data_3CVO
#
_model_server_result.job_id            R9shv_UorU4ERIYJBSoMXQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-29 14:18:26' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3cvo 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"TA","auth_seq_id":208}' 
#
_entry.id    3CVO 
#
_exptl.entry_id    3CVO 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              62.068 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1,2-ETHANEDIOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    46 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          97.45 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3CVO 
_cell.length_a            173.391 
_cell.length_b            61.653 
_cell.length_c            96.323 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3CVO 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,CB,DB 1 1 
C,D,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,EB,FB 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 G N N 
? 3 H N N 
? 3 I N N 
? 3 J N N 
? 3 K N N 
? 3 L N N 
? 3 M N N 
? 3 N N N 
? 3 O N N 
? 3 P N N 
? 3 Q N N 
? 3 S N N 
? 3 T N N 
? 3 U N N 
? 3 V N N 
? 3 W N N 
? 3 X N N 
? 3 Y N N 
? 3 Z N N 
? 3 AA N N 
? 3 BA N N 
? 3 CA N N 
? 3 DA N N 
? 3 EA N N 
? 3 FA N N 
? 3 GA N N 
? 3 HA N N 
? 3 IA N N 
? 3 JA N N 
? 3 KA N N 
? 3 LA N N 
? 3 NA N N 
? 3 OA N N 
? 3 PA N N 
? 3 QA N N 
? 3 RA N N 
? 3 SA N N 
? 3 TA N N 
? 3 UA N N 
? 3 VA N N 
? 3 WA N N 
? 3 XA N N 
? 3 YA N N 
? 3 ZA N N 
? 3 AB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C GLN 9 A GLN 8 1_555 A N MSE 10 A MSE 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale2 A C MSE 10 A MSE 9 1_555 A N ARG 11 A ARG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.304 ? 
covale ? covale3 A C THR 15 A THR 14 1_555 A N MSE 16 A MSE 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale4 A C MSE 16 A MSE 15 1_555 A N PRO 17 A PRO 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale5 A C ARG 25 A ARG 24 1_555 A N MSE 26 A MSE 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale6 A C MSE 26 A MSE 25 1_555 A N ALA 27 A ALA 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale7 A C ARG 65 A ARG 64 1_555 A N MSE 66 A MSE 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.314 ? 
covale ? covale8 A C MSE 66 A MSE 65 1_555 A N MSE 67 A MSE 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale9 A C MSE 67 A MSE 66 1_555 A N LYS 68 A LYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale10 A C LEU 172 A LEU 171 1_555 A N MSE 173 A MSE 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale11 A C MSE 173 A MSE 172 1_555 A N ILE 174 A ILE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale12 A C LEU 192 A LEU 191 1_555 A N MSE 193 A MSE 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale13 A C MSE 193 A MSE 192 1_555 A N GLN 194 A GLN 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
covale ? covale14 A C THR 198 A THR 197 1_555 A N MSE 199 A MSE 198 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale15 A C THR 198 A THR 197 1_555 A N MSE 199 A MSE 198 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.317 ? 
covale ? covale16 A C MSE 199 A MSE 198 1_555 A N THR 200 A THR 199 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale17 A C MSE 199 A MSE 198 1_555 A N THR 200 A THR 199 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? 
covale ? covale18 B C GLN 9 B GLN 8 1_555 B N MSE 10 B MSE 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale19 B C MSE 10 B MSE 9 1_555 B N ARG 11 B ARG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale20 B C THR 15 B THR 14 1_555 B N MSE 16 B MSE 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale21 B C MSE 16 B MSE 15 1_555 B N PRO 17 B PRO 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.351 ? 
covale ? covale22 B C ARG 25 B ARG 24 1_555 B N MSE 26 B MSE 25 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale23 B C ARG 25 B ARG 24 1_555 B N MSE 26 B MSE 25 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale24 B C MSE 26 B MSE 25 1_555 B N ALA 27 B ALA 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? 
covale ? covale25 B C ARG 65 B ARG 64 1_555 B N MSE 66 B MSE 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale26 B C MSE 66 B MSE 65 1_555 B N MSE 67 B MSE 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale27 B C MSE 67 B MSE 66 1_555 B N LYS 68 B LYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale28 B C LEU 172 B LEU 171 1_555 B N MSE 173 B MSE 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.309 ? 
covale ? covale29 B C MSE 173 B MSE 172 1_555 B N ILE 174 B ILE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale30 B C LEU 192 B LEU 191 1_555 B N MSE 193 B MSE 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale31 B C MSE 193 B MSE 192 1_555 B N GLN 194 B GLN 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale32 B C THR 198 B THR 197 1_555 B N MSE 199 B MSE 198 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? 
covale ? covale33 B C THR 198 B THR 197 1_555 B N MSE 199 B MSE 198 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? 
covale ? covale34 B C MSE 199 B MSE 198 1_555 B N THR 200 B THR 199 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? 
covale ? covale35 B C MSE 199 B MSE 198 1_555 B N THR 200 B THR 199 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale36 C C GLN 9 C GLN 8 1_555 C N MSE 10 C MSE 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale37 C C MSE 10 C MSE 9 1_555 C N ARG 11 C ARG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
covale ? covale38 C C THR 15 C THR 14 1_555 C N MSE 16 C MSE 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale39 C C MSE 16 C MSE 15 1_555 C N PRO 17 C PRO 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? 
covale ? covale40 C C ARG 25 C ARG 24 1_555 C N MSE 26 C MSE 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale41 C C MSE 26 C MSE 25 1_555 C N ALA 27 C ALA 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale42 C C ARG 65 C ARG 64 1_555 C N MSE 66 C MSE 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale43 C C MSE 66 C MSE 65 1_555 C N MSE 67 C MSE 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.317 ? 
covale ? covale44 C C MSE 67 C MSE 66 1_555 C N LYS 68 C LYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? 
covale ? covale45 C C LEU 172 C LEU 171 1_555 C N MSE 173 C MSE 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale46 C C MSE 173 C MSE 172 1_555 C N ILE 174 C ILE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale47 C C LEU 192 C LEU 191 1_555 C N MSE 193 C MSE 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale48 C C MSE 193 C MSE 192 1_555 C N GLN 194 C GLN 193 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.307 ? 
covale ? covale49 C C MSE 193 C MSE 192 1_555 C N GLN 194 C GLN 193 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale50 C C THR 198 C THR 197 1_555 C N MSE 199 C MSE 198 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale51 C C THR 198 C THR 197 1_555 C N MSE 199 C MSE 198 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? 
covale ? covale52 C C MSE 199 C MSE 198 1_555 C N THR 200 C THR 199 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale53 C C MSE 199 C MSE 198 1_555 C N THR 200 C THR 199 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale54 D C GLN 9 D GLN 8 1_555 D N MSE 10 D MSE 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale55 D C MSE 10 D MSE 9 1_555 D N ARG 11 D ARG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale56 D C THR 15 D THR 14 1_555 D N MSE 16 D MSE 15 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? 
covale ? covale57 D C THR 15 D THR 14 1_555 D N MSE 16 D MSE 15 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? 
covale ? covale58 D C MSE 16 D MSE 15 1_555 D N PRO 17 D PRO 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.346 ? 
covale ? covale59 D C ARG 25 D ARG 24 1_555 D N MSE 26 D MSE 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? 
covale ? covale60 D C MSE 26 D MSE 25 1_555 D N ALA 27 D ALA 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale61 D C ARG 65 D ARG 64 1_555 D N MSE 66 D MSE 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale62 D C MSE 66 D MSE 65 1_555 D N MSE 67 D MSE 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale63 D C MSE 67 D MSE 66 1_555 D N LYS 68 D LYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? 
covale ? covale64 D C LEU 172 D LEU 171 1_555 D N MSE 173 D MSE 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale65 D C MSE 173 D MSE 172 1_555 D N ILE 174 D ILE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale66 D C LEU 192 D LEU 191 1_555 D N MSE 193 D MSE 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
covale ? covale67 D C MSE 193 D MSE 192 1_555 D N GLN 194 D GLN 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale68 D C THR 198 D THR 197 1_555 D N MSE 199 D MSE 198 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale69 D C THR 198 D THR 197 1_555 D N MSE 199 D MSE 198 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale70 D C MSE 199 D MSE 198 1_555 D N THR 200 D THR 199 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale71 D C MSE 199 D MSE 198 1_555 D N THR 200 D THR 199 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
#
_chem_comp.formula           'C2 H6 O2' 
_chem_comp.formula_weight    62.068 
_chem_comp.id                EDO 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1,2-ETHANEDIOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'ETHYLENE GLYCOL' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 EDO sing 83 n n 
C1 C2 EDO sing 84 n n 
C1 H11 EDO sing 85 n n 
C1 H12 EDO sing 86 n n 
O1 HO1 EDO sing 87 n n 
C2 O2 EDO sing 88 n n 
C2 H21 EDO sing 89 n n 
C2 H22 EDO sing 90 n n 
O2 HO2 EDO sing 91 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3CVO 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.005767 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000754 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.01622 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.01047 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
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E 2 SO4 A 1 202 1 SO4 SO4 . 
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G 3 EDO A 1 204 6 EDO EDO . 
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M 3 EDO A 1 210 26 EDO EDO . 
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P 3 EDO A 1 213 41 EDO EDO . 
Q 3 EDO A 1 214 47 EDO EDO . 
R 2 SO4 B 1 202 2 SO4 SO4 . 
S 3 EDO B 1 203 5 EDO EDO . 
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W 3 EDO B 1 207 23 EDO EDO . 
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AB 3 EDO D 1 215 46 EDO EDO . 
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CB 6 HOH A 5 219 56 HOH HOH . 
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CB 6 HOH A 7 221 58 HOH HOH . 
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DB 6 HOH B 135 350 293 HOH HOH . 
DB 6 HOH B 136 351 294 HOH HOH . 
DB 6 HOH B 137 352 295 HOH HOH . 
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DB 6 HOH B 146 361 540 HOH HOH . 
EB 6 HOH C 1 210 155 HOH HOH . 
EB 6 HOH C 2 211 297 HOH HOH . 
EB 6 HOH C 3 212 298 HOH HOH . 
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EB 6 HOH C 8 217 303 HOH HOH . 
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