data_3CR3
#
_model_server_result.job_id            hPlJSRkIl7GTJ6fDHV0e3w 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-13 02:10:03' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3cr3 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":1211}' 
#
_entry.id    3CR3 
#
_exptl.entry_id    3CR3 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              427.201 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3CR3 
_cell.length_a            74.133 
_cell.length_b            146.842 
_cell.length_c            58.483 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3CR3 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        18 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 2' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA tetrameric 4 software_defined_assembly 1 
? dimeric 2 author_defined_assembly 2 
? dimeric 2 author_defined_assembly 3 
? dimeric 2 author_defined_assembly 4 
? dimeric 2 author_defined_assembly 5 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N 1 1 
A,C,E,F,G,K,M 2 1 
B,D,H,I,J,L,N 3 1 
A,D,E,F,G,K,N 4 1 
B,C,H,I,J,L,M 5 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 G N N 
? 4 J N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C ASN 40 A ASN 40 1_555 A N MSE 41 A MSE 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale2 A C MSE 41 A MSE 41 1_555 A N ALA 42 A ALA 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? 
covale ? covale3 A C GLY 44 A GLY 44 1_555 A N MSE 45 A MSE 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale4 A C MSE 45 A MSE 45 1_555 A N SER 46 A SER 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale5 A C THR 48 A THR 48 1_555 A N MSE 49 A MSE 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale6 A C MSE 49 A MSE 49 1_555 A N LYS 50 A LYS 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale7 A C ALA 68 A ALA 68 1_555 A N MSE 69 A MSE 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale8 A C MSE 69 A MSE 69 1_555 A N THR 70 A THR 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale9 A C LEU 71 A LEU 71 1_555 A N MSE 72 A MSE 72 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale10 A C MSE 72 A MSE 72 1_555 A N SER 73 A SER 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale11 A C ALA 89 A ALA 89 1_555 A N MSE 90 A MSE 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale12 A C MSE 90 A MSE 90 1_555 A N SER 91 A SER 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale13 A C THR 123 A THR 123 1_555 A N MSE 124 A MSE 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale14 A C MSE 124 A MSE 124 1_555 A N VAL 125 A VAL 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale15 B C ASN 40 B ASN 40 1_555 B N MSE 41 B MSE 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale16 B C MSE 41 B MSE 41 1_555 B N ALA 42 B ALA 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale17 B C GLY 44 B GLY 44 1_555 B N MSE 45 B MSE 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale18 B C MSE 45 B MSE 45 1_555 B N SER 46 B SER 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale19 B C THR 48 B THR 48 1_555 B N MSE 49 B MSE 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale20 B C MSE 49 B MSE 49 1_555 B N LYS 50 B LYS 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale21 B C ALA 68 B ALA 68 1_555 B N MSE 69 B MSE 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale22 B C MSE 69 B MSE 69 1_555 B N THR 70 B THR 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale23 B C LEU 71 B LEU 71 1_555 B N MSE 72 B MSE 72 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale24 B C MSE 72 B MSE 72 1_555 B N SER 73 B SER 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale25 B C ALA 89 B ALA 89 1_555 B N MSE 90 B MSE 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale26 B C MSE 90 B MSE 90 1_555 B N SER 91 B SER 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale27 B C THR 123 B THR 123 1_555 B N MSE 124 B MSE 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale28 B C MSE 124 B MSE 124 1_555 B N VAL 125 B VAL 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale29 C C VAL 47 C VAL 49 1_555 C N MSE 48 C MSE 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale30 C C MSE 48 C MSE 50 1_555 C N ASN 49 C ASN 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale31 C C ARG 69 C ARG 71 1_555 C N MSE 70 C MSE 72 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale32 C C MSE 70 C MSE 72 1_555 C N ASN 71 C ASN 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale33 C C GLU 77 C GLU 79 1_555 C N MSE 78 C MSE 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale34 C C MSE 78 C MSE 80 1_555 C N THR 79 C THR 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale35 C C LYS 116 C LYS 118 1_555 C N MSE 117 C MSE 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale36 C C MSE 117 C MSE 119 1_555 C N LEU 118 C LEU 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale37 D C VAL 47 D VAL 49 1_555 D N MSE 48 D MSE 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale38 D C MSE 48 D MSE 50 1_555 D N ASN 49 D ASN 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale39 D C ARG 69 D ARG 71 1_555 D N MSE 70 D MSE 72 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale40 D C MSE 70 D MSE 72 1_555 D N ASN 71 D ASN 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale41 D C GLU 77 D GLU 79 1_555 D N MSE 78 D MSE 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale42 D C MSE 78 D MSE 80 1_555 D N THR 79 D THR 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale43 D C LYS 116 D LYS 118 1_555 D N MSE 117 D MSE 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale44 D C MSE 117 D MSE 119 1_555 D N LEU 118 D LEU 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
metalc ? metalc1 A OD2 ASP 29 A ASP 29 1_555 E MG MG . A MG 1212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 34 A ASP 34 1_555 E MG MG . A MG 1212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
metalc ? metalc3 A OD2 ASP 34 A ASP 34 1_555 F MG MG . A MG 1213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? 
metalc ? metalc4 A OD1 ASP 36 A ASP 36 1_555 E MG MG . A MG 1212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.885 ? 
metalc ? metalc5 A OD2 ASP 36 A ASP 36 1_555 F MG MG . A MG 1213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? 
metalc ? metalc6 G O1A ADP . A ADP 1211 1_555 E MG MG . A MG 1212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? 
metalc ? metalc7 G O1B ADP . A ADP 1211 1_555 E MG MG . A MG 1212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? 
metalc ? metalc8 G O1B ADP . A ADP 1211 1_555 F MG MG . A MG 1213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? 
metalc ? metalc9 E MG MG . A MG 1212 1_555 K O HOH . A HOH 1287 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc10 F MG MG . A MG 1213 1_555 K O HOH . A HOH 1229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? 
metalc ? metalc11 B OD2 ASP 29 B ASP 29 1_555 H MG MG . B MG 1212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? 
metalc ? metalc12 B OD1 ASP 34 B ASP 34 1_555 H MG MG . B MG 1212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
metalc ? metalc13 B OD2 ASP 34 B ASP 34 1_555 I MG MG . B MG 1213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? 
metalc ? metalc14 B OD1 ASP 36 B ASP 36 1_555 H MG MG . B MG 1212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? 
metalc ? metalc15 B OD2 ASP 36 B ASP 36 1_555 I MG MG . B MG 1213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? 
metalc ? metalc16 J O1B ADP . B ADP 1211 1_555 H MG MG . B MG 1212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.888 ? 
metalc ? metalc17 J O1A ADP . B ADP 1211 1_555 H MG MG . B MG 1212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? 
metalc ? metalc18 J O1B ADP . B ADP 1211 1_555 I MG MG . B MG 1213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? 
metalc ? metalc19 H MG MG . B MG 1212 1_555 L O HOH . B HOH 1251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? 
metalc ? metalc20 I MG MG . B MG 1213 1_555 L O HOH . B HOH 1224 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H15 N5 O10 P2' 
_chem_comp.formula_weight    427.201 
_chem_comp.id                ADP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PB O1B ADP doub 1 n n 
PB O2B ADP sing 2 n n 
PB O3B ADP sing 3 n n 
PB O3A ADP sing 4 n n 
O2B HOB2 ADP sing 5 n n 
O3B HOB3 ADP sing 6 n n 
PA O1A ADP doub 7 n n 
PA O2A ADP sing 8 n n 
PA O3A ADP sing 9 n n 
PA O5' ADP sing 10 n n 
O2A HOA2 ADP sing 11 n n 
O5' C5' ADP sing 12 n n 
C5' C4' ADP sing 13 n n 
C5' "H5'1" ADP sing 14 n n 
C5' "H5'2" ADP sing 15 n n 
C4' O4' ADP sing 16 n n 
C4' C3' ADP sing 17 n n 
C4' H4' ADP sing 18 n n 
O4' C1' ADP sing 19 n n 
C3' O3' ADP sing 20 n n 
C3' C2' ADP sing 21 n n 
C3' H3' ADP sing 22 n n 
O3' HO3' ADP sing 23 n n 
C2' O2' ADP sing 24 n n 
C2' C1' ADP sing 25 n n 
C2' H2' ADP sing 26 n n 
O2' HO2' ADP sing 27 n n 
C1' N9 ADP sing 28 n n 
C1' H1' ADP sing 29 n n 
N9 C8 ADP sing 30 n y 
N9 C4 ADP sing 31 n y 
C8 N7 ADP doub 32 n y 
C8 H8 ADP sing 33 n n 
N7 C5 ADP sing 34 n y 
C5 C6 ADP sing 35 n y 
C5 C4 ADP doub 36 n y 
C6 N6 ADP sing 37 n n 
C6 N1 ADP doub 38 n y 
N6 HN61 ADP sing 39 n n 
N6 HN62 ADP sing 40 n n 
N1 C2 ADP sing 41 n y 
C2 N3 ADP doub 42 n y 
C2 H2 ADP sing 43 n n 
N3 C4 ADP sing 44 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     3CR3 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.013489 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.00681 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.017099 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 3 MG A 1 1212 1212 MG MG . 
F 3 MG A 1 1213 1213 MG MG . 
G 4 ADP A 1 1211 1211 ADP ADP . 
H 3 MG B 1 1212 1212 MG MG . 
I 3 MG B 1 1213 1213 MG MG . 
J 4 ADP B 1 1211 1211 ADP ADP . 
K 5 HOH A 1 1214 1214 HOH HOH . 
K 5 HOH A 2 1215 1215 HOH HOH . 
K 5 HOH A 3 1216 1216 HOH HOH . 
K 5 HOH A 4 1217 1217 HOH HOH . 
K 5 HOH A 5 1218 1218 HOH HOH . 
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