data_3DEF
#
_model_server_result.job_id            Vtmn8LKQm9MIbYdP5tZlVA 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-09 04:44:25' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3def 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":282}' 
#
_entry.id    3DEF 
#
_exptl.entry_id    3DEF 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              24.305 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MAGNESIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3DEF 
_cell.length_a            71.44 
_cell.length_b            71.44 
_cell.length_c            112.46 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3DEF 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        96 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 43 21 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    monomeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      1 
_pdbx_struct_assembly.details               software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      2 
_struct_asym.id                             B 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OG SER 50 A SER 50 1_555 B MG MG . A MG 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? 
metalc ? metalc2 C O3B GDP . A GDP 281 1_555 B MG MG . A MG 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
metalc ? metalc3 B MG MG . A MG 282 1_555 D O HOH . A HOH 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? 
metalc ? metalc4 B MG MG . A MG 282 1_555 D O HOH . A HOH 296 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.992 ? 
metalc ? metalc5 B MG MG . A MG 282 1_555 D O HOH . A HOH 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? 
metalc ? metalc6 B MG MG . A MG 282 1_555 D O HOH . A HOH 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mg 2' 
_chem_comp.formula_weight    24.305 
_chem_comp.id                MG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MAGNESIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     3DEF 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.013998 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.013998 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.008892 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
B 2 MG A 1 282 282 MG MG . 
C 3 GDP A 1 281 281 GDP GDP . 
D 4 HOH A 1 283 1 HOH WAT . 
D 4 HOH A 2 284 2 HOH WAT . 
D 4 HOH A 3 285 3 HOH WAT . 
D 4 HOH A 4 286 4 HOH WAT . 
D 4 HOH A 5 287 5 HOH WAT . 
D 4 HOH A 6 288 6 HOH WAT . 
D 4 HOH A 7 289 7 HOH WAT . 
D 4 HOH A 8 290 8 HOH WAT . 
D 4 HOH A 9 291 9 HOH WAT . 
D 4 HOH A 10 292 10 HOH WAT . 
D 4 HOH A 11 293 11 HOH WAT . 
D 4 HOH A 12 294 12 HOH WAT . 
D 4 HOH A 13 295 13 HOH WAT . 
D 4 HOH A 14 296 14 HOH WAT . 
D 4 HOH A 15 297 15 HOH WAT . 
D 4 HOH A 16 298 16 HOH WAT . 
D 4 HOH A 17 299 17 HOH WAT . 
D 4 HOH A 18 300 18 HOH WAT . 
D 4 HOH A 19 301 19 HOH WAT . 
D 4 HOH A 20 302 20 HOH WAT . 
D 4 HOH A 21 303 21 HOH WAT . 
D 4 HOH A 22 304 22 HOH WAT . 
D 4 HOH A 23 305 23 HOH WAT . 
D 4 HOH A 24 306 24 HOH WAT . 
D 4 HOH A 25 307 25 HOH WAT . 
D 4 HOH A 26 308 26 HOH WAT . 
D 4 HOH A 27 309 27 HOH WAT . 
D 4 HOH A 28 310 28 HOH WAT . 
D 4 HOH A 29 311 29 HOH WAT . 
D 4 HOH A 30 312 30 HOH WAT . 
D 4 HOH A 31 313 31 HOH WAT . 
D 4 HOH A 32 314 32 HOH WAT . 
D 4 HOH A 33 315 33 HOH WAT . 
D 4 HOH A 34 316 34 HOH WAT . 
D 4 HOH A 35 317 35 HOH WAT . 
D 4 HOH A 36 318 36 HOH WAT . 
D 4 HOH A 37 319 37 HOH WAT . 
D 4 HOH A 38 320 38 HOH WAT . 
D 4 HOH A 39 321 39 HOH WAT . 
D 4 HOH A 40 322 40 HOH WAT . 
D 4 HOH A 41 323 41 HOH WAT . 
D 4 HOH A 42 324 42 HOH WAT . 
D 4 HOH A 43 325 43 HOH WAT . 
D 4 HOH A 44 326 44 HOH WAT . 
D 4 HOH A 45 327 45 HOH WAT . 
D 4 HOH A 46 328 46 HOH WAT . 
D 4 HOH A 47 329 47 HOH WAT . 
D 4 HOH A 48 330 48 HOH WAT . 
D 4 HOH A 49 331 49 HOH WAT . 
D 4 HOH A 50 332 50 HOH WAT . 
D 4 HOH A 51 333 51 HOH WAT . 
D 4 HOH A 52 334 52 HOH WAT . 
D 4 HOH A 53 335 53 HOH WAT . 
D 4 HOH A 54 336 54 HOH WAT . 
D 4 HOH A 55 337 55 HOH WAT . 
D 4 HOH A 56 338 56 HOH WAT . 
D 4 HOH A 57 339 57 HOH WAT . 
D 4 HOH A 58 340 58 HOH WAT . 
D 4 HOH A 59 341 59 HOH WAT . 
D 4 HOH A 60 342 60 HOH WAT . 
D 4 HOH A 61 343 61 HOH WAT . 
D 4 HOH A 62 344 62 HOH WAT . 
D 4 HOH A 63 345 63 HOH WAT . 
D 4 HOH A 64 346 64 HOH WAT . 
D 4 HOH A 65 347 65 HOH WAT . 
D 4 HOH A 66 348 66 HOH WAT . 
D 4 HOH A 67 349 67 HOH WAT . 
D 4 HOH A 68 350 68 HOH WAT . 
D 4 HOH A 69 351 69 HOH WAT . 
D 4 HOH A 70 352 70 HOH WAT . 
D 4 HOH A 71 353 71 HOH WAT . 
D 4 HOH A 72 354 72 HOH WAT . 
D 4 HOH A 73 355 73 HOH WAT . 
D 4 HOH A 74 356 74 HOH WAT . 
D 4 HOH A 75 357 75 HOH WAT . 
D 4 HOH A 76 358 76 HOH WAT . 
D 4 HOH A 77 359 77 HOH WAT . 
D 4 HOH A 78 360 78 HOH WAT . 
D 4 HOH A 79 361 79 HOH WAT . 
D 4 HOH A 80 362 80 HOH WAT . 
D 4 HOH A 81 363 81 HOH WAT . 
D 4 HOH A 82 364 82 HOH WAT . 
D 4 HOH A 83 365 83 HOH WAT . 
D 4 HOH A 84 366 84 HOH WAT . 
D 4 HOH A 85 367 85 HOH WAT . 
D 4 HOH A 86 368 86 HOH WAT . 
D 4 HOH A 87 369 87 HOH WAT . 
D 4 HOH A 88 370 88 HOH WAT . 
D 4 HOH A 89 371 89 HOH WAT . 
D 4 HOH A 90 372 90 HOH WAT . 
D 4 HOH A 91 373 91 HOH WAT . 
D 4 HOH A 92 374 92 HOH WAT . 
D 4 HOH A 93 375 93 HOH WAT . 
D 4 HOH A 94 376 94 HOH WAT . 
D 4 HOH A 95 377 95 HOH WAT . 
D 4 HOH A 96 378 96 HOH WAT . 
D 4 HOH A 97 379 97 HOH WAT . 
D 4 HOH A 98 380 98 HOH WAT . 
D 4 HOH A 99 381 99 HOH WAT . 
D 4 HOH A 100 382 100 HOH WAT . 
D 4 HOH A 101 383 101 HOH WAT . 
D 4 HOH A 102 384 102 HOH WAT . 
D 4 HOH A 103 385 103 HOH WAT . 
D 4 HOH A 104 386 104 HOH WAT . 
D 4 HOH A 105 387 105 HOH WAT . 
D 4 HOH A 106 388 106 HOH WAT . 
D 4 HOH A 107 389 107 HOH WAT . 
D 4 HOH A 108 390 108 HOH WAT . 
D 4 HOH A 109 391 109 HOH WAT . 
D 4 HOH A 110 392 110 HOH WAT . 
D 4 HOH A 111 393 111 HOH WAT . 
D 4 HOH A 112 394 112 HOH WAT . 
D 4 HOH A 113 395 113 HOH WAT . 
D 4 HOH A 114 396 114 HOH WAT . 
D 4 HOH A 115 397 115 HOH WAT . 
D 4 HOH A 116 398 116 HOH WAT . 
D 4 HOH A 117 399 117 HOH WAT . 
D 4 HOH A 118 400 118 HOH WAT . 
D 4 HOH A 119 401 119 HOH WAT . 
D 4 HOH A 120 402 120 HOH WAT . 
D 4 HOH A 121 403 121 HOH WAT . 
D 4 HOH A 122 404 122 HOH WAT . 
D 4 HOH A 123 405 123 HOH WAT . 
D 4 HOH A 124 406 124 HOH WAT . 
D 4 HOH A 125 407 125 HOH WAT . 
D 4 HOH A 126 408 126 HOH WAT . 
D 4 HOH A 127 409 127 HOH WAT . 
D 4 HOH A 128 410 128 HOH WAT . 
D 4 HOH A 129 411 129 HOH WAT . 
D 4 HOH A 130 412 130 HOH WAT . 
D 4 HOH A 131 413 131 HOH WAT . 
D 4 HOH A 132 414 132 HOH WAT . 
D 4 HOH A 133 415 133 HOH WAT . 
D 4 HOH A 134 416 134 HOH WAT . 
D 4 HOH A 135 417 135 HOH WAT . 
D 4 HOH A 136 418 136 HOH WAT . 
D 4 HOH A 137 419 137 HOH WAT . 
D 4 HOH A 138 420 138 HOH WAT . 
D 4 HOH A 139 421 139 HOH WAT . 
D 4 HOH A 140 422 140 HOH WAT . 
D 4 HOH A 141 423 141 HOH WAT . 
D 4 HOH A 142 424 142 HOH WAT . 
D 4 HOH A 143 425 143 HOH WAT . 
D 4 HOH A 144 426 144 HOH WAT . 
D 4 HOH A 145 427 145 HOH WAT . 
D 4 HOH A 146 428 146 HOH WAT . 
D 4 HOH A 147 429 147 HOH WAT . 
D 4 HOH A 148 430 148 HOH WAT . 
D 4 HOH A 149 431 149 HOH WAT . 
D 4 HOH A 150 432 150 HOH WAT . 
D 4 HOH A 151 433 151 HOH WAT . 
D 4 HOH A 152 434 152 HOH WAT . 
D 4 HOH A 153 435 153 HOH WAT . 
D 4 HOH A 154 436 154 HOH WAT . 
D 4 HOH A 155 437 155 HOH WAT . 
D 4 HOH A 156 438 156 HOH WAT . 
D 4 HOH A 157 439 157 HOH WAT . 
D 4 HOH A 158 440 158 HOH WAT . 
D 4 HOH A 159 441 159 HOH WAT . 
D 4 HOH A 160 442 160 HOH WAT . 
D 4 HOH A 161 443 161 HOH WAT . 
D 4 HOH A 162 444 162 HOH WAT . 
D 4 HOH A 163 445 163 HOH WAT . 
D 4 HOH A 164 446 164 HOH WAT . 
D 4 HOH A 165 447 165 HOH WAT . 
D 4 HOH A 166 448 166 HOH WAT . 
D 4 HOH A 167 449 167 HOH WAT . 
D 4 HOH A 168 450 168 HOH WAT . 
D 4 HOH A 169 451 169 HOH WAT . 
D 4 HOH A 170 452 170 HOH WAT . 
D 4 HOH A 171 453 171 HOH WAT . 
D 4 HOH A 172 454 172 HOH WAT . 
D 4 HOH A 173 455 173 HOH WAT . 
D 4 HOH A 174 456 174 HOH WAT . 
D 4 HOH A 175 457 175 HOH WAT . 
D 4 HOH A 176 458 176 HOH WAT . 
D 4 HOH A 177 459 177 HOH WAT . 
D 4 HOH A 178 460 178 HOH WAT . 
D 4 HOH A 179 461 179 HOH WAT . 
D 4 HOH A 180 462 180 HOH WAT . 
D 4 HOH A 181 463 181 HOH WAT . 
D 4 HOH A 182 464 182 HOH WAT . 
D 4 HOH A 183 465 183 HOH WAT . 
D 4 HOH A 184 466 184 HOH WAT . 
D 4 HOH A 185 467 185 HOH WAT . 
D 4 HOH A 186 468 186 HOH WAT . 
D 4 HOH A 187 469 187 HOH WAT . 
D 4 HOH A 188 470 188 HOH WAT . 
D 4 HOH A 189 471 189 HOH WAT . 
D 4 HOH A 190 472 190 HOH WAT . 
D 4 HOH A 191 473 191 HOH WAT . 
D 4 HOH A 192 474 192 HOH WAT . 
D 4 HOH A 193 475 193 HOH WAT . 
D 4 HOH A 194 476 194 HOH WAT . 
D 4 HOH A 195 477 195 HOH WAT . 
D 4 HOH A 196 478 196 HOH WAT . 
D 4 HOH A 197 479 197 HOH WAT . 
D 4 HOH A 198 480 198 HOH WAT . 
D 4 HOH A 199 481 199 HOH WAT . 
D 4 HOH A 200 482 200 HOH WAT . 
D 4 HOH A 201 483 201 HOH WAT . 
D 4 HOH A 202 484 202 HOH WAT . 
D 4 HOH A 203 485 203 HOH WAT . 
D 4 HOH A 204 486 204 HOH WAT . 
D 4 HOH A 205 487 205 HOH WAT . 
D 4 HOH A 206 488 206 HOH WAT . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MG 
_atom_site.label_atom_id         MG 
_atom_site.label_comp_id         MG 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         B 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               -33.865 
_atom_site.Cartn_y               19.204 
_atom_site.Cartn_z               0.321 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        20.27 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MG 
_atom_site.auth_comp_id          MG 
_atom_site.auth_seq_id           282 
_atom_site.auth_asym_id          A 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              7 
_model_server_stats.parse_time_ms           7 
_model_server_stats.create_model_time_ms    3 
_model_server_stats.query_time_ms           239 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           1 
#