data_3COR # _model_server_result.job_id 6TiZTas1nKqJwm8eYLadsg _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 11:46:19' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3cor # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":172}' # _entry.id 3COR # _exptl.entry_id 3COR _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 221.208 _entity.id 2 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3COR _cell.length_a 89.21 _cell.length_b 102.44 _cell.length_c 163.44 _cell.Z_PDB 32 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3COR _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 23 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'I 2 2 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 F N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 6 A CYS 6 1_555 A SG CYS 130 A CYS 130 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 22 A CYS 22 1_555 A SG CYS 67 A CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 43 A CYS 43 1_555 A SG CYS 49 A CYS 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 6 B CYS 6 1_555 B SG CYS 130 B CYS 130 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? disulf ? disulf5 B SG CYS 22 B CYS 22 1_555 B SG CYS 67 B CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 43 B CYS 43 1_555 B SG CYS 49 B CYS 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf7 C SG CYS 6 C CYS 6 1_555 C SG CYS 130 C CYS 130 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf8 C SG CYS 22 C CYS 22 1_555 C SG CYS 67 C CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? disulf ? disulf9 C SG CYS 43 C CYS 43 1_555 C SG CYS 49 C CYS 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf10 D SG CYS 6 D CYS 6 1_555 D SG CYS 130 D CYS 130 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf11 D SG CYS 22 D CYS 22 1_555 D SG CYS 67 D CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? disulf ? disulf12 D SG CYS 43 D CYS 43 1_555 D SG CYS 49 D CYS 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? # _chem_comp.formula 'C8 H15 N O6' _chem_comp.formula_weight 221.208 _chem_comp.id NGA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms N-acetyl-beta-D-galactosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose;2-acetamido-2-deoxy-D-galactose;2-acetamido-2-deoxy-galactose;N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 NGA sing 235 n n C1 O1 NGA sing 236 n n C1 O5 NGA sing 237 n n C1 H1 NGA sing 238 n n C2 C3 NGA sing 239 n n C2 N2 NGA sing 240 n n C2 H2 NGA sing 241 n n C3 C4 NGA sing 242 n n C3 O3 NGA sing 243 n n C3 H3 NGA sing 244 n n C4 C5 NGA sing 245 n n C4 O4 NGA sing 246 n n C4 H4 NGA sing 247 n n C5 C6 NGA sing 248 n n C5 O5 NGA sing 249 n n C5 H5 NGA sing 250 n n C6 O6 NGA sing 251 n n C6 H61 NGA sing 252 n n C6 H62 NGA sing 253 n n C7 C8 NGA sing 254 n n C7 N2 NGA sing 255 n n C7 O7 NGA doub 256 n n C8 H81 NGA sing 257 n n C8 H82 NGA sing 258 n n C8 H83 NGA sing 259 n n N2 HN2 NGA sing 260 n n O1 HO1 NGA sing 261 n n O3 HO3 NGA sing 262 n n O4 HO4 NGA sing 263 n n O6 HO6 NGA sing 264 n n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version NGA DGalpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 NGA N-acetyl-b-D-galactopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 NGA b-D-GalpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 NGA GalNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 3COR _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.01121 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009762 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006118 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 NGA A 1 172 1 NGA NGA . F 2 NGA B 1 172 2 NGA NGA . G 3 TLA C 1 172 1 TLA TLA . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 NGA . . . E 2 5.731 11.435 44.76 1 20 ? C1 NGA 172 A 1 HETATM 2 C C2 NGA . . . E 2 5.548 10.094 44.008 1 20 ? C2 NGA 172 A 1 HETATM 3 C C3 NGA . . . E 2 6.793 9.722 43.202 1 20 ? C3 NGA 172 A 1 HETATM 4 C C4 NGA . . . E 2 7.013 10.862 42.231 1 20 ? C4 NGA 172 A 1 HETATM 5 C C5 NGA . . . E 2 7.165 12.185 43.061 1 20 ? C5 NGA 172 A 1 HETATM 6 C C6 NGA . . . E 2 7.395 13.318 42.135 1 20 ? C6 NGA 172 A 1 HETATM 7 C C7 NGA . . . E 2 4.094 8.926 45.374 1 20 ? C7 NGA 172 A 1 HETATM 8 C C8 NGA . . . E 2 4.111 8.046 46.389 1 20 ? C8 NGA 172 A 1 HETATM 9 N N2 NGA . . . E 2 5.281 9.176 44.993 1 20 ? N2 NGA 172 A 1 HETATM 10 O O1 NGA . . . E 2 4.564 11.759 45.542 1 20 ? O1 NGA 172 A 1 HETATM 11 O O3 NGA . . . E 2 6.587 8.475 42.504 1 20 ? O3 NGA 172 A 1 HETATM 12 O O4 NGA . . . E 2 5.927 11 41.262 1 20 ? O4 NGA 172 A 1 HETATM 13 O O5 NGA . . . E 2 5.977 12.481 43.826 1 20 ? O5 NGA 172 A 1 HETATM 14 O O6 NGA . . . E 2 7.52 14.528 42.837 1 20 ? O6 NGA 172 A 1 HETATM 15 O O7 NGA . . . E 2 3.063 9.408 44.951 1 20 ? O7 NGA 172 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 6 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 314 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 15 #