data_3CKI # _model_server_result.job_id lrMAo2zdzbNw0nCsD8YJDw _model_server_result.datetime_utc '2025-07-02 07:40:28' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3cki # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":502}' # _entry.id 3CKI # _exptl.entry_id 3CKI _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3CKI _cell.length_a 70.447 _cell.length_b 70.447 _cell.length_c 156.728 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3CKI _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 96 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 43 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 4 _struct_asym.id D _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 7 A CYS 225 1_555 A SG CYS 115 A CYS 333 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 147 A CYS 365 1_555 A SG CYS 251 A CYS 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 205 A CYS 423 1_555 A SG CYS 235 A CYS 453 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 1 B CYS 1 1_555 B SG CYS 68 B CYS 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf5 B SG CYS 3 B CYS 3 1_555 B SG CYS 95 B CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 13 B CYS 13 1_555 B SG CYS 120 B CYS 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 124 A ASP 342 1_555 D NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc2 A O PHE 125 A PHE 343 1_555 D NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.666 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASN 171 A ASN 389 1_555 D NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? metalc ? metalc4 A NE2 HIS 187 A HIS 405 1_555 C ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? metalc ? metalc5 A NE2 HIS 191 A HIS 409 1_555 C ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? metalc ? metalc6 A NE2 HIS 197 A HIS 415 1_555 C ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? metalc ? metalc7 C ZN ZN . A ZN 501 1_555 B N CYS 1 B CYS 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.929 ? metalc ? metalc8 C ZN ZN . A ZN 501 1_555 B O CYS 1 B CYS 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc9 D NA NA . A NA 502 1_555 E O HOH . A HOH 689 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc10 D NA NA . A NA 502 1_555 E O HOH . A HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3CKI _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014195 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.014195 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00638 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 3 ZN A 1 501 501 ZN ZN . D 4 NA A 1 502 502 NA NA . E 5 HOH A 1 601 601 HOH WAT . E 5 HOH A 2 602 602 HOH WAT . E 5 HOH A 3 603 603 HOH WAT . E 5 HOH A 4 604 604 HOH WAT . E 5 HOH A 5 605 605 HOH WAT . E 5 HOH A 6 607 607 HOH WAT . E 5 HOH A 7 608 608 HOH WAT . E 5 HOH A 8 609 609 HOH WAT . E 5 HOH A 9 610 610 HOH WAT . E 5 HOH A 10 611 611 HOH WAT . E 5 HOH A 11 613 613 HOH WAT . E 5 HOH A 12 614 614 HOH WAT . E 5 HOH A 13 615 615 HOH WAT . E 5 HOH A 14 616 616 HOH WAT . E 5 HOH A 15 617 617 HOH WAT . E 5 HOH A 16 618 618 HOH WAT . E 5 HOH A 17 619 619 HOH WAT . E 5 HOH A 18 620 620 HOH WAT . E 5 HOH A 19 621 621 HOH WAT . E 5 HOH A 20 622 622 HOH WAT . E 5 HOH A 21 623 623 HOH WAT . E 5 HOH A 22 624 624 HOH WAT . E 5 HOH A 23 625 625 HOH WAT . E 5 HOH A 24 626 626 HOH WAT . E 5 HOH A 25 627 627 HOH WAT . E 5 HOH A 26 630 630 HOH WAT . E 5 HOH A 27 631 631 HOH WAT . E 5 HOH A 28 633 633 HOH WAT . E 5 HOH A 29 634 634 HOH WAT . E 5 HOH A 30 635 635 HOH WAT . E 5 HOH A 31 636 636 HOH WAT . E 5 HOH A 32 637 637 HOH WAT . E 5 HOH A 33 638 638 HOH WAT . E 5 HOH A 34 639 639 HOH WAT . E 5 HOH A 35 640 640 HOH WAT . E 5 HOH A 36 641 641 HOH WAT . E 5 HOH A 37 642 642 HOH WAT . E 5 HOH A 38 643 643 HOH WAT . E 5 HOH A 39 644 644 HOH WAT . E 5 HOH A 40 645 645 HOH WAT . E 5 HOH A 41 647 647 HOH WAT . E 5 HOH A 42 648 648 HOH WAT . E 5 HOH A 43 649 649 HOH WAT . E 5 HOH A 44 650 650 HOH WAT . E 5 HOH A 45 651 651 HOH WAT . E 5 HOH A 46 652 652 HOH WAT . E 5 HOH A 47 653 653 HOH WAT . E 5 HOH A 48 654 654 HOH WAT . E 5 HOH A 49 658 658 HOH WAT . E 5 HOH A 50 659 659 HOH WAT . E 5 HOH A 51 660 660 HOH WAT . E 5 HOH A 52 661 661 HOH WAT . E 5 HOH A 53 662 662 HOH WAT . E 5 HOH A 54 666 666 HOH WAT . E 5 HOH A 55 667 667 HOH WAT . E 5 HOH A 56 668 668 HOH WAT . E 5 HOH A 57 670 670 HOH WAT . E 5 HOH A 58 672 672 HOH WAT . E 5 HOH A 59 673 673 HOH WAT . E 5 HOH A 60 674 674 HOH WAT . E 5 HOH A 61 675 675 HOH WAT . E 5 HOH A 62 676 676 HOH WAT . E 5 HOH A 63 677 677 HOH WAT . E 5 HOH A 64 678 678 HOH WAT . E 5 HOH A 65 679 679 HOH WAT . E 5 HOH A 66 680 680 HOH WAT . E 5 HOH A 67 681 681 HOH WAT . E 5 HOH A 68 682 682 HOH WAT . E 5 HOH A 69 683 683 HOH WAT . E 5 HOH A 70 684 684 HOH WAT . E 5 HOH A 71 685 685 HOH WAT . E 5 HOH A 72 687 687 HOH WAT . E 5 HOH A 73 688 688 HOH WAT . E 5 HOH A 74 689 689 HOH WAT . E 5 HOH A 75 690 690 HOH WAT . E 5 HOH A 76 691 691 HOH WAT . E 5 HOH A 77 692 692 HOH WAT . E 5 HOH A 78 693 693 HOH WAT . E 5 HOH A 79 694 694 HOH WAT . E 5 HOH A 80 696 696 HOH WAT . E 5 HOH A 81 697 697 HOH WAT . E 5 HOH A 82 698 698 HOH WAT . E 5 HOH A 83 699 699 HOH WAT . E 5 HOH A 84 700 700 HOH WAT . E 5 HOH A 85 701 701 HOH WAT . E 5 HOH A 86 702 702 HOH WAT . E 5 HOH A 87 703 703 HOH WAT . E 5 HOH A 88 704 704 HOH WAT . E 5 HOH A 89 705 705 HOH WAT . E 5 HOH A 90 706 706 HOH WAT . E 5 HOH A 91 707 707 HOH WAT . E 5 HOH A 92 708 708 HOH WAT . E 5 HOH A 93 709 709 HOH WAT . E 5 HOH A 94 710 710 HOH WAT . E 5 HOH A 95 711 711 HOH WAT . E 5 HOH A 96 712 712 HOH WAT . E 5 HOH A 97 713 713 HOH WAT . E 5 HOH A 98 714 714 HOH WAT . E 5 HOH A 99 716 716 HOH WAT . E 5 HOH A 100 717 717 HOH WAT . E 5 HOH A 101 718 718 HOH WAT . E 5 HOH A 102 719 719 HOH WAT . E 5 HOH A 103 721 721 HOH WAT . E 5 HOH A 104 724 724 HOH WAT . E 5 HOH A 105 725 725 HOH WAT . E 5 HOH A 106 726 726 HOH WAT . E 5 HOH A 107 729 729 HOH WAT . E 5 HOH A 108 730 730 HOH WAT . E 5 HOH A 109 731 731 HOH WAT . E 5 HOH A 110 732 732 HOH WAT . E 5 HOH A 111 734 734 HOH WAT . E 5 HOH A 112 735 735 HOH WAT . E 5 HOH A 113 736 736 HOH WAT . E 5 HOH A 114 737 737 HOH WAT . E 5 HOH A 115 738 738 HOH WAT . E 5 HOH A 116 739 739 HOH WAT . E 5 HOH A 117 740 740 HOH WAT . E 5 HOH A 118 749 749 HOH WAT . E 5 HOH A 119 750 750 HOH WAT . E 5 HOH A 120 754 754 HOH WAT . E 5 HOH A 121 755 755 HOH WAT . E 5 HOH A 122 758 758 HOH WAT . E 5 HOH A 123 762 762 HOH WAT . E 5 HOH A 124 764 764 HOH WAT . E 5 HOH A 125 766 766 HOH WAT . E 5 HOH A 126 770 770 HOH WAT . E 5 HOH A 127 777 777 HOH WAT . E 5 HOH A 128 778 778 HOH WAT . E 5 HOH A 129 779 779 HOH WAT . E 5 HOH A 130 780 780 HOH WAT . E 5 HOH A 131 781 781 HOH WAT . E 5 HOH A 132 782 782 HOH WAT . E 5 HOH A 133 783 783 HOH WAT . E 5 HOH A 134 784 784 HOH WAT . E 5 HOH A 135 785 785 HOH WAT . E 5 HOH A 136 787 787 HOH WAT . E 5 HOH A 137 789 789 HOH WAT . F 5 HOH B 1 606 606 HOH WAT . F 5 HOH B 2 612 612 HOH WAT . F 5 HOH B 3 628 628 HOH WAT . F 5 HOH B 4 629 629 HOH WAT . F 5 HOH B 5 632 632 HOH WAT . F 5 HOH B 6 646 646 HOH WAT . F 5 HOH B 7 655 655 HOH WAT . F 5 HOH B 8 656 656 HOH WAT . F 5 HOH B 9 657 657 HOH WAT . F 5 HOH B 10 663 663 HOH WAT . F 5 HOH B 11 664 664 HOH WAT . F 5 HOH B 12 665 665 HOH WAT . F 5 HOH B 13 669 669 HOH WAT . F 5 HOH B 14 671 671 HOH WAT . F 5 HOH B 15 686 686 HOH WAT . F 5 HOH B 16 695 695 HOH WAT . F 5 HOH B 17 715 715 HOH WAT . F 5 HOH B 18 720 720 HOH WAT . F 5 HOH B 19 722 722 HOH WAT . F 5 HOH B 20 723 723 HOH WAT . F 5 HOH B 21 727 727 HOH WAT . F 5 HOH B 22 728 728 HOH WAT . F 5 HOH B 23 733 733 HOH WAT . F 5 HOH B 24 741 741 HOH WAT . F 5 HOH B 25 742 742 HOH WAT . F 5 HOH B 26 743 743 HOH WAT . F 5 HOH B 27 744 744 HOH WAT . F 5 HOH B 28 745 745 HOH WAT . F 5 HOH B 29 746 746 HOH WAT . F 5 HOH B 30 747 747 HOH WAT . F 5 HOH B 31 748 748 HOH WAT . F 5 HOH B 32 751 751 HOH WAT . F 5 HOH B 33 752 752 HOH WAT . F 5 HOH B 34 753 753 HOH WAT . F 5 HOH B 35 756 756 HOH WAT . F 5 HOH B 36 757 757 HOH WAT . F 5 HOH B 37 759 759 HOH WAT . F 5 HOH B 38 760 760 HOH WAT . F 5 HOH B 39 761 761 HOH WAT . F 5 HOH B 40 763 763 HOH WAT . F 5 HOH B 41 765 765 HOH WAT . F 5 HOH B 42 767 767 HOH WAT . F 5 HOH B 43 768 768 HOH WAT . F 5 HOH B 44 769 769 HOH WAT . F 5 HOH B 45 771 771 HOH WAT . F 5 HOH B 46 772 772 HOH WAT . F 5 HOH B 47 773 773 HOH WAT . F 5 HOH B 48 774 774 HOH WAT . F 5 HOH B 49 775 775 HOH WAT . F 5 HOH B 50 776 776 HOH WAT . F 5 HOH B 51 786 786 HOH WAT . F 5 HOH B 52 788 788 HOH WAT . F 5 HOH B 53 790 790 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x -7.784 _atom_site.Cartn_y 14.046 _atom_site.Cartn_z -5.827 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 35.71 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 502 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 66 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 310 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 1 #