 1154 1154 DOD DOD . D 3 DOD A 147 1155 1155 DOD DOD . D 3 DOD A 148 1156 1156 DOD DOD . D 3 DOD A 149 1157 1157 DOD DOD . D 3 DOD A 150 1158 1158 DOD DOD . D 3 DOD A 151 1159 1159 DOD DOD . D 3 DOD A 152 1160 1160 DOD DOD . D 3 DOD A 153 1161 1161 DOD DOD . D 3 DOD A 154 1162 1162 DOD DOD . D 3 DOD A 155 1163 1163 DOD DOD . D 3 DOD A 156 1164 1164 DOD DOD . D 3 DOD A 157 1166 1166 DOD DOD . D 3 DOD A 158 1167 1167 DOD DOD . D 3 DOD A 159 1168 1168 DOD DOD . D 3 DOD A 160 1169 1169 DOD DOD . D 3 DOD A 161 1170 1170 DOD DOD . D 3 DOD A 162 1171 1171 DOD DOD . D 3 DOD A 163 1172 1172 DOD DOD . D 3 DOD A 164 1173 1173 DOD DOD . D 3 DOD A 165 1174 1174 DOD DOD . D 3 DOD A 166 1175 1175 DOD DOD . D 3 DOD A 167 1176 1176 DOD DOD . D 3 DOD A 168 1177 1177 DOD DOD . D 3 DOD A 169 1178 1178 DOD DOD . D 3 DOD A 170 1179 1179 DOD DOD . D 3 DOD A 171 1187 1187 DOD DOD . D 3 DOD A 172 1188 1188 DOD DOD . D 3 DOD A 173 1189 1189 DOD DOD . D 3 DOD A 174 1190 1190 DOD DOD . D 3 DOD A 175 1191 1191 DOD DOD . D 3 DOD A 176 1192 1192 DOD DOD . D 3 DOD A 177 1193 1193 DOD DOD . D 3 DOD A 178 1194 1194 DOD DOD . D 3 DOD A 179 1195 1195 DOD DOD . D 3 DOD A 180 1196 1196 DOD DOD . D 3 DOD A 181 1197 1197 DOD DOD . D 3 DOD A 182 1198 1198 DOD DOD . D 3 DOD A 183 1199 1199 DOD DOD . D 3 DOD A 184 1200 1200 DOD DOD . D 3 DOD A 185 1201 1201 DOD DOD . D 3 DOD A 186 1202 1202 DOD DOD . D 3 DOD A 187 1203 1203 DOD DOD . D 3 DOD A 188 1204 1204 DOD DOD . D 3 DOD A 189 1205 1205 DOD DOD . D 3 DOD A 190 1206 1206 DOD DOD . D 3 DOD A 191 1207 1207 DOD DOD . D 3 DOD A 192 1208 1208 DOD DOD . D 3 DOD A 193 1209 1209 DOD DOD . D 3 DOD A 194 1210 1210 DOD DOD . D 3 DOD A 195 1211 1211 DOD DOD . D 3 DOD A 196 1212 1212 DOD DOD . D 3 DOD A 197 1213 1213 DOD DOD . D 3 DOD A 198 1214 1214 DOD DOD . D 3 DOD A 199 1215 1215 DOD DOD . D 3 DOD A 200 1216 1216 DOD DOD . D 3 DOD A 201 1217 1217 DOD DOD . D 3 DOD A 202 1218 1218 DOD DOD . D 3 DOD A 203 1219 1219 DOD DOD . D 3 DOD A 204 1220 1220 DOD DOD . D 3 DOD A 205 1221 1221 DOD DOD . D 3 DOD A 206 1222 1222 DOD DOD . D 3 DOD A 207 1223 1223 DOD DOD . D 3 DOD A 208 1224 1224 DOD DOD . D 3 DOD A 209 1225 1225 DOD DOD . D 3 DOD A 210 1226 1226 DOD DOD . D 3 DOD A 211 1227 1227 DOD DOD . D 3 DOD A 212 1228 1228 DOD DOD . D 3 DOD A 213 1229 1229 DOD DOD . D 3 DOD A 214 1230 1230 DOD DOD . D 3 DOD A 215 1231 1231 DOD DOD . D 3 DOD A 216 1232 1232 DOD DOD . D 3 DOD A 217 1233 1233 DOD DOD . D 3 DOD A 218 1234 1234 DOD DOD . D 3 DOD A 219 1235 1235 DOD DOD . D 3 DOD A 220 1236 1236 DOD DOD . D 3 DOD A 221 1237 1237 DOD DOD . D 3 DOD A 222 1238 1238 DOD DOD . D 3 DOD A 223 1239 1239 DOD DOD . D 3 DOD A 224 1240 1240 DOD DOD . D 3 DOD A 225 1241 1241 DOD DOD . D 3 DOD A 226 1242 1242 DOD DOD . D 3 DOD A 227 1243 1243 DOD DOD . D 3 DOD A 228 1244 1244 DOD DOD . D 3 DOD A 229 1245 1245 DOD DOD . D 3 DOD A 230 1246 1246 DOD DOD . D 3 DOD A 231 1247 1247 DOD DOD . D 3 DOD A 232 1248 1248 DOD DOD . D 3 DOD A 233 1249 1249 DOD DOD . D 3 DOD A 234 1250 1250 DOD DOD . D 3 DOD A 235 1251 1251 DOD DOD . D 3 DOD A 236 1252 1252 DOD DOD . D 3 DOD A 237 1253 1253 DOD DOD . D 3 DOD A 238 1254 1254 DOD DOD . D 3 DOD A 239 1255 1255 DOD DOD . D 3 DOD A 240 1256 1256 DOD DOD . D 3 DOD A 241 1257 1257 DOD DOD . D 3 DOD A 242 1258 1258 DOD DOD . D 3 DOD A 243 1259 1259 DOD DOD . D 3 DOD A 244 1260 1260 DOD DOD . D 3 DOD A 245 1261 1261 DOD DOD . D 3 DOD A 246 1262 1262 DOD DOD . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id C _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 5.63 _atom_site.Cartn_y 5.986 _atom_site.Cartn_z 62.768 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 9.75 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 901 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 19 _model_server_stats.create_model_time_ms 6 _model_server_stats.query_time_ms 326 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #