data_3D9T # _model_server_result.job_id OF_jdK8NTN_lySaG5zt5vQ _model_server_result.datetime_utc '2024-12-21 17:12:00' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3d9t # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":501}' # _entry.id 3D9T # _exptl.entry_id 3D9T _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3D9T _cell.length_a 30.268 _cell.length_b 68.427 _cell.length_c 122.358 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3D9T _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,E,G,I 1 1 B,D,F,H,J 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 E N N ? 3 F N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 51 A CYS 300 1_555 E ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 54 A CYS 303 1_555 E ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc3 A NE2 HIS 71 A HIS 320 1_555 E ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 78 A CYS 327 1_555 E ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 51 B CYS 300 1_555 F ZN ZN . B ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 54 B CYS 303 1_555 F ZN ZN . B ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc7 B NE2 HIS 71 B HIS 320 1_555 F ZN ZN . B ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 78 B CYS 327 1_555 F ZN ZN . B ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3D9T _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.033038 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.014614 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008173 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 3 ZN A 1 501 501 ZN ZN2 . F 3 ZN B 1 501 501 ZN ZN2 . G 4 HOH A 1 502 1 HOH WAT . G 4 HOH A 2 503 2 HOH WAT . G 4 HOH A 3 504 4 HOH WAT . G 4 HOH A 4 505 5 HOH WAT . G 4 HOH A 5 506 6 HOH WAT . G 4 HOH A 6 507 7 HOH WAT . G 4 HOH A 7 508 8 HOH WAT . G 4 HOH A 8 509 9 HOH WAT . G 4 HOH A 9 510 10 HOH WAT . G 4 HOH A 10 511 12 HOH WAT . G 4 HOH A 11 512 14 HOH WAT . G 4 HOH A 12 513 15 HOH WAT . G 4 HOH A 13 514 16 HOH WAT . G 4 HOH A 14 515 19 HOH WAT . G 4 HOH A 15 516 22 HOH WAT . G 4 HOH A 16 517 23 HOH WAT . G 4 HOH A 17 518 24 HOH WAT . G 4 HOH A 18 519 27 HOH WAT . G 4 HOH A 19 520 29 HOH WAT . G 4 HOH A 20 521 30 HOH WAT . G 4 HOH A 21 522 32 HOH WAT . G 4 HOH A 22 523 40 HOH WAT . G 4 HOH A 23 524 42 HOH WAT . G 4 HOH A 24 525 44 HOH WAT . G 4 HOH A 25 526 46 HOH WAT . G 4 HOH A 26 527 47 HOH WAT . G 4 HOH A 27 528 48 HOH WAT . G 4 HOH A 28 529 53 HOH WAT . G 4 HOH A 29 530 54 HOH WAT . G 4 HOH A 30 531 56 HOH WAT . G 4 HOH A 31 532 59 HOH WAT . G 4 HOH A 32 533 61 HOH WAT . G 4 HOH A 33 534 64 HOH WAT . G 4 HOH A 34 535 65 HOH WAT . G 4 HOH A 35 536 67 HOH WAT . G 4 HOH A 36 537 69 HOH WAT . G 4 HOH A 37 538 72 HOH WAT . G 4 HOH A 38 539 73 HOH WAT . G 4 HOH A 39 540 75 HOH WAT . G 4 HOH A 40 541 77 HOH WAT . G 4 HOH A 41 542 82 HOH WAT . G 4 HOH A 42 543 85 HOH WAT . G 4 HOH A 43 544 87 HOH WAT . G 4 HOH A 44 545 89 HOH WAT . G 4 HOH A 45 546 90 HOH WAT . G 4 HOH A 46 547 92 HOH WAT . G 4 HOH A 47 548 93 HOH WAT . G 4 HOH A 48 549 96 HOH WAT . G 4 HOH A 49 550 97 HOH WAT . G 4 HOH A 50 551 98 HOH WAT . G 4 HOH A 51 552 100 HOH WAT . G 4 HOH A 52 553 102 HOH WAT . G 4 HOH A 53 554 111 HOH WAT . G 4 HOH A 54 555 112 HOH WAT . G 4 HOH A 55 556 114 HOH WAT . G 4 HOH A 56 557 115 HOH WAT . G 4 HOH A 57 558 116 HOH WAT . G 4 HOH A 58 559 118 HOH WAT . G 4 HOH A 59 560 122 HOH WAT . G 4 HOH A 60 561 124 HOH WAT . G 4 HOH A 61 562 125 HOH WAT . G 4 HOH A 62 563 131 HOH WAT . G 4 HOH A 63 564 132 HOH WAT . G 4 HOH A 64 565 133 HOH WAT . G 4 HOH A 65 566 137 HOH WAT . G 4 HOH A 66 567 139 HOH WAT . G 4 HOH A 67 568 140 HOH WAT . G 4 HOH A 68 569 147 HOH WAT . G 4 HOH A 69 570 150 HOH WAT . G 4 HOH A 70 571 153 HOH WAT . G 4 HOH A 71 572 160 HOH WAT . G 4 HOH A 72 573 161 HOH WAT . G 4 HOH A 73 574 164 HOH WAT . G 4 HOH A 74 575 165 HOH WAT . G 4 HOH A 75 576 168 HOH WAT . G 4 HOH A 76 577 172 HOH WAT . G 4 HOH A 77 578 176 HOH WAT . G 4 HOH A 78 579 177 HOH WAT . G 4 HOH A 79 580 178 HOH WAT . G 4 HOH A 80 581 179 HOH WAT . G 4 HOH A 81 582 181 HOH WAT . G 4 HOH A 82 583 182 HOH WAT . G 4 HOH A 83 584 183 HOH WAT . G 4 HOH A 84 585 184 HOH WAT . G 4 HOH A 85 586 187 HOH WAT . G 4 HOH A 86 587 188 HOH WAT . G 4 HOH A 87 588 190 HOH WAT . G 4 HOH A 88 589 191 HOH WAT . G 4 HOH A 89 590 195 HOH WAT . G 4 HOH A 90 591 197 HOH WAT . G 4 HOH A 91 592 202 HOH WAT . G 4 HOH A 92 593 203 HOH WAT . G 4 HOH A 93 594 204 HOH WAT . G 4 HOH A 94 595 206 HOH WAT . G 4 HOH A 95 596 207 HOH WAT . G 4 HOH A 96 597 210 HOH WAT . G 4 HOH A 97 598 211 HOH WAT . G 4 HOH A 98 599 213 HOH WAT . G 4 HOH A 99 600 215 HOH WAT . G 4 HOH A 100 601 216 HOH WAT . G 4 HOH A 101 602 218 HOH WAT . G 4 HOH A 102 603 220 HOH WAT . G 4 HOH A 103 604 221 HOH WAT . G 4 HOH A 104 605 225 HOH WAT . G 4 HOH A 105 606 229 HOH WAT . G 4 HOH A 106 607 231 HOH WAT . G 4 HOH A 107 608 235 HOH WAT . G 4 HOH A 108 609 236 HOH WAT . G 4 HOH A 109 610 237 HOH WAT . G 4 HOH A 110 611 243 HOH WAT . G 4 HOH A 111 612 245 HOH WAT . G 4 HOH A 112 613 247 HOH WAT . G 4 HOH A 113 614 248 HOH WAT . G 4 HOH A 114 615 249 HOH WAT . G 4 HOH A 115 616 251 HOH WAT . G 4 HOH A 116 617 252 HOH WAT . G 4 HOH A 117 618 254 HOH WAT . G 4 HOH A 118 619 257 HOH WAT . G 4 HOH A 119 620 261 HOH WAT . G 4 HOH A 120 621 267 HOH WAT . G 4 HOH A 121 622 269 HOH WAT . G 4 HOH A 122 623 272 HOH WAT . G 4 HOH A 123 624 279 HOH WAT . G 4 HOH A 124 625 281 HOH WAT . G 4 HOH A 125 626 282 HOH WAT . G 4 HOH A 126 627 283 HOH WAT . G 4 HOH A 127 628 293 HOH WAT . G 4 HOH A 128 629 297 HOH WAT . G 4 HOH A 129 630 305 HOH WAT . G 4 HOH A 130 631 307 HOH WAT . G 4 HOH A 131 632 312 HOH WAT . G 4 HOH A 132 633 317 HOH WAT . G 4 HOH A 133 634 318 HOH WAT . G 4 HOH A 134 635 117 HOH WAT . H 4 HOH B 1 554 106 HOH WAT . H 4 HOH B 2 555 208 HOH WAT . H 4 HOH B 3 556 3 HOH WAT . H 4 HOH B 4 557 11 HOH WAT . H 4 HOH B 5 558 13 HOH WAT . H 4 HOH B 6 559 17 HOH WAT . H 4 HOH B 7 560 18 HOH WAT . H 4 HOH B 8 561 20 HOH WAT . H 4 HOH B 9 562 21 HOH WAT . H 4 HOH B 10 563 26 HOH WAT . H 4 HOH B 11 564 28 HOH WAT . H 4 HOH B 12 565 31 HOH WAT . H 4 HOH B 13 566 33 HOH WAT . H 4 HOH B 14 567 34 HOH WAT . H 4 HOH B 15 568 35 HOH WAT . H 4 HOH B 16 569 36 HOH WAT . H 4 HOH B 17 570 37 HOH WAT . H 4 HOH B 18 571 38 HOH WAT . H 4 HOH B 19 572 39 HOH WAT . H 4 HOH B 20 573 41 HOH WAT . H 4 HOH B 21 574 43 HOH WAT . H 4 HOH B 22 575 45 HOH WAT . H 4 HOH B 23 576 49 HOH WAT . H 4 HOH B 24 577 50 HOH WAT . H 4 HOH B 25 578 51 HOH WAT . H 4 HOH B 26 579 55 HOH WAT . H 4 HOH B 27 580 57 HOH WAT . H 4 HOH B 28 581 60 HOH WAT . H 4 HOH B 29 582 62 HOH WAT . H 4 HOH B 30 583 63 HOH WAT . H 4 HOH B 31 584 66 HOH WAT . H 4 HOH B 32 585 70 HOH WAT . H 4 HOH B 33 586 71 HOH WAT . H 4 HOH B 34 587 74 HOH WAT . H 4 HOH B 35 588 76 HOH WAT . H 4 HOH B 36 589 79 HOH WAT . H 4 HOH B 37 590 80 HOH WAT . H 4 HOH B 38 591 81 HOH WAT . H 4 HOH B 39 592 84 HOH WAT . H 4 HOH B 40 593 86 HOH WAT . H 4 HOH B 41 594 91 HOH WAT . H 4 HOH B 42 595 94 HOH WAT . H 4 HOH B 43 596 101 HOH WAT . H 4 HOH B 44 597 103 HOH WAT . H 4 HOH B 45 598 105 HOH WAT . H 4 HOH B 46 599 107 HOH WAT . H 4 HOH B 47 600 108 HOH WAT . H 4 HOH B 48 601 109 HOH WAT . H 4 HOH B 49 602 110 HOH WAT . H 4 HOH B 50 603 113 HOH WAT . H 4 HOH B 51 604 119 HOH WAT . H 4 HOH B 52 605 121 HOH WAT . H 4 HOH B 53 606 126 HOH WAT . H 4 HOH B 54 607 129 HOH WAT . H 4 HOH B 55 608 130 HOH WAT . H 4 HOH B 56 609 134 HOH WAT . H 4 HOH B 57 610 135 HOH WAT . H 4 HOH B 58 611 136 HOH WAT . H 4 HOH B 59 612 138 HOH WAT . H 4 HOH B 60 613 141 HOH WAT . H 4 HOH B 61 614 142 HOH WAT . H 4 HOH B 62 615 143 HOH WAT . H 4 HOH B 63 616 144 HOH WAT . H 4 HOH B 64 617 145 HOH WAT . H 4 HOH B 65 618 146 HOH WAT . H 4 HOH B 66 619 148 HOH WAT . H 4 HOH B 67 620 149 HOH WAT . H 4 HOH B 68 621 152 HOH WAT . H 4 HOH B 69 622 155 HOH WAT . H 4 HOH B 70 623 159 HOH WAT . H 4 HOH B 71 624 162 HOH WAT . H 4 HOH B 72 625 163 HOH WAT . H 4 HOH B 73 626 169 HOH WAT . H 4 HOH B 74 627 170 HOH WAT . H 4 HOH B 75 628 171 HOH WAT . H 4 HOH B 76 629 180 HOH WAT . H 4 HOH B 77 630 189 HOH WAT . H 4 HOH B 78 631 192 HOH WAT . H 4 HOH B 79 632 193 HOH WAT . H 4 HOH B 80 633 194 HOH WAT . H 4 HOH B 81 634 196 HOH WAT . H 4 HOH B 82 635 198 HOH WAT . H 4 HOH B 83 636 199 HOH WAT . H 4 HOH B 84 637 200 HOH WAT . H 4 HOH B 85 638 205 HOH WAT . H 4 HOH B 86 639 209 HOH WAT . H 4 HOH B 87 640 212 HOH WAT . H 4 HOH B 88 641 217 HOH WAT . H 4 HOH B 89 642 224 HOH WAT . H 4 HOH B 90 643 226 HOH WAT . H 4 HOH B 91 644 227 HOH WAT . H 4 HOH B 92 645 230 HOH WAT . H 4 HOH B 93 646 232 HOH WAT . H 4 HOH B 94 647 233 HOH WAT . H 4 HOH B 95 648 234 HOH WAT . H 4 HOH B 96 649 238 HOH WAT . H 4 HOH B 97 650 240 HOH WAT . H 4 HOH B 98 651 241 HOH WAT . H 4 HOH B 99 652 242 HOH WAT . H 4 HOH B 100 653 244 HOH WAT . H 4 HOH B 101 654 246 HOH WAT . H 4 HOH B 102 655 250 HOH WAT . H 4 HOH B 103 656 253 HOH WAT . H 4 HOH B 104 657 255 HOH WAT . H 4 HOH B 105 658 256 HOH WAT . H 4 HOH B 106 659 258 HOH WAT . H 4 HOH B 107 660 259 HOH WAT . H 4 HOH B 108 661 260 HOH WAT . H 4 HOH B 109 662 266 HOH WAT . H 4 HOH B 110 663 270 HOH WAT . H 4 HOH B 111 664 274 HOH WAT . H 4 HOH B 112 665 275 HOH WAT . H 4 HOH B 113 666 276 HOH WAT . H 4 HOH B 114 667 277 HOH WAT . H 4 HOH B 115 668 278 HOH WAT . H 4 HOH B 116 669 288 HOH WAT . H 4 HOH B 117 670 294 HOH WAT . H 4 HOH B 118 671 296 HOH WAT . H 4 HOH B 119 672 298 HOH WAT . H 4 HOH B 120 673 299 HOH WAT . H 4 HOH B 121 674 300 HOH WAT . H 4 HOH B 122 675 303 HOH WAT . H 4 HOH B 123 676 304 HOH WAT . H 4 HOH B 124 677 309 HOH WAT . H 4 HOH B 125 678 311 HOH WAT . H 4 HOH B 126 679 316 HOH WAT . H 4 HOH B 127 680 319 HOH WAT . H 4 HOH B 128 681 320 HOH WAT . I 4 HOH C 1 219 219 HOH WAT . I 4 HOH C 2 292 292 HOH WAT . J 4 HOH D 1 25 25 HOH WAT . J 4 HOH D 2 83 83 HOH WAT . J 4 HOH D 3 95 95 HOH WAT . J 4 HOH D 4 158 158 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id E _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 10.316 _atom_site.Cartn_y -6.789 _atom_site.Cartn_z -18.242 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 11.48 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 501 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 45 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 336 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #